# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.09101 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.101 0.080 0.088 0.130 0.157 0.161 0.099 0.083 0.048 0.028 0.013 0.008 0.004 0.001 2 Q 0.279 0.182 0.183 0.121 0.087 0.056 0.037 0.019 0.019 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 3 T 0.111 0.078 0.098 0.138 0.146 0.133 0.093 0.090 0.049 0.031 0.018 0.010 0.004 0.001 4 D 0.174 0.147 0.161 0.149 0.127 0.080 0.070 0.034 0.035 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 5 Y 0.125 0.087 0.104 0.155 0.155 0.135 0.079 0.073 0.043 0.021 0.010 0.008 0.003 0.001 6 D 0.382 0.232 0.142 0.082 0.060 0.046 0.028 0.010 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 7 F 0.138 0.124 0.132 0.188 0.164 0.126 0.057 0.041 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 8 E 0.507 0.171 0.128 0.079 0.051 0.024 0.025 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.393 0.214 0.162 0.093 0.054 0.046 0.023 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 G 0.295 0.162 0.165 0.137 0.107 0.059 0.049 0.011 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.246 0.214 0.187 0.137 0.088 0.065 0.034 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 H 0.042 0.063 0.070 0.156 0.194 0.184 0.131 0.087 0.038 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 13 R 0.019 0.027 0.040 0.085 0.151 0.154 0.164 0.143 0.101 0.057 0.030 0.019 0.007 0.003 14 T 0.015 0.013 0.021 0.036 0.070 0.090 0.135 0.159 0.151 0.127 0.083 0.058 0.029 0.013 15 M 0.007 0.006 0.008 0.012 0.026 0.046 0.085 0.107 0.158 0.159 0.175 0.119 0.065 0.027 16 T 0.005 0.005 0.008 0.014 0.029 0.053 0.082 0.117 0.168 0.180 0.122 0.110 0.065 0.041 17 F 0.005 0.006 0.007 0.014 0.025 0.045 0.084 0.114 0.157 0.185 0.135 0.115 0.072 0.035 18 V 0.017 0.019 0.020 0.039 0.062 0.092 0.127 0.141 0.136 0.124 0.092 0.070 0.037 0.023 19 F 0.009 0.018 0.025 0.045 0.089 0.116 0.171 0.169 0.133 0.091 0.070 0.035 0.018 0.012 20 A 0.017 0.020 0.024 0.048 0.087 0.127 0.172 0.176 0.126 0.082 0.072 0.024 0.017 0.007 21 K 0.065 0.110 0.143 0.179 0.174 0.144 0.082 0.049 0.032 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 22 E 0.217 0.155 0.152 0.151 0.128 0.089 0.050 0.028 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 23 R 0.171 0.138 0.146 0.173 0.174 0.103 0.049 0.028 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 24 S 0.242 0.126 0.104 0.124 0.132 0.131 0.077 0.026 0.026 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 25 L 0.156 0.122 0.143 0.169 0.182 0.116 0.062 0.029 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.589 0.221 0.103 0.039 0.020 0.016 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 G 0.096 0.106 0.128 0.188 0.183 0.143 0.084 0.040 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 28 I 0.033 0.024 0.028 0.066 0.121 0.172 0.225 0.185 0.072 0.028 0.033 0.007 0.005 0.002 29 R 0.127 0.161 0.182 0.191 0.144 0.100 0.047 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 30 E 0.267 0.141 0.108 0.151 0.129 0.088 0.051 0.033 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 31 A 0.057 0.058 0.070 0.146 0.195 0.188 0.126 0.091 0.037 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 32 L 0.039 0.046 0.067 0.122 0.207 0.176 0.157 0.099 0.052 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 33 D 0.186 0.217 0.161 0.165 0.128 0.075 0.037 0.016 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 34 N 0.262 0.206 0.185 0.133 0.080 0.075 0.032 0.011 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 35 R 0.055 0.078 0.120 0.180 0.198 0.166 0.112 0.049 0.025 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 36 R 0.035 0.042 0.052 0.094 0.166 0.179 0.186 0.121 0.070 0.032 0.012 0.006 0.004 0.001 37 T 0.030 0.023 0.029 0.056 0.103 0.137 0.188 0.164 0.121 0.083 0.034 0.019 0.009 0.004 38 A 0.017 0.013 0.020 0.038 0.076 0.095 0.156 0.161 0.129 0.112 0.087 0.055 0.027 0.015 39 A 0.039 0.028 0.027 0.041 0.054 0.080 0.082 0.097 0.139 0.132 0.092 0.110 0.058 0.022 40 Y 0.038 0.041 0.040 0.063 0.098 0.114 0.157 0.162 0.096 0.076 0.055 0.032 0.018 0.011 41 F 0.012 0.015 0.017 0.036 0.072 0.115 0.190 0.182 0.156 0.082 0.077 0.022 0.014 0.009 42 H 0.016 0.031 0.045 0.120 0.179 0.196 0.161 0.120 0.072 0.035 0.014 0.006 0.004 0.002 43 E 0.185 0.183 0.199 0.146 0.092 0.093 0.045 0.023 0.022 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 44 L 0.042 0.065 0.093 0.169 0.236 0.172 0.109 0.063 0.030 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 45 L 0.045 0.046 0.051 0.101 0.145 0.176 0.176 0.145 0.061 0.030 0.015 0.005 0.003 0.001 46 I 0.149 0.109 0.083 0.141 0.165 0.133 0.095 0.074 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 47 G 0.268 0.195 0.163 0.132 0.102 0.068 0.033 0.021 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 48 R 0.107 0.076 0.147 0.198 0.175 0.149 0.079 0.034 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 49 E 0.371 0.149 0.221 0.117 0.068 0.039 0.023 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.679 0.162 0.124 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.068 0.120 0.111 0.210 0.207 0.142 0.080 0.041 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.016 0.021 0.023 0.093 0.156 0.209 0.228 0.161 0.063 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 53 R 0.221 0.253 0.277 0.132 0.058 0.039 0.010 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 P 0.323 0.229 0.181 0.128 0.073 0.042 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 F 0.020 0.037 0.050 0.137 0.180 0.222 0.180 0.113 0.040 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 56 F 0.024 0.029 0.042 0.108 0.184 0.218 0.190 0.129 0.046 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 57 E 0.339 0.257 0.199 0.095 0.050 0.034 0.014 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.146 0.112 0.156 0.202 0.178 0.111 0.047 0.025 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 59 C 0.022 0.031 0.048 0.121 0.176 0.202 0.173 0.124 0.059 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 60 V 0.081 0.055 0.057 0.093 0.148 0.161 0.158 0.116 0.061 0.034 0.021 0.008 0.005 0.001 61 K 0.180 0.190 0.171 0.151 0.113 0.091 0.049 0.030 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 62 I 0.048 0.036 0.054 0.107 0.151 0.151 0.146 0.112 0.090 0.047 0.035 0.015 0.008 0.002 63 E 0.136 0.126 0.172 0.192 0.147 0.110 0.060 0.030 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 64 E 0.212 0.166 0.178 0.146 0.115 0.092 0.044 0.021 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 65 V 0.120 0.104 0.071 0.168 0.204 0.147 0.090 0.057 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 66 S 0.387 0.231 0.176 0.095 0.050 0.036 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 R 0.399 0.205 0.155 0.103 0.067 0.039 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 N 0.440 0.188 0.174 0.091 0.053 0.025 0.018 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.472 0.205 0.144 0.075 0.041 0.031 0.021 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.361 0.179 0.172 0.109 0.073 0.049 0.036 0.008 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 71 G 0.162 0.156 0.192 0.146 0.142 0.096 0.042 0.025 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 72 V 0.027 0.023 0.032 0.074 0.110 0.142 0.164 0.163 0.093 0.080 0.044 0.031 0.015 0.003 73 T 0.055 0.048 0.061 0.121 0.162 0.142 0.123 0.120 0.077 0.038 0.029 0.016 0.005 0.004 74 L 0.021 0.009 0.013 0.021 0.034 0.054 0.086 0.113 0.145 0.179 0.126 0.124 0.064 0.011 75 S 0.049 0.045 0.055 0.085 0.116 0.133 0.129 0.138 0.094 0.055 0.059 0.024 0.009 0.010 76 I 0.021 0.015 0.019 0.031 0.056 0.075 0.112 0.120 0.146 0.156 0.119 0.074 0.042 0.015 77 T 0.034 0.049 0.050 0.097 0.136 0.136 0.141 0.137 0.088 0.057 0.046 0.014 0.007 0.007 78 N 0.040 0.046 0.054 0.095 0.130 0.126 0.119 0.113 0.100 0.083 0.045 0.030 0.013 0.007 79 V 0.017 0.033 0.040 0.080 0.134 0.142 0.154 0.152 0.103 0.070 0.046 0.016 0.007 0.006 80 T 0.029 0.033 0.043 0.066 0.107 0.127 0.124 0.123 0.119 0.106 0.056 0.039 0.019 0.008 81 D 0.022 0.029 0.036 0.058 0.099 0.118 0.136 0.149 0.133 0.100 0.061 0.031 0.016 0.012 82 L 0.009 0.006 0.010 0.014 0.028 0.052 0.078 0.107 0.158 0.192 0.161 0.113 0.055 0.018 83 V 0.014 0.020 0.027 0.056 0.089 0.109 0.135 0.164 0.129 0.093 0.073 0.042 0.023 0.026 84 L 0.011 0.007 0.009 0.014 0.021 0.040 0.062 0.087 0.150 0.189 0.189 0.138 0.064 0.018 85 K 0.031 0.059 0.072 0.119 0.136 0.150 0.152 0.127 0.070 0.036 0.029 0.009 0.005 0.007 86 L 0.014 0.014 0.022 0.037 0.063 0.098 0.120 0.135 0.157 0.119 0.119 0.061 0.029 0.010 87 K 0.083 0.124 0.141 0.174 0.148 0.121 0.086 0.061 0.036 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 88 K 0.149 0.132 0.146 0.161 0.129 0.109 0.061 0.045 0.033 0.017 0.010 0.006 0.002 0.001 89 T 0.159 0.147 0.138 0.151 0.150 0.096 0.072 0.042 0.026 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 90 A 0.148 0.128 0.120 0.147 0.142 0.120 0.078 0.052 0.033 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 91 H 0.119 0.122 0.110 0.143 0.151 0.116 0.095 0.066 0.040 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 92 D 0.160 0.147 0.134 0.150 0.123 0.095 0.067 0.051 0.033 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 93 T 0.087 0.096 0.093 0.122 0.136 0.139 0.108 0.080 0.057 0.039 0.024 0.010 0.004 0.003 94 L 0.023 0.022 0.033 0.059 0.107 0.134 0.143 0.151 0.116 0.096 0.054 0.036 0.018 0.008 95 L 0.023 0.022 0.029 0.052 0.095 0.107 0.131 0.144 0.138 0.117 0.063 0.043 0.022 0.013 96 V 0.019 0.012 0.017 0.023 0.036 0.058 0.088 0.120 0.147 0.157 0.160 0.097 0.049 0.018 97 Y 0.021 0.029 0.037 0.067 0.111 0.117 0.138 0.142 0.111 0.083 0.069 0.041 0.016 0.018 98 F 0.012 0.015 0.020 0.034 0.055 0.078 0.104 0.127 0.184 0.133 0.122 0.058 0.039 0.017 99 R 0.062 0.082 0.089 0.141 0.143 0.131 0.115 0.105 0.058 0.036 0.024 0.008 0.003 0.003 100 D 0.101 0.129 0.118 0.127 0.130 0.134 0.090 0.052 0.064 0.029 0.017 0.006 0.002 0.002 101 M 0.032 0.034 0.036 0.071 0.117 0.173 0.145 0.147 0.098 0.069 0.037 0.024 0.014 0.003 102 T 0.144 0.160 0.160 0.157 0.125 0.108 0.067 0.033 0.028 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 103 L 0.063 0.049 0.061 0.100 0.133 0.142 0.127 0.122 0.094 0.052 0.030 0.018 0.008 0.002 104 K 0.173 0.161 0.167 0.161 0.135 0.083 0.053 0.033 0.019 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 105 P 0.180 0.139 0.130 0.138 0.136 0.113 0.069 0.037 0.029 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 106 H 0.087 0.117 0.100 0.173 0.193 0.131 0.091 0.053 0.032 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 107 T 0.234 0.189 0.145 0.138 0.101 0.088 0.045 0.023 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 108 R 0.121 0.141 0.137 0.139 0.140 0.128 0.078 0.045 0.039 0.016 0.011 0.002 0.001 0.001 109 Y 0.024 0.030 0.041 0.080 0.134 0.151 0.140 0.136 0.102 0.075 0.039 0.030 0.014 0.004 110 T 0.029 0.033 0.040 0.077 0.133 0.138 0.140 0.135 0.112 0.078 0.044 0.021 0.010 0.010 111 V 0.006 0.003 0.006 0.009 0.017 0.034 0.061 0.086 0.147 0.206 0.214 0.134 0.062 0.015 112 R 0.014 0.020 0.027 0.055 0.097 0.111 0.131 0.176 0.115 0.083 0.082 0.041 0.019 0.029 113 I 0.005 0.004 0.004 0.008 0.013 0.026 0.044 0.066 0.152 0.226 0.188 0.160 0.083 0.021 114 G 0.032 0.051 0.058 0.110 0.129 0.142 0.147 0.155 0.075 0.042 0.038 0.010 0.005 0.007 115 F 0.015 0.021 0.031 0.064 0.110 0.131 0.143 0.134 0.135 0.091 0.071 0.035 0.012 0.007 116 K 0.055 0.089 0.120 0.154 0.165 0.136 0.103 0.076 0.061 0.023 0.013 0.003 0.001 0.001 117 Q 0.264 0.184 0.167 0.136 0.084 0.076 0.038 0.021 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 118 G 0.200 0.192 0.184 0.147 0.110 0.076 0.044 0.019 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 119 I 0.106 0.101 0.098 0.157 0.177 0.142 0.095 0.067 0.032 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 120 K 0.330 0.189 0.175 0.119 0.075 0.048 0.030 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 121 G 0.285 0.177 0.126 0.128 0.105 0.075 0.049 0.023 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 122 G 0.090 0.071 0.073 0.123 0.160 0.170 0.120 0.083 0.051 0.029 0.017 0.008 0.004 0.001 123 D 0.167 0.146 0.182 0.150 0.127 0.094 0.056 0.035 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 124 V 0.085 0.054 0.054 0.106 0.132 0.137 0.130 0.114 0.077 0.053 0.029 0.018 0.008 0.002 125 N 0.038 0.066 0.070 0.153 0.182 0.169 0.127 0.100 0.050 0.024 0.012 0.006 0.002 0.002 126 F 0.017 0.015 0.022 0.039 0.075 0.103 0.163 0.155 0.122 0.104 0.105 0.045 0.025 0.011 127 E 0.033 0.069 0.073 0.116 0.149 0.152 0.121 0.112 0.083 0.043 0.026 0.012 0.005 0.005 128 V 0.007 0.007 0.011 0.019 0.037 0.062 0.107 0.129 0.159 0.160 0.148 0.078 0.054 0.023 129 T 0.004 0.009 0.014 0.032 0.062 0.105 0.139 0.163 0.163 0.125 0.085 0.051 0.027 0.020 130 N 0.008 0.012 0.020 0.037 0.062 0.083 0.108 0.125 0.153 0.153 0.085 0.080 0.044 0.030 131 F 0.005 0.008 0.010 0.022 0.044 0.070 0.119 0.133 0.169 0.165 0.113 0.079 0.041 0.021 132 I 0.006 0.010 0.016 0.027 0.052 0.084 0.130 0.152 0.149 0.127 0.128 0.059 0.038 0.023 133 V 0.011 0.019 0.023 0.038 0.072 0.104 0.147 0.171 0.134 0.106 0.094 0.042 0.026 0.013 134 A 0.026 0.052 0.064 0.111 0.135 0.151 0.138 0.133 0.089 0.047 0.027 0.012 0.008 0.005 135 P 0.037 0.071 0.082 0.193 0.192 0.173 0.102 0.074 0.043 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 136 D 0.159 0.161 0.228 0.148 0.105 0.093 0.050 0.023 0.023 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 137 K 0.234 0.191 0.198 0.154 0.099 0.062 0.032 0.014 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 138 G 0.184 0.220 0.148 0.153 0.109 0.088 0.051 0.020 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 139 L 0.032 0.041 0.041 0.101 0.148 0.179 0.173 0.148 0.061 0.036 0.021 0.011 0.006 0.002 140 K 0.118 0.133 0.136 0.131 0.136 0.129 0.074 0.055 0.052 0.018 0.013 0.004 0.001 0.001 141 Y 0.039 0.022 0.037 0.056 0.081 0.098 0.120 0.132 0.123 0.120 0.076 0.060 0.029 0.007 142 T 0.037 0.036 0.044 0.083 0.131 0.131 0.139 0.140 0.092 0.059 0.055 0.029 0.012 0.011 143 I 0.019 0.009 0.013 0.019 0.033 0.057 0.078 0.103 0.147 0.176 0.130 0.125 0.071 0.018 144 S 0.073 0.067 0.060 0.090 0.118 0.122 0.133 0.125 0.085 0.052 0.045 0.017 0.006 0.007 145 L 0.046 0.032 0.041 0.058 0.091 0.104 0.124 0.117 0.117 0.102 0.086 0.049 0.023 0.010