# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.041 0.044 0.044 0.059 0.100 0.010 0.110 0.284 0.006 0.001 0.006 0.005 0.012 0.011 0.032 0.016 0.085 0.056 0.044 0.031 0.002 2 A 0.060 0.054 0.038 0.048 0.108 0.011 0.055 0.373 0.004 0.001 0.005 0.005 0.012 0.012 0.037 0.015 0.075 0.026 0.032 0.025 0.002 3 Y 0.066 0.080 0.045 0.067 0.069 0.012 0.048 0.372 0.007 0.001 0.006 0.006 0.016 0.016 0.043 0.015 0.062 0.020 0.023 0.023 0.003 4 F 0.066 0.083 0.025 0.045 0.103 0.008 0.045 0.343 0.009 0.002 0.007 0.006 0.018 0.018 0.033 0.025 0.102 0.016 0.026 0.014 0.005 5 H 0.048 0.065 0.035 0.044 0.033 0.009 0.041 0.460 0.014 0.005 0.006 0.004 0.013 0.023 0.060 0.012 0.072 0.014 0.020 0.018 0.003 6 E 0.067 0.059 0.019 0.030 0.078 0.015 0.099 0.365 0.012 0.007 0.007 0.006 0.015 0.026 0.027 0.018 0.091 0.021 0.022 0.012 0.003 7 L 0.052 0.073 0.029 0.040 0.051 0.020 0.111 0.327 0.020 0.006 0.009 0.006 0.023 0.038 0.041 0.021 0.055 0.037 0.022 0.013 0.005 8 L 0.040 0.040 0.038 0.052 0.095 0.015 0.089 0.190 0.026 0.010 0.009 0.007 0.016 0.024 0.047 0.034 0.088 0.067 0.079 0.031 0.004 9 I 0.021 0.032 0.078 0.062 0.054 0.013 0.116 0.104 0.031 0.002 0.008 0.008 0.022 0.029 0.063 0.029 0.133 0.045 0.043 0.104 0.004 10 G 0.016 0.018 0.020 0.018 0.157 0.008 0.088 0.110 0.014 0.002 0.003 0.003 0.007 0.009 0.024 0.043 0.057 0.095 0.097 0.207 0.003 11 R 0.002 0.003 0.015 0.031 0.021 0.003 0.016 0.092 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.039 0.013 0.577 0.019 0.057 0.095 0.001 12 E 0.003 0.003 0.012 0.011 0.023 0.009 0.150 0.367 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.009 0.308 0.025 0.021 0.033 0.001 13 D 0.004 0.003 0.007 0.006 0.011 0.034 0.205 0.516 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.048 0.077 0.044 0.029 0.001 14 L 0.002 0.002 0.008 0.009 0.018 0.008 0.090 0.414 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.304 0.058 0.037 0.033 0.001 15 L 0.002 0.003 0.017 0.008 0.016 0.005 0.096 0.362 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.003 0.379 0.020 0.032 0.034 0.001 16 R 0.003 0.002 0.010 0.015 0.010 0.005 0.047 0.459 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.315 0.011 0.039 0.074 0.001 17 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.008 0.038 0.555 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.328 0.023 0.011 0.015 0.001 18 F 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.006 0.051 0.719 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.129 0.023 0.037 0.013 0.001 19 F 0.001 0.002 0.005 0.004 0.010 0.006 0.042 0.698 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.174 0.016 0.016 0.011 0.001 20 E 0.004 0.003 0.006 0.006 0.008 0.012 0.155 0.516 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.240 0.011 0.010 0.010 0.001 21 K 0.005 0.006 0.017 0.022 0.021 0.023 0.327 0.311 0.009 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.003 0.141 0.054 0.022 0.020 0.001 22 C 0.007 0.011 0.011 0.016 0.061 0.010 0.184 0.195 0.010 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.020 0.105 0.164 0.134 0.052 0.001 23 V 0.007 0.008 0.143 0.040 0.032 0.009 0.060 0.151 0.008 0.002 0.002 0.001 0.004 0.004 0.076 0.013 0.148 0.075 0.060 0.157 0.001 24 K 0.008 0.014 0.024 0.029 0.164 0.009 0.087 0.127 0.010 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.012 0.036 0.052 0.052 0.111 0.251 0.002 25 I 0.004 0.008 0.025 0.047 0.050 0.003 0.033 0.136 0.007 0.002 0.002 0.002 0.006 0.005 0.058 0.022 0.465 0.025 0.051 0.047 0.002 26 E 0.009 0.013 0.116 0.088 0.047 0.011 0.148 0.312 0.004 0.003 0.002 0.002 0.006 0.006 0.051 0.015 0.087 0.024 0.020 0.034 0.001 27 E 0.058 0.052 0.038 0.048 0.202 0.016 0.168 0.146 0.003 0.003 0.003 0.003 0.004 0.006 0.016 0.013 0.029 0.096 0.065 0.030 0.001 28 V 0.039 0.035 0.097 0.120 0.188 0.008 0.041 0.121 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 0.004 0.042 0.014 0.081 0.062 0.052 0.076 0.003 29 S 0.030 0.031 0.093 0.117 0.159 0.007 0.058 0.073 0.002 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.028 0.012 0.117 0.050 0.085 0.122 0.002 30 R 0.013 0.017 0.061 0.075 0.213 0.008 0.099 0.055 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.023 0.015 0.239 0.024 0.047 0.097 0.002 31 N 0.010 0.012 0.066 0.104 0.084 0.006 0.186 0.041 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.006 0.099 0.112 0.098 0.141 0.001 32 E 0.005 0.005 0.058 0.067 0.118 0.002 0.122 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.012 0.320 0.058 0.082 0.118 0.001 33 Q 0.007 0.009 0.080 0.074 0.057 0.003 0.429 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.008 0.092 0.055 0.034 0.118 0.001 34 G 0.035 0.044 0.059 0.031 0.267 0.002 0.190 0.005 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.004 0.019 0.024 0.044 0.160 0.040 0.049 0.004 35 V 0.070 0.077 0.240 0.121 0.168 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.007 0.007 0.019 0.010 0.081 0.036 0.019 0.021 0.039 0.041 0.017 36 T 0.060 0.116 0.073 0.060 0.324 0.001 0.009 0.006 0.002 0.001 0.021 0.022 0.051 0.046 0.079 0.063 0.010 0.010 0.017 0.012 0.020 37 L 0.138 0.121 0.084 0.082 0.109 0.001 0.007 0.006 0.003 0.001 0.028 0.032 0.078 0.090 0.142 0.027 0.005 0.003 0.009 0.009 0.027 38 S 0.122 0.151 0.033 0.072 0.173 0.002 0.009 0.009 0.003 0.001 0.029 0.032 0.086 0.113 0.066 0.043 0.006 0.009 0.010 0.010 0.021 39 I 0.114 0.101 0.059 0.090 0.178 0.002 0.010 0.008 0.003 0.001 0.021 0.024 0.038 0.061 0.122 0.081 0.021 0.017 0.027 0.012 0.009 40 T 0.072 0.090 0.119 0.088 0.093 0.005 0.036 0.015 0.003 0.001 0.013 0.016 0.031 0.040 0.196 0.033 0.033 0.016 0.026 0.068 0.005 41 N 0.084 0.065 0.034 0.049 0.257 0.004 0.045 0.021 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.010 0.038 0.050 0.034 0.093 0.086 0.104 0.004 42 V 0.028 0.041 0.066 0.085 0.110 0.003 0.023 0.033 0.002 0.001 0.004 0.004 0.009 0.008 0.094 0.029 0.309 0.026 0.049 0.073 0.003 43 T 0.038 0.055 0.083 0.073 0.102 0.007 0.123 0.143 0.002 0.001 0.004 0.004 0.009 0.007 0.064 0.019 0.154 0.015 0.032 0.064 0.003 44 D 0.095 0.099 0.031 0.051 0.133 0.010 0.112 0.240 0.002 0.001 0.005 0.005 0.009 0.009 0.030 0.011 0.063 0.040 0.029 0.020 0.003 45 L 0.078 0.100 0.055 0.083 0.091 0.007 0.038 0.364 0.003 0.002 0.007 0.005 0.018 0.013 0.031 0.014 0.050 0.013 0.012 0.010 0.005 46 V 0.122 0.189 0.033 0.070 0.103 0.005 0.034 0.292 0.005 0.003 0.007 0.006 0.019 0.012 0.028 0.012 0.024 0.010 0.014 0.005 0.007 47 L 0.154 0.191 0.054 0.102 0.071 0.006 0.029 0.184 0.018 0.003 0.015 0.011 0.040 0.027 0.031 0.016 0.019 0.007 0.007 0.006 0.009 48 K 0.154 0.197 0.037 0.080 0.152 0.007 0.044 0.123 0.013 0.004 0.009 0.009 0.032 0.026 0.034 0.015 0.021 0.014 0.009 0.010 0.010 49 L 0.167 0.186 0.035 0.079 0.137 0.005 0.033 0.084 0.014 0.005 0.011 0.008 0.024 0.023 0.037 0.024 0.030 0.039 0.033 0.020 0.007 50 K 0.093 0.083 0.086 0.104 0.141 0.011 0.042 0.087 0.008 0.007 0.006 0.005 0.015 0.014 0.078 0.027 0.071 0.041 0.039 0.039 0.003 51 K 0.051 0.058 0.058 0.077 0.164 0.014 0.101 0.048 0.008 0.007 0.005 0.005 0.011 0.010 0.054 0.018 0.102 0.074 0.061 0.070 0.003 52 T 0.027 0.020 0.051 0.057 0.124 0.010 0.080 0.033 0.003 0.003 0.002 0.002 0.004 0.003 0.032 0.018 0.091 0.079 0.162 0.196 0.002 53 A 0.005 0.007 0.041 0.062 0.064 0.004 0.059 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.012 0.387 0.067 0.084 0.151 0.001 54 H 0.009 0.011 0.038 0.024 0.104 0.006 0.256 0.023 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.021 0.012 0.215 0.068 0.070 0.129 0.001 55 D 0.009 0.009 0.063 0.072 0.043 0.003 0.115 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.010 0.135 0.059 0.158 0.264 0.001 56 T 0.010 0.015 0.024 0.026 0.189 0.002 0.108 0.033 0.002 0.001 0.003 0.004 0.009 0.006 0.017 0.031 0.395 0.040 0.026 0.057 0.003 57 L 0.078 0.118 0.177 0.095 0.062 0.004 0.165 0.066 0.002 0.001 0.008 0.007 0.020 0.012 0.063 0.013 0.046 0.022 0.021 0.015 0.006 58 L 0.172 0.246 0.035 0.049 0.267 0.002 0.020 0.042 0.002 0.001 0.014 0.014 0.034 0.019 0.015 0.022 0.009 0.009 0.009 0.005 0.013 59 V 0.280 0.301 0.068 0.090 0.071 0.001 0.005 0.023 0.002 0.001 0.012 0.014 0.036 0.026 0.037 0.006 0.004 0.003 0.003 0.003 0.014 60 Y 0.189 0.339 0.025 0.071 0.168 0.001 0.006 0.018 0.002 0.001 0.013 0.017 0.054 0.028 0.018 0.019 0.004 0.002 0.003 0.002 0.018 61 F 0.282 0.347 0.027 0.063 0.101 0.001 0.004 0.020 0.002 0.001 0.010 0.009 0.026 0.020 0.046 0.011 0.004 0.005 0.005 0.003 0.012 62 R 0.149 0.176 0.094 0.194 0.136 0.003 0.012 0.020 0.004 0.005 0.010 0.008 0.023 0.016 0.075 0.017 0.020 0.007 0.011 0.013 0.006 63 D 0.122 0.172 0.042 0.090 0.204 0.004 0.113 0.013 0.004 0.010 0.008 0.006 0.015 0.015 0.051 0.027 0.036 0.031 0.016 0.016 0.005 64 M 0.092 0.070 0.154 0.109 0.114 0.006 0.112 0.009 0.002 0.004 0.006 0.005 0.011 0.008 0.100 0.015 0.037 0.065 0.029 0.047 0.004 65 T 0.038 0.060 0.092 0.136 0.233 0.003 0.045 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.023 0.043 0.042 0.092 0.079 0.088 0.005 66 L 0.053 0.051 0.073 0.040 0.357 0.002 0.019 0.003 0.002 0.001 0.004 0.005 0.009 0.006 0.054 0.029 0.041 0.077 0.075 0.093 0.006 67 K 0.026 0.021 0.159 0.174 0.101 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.056 0.010 0.046 0.011 0.073 0.286 0.003 68 P 0.013 0.015 0.013 0.063 0.379 0.002 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.015 0.043 0.179 0.050 0.078 0.094 0.003 69 H 0.029 0.035 0.172 0.113 0.083 0.004 0.091 0.013 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.006 0.146 0.014 0.069 0.049 0.062 0.096 0.002 70 T 0.023 0.027 0.093 0.174 0.174 0.002 0.072 0.012 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.003 0.022 0.035 0.079 0.032 0.085 0.150 0.004 71 R 0.046 0.070 0.053 0.063 0.308 0.002 0.107 0.015 0.001 0.001 0.007 0.008 0.016 0.008 0.038 0.036 0.119 0.045 0.021 0.030 0.007 72 Y 0.084 0.111 0.220 0.213 0.069 0.003 0.060 0.023 0.001 0.001 0.007 0.008 0.020 0.009 0.072 0.013 0.015 0.018 0.018 0.027 0.011 73 T 0.144 0.215 0.018 0.033 0.420 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 0.011 0.010 0.024 0.013 0.013 0.033 0.007 0.010 0.008 0.006 0.009 74 V 0.259 0.260 0.114 0.138 0.048 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.008 0.007 0.025 0.018 0.079 0.008 0.003 0.003 0.003 0.003 0.010 75 R 0.206 0.304 0.020 0.066 0.215 0.001 0.006 0.013 0.002 0.001 0.014 0.014 0.040 0.027 0.022 0.022 0.005 0.003 0.004 0.003 0.013 76 I 0.301 0.286 0.052 0.080 0.067 0.002 0.007 0.013 0.001 0.001 0.011 0.013 0.031 0.032 0.062 0.011 0.006 0.005 0.004 0.004 0.010 77 G 0.154 0.245 0.038 0.055 0.225 0.004 0.012 0.030 0.003 0.001 0.014 0.012 0.048 0.035 0.042 0.026 0.009 0.016 0.012 0.009 0.010 78 F 0.200 0.161 0.048 0.092 0.167 0.003 0.011 0.033 0.004 0.004 0.006 0.007 0.016 0.019 0.079 0.026 0.043 0.019 0.037 0.019 0.006 79 K 0.047 0.044 0.143 0.163 0.120 0.006 0.056 0.011 0.010 0.016 0.007 0.005 0.013 0.017 0.154 0.014 0.087 0.020 0.024 0.041 0.001 80 Q 0.017 0.021 0.020 0.027 0.084 0.007 0.484 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.004 0.023 0.014 0.097 0.045 0.040 0.096 0.002 81 G 0.008 0.009 0.051 0.040 0.076 0.004 0.071 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.030 0.030 0.081 0.362 0.104 0.111 0.003 82 I 0.011 0.011 0.077 0.046 0.145 0.003 0.017 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.027 0.039 0.116 0.042 0.182 0.265 0.002 83 K 0.008 0.009 0.063 0.070 0.145 0.003 0.037 0.006 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.006 0.056 0.024 0.166 0.031 0.119 0.237 0.002 84 G 0.013 0.012 0.042 0.054 0.119 0.006 0.148 0.007 0.002 0.001 0.005 0.005 0.008 0.009 0.045 0.026 0.136 0.085 0.104 0.171 0.003 85 G 0.012 0.013 0.092 0.060 0.099 0.004 0.081 0.011 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.006 0.052 0.026 0.153 0.081 0.104 0.182 0.004 86 D 0.021 0.031 0.091 0.044 0.211 0.003 0.070 0.013 0.002 0.001 0.007 0.006 0.010 0.009 0.045 0.052 0.070 0.076 0.112 0.124 0.004 87 V 0.024 0.023 0.129 0.083 0.140 0.003 0.055 0.014 0.002 0.001 0.007 0.010 0.018 0.012 0.110 0.029 0.149 0.018 0.055 0.113 0.006 88 N 0.040 0.065 0.101 0.149 0.191 0.004 0.104 0.011 0.002 0.001 0.011 0.013 0.025 0.016 0.051 0.040 0.041 0.033 0.037 0.054 0.011 89 F 0.115 0.117 0.079 0.070 0.260 0.003 0.033 0.013 0.001 0.001 0.011 0.015 0.019 0.016 0.056 0.051 0.034 0.026 0.036 0.032 0.014 90 E 0.121 0.160 0.151 0.148 0.128 0.002 0.014 0.012 0.001 0.001 0.011 0.015 0.031 0.022 0.093 0.017 0.011 0.011 0.015 0.021 0.016 91 V 0.176 0.210 0.030 0.053 0.254 0.001 0.012 0.008 0.001 0.001 0.017 0.017 0.029 0.036 0.026 0.057 0.009 0.012 0.023 0.011 0.018 92 T 0.120 0.166 0.101 0.116 0.089 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.014 0.017 0.040 0.040 0.201 0.018 0.008 0.004 0.010 0.011 0.028 93 N 0.188 0.282 0.034 0.066 0.135 0.001 0.012 0.005 0.002 0.001 0.024 0.018 0.039 0.054 0.034 0.057 0.008 0.004 0.006 0.006 0.027 94 F 0.263 0.184 0.042 0.044 0.114 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.015 0.021 0.041 0.070 0.113 0.032 0.005 0.005 0.004 0.003 0.028 95 I 0.140 0.286 0.077 0.127 0.060 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.021 0.015 0.043 0.072 0.054 0.049 0.003 0.006 0.008 0.003 0.023 96 V 0.198 0.183 0.026 0.019 0.248 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.013 0.027 0.051 0.057 0.047 0.043 0.005 0.015 0.017 0.011 0.030 97 A 0.177 0.141 0.126 0.090 0.072 0.001 0.004 0.002 0.007 0.001 0.025 0.020 0.064 0.080 0.075 0.012 0.011 0.008 0.024 0.053 0.007 98 P 0.036 0.026 0.015 0.045 0.479 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.007 0.026 0.053 0.166 0.013 0.036 0.063 0.004 99 D 0.020 0.038 0.139 0.097 0.058 0.003 0.125 0.003 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.003 0.226 0.009 0.083 0.043 0.048 0.090 0.001 100 K 0.006 0.005 0.036 0.076 0.073 0.002 0.147 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.029 0.294 0.033 0.078 0.202 0.001 101 G 0.017 0.027 0.071 0.037 0.170 0.002 0.303 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.023 0.011 0.070 0.148 0.029 0.073 0.002 102 L 0.053 0.052 0.142 0.146 0.174 0.002 0.063 0.008 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.002 0.024 0.023 0.059 0.037 0.083 0.106 0.009 103 K 0.110 0.156 0.078 0.085 0.354 0.002 0.023 0.009 0.001 0.001 0.009 0.009 0.024 0.006 0.043 0.013 0.025 0.011 0.012 0.019 0.011 104 Y 0.223 0.236 0.098 0.135 0.098 0.002 0.021 0.006 0.001 0.001 0.018 0.015 0.039 0.018 0.038 0.012 0.005 0.006 0.008 0.005 0.015 105 T 0.179 0.241 0.041 0.077 0.226 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.020 0.020 0.051 0.028 0.032 0.028 0.003 0.006 0.007 0.003 0.022 106 I 0.179 0.256 0.127 0.089 0.085 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.020 0.020 0.051 0.034 0.070 0.018 0.002 0.004 0.005 0.006 0.024 107 S 0.191 0.210 0.032 0.040 0.268 0.001 0.005 0.004 0.002 0.001 0.017 0.023 0.059 0.042 0.031 0.033 0.004 0.005 0.008 0.008 0.017 108 L 0.146 0.148 0.082 0.144 0.141 0.001 0.006 0.005 0.002 0.001 0.012 0.013 0.032 0.035 0.143 0.025 0.016 0.008 0.014 0.017 0.008