# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.031 0.034 0.100 0.203 0.003 0.039 0.006 0.002 0.003 0.001 0.078 0.118 0.362 0.002 0.004 0.013 2 A 0.010 0.053 0.214 0.203 0.002 0.031 0.004 0.003 0.002 0.001 0.017 0.070 0.373 0.001 0.002 0.016 3 Y 0.006 0.022 0.074 0.297 0.009 0.110 0.012 0.002 0.002 0.001 0.018 0.018 0.414 0.003 0.001 0.014 4 F 0.007 0.033 0.058 0.164 0.005 0.108 0.007 0.008 0.001 0.001 0.072 0.040 0.485 0.003 0.005 0.004 5 H 0.004 0.131 0.029 0.261 0.001 0.022 0.002 0.004 0.007 0.002 0.024 0.092 0.405 0.001 0.003 0.013 6 E 0.016 0.018 0.065 0.394 0.001 0.012 0.005 0.001 0.002 0.001 0.010 0.024 0.430 0.002 0.001 0.017 7 L 0.009 0.011 0.281 0.205 0.005 0.029 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 0.421 0.002 0.003 0.011 8 L 0.003 0.010 0.046 0.185 0.274 0.053 0.064 0.003 0.001 0.001 0.011 0.009 0.163 0.169 0.001 0.006 9 I 0.007 0.082 0.040 0.357 0.008 0.034 0.007 0.178 0.002 0.002 0.016 0.012 0.112 0.003 0.131 0.010 10 G 0.002 0.025 0.012 0.051 0.009 0.381 0.005 0.006 0.050 0.126 0.019 0.036 0.128 0.004 0.003 0.143 11 R 0.082 0.017 0.007 0.008 0.006 0.066 0.002 0.004 0.001 0.001 0.592 0.053 0.147 0.004 0.004 0.004 12 E 0.002 0.038 0.008 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.140 0.622 0.158 0.003 0.005 0.002 13 D 0.003 0.025 0.013 0.008 0.001 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.027 0.182 0.693 0.004 0.007 0.016 14 L 0.004 0.008 0.038 0.014 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.835 0.002 0.007 0.041 15 L 0.007 0.034 0.210 0.033 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.599 0.002 0.005 0.061 16 R 0.006 0.003 0.071 0.031 0.003 0.115 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.722 0.003 0.001 0.007 17 P 0.003 0.017 0.035 0.017 0.004 0.035 0.004 0.004 0.001 0.001 0.293 0.016 0.558 0.007 0.003 0.006 18 F 0.002 0.074 0.006 0.043 0.001 0.016 0.002 0.003 0.004 0.001 0.039 0.290 0.490 0.003 0.010 0.015 19 F 0.004 0.004 0.020 0.007 0.002 0.011 0.017 0.001 0.001 0.001 0.011 0.023 0.861 0.014 0.003 0.021 20 E 0.013 0.045 0.092 0.023 0.001 0.006 0.006 0.007 0.001 0.001 0.015 0.022 0.711 0.005 0.036 0.017 21 K 0.010 0.043 0.111 0.143 0.001 0.025 0.011 0.001 0.008 0.002 0.006 0.012 0.330 0.002 0.005 0.291 22 C 0.071 0.022 0.581 0.103 0.002 0.028 0.024 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.112 0.006 0.004 0.038 23 V 0.013 0.049 0.471 0.403 0.001 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.025 0.001 0.005 0.007 24 K 0.005 0.024 0.086 0.335 0.006 0.481 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.033 0.001 0.001 0.012 25 I 0.008 0.017 0.023 0.067 0.023 0.352 0.004 0.004 0.001 0.001 0.433 0.005 0.056 0.004 0.002 0.002 26 E 0.002 0.516 0.011 0.097 0.001 0.013 0.001 0.017 0.003 0.001 0.054 0.256 0.020 0.001 0.008 0.003 27 E 0.018 0.058 0.079 0.428 0.003 0.043 0.013 0.001 0.024 0.004 0.010 0.051 0.137 0.002 0.002 0.127 28 V 0.033 0.011 0.669 0.100 0.005 0.023 0.011 0.003 0.001 0.001 0.011 0.006 0.113 0.002 0.003 0.007 29 S 0.004 0.089 0.069 0.164 0.013 0.478 0.012 0.014 0.003 0.002 0.012 0.022 0.098 0.006 0.004 0.009 30 R 0.012 0.106 0.032 0.190 0.017 0.096 0.008 0.021 0.006 0.003 0.341 0.020 0.105 0.006 0.012 0.024 31 N 0.021 0.117 0.045 0.079 0.021 0.127 0.015 0.013 0.025 0.006 0.045 0.322 0.109 0.012 0.011 0.033 32 E 0.032 0.035 0.089 0.041 0.062 0.032 0.172 0.013 0.004 0.003 0.134 0.028 0.109 0.199 0.028 0.018 33 Q 0.022 0.151 0.091 0.065 0.001 0.026 0.004 0.197 0.010 0.002 0.015 0.053 0.044 0.003 0.296 0.019 34 G 0.025 0.059 0.127 0.149 0.001 0.005 0.010 0.001 0.122 0.010 0.003 0.003 0.012 0.001 0.002 0.469 35 V 0.365 0.006 0.332 0.270 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 36 T 0.003 0.094 0.459 0.398 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 37 L 0.002 0.005 0.007 0.977 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 S 0.001 0.017 0.056 0.825 0.019 0.070 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 39 I 0.002 0.009 0.009 0.427 0.395 0.102 0.006 0.009 0.001 0.001 0.028 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 40 T 0.001 0.156 0.011 0.331 0.021 0.064 0.002 0.342 0.007 0.003 0.018 0.029 0.005 0.001 0.008 0.001 41 N 0.007 0.050 0.011 0.151 0.009 0.342 0.005 0.015 0.159 0.075 0.054 0.029 0.028 0.001 0.002 0.062 42 V 0.111 0.035 0.059 0.038 0.019 0.089 0.012 0.005 0.007 0.009 0.469 0.069 0.065 0.003 0.001 0.008 43 T 0.009 0.134 0.038 0.041 0.001 0.119 0.002 0.025 0.003 0.002 0.068 0.458 0.083 0.001 0.012 0.002 44 D 0.006 0.106 0.053 0.093 0.001 0.050 0.004 0.002 0.015 0.004 0.117 0.114 0.374 0.001 0.004 0.055 45 L 0.040 0.021 0.079 0.105 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.035 0.139 0.540 0.001 0.001 0.015 46 V 0.006 0.019 0.202 0.110 0.003 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 0.015 0.044 0.552 0.004 0.002 0.006 47 L 0.003 0.015 0.065 0.247 0.003 0.021 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 0.022 0.596 0.001 0.003 0.005 48 K 0.002 0.030 0.036 0.340 0.003 0.025 0.006 0.001 0.002 0.001 0.004 0.009 0.496 0.002 0.001 0.043 49 L 0.016 0.012 0.074 0.177 0.012 0.100 0.025 0.005 0.001 0.001 0.024 0.011 0.517 0.013 0.004 0.008 50 K 0.007 0.169 0.095 0.179 0.007 0.069 0.011 0.017 0.006 0.002 0.028 0.030 0.330 0.007 0.018 0.028 51 K 0.025 0.058 0.059 0.296 0.010 0.050 0.013 0.009 0.012 0.008 0.058 0.060 0.253 0.012 0.010 0.066 52 T 0.044 0.030 0.147 0.067 0.020 0.193 0.027 0.010 0.004 0.002 0.034 0.069 0.280 0.028 0.016 0.028 53 A 0.016 0.082 0.085 0.080 0.012 0.068 0.018 0.025 0.004 0.003 0.218 0.038 0.263 0.014 0.043 0.031 54 H 0.020 0.139 0.049 0.100 0.004 0.093 0.008 0.016 0.015 0.008 0.035 0.227 0.211 0.006 0.017 0.051 55 D 0.042 0.038 0.095 0.051 0.002 0.163 0.015 0.004 0.009 0.003 0.066 0.038 0.412 0.003 0.008 0.050 56 T 0.030 0.093 0.164 0.066 0.001 0.063 0.007 0.004 0.002 0.001 0.227 0.103 0.217 0.002 0.006 0.014 57 L 0.018 0.155 0.118 0.222 0.001 0.045 0.003 0.002 0.003 0.001 0.030 0.190 0.193 0.001 0.005 0.014 58 L 0.008 0.020 0.305 0.307 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.024 0.290 0.001 0.001 0.013 59 V 0.004 0.017 0.175 0.560 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.218 0.001 0.001 0.005 60 Y 0.002 0.011 0.067 0.460 0.013 0.158 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.269 0.001 0.001 0.003 61 F 0.003 0.042 0.028 0.391 0.088 0.089 0.014 0.009 0.002 0.001 0.066 0.019 0.229 0.013 0.002 0.003 62 R 0.004 0.075 0.014 0.358 0.017 0.082 0.008 0.048 0.004 0.004 0.029 0.054 0.277 0.007 0.012 0.005 63 D 0.015 0.115 0.059 0.182 0.012 0.036 0.019 0.017 0.048 0.011 0.034 0.033 0.267 0.019 0.019 0.115 64 M 0.112 0.028 0.172 0.236 0.003 0.029 0.013 0.009 0.011 0.007 0.029 0.031 0.230 0.005 0.033 0.052 65 T 0.034 0.064 0.276 0.213 0.025 0.108 0.027 0.006 0.005 0.005 0.013 0.029 0.116 0.035 0.008 0.036 66 L 0.037 0.099 0.136 0.525 0.018 0.017 0.009 0.017 0.006 0.002 0.029 0.008 0.050 0.002 0.022 0.024 67 K 0.012 0.020 0.144 0.312 0.174 0.127 0.088 0.006 0.006 0.013 0.006 0.018 0.032 0.024 0.001 0.016 68 P 0.051 0.082 0.100 0.207 0.023 0.119 0.012 0.231 0.004 0.002 0.084 0.006 0.035 0.002 0.034 0.007 69 H 0.008 0.153 0.031 0.279 0.014 0.074 0.007 0.012 0.200 0.044 0.053 0.066 0.017 0.002 0.003 0.036 70 T 0.293 0.074 0.065 0.310 0.005 0.076 0.007 0.013 0.008 0.004 0.039 0.065 0.027 0.002 0.005 0.007 71 R 0.018 0.185 0.368 0.290 0.004 0.036 0.005 0.007 0.012 0.002 0.018 0.019 0.016 0.001 0.005 0.013 72 Y 0.027 0.045 0.115 0.759 0.001 0.019 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.007 0.009 0.001 0.001 0.006 73 T 0.014 0.021 0.281 0.650 0.002 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 74 V 0.004 0.005 0.058 0.910 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 75 R 0.001 0.012 0.022 0.741 0.162 0.049 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 76 I 0.002 0.022 0.007 0.801 0.021 0.036 0.001 0.084 0.001 0.001 0.013 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 77 G 0.002 0.060 0.014 0.480 0.069 0.175 0.007 0.016 0.059 0.056 0.016 0.020 0.012 0.002 0.001 0.011 78 F 0.092 0.046 0.013 0.221 0.099 0.107 0.009 0.063 0.015 0.014 0.228 0.032 0.048 0.003 0.006 0.003 79 K 0.004 0.104 0.043 0.113 0.228 0.046 0.057 0.045 0.025 0.031 0.042 0.120 0.029 0.101 0.006 0.007 80 Q 0.029 0.035 0.039 0.138 0.005 0.019 0.007 0.248 0.022 0.010 0.030 0.019 0.047 0.002 0.339 0.010 81 G 0.023 0.021 0.112 0.089 0.017 0.012 0.021 0.003 0.157 0.090 0.011 0.013 0.040 0.004 0.003 0.382 82 I 0.373 0.010 0.072 0.074 0.245 0.026 0.096 0.013 0.002 0.003 0.019 0.008 0.027 0.023 0.004 0.003 83 K 0.004 0.049 0.083 0.062 0.246 0.072 0.097 0.282 0.005 0.009 0.020 0.011 0.011 0.031 0.016 0.003 84 G 0.011 0.039 0.018 0.111 0.043 0.033 0.011 0.278 0.181 0.092 0.058 0.014 0.012 0.003 0.076 0.019 85 G 0.129 0.024 0.035 0.130 0.007 0.023 0.005 0.024 0.223 0.172 0.040 0.079 0.026 0.001 0.006 0.076 86 D 0.411 0.081 0.165 0.112 0.015 0.052 0.025 0.006 0.026 0.008 0.022 0.023 0.023 0.004 0.003 0.026 87 V 0.044 0.086 0.351 0.291 0.006 0.085 0.009 0.022 0.005 0.004 0.041 0.020 0.021 0.001 0.008 0.006 88 N 0.014 0.207 0.217 0.421 0.004 0.047 0.005 0.004 0.016 0.005 0.006 0.021 0.010 0.001 0.001 0.021 89 F 0.051 0.009 0.110 0.760 0.004 0.014 0.002 0.003 0.003 0.001 0.020 0.007 0.011 0.001 0.001 0.003 90 E 0.007 0.042 0.228 0.651 0.018 0.025 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 0.006 0.001 0.001 0.004 91 V 0.006 0.010 0.021 0.406 0.184 0.309 0.013 0.011 0.001 0.001 0.018 0.003 0.009 0.007 0.001 0.001 92 T 0.002 0.426 0.015 0.283 0.008 0.060 0.002 0.139 0.007 0.002 0.024 0.014 0.007 0.001 0.009 0.001 93 N 0.015 0.101 0.014 0.600 0.001 0.019 0.002 0.005 0.134 0.025 0.014 0.019 0.012 0.001 0.002 0.036 94 F 0.134 0.009 0.496 0.318 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.007 0.010 0.001 0.001 0.007 95 I 0.009 0.007 0.334 0.535 0.032 0.058 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 96 V 0.001 0.085 0.027 0.841 0.009 0.017 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 97 A 0.002 0.020 0.010 0.584 0.063 0.278 0.008 0.004 0.004 0.006 0.004 0.003 0.009 0.001 0.001 0.003 98 P 0.022 0.137 0.039 0.163 0.050 0.190 0.006 0.105 0.004 0.004 0.232 0.014 0.026 0.001 0.004 0.003 99 D 0.003 0.056 0.007 0.049 0.218 0.169 0.037 0.018 0.022 0.028 0.155 0.157 0.013 0.064 0.002 0.003 100 K 0.020 0.100 0.020 0.036 0.003 0.016 0.003 0.245 0.008 0.003 0.183 0.099 0.033 0.002 0.224 0.006 101 G 0.011 0.058 0.085 0.048 0.005 0.009 0.021 0.001 0.185 0.042 0.012 0.062 0.031 0.007 0.006 0.416 102 L 0.620 0.008 0.183 0.065 0.001 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.010 0.008 0.053 0.001 0.009 0.005 103 K 0.006 0.386 0.375 0.175 0.001 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.019 104 Y 0.021 0.005 0.035 0.918 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 105 T 0.003 0.013 0.382 0.584 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 106 I 0.001 0.002 0.012 0.957 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 S 0.001 0.031 0.014 0.515 0.164 0.243 0.004 0.009 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 108 L 0.005 0.052 0.005 0.357 0.095 0.091 0.009 0.130 0.006 0.004 0.223 0.004 0.009 0.001 0.006 0.001