# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.040 0.028 0.003 0.053 0.048 0.102 0.062 0.002 0.001 0.005 0.656 2 A 0.076 0.030 0.003 0.071 0.123 0.190 0.047 0.001 0.001 0.004 0.454 3 Y 0.047 0.055 0.006 0.095 0.111 0.219 0.071 0.001 0.001 0.006 0.388 4 F 0.034 0.072 0.008 0.096 0.132 0.256 0.050 0.002 0.001 0.004 0.346 5 H 0.022 0.097 0.003 0.104 0.135 0.293 0.070 0.002 0.001 0.003 0.270 6 E 0.043 0.152 0.004 0.077 0.075 0.140 0.123 0.004 0.001 0.006 0.376 7 L 0.161 0.194 0.002 0.098 0.100 0.151 0.038 0.003 0.001 0.003 0.251 8 L 0.109 0.299 0.008 0.103 0.074 0.151 0.035 0.006 0.001 0.007 0.208 9 I 0.050 0.327 0.037 0.108 0.097 0.120 0.038 0.004 0.001 0.003 0.216 10 G 0.047 0.176 0.013 0.084 0.059 0.131 0.090 0.011 0.001 0.005 0.383 11 R 0.049 0.097 0.036 0.038 0.016 0.047 0.080 0.006 0.001 0.005 0.625 12 E 0.021 0.123 0.003 0.014 0.011 0.027 0.150 0.003 0.001 0.002 0.646 13 D 0.071 0.152 0.002 0.008 0.010 0.016 0.240 0.006 0.001 0.009 0.486 14 L 0.182 0.512 0.002 0.004 0.002 0.003 0.049 0.007 0.001 0.003 0.236 15 L 0.241 0.476 0.031 0.007 0.003 0.007 0.092 0.019 0.001 0.003 0.120 16 R 0.194 0.496 0.025 0.010 0.006 0.013 0.051 0.010 0.001 0.002 0.193 17 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 18 F 0.052 0.321 0.006 0.007 0.011 0.025 0.106 0.009 0.001 0.003 0.459 19 F 0.267 0.526 0.003 0.007 0.007 0.010 0.015 0.007 0.001 0.002 0.156 20 E 0.058 0.783 0.003 0.005 0.013 0.015 0.019 0.004 0.001 0.001 0.100 21 K 0.090 0.640 0.010 0.009 0.012 0.023 0.047 0.012 0.001 0.003 0.153 22 C 0.354 0.412 0.003 0.009 0.011 0.016 0.010 0.012 0.001 0.002 0.171 23 V 0.135 0.318 0.078 0.057 0.079 0.066 0.019 0.014 0.001 0.005 0.228 24 K 0.031 0.087 0.050 0.060 0.057 0.112 0.049 0.008 0.001 0.003 0.541 25 I 0.045 0.074 0.027 0.102 0.101 0.220 0.038 0.002 0.001 0.003 0.388 26 E 0.015 0.087 0.004 0.065 0.138 0.140 0.104 0.003 0.001 0.004 0.439 27 E 0.049 0.062 0.003 0.026 0.040 0.069 0.128 0.006 0.001 0.005 0.612 28 V 0.229 0.093 0.001 0.055 0.070 0.141 0.027 0.001 0.001 0.001 0.382 29 S 0.055 0.154 0.003 0.028 0.154 0.153 0.148 0.011 0.001 0.013 0.281 30 R 0.104 0.125 0.029 0.031 0.064 0.090 0.074 0.006 0.001 0.008 0.470 31 N 0.065 0.110 0.005 0.027 0.116 0.143 0.186 0.014 0.001 0.010 0.325 32 E 0.257 0.025 0.014 0.011 0.015 0.019 0.063 0.003 0.001 0.027 0.567 33 Q 0.035 0.033 0.006 0.014 0.017 0.019 0.356 0.005 0.001 0.006 0.508 34 G 0.308 0.009 0.012 0.026 0.027 0.053 0.108 0.008 0.001 0.050 0.401 35 V 0.195 0.023 0.033 0.093 0.137 0.183 0.088 0.002 0.001 0.012 0.234 36 T 0.007 0.005 0.009 0.071 0.211 0.259 0.061 0.001 0.001 0.004 0.371 37 L 0.008 0.003 0.004 0.086 0.358 0.404 0.024 0.001 0.001 0.002 0.111 38 S 0.005 0.006 0.001 0.164 0.219 0.344 0.060 0.001 0.001 0.001 0.199 39 I 0.032 0.005 0.001 0.083 0.170 0.302 0.043 0.001 0.001 0.001 0.365 40 T 0.012 0.016 0.001 0.184 0.150 0.325 0.073 0.001 0.001 0.005 0.234 41 N 0.020 0.018 0.002 0.033 0.092 0.147 0.228 0.002 0.001 0.009 0.450 42 V 0.043 0.050 0.005 0.061 0.032 0.125 0.149 0.001 0.001 0.007 0.527 43 T 0.014 0.046 0.002 0.019 0.056 0.116 0.301 0.001 0.001 0.006 0.438 44 D 0.047 0.076 0.004 0.013 0.024 0.031 0.187 0.001 0.001 0.010 0.606 45 L 0.057 0.503 0.004 0.020 0.065 0.060 0.068 0.001 0.001 0.002 0.221 46 V 0.018 0.745 0.004 0.011 0.045 0.051 0.021 0.001 0.001 0.002 0.101 47 L 0.015 0.817 0.002 0.012 0.050 0.043 0.007 0.001 0.001 0.001 0.053 48 K 0.016 0.830 0.002 0.007 0.025 0.034 0.009 0.003 0.001 0.001 0.073 49 L 0.060 0.768 0.003 0.009 0.033 0.039 0.008 0.007 0.001 0.001 0.073 50 K 0.052 0.716 0.005 0.008 0.022 0.039 0.011 0.016 0.001 0.002 0.128 51 K 0.101 0.504 0.026 0.011 0.026 0.042 0.029 0.024 0.001 0.003 0.234 52 T 0.149 0.442 0.011 0.010 0.026 0.033 0.042 0.027 0.001 0.005 0.254 53 A 0.204 0.231 0.050 0.016 0.018 0.033 0.050 0.022 0.001 0.006 0.371 54 H 0.085 0.154 0.029 0.018 0.016 0.043 0.186 0.018 0.001 0.005 0.444 55 D 0.126 0.068 0.015 0.022 0.023 0.043 0.086 0.009 0.001 0.009 0.599 56 T 0.090 0.075 0.008 0.017 0.015 0.020 0.058 0.004 0.001 0.008 0.705 57 L 0.097 0.069 0.034 0.052 0.045 0.066 0.257 0.005 0.001 0.009 0.366 58 L 0.063 0.113 0.013 0.107 0.113 0.202 0.111 0.002 0.001 0.008 0.267 59 V 0.018 0.115 0.005 0.083 0.315 0.321 0.026 0.001 0.001 0.002 0.116 60 Y 0.027 0.128 0.002 0.064 0.190 0.305 0.035 0.002 0.001 0.002 0.245 61 F 0.045 0.108 0.001 0.059 0.243 0.357 0.015 0.001 0.001 0.001 0.170 62 R 0.015 0.130 0.002 0.032 0.218 0.341 0.029 0.004 0.001 0.003 0.226 63 D 0.049 0.089 0.005 0.030 0.101 0.223 0.079 0.008 0.001 0.005 0.412 64 M 0.182 0.093 0.006 0.038 0.117 0.187 0.070 0.009 0.001 0.006 0.293 65 T 0.164 0.046 0.009 0.027 0.110 0.212 0.070 0.014 0.001 0.011 0.338 66 L 0.069 0.039 0.045 0.029 0.074 0.126 0.045 0.005 0.001 0.005 0.563 67 K 0.034 0.021 0.010 0.045 0.097 0.169 0.130 0.002 0.001 0.003 0.490 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 69 H 0.019 0.009 0.001 0.032 0.062 0.189 0.105 0.001 0.001 0.006 0.577 70 T 0.310 0.011 0.004 0.035 0.035 0.055 0.069 0.001 0.001 0.010 0.469 71 R 0.168 0.023 0.005 0.041 0.077 0.077 0.093 0.001 0.001 0.008 0.505 72 Y 0.070 0.015 0.009 0.093 0.150 0.208 0.150 0.001 0.001 0.009 0.295 73 T 0.040 0.015 0.002 0.091 0.175 0.271 0.080 0.001 0.001 0.007 0.317 74 V 0.015 0.012 0.003 0.155 0.346 0.358 0.018 0.001 0.001 0.002 0.092 75 R 0.009 0.014 0.001 0.162 0.187 0.333 0.034 0.001 0.001 0.002 0.257 76 I 0.015 0.009 0.001 0.147 0.322 0.375 0.018 0.001 0.001 0.001 0.112 77 G 0.006 0.013 0.001 0.137 0.203 0.403 0.043 0.001 0.001 0.005 0.189 78 F 0.023 0.011 0.003 0.096 0.206 0.373 0.034 0.001 0.001 0.003 0.251 79 K 0.015 0.028 0.001 0.093 0.097 0.205 0.102 0.001 0.001 0.006 0.450 80 Q 0.040 0.015 0.003 0.034 0.051 0.084 0.138 0.003 0.001 0.011 0.621 81 G 0.258 0.026 0.003 0.043 0.037 0.074 0.095 0.007 0.001 0.017 0.440 82 I 0.272 0.037 0.059 0.067 0.065 0.097 0.099 0.004 0.001 0.016 0.282 83 K 0.016 0.019 0.005 0.048 0.062 0.071 0.086 0.002 0.001 0.005 0.685 84 G 0.033 0.011 0.009 0.041 0.052 0.105 0.057 0.002 0.001 0.015 0.675 85 G 0.134 0.014 0.011 0.054 0.042 0.044 0.172 0.002 0.001 0.010 0.518 86 D 0.044 0.006 0.003 0.029 0.027 0.034 0.193 0.001 0.001 0.012 0.651 87 V 0.057 0.011 0.009 0.084 0.066 0.110 0.083 0.001 0.001 0.009 0.570 88 N 0.024 0.014 0.002 0.066 0.081 0.154 0.225 0.001 0.001 0.008 0.424 89 F 0.093 0.015 0.007 0.089 0.120 0.151 0.088 0.001 0.001 0.008 0.427 90 E 0.024 0.026 0.001 0.096 0.149 0.230 0.111 0.001 0.001 0.004 0.359 91 V 0.035 0.023 0.004 0.088 0.140 0.216 0.063 0.001 0.001 0.004 0.425 92 T 0.025 0.041 0.001 0.129 0.262 0.324 0.041 0.001 0.001 0.004 0.171 93 N 0.034 0.040 0.006 0.137 0.242 0.272 0.043 0.001 0.001 0.005 0.219 94 F 0.047 0.051 0.003 0.165 0.136 0.215 0.070 0.003 0.001 0.003 0.306 95 I 0.033 0.012 0.003 0.223 0.243 0.386 0.019 0.001 0.001 0.004 0.077 96 V 0.017 0.026 0.009 0.120 0.106 0.184 0.038 0.005 0.001 0.006 0.490 97 A 0.014 0.006 0.002 0.125 0.220 0.454 0.033 0.001 0.001 0.001 0.144 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 99 D 0.005 0.002 0.001 0.024 0.063 0.159 0.093 0.001 0.001 0.007 0.647 100 K 0.235 0.002 0.002 0.015 0.007 0.013 0.051 0.001 0.001 0.011 0.664 101 G 0.292 0.006 0.002 0.015 0.015 0.024 0.220 0.001 0.001 0.014 0.411 102 L 0.411 0.008 0.031 0.037 0.042 0.054 0.139 0.001 0.001 0.022 0.256 103 K 0.024 0.011 0.002 0.065 0.169 0.156 0.089 0.001 0.001 0.006 0.477 104 Y 0.020 0.007 0.010 0.100 0.221 0.312 0.053 0.001 0.001 0.004 0.272 105 T 0.019 0.008 0.001 0.160 0.189 0.358 0.053 0.001 0.001 0.002 0.211 106 I 0.011 0.007 0.001 0.134 0.357 0.363 0.022 0.001 0.001 0.003 0.101 107 S 0.007 0.013 0.001 0.146 0.203 0.360 0.040 0.001 0.001 0.002 0.226 108 L 0.016 0.008 0.001 0.127 0.198 0.436 0.031 0.001 0.001 0.002 0.180