# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.289 0.382 0.138 0.037 0.098 0.027 0.008 0.002 0.018 0.001 0.001 2 A 0.270 0.482 0.152 0.022 0.034 0.027 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 3 Y 0.371 0.379 0.095 0.043 0.070 0.021 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 4 F 0.460 0.215 0.129 0.046 0.087 0.028 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 5 H 0.760 0.084 0.071 0.040 0.023 0.009 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 6 E 0.728 0.114 0.054 0.038 0.038 0.009 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 7 L 0.519 0.298 0.097 0.038 0.017 0.018 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 8 L 0.382 0.333 0.138 0.039 0.032 0.038 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 9 I 0.343 0.279 0.175 0.091 0.050 0.015 0.005 0.001 0.040 0.001 0.001 10 G 0.072 0.023 0.230 0.042 0.149 0.056 0.061 0.054 0.026 0.286 0.001 11 R 0.798 0.012 0.138 0.027 0.007 0.008 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 12 E 0.967 0.001 0.013 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.940 0.003 0.006 0.042 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.874 0.018 0.018 0.077 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 15 L 0.867 0.030 0.026 0.064 0.004 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 16 R 0.775 0.037 0.061 0.015 0.020 0.007 0.008 0.001 0.075 0.002 0.001 17 P 0.981 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.741 0.008 0.015 0.217 0.004 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 19 F 0.764 0.033 0.099 0.065 0.007 0.011 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 20 E 0.886 0.026 0.039 0.037 0.002 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 21 K 0.722 0.044 0.061 0.131 0.011 0.015 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 22 C 0.385 0.152 0.120 0.237 0.034 0.024 0.016 0.001 0.029 0.001 0.001 23 V 0.172 0.557 0.174 0.029 0.024 0.017 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 24 K 0.073 0.222 0.485 0.024 0.022 0.150 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 25 I 0.428 0.255 0.181 0.060 0.031 0.016 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 26 E 0.441 0.242 0.153 0.042 0.078 0.014 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 27 E 0.230 0.216 0.332 0.073 0.041 0.070 0.014 0.001 0.020 0.001 0.002 28 V 0.175 0.521 0.201 0.034 0.025 0.019 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 29 S 0.147 0.339 0.301 0.056 0.060 0.054 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 30 R 0.246 0.262 0.223 0.127 0.058 0.031 0.018 0.003 0.028 0.003 0.002 31 N 0.165 0.162 0.271 0.112 0.108 0.046 0.046 0.014 0.044 0.030 0.001 32 E 0.415 0.115 0.250 0.114 0.029 0.025 0.017 0.002 0.021 0.006 0.007 33 Q 0.185 0.086 0.200 0.388 0.023 0.016 0.083 0.005 0.011 0.003 0.002 34 G 0.024 0.063 0.087 0.041 0.152 0.015 0.134 0.391 0.011 0.080 0.001 35 V 0.022 0.569 0.332 0.017 0.031 0.016 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 36 T 0.015 0.588 0.297 0.010 0.022 0.057 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 37 L 0.013 0.762 0.100 0.007 0.085 0.013 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 38 S 0.018 0.631 0.186 0.008 0.073 0.064 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 39 I 0.070 0.576 0.194 0.026 0.042 0.066 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 40 T 0.150 0.442 0.133 0.088 0.109 0.027 0.010 0.002 0.036 0.003 0.001 41 N 0.065 0.152 0.172 0.086 0.198 0.089 0.121 0.013 0.077 0.027 0.001 42 V 0.514 0.115 0.149 0.144 0.022 0.025 0.012 0.002 0.010 0.003 0.004 43 T 0.511 0.077 0.095 0.226 0.025 0.022 0.025 0.006 0.008 0.005 0.001 44 D 0.363 0.104 0.117 0.155 0.104 0.032 0.085 0.013 0.021 0.006 0.001 45 L 0.364 0.388 0.120 0.056 0.037 0.016 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 46 V 0.391 0.400 0.136 0.019 0.013 0.032 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 47 L 0.311 0.468 0.104 0.030 0.046 0.020 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 48 K 0.245 0.290 0.205 0.042 0.090 0.047 0.009 0.001 0.070 0.001 0.001 49 L 0.403 0.127 0.331 0.048 0.021 0.042 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 50 K 0.646 0.102 0.153 0.045 0.016 0.013 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 51 K 0.575 0.065 0.177 0.098 0.029 0.026 0.015 0.001 0.011 0.001 0.001 52 T 0.363 0.181 0.111 0.232 0.036 0.024 0.019 0.004 0.027 0.002 0.001 53 A 0.367 0.139 0.206 0.140 0.050 0.033 0.030 0.005 0.024 0.005 0.001 54 H 0.253 0.143 0.162 0.269 0.047 0.042 0.045 0.009 0.019 0.010 0.001 55 D 0.218 0.094 0.248 0.186 0.053 0.069 0.078 0.011 0.030 0.012 0.001 56 T 0.515 0.119 0.167 0.119 0.035 0.016 0.012 0.003 0.011 0.002 0.002 57 L 0.350 0.349 0.131 0.060 0.058 0.024 0.012 0.002 0.013 0.001 0.001 58 L 0.137 0.583 0.185 0.019 0.025 0.040 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 59 V 0.090 0.743 0.087 0.009 0.039 0.015 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 60 Y 0.085 0.620 0.117 0.018 0.092 0.040 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 61 F 0.129 0.363 0.287 0.031 0.061 0.070 0.006 0.001 0.051 0.001 0.001 62 R 0.543 0.128 0.176 0.073 0.030 0.020 0.010 0.001 0.015 0.002 0.001 63 D 0.290 0.084 0.126 0.277 0.064 0.038 0.093 0.008 0.015 0.004 0.001 64 M 0.152 0.313 0.170 0.201 0.048 0.023 0.056 0.012 0.021 0.003 0.001 65 T 0.112 0.343 0.324 0.080 0.041 0.047 0.027 0.002 0.020 0.002 0.002 66 L 0.137 0.287 0.375 0.084 0.026 0.057 0.011 0.002 0.015 0.002 0.005 67 K 0.014 0.392 0.333 0.004 0.024 0.011 0.003 0.001 0.216 0.002 0.001 68 P 0.121 0.003 0.773 0.011 0.003 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.068 69 H 0.131 0.157 0.204 0.164 0.107 0.040 0.041 0.119 0.019 0.016 0.001 70 T 0.083 0.319 0.384 0.084 0.059 0.027 0.012 0.003 0.024 0.003 0.002 71 R 0.069 0.411 0.284 0.073 0.095 0.029 0.015 0.002 0.018 0.002 0.002 72 Y 0.034 0.602 0.164 0.045 0.095 0.033 0.008 0.002 0.015 0.001 0.001 73 T 0.016 0.706 0.172 0.012 0.044 0.035 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 74 V 0.011 0.810 0.096 0.006 0.046 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 75 R 0.010 0.699 0.183 0.004 0.027 0.063 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 76 I 0.019 0.717 0.150 0.013 0.051 0.029 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 77 G 0.037 0.454 0.158 0.029 0.204 0.051 0.016 0.006 0.034 0.011 0.001 78 F 0.071 0.305 0.358 0.036 0.112 0.056 0.016 0.002 0.035 0.008 0.001 79 K 0.473 0.141 0.194 0.088 0.024 0.028 0.014 0.001 0.024 0.005 0.007 80 Q 0.122 0.061 0.141 0.465 0.036 0.013 0.133 0.007 0.013 0.007 0.001 81 G 0.013 0.014 0.036 0.017 0.066 0.007 0.131 0.538 0.005 0.173 0.001 82 I 0.044 0.423 0.439 0.031 0.021 0.023 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 83 K 0.054 0.228 0.531 0.062 0.019 0.063 0.014 0.001 0.023 0.003 0.003 84 G 0.055 0.088 0.155 0.106 0.176 0.019 0.082 0.146 0.016 0.156 0.002 85 G 0.078 0.093 0.127 0.059 0.271 0.018 0.044 0.151 0.016 0.143 0.001 86 D 0.092 0.243 0.332 0.142 0.078 0.054 0.017 0.006 0.027 0.006 0.002 87 V 0.090 0.516 0.222 0.077 0.042 0.019 0.010 0.002 0.019 0.002 0.001 88 N 0.074 0.260 0.268 0.097 0.149 0.067 0.046 0.003 0.028 0.004 0.002 89 F 0.060 0.582 0.126 0.054 0.133 0.016 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 90 E 0.033 0.683 0.172 0.013 0.044 0.036 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 91 V 0.060 0.454 0.339 0.018 0.019 0.091 0.002 0.001 0.013 0.001 0.002 92 T 0.124 0.404 0.209 0.081 0.073 0.048 0.026 0.002 0.030 0.002 0.001 93 N 0.064 0.249 0.132 0.096 0.253 0.037 0.110 0.016 0.032 0.010 0.001 94 F 0.035 0.662 0.139 0.043 0.069 0.020 0.011 0.003 0.016 0.001 0.001 95 I 0.023 0.653 0.240 0.008 0.027 0.039 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 96 V 0.044 0.712 0.153 0.017 0.022 0.035 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 97 A 0.013 0.277 0.332 0.004 0.108 0.023 0.005 0.001 0.234 0.004 0.001 98 P 0.451 0.007 0.455 0.027 0.007 0.014 0.001 0.001 0.005 0.004 0.028 99 D 0.358 0.122 0.198 0.176 0.032 0.044 0.033 0.007 0.024 0.004 0.001 100 K 0.256 0.042 0.227 0.309 0.019 0.015 0.098 0.011 0.011 0.010 0.003 101 G 0.036 0.020 0.040 0.066 0.061 0.010 0.153 0.532 0.005 0.078 0.001 102 L 0.057 0.305 0.509 0.055 0.029 0.021 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 103 K 0.063 0.448 0.337 0.043 0.041 0.038 0.010 0.001 0.016 0.002 0.002 104 Y 0.025 0.696 0.108 0.026 0.112 0.015 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 105 T 0.019 0.726 0.154 0.010 0.046 0.032 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 106 I 0.022 0.693 0.181 0.009 0.040 0.040 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 107 S 0.024 0.556 0.252 0.012 0.042 0.077 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 108 L 0.106 0.390 0.303 0.040 0.059 0.054 0.009 0.001 0.035 0.001 0.002