# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.185 0.122 0.014 0.005 0.308 0.006 0.012 0.209 0.045 0.057 0.038 2 A 0.172 0.099 0.016 0.007 0.324 0.017 0.031 0.238 0.041 0.026 0.030 3 Y 0.139 0.140 0.020 0.006 0.239 0.012 0.028 0.247 0.038 0.064 0.066 4 F 0.309 0.043 0.007 0.003 0.210 0.007 0.027 0.189 0.083 0.029 0.093 5 H 0.067 0.047 0.016 0.010 0.102 0.046 0.105 0.401 0.160 0.015 0.030 6 E 0.099 0.069 0.012 0.003 0.129 0.012 0.064 0.425 0.110 0.053 0.024 7 L 0.125 0.178 0.013 0.001 0.275 0.005 0.030 0.248 0.053 0.049 0.022 8 L 0.188 0.072 0.018 0.009 0.278 0.017 0.046 0.182 0.039 0.068 0.082 9 I 0.077 0.153 0.066 0.078 0.132 0.080 0.075 0.150 0.040 0.093 0.057 10 G 0.032 0.260 0.338 0.077 0.090 0.021 0.022 0.053 0.016 0.064 0.028 11 R 0.042 0.115 0.069 0.008 0.077 0.006 0.019 0.328 0.265 0.053 0.019 12 E 0.005 0.024 0.007 0.003 0.011 0.009 0.036 0.473 0.401 0.027 0.004 13 D 0.010 0.031 0.012 0.003 0.020 0.005 0.031 0.579 0.242 0.059 0.007 14 L 0.008 0.015 0.004 0.001 0.013 0.002 0.025 0.664 0.214 0.048 0.007 15 L 0.034 0.035 0.012 0.003 0.039 0.008 0.050 0.491 0.143 0.165 0.021 16 R 0.039 0.226 0.079 0.010 0.091 0.009 0.016 0.376 0.093 0.044 0.017 17 P 0.018 0.044 0.015 0.002 0.031 0.005 0.031 0.667 0.158 0.022 0.007 18 F 0.026 0.036 0.008 0.001 0.032 0.004 0.028 0.543 0.193 0.112 0.018 19 F 0.057 0.042 0.006 0.002 0.063 0.004 0.032 0.461 0.230 0.065 0.038 20 E 0.028 0.022 0.009 0.008 0.039 0.027 0.131 0.535 0.158 0.030 0.013 21 K 0.042 0.121 0.046 0.007 0.098 0.015 0.066 0.374 0.114 0.099 0.018 22 C 0.254 0.055 0.010 0.003 0.267 0.005 0.032 0.169 0.081 0.068 0.056 23 V 0.091 0.245 0.075 0.014 0.292 0.032 0.047 0.124 0.032 0.025 0.022 24 K 0.182 0.185 0.027 0.004 0.373 0.006 0.014 0.074 0.019 0.050 0.065 25 I 0.245 0.041 0.008 0.003 0.190 0.006 0.031 0.174 0.170 0.041 0.091 26 E 0.023 0.083 0.042 0.048 0.075 0.133 0.162 0.305 0.087 0.027 0.016 27 E 0.251 0.093 0.014 0.003 0.368 0.003 0.013 0.136 0.025 0.068 0.025 28 V 0.200 0.108 0.016 0.002 0.389 0.006 0.021 0.138 0.057 0.033 0.030 29 S 0.135 0.108 0.044 0.034 0.244 0.051 0.060 0.169 0.057 0.036 0.062 30 R 0.124 0.149 0.037 0.019 0.164 0.030 0.060 0.229 0.067 0.079 0.042 31 N 0.064 0.060 0.116 0.057 0.081 0.033 0.068 0.147 0.096 0.196 0.081 32 E 0.186 0.082 0.048 0.022 0.186 0.024 0.031 0.158 0.098 0.095 0.069 33 Q 0.031 0.266 0.090 0.066 0.079 0.111 0.176 0.089 0.040 0.034 0.019 34 G 0.076 0.071 0.056 0.089 0.075 0.031 0.024 0.038 0.026 0.310 0.203 35 V 0.190 0.176 0.020 0.002 0.569 0.003 0.005 0.009 0.005 0.008 0.011 36 T 0.291 0.065 0.009 0.003 0.579 0.004 0.005 0.007 0.003 0.005 0.029 37 L 0.219 0.189 0.030 0.008 0.461 0.013 0.015 0.014 0.007 0.007 0.037 38 S 0.238 0.129 0.016 0.003 0.539 0.007 0.008 0.012 0.005 0.010 0.034 39 I 0.420 0.040 0.006 0.003 0.266 0.005 0.011 0.053 0.041 0.044 0.111 40 T 0.034 0.102 0.042 0.108 0.086 0.230 0.189 0.113 0.041 0.030 0.025 41 N 0.194 0.124 0.076 0.020 0.268 0.012 0.018 0.091 0.029 0.109 0.061 42 V 0.080 0.032 0.007 0.003 0.079 0.006 0.024 0.339 0.305 0.080 0.045 43 T 0.021 0.073 0.030 0.025 0.051 0.052 0.093 0.508 0.112 0.022 0.015 44 D 0.066 0.026 0.012 0.008 0.054 0.011 0.025 0.595 0.120 0.054 0.028 45 L 0.045 0.090 0.009 0.001 0.087 0.003 0.013 0.597 0.087 0.056 0.011 46 V 0.129 0.040 0.003 0.003 0.141 0.004 0.017 0.552 0.049 0.036 0.025 47 L 0.058 0.074 0.013 0.005 0.113 0.013 0.032 0.567 0.091 0.018 0.016 48 K 0.074 0.077 0.016 0.005 0.105 0.010 0.038 0.523 0.071 0.051 0.030 49 L 0.154 0.054 0.008 0.001 0.117 0.004 0.030 0.404 0.128 0.061 0.040 50 K 0.036 0.060 0.028 0.024 0.066 0.053 0.114 0.408 0.142 0.041 0.029 51 K 0.064 0.061 0.025 0.015 0.086 0.021 0.074 0.373 0.143 0.111 0.027 52 T 0.056 0.160 0.087 0.018 0.136 0.014 0.053 0.191 0.100 0.143 0.042 53 A 0.087 0.070 0.038 0.016 0.103 0.019 0.059 0.286 0.132 0.140 0.050 54 H 0.057 0.122 0.055 0.039 0.113 0.039 0.064 0.240 0.101 0.137 0.033 55 D 0.191 0.094 0.048 0.013 0.315 0.010 0.016 0.174 0.061 0.046 0.032 56 T 0.066 0.055 0.021 0.006 0.095 0.016 0.040 0.391 0.254 0.028 0.028 57 L 0.140 0.118 0.012 0.003 0.186 0.010 0.037 0.307 0.061 0.090 0.038 58 L 0.264 0.102 0.007 0.003 0.395 0.005 0.012 0.130 0.021 0.026 0.035 59 V 0.154 0.156 0.022 0.008 0.463 0.017 0.023 0.107 0.018 0.013 0.019 60 Y 0.237 0.129 0.012 0.003 0.470 0.004 0.009 0.070 0.013 0.021 0.031 61 F 0.353 0.049 0.009 0.004 0.312 0.008 0.024 0.090 0.051 0.030 0.071 62 R 0.063 0.138 0.044 0.035 0.138 0.090 0.134 0.193 0.102 0.029 0.034 63 D 0.171 0.078 0.030 0.014 0.187 0.017 0.059 0.131 0.079 0.159 0.075 64 M 0.085 0.264 0.087 0.012 0.248 0.018 0.030 0.066 0.068 0.078 0.043 65 T 0.138 0.199 0.066 0.012 0.329 0.013 0.031 0.057 0.034 0.059 0.064 66 L 0.208 0.145 0.055 0.015 0.227 0.017 0.031 0.039 0.039 0.145 0.080 67 K 0.025 0.416 0.354 0.037 0.106 0.013 0.012 0.012 0.009 0.008 0.008 68 P 0.110 0.158 0.068 0.021 0.154 0.027 0.085 0.152 0.151 0.046 0.028 69 H 0.090 0.113 0.085 0.033 0.137 0.024 0.028 0.067 0.091 0.264 0.067 70 T 0.092 0.304 0.088 0.015 0.275 0.013 0.028 0.057 0.054 0.041 0.034 71 R 0.145 0.080 0.038 0.028 0.171 0.039 0.063 0.119 0.087 0.143 0.086 72 Y 0.089 0.311 0.092 0.017 0.310 0.017 0.023 0.042 0.028 0.043 0.028 73 T 0.354 0.047 0.004 0.001 0.553 0.002 0.005 0.009 0.004 0.007 0.013 74 V 0.165 0.174 0.026 0.004 0.577 0.006 0.007 0.011 0.005 0.005 0.019 75 R 0.370 0.050 0.008 0.003 0.478 0.005 0.006 0.009 0.004 0.010 0.057 76 I 0.169 0.249 0.045 0.014 0.340 0.019 0.022 0.032 0.015 0.032 0.064 77 G 0.132 0.188 0.091 0.057 0.236 0.034 0.047 0.039 0.018 0.065 0.094 78 F 0.211 0.132 0.143 0.026 0.217 0.015 0.020 0.068 0.042 0.060 0.066 79 K 0.033 0.063 0.089 0.175 0.050 0.184 0.088 0.160 0.076 0.050 0.033 80 Q 0.019 0.347 0.141 0.115 0.049 0.065 0.151 0.040 0.024 0.034 0.014 81 G 0.037 0.030 0.041 0.070 0.032 0.014 0.009 0.015 0.034 0.421 0.297 82 I 0.119 0.299 0.154 0.021 0.218 0.015 0.021 0.045 0.029 0.035 0.043 83 K 0.067 0.113 0.072 0.202 0.079 0.120 0.123 0.063 0.045 0.061 0.055 84 G 0.070 0.073 0.109 0.299 0.066 0.096 0.064 0.037 0.032 0.115 0.039 85 G 0.025 0.075 0.141 0.182 0.050 0.079 0.046 0.091 0.104 0.171 0.037 86 D 0.216 0.103 0.062 0.016 0.288 0.010 0.020 0.060 0.051 0.113 0.061 87 V 0.101 0.204 0.071 0.021 0.239 0.028 0.043 0.101 0.089 0.059 0.043 88 N 0.222 0.089 0.035 0.028 0.293 0.025 0.031 0.083 0.041 0.067 0.084 89 F 0.134 0.252 0.080 0.013 0.349 0.014 0.016 0.070 0.037 0.017 0.017 90 E 0.274 0.105 0.008 0.002 0.468 0.004 0.011 0.061 0.012 0.026 0.030 91 V 0.456 0.049 0.005 0.002 0.277 0.005 0.014 0.043 0.031 0.023 0.097 92 T 0.078 0.100 0.029 0.064 0.160 0.193 0.175 0.100 0.038 0.017 0.045 93 N 0.255 0.081 0.034 0.020 0.305 0.021 0.029 0.067 0.037 0.086 0.066 94 F 0.169 0.157 0.025 0.003 0.473 0.006 0.017 0.044 0.034 0.036 0.036 95 I 0.267 0.092 0.017 0.004 0.489 0.007 0.017 0.023 0.011 0.027 0.047 96 V 0.138 0.260 0.089 0.038 0.259 0.031 0.024 0.019 0.013 0.050 0.078 97 A 0.056 0.354 0.309 0.036 0.166 0.011 0.015 0.017 0.008 0.013 0.015 98 P 0.081 0.099 0.114 0.029 0.118 0.023 0.079 0.166 0.195 0.065 0.030 99 D 0.095 0.089 0.095 0.067 0.128 0.050 0.032 0.167 0.112 0.121 0.043 100 K 0.015 0.259 0.084 0.063 0.042 0.109 0.227 0.097 0.068 0.027 0.010 101 G 0.034 0.012 0.019 0.051 0.021 0.012 0.007 0.013 0.020 0.529 0.282 102 L 0.171 0.249 0.042 0.005 0.425 0.006 0.013 0.019 0.023 0.016 0.032 103 K 0.203 0.132 0.033 0.031 0.322 0.061 0.061 0.035 0.015 0.034 0.073 104 Y 0.206 0.219 0.035 0.008 0.460 0.009 0.013 0.012 0.007 0.010 0.022 105 T 0.305 0.030 0.003 0.001 0.633 0.003 0.004 0.004 0.002 0.003 0.011 106 I 0.196 0.176 0.032 0.005 0.528 0.006 0.006 0.009 0.005 0.006 0.029 107 S 0.264 0.125 0.023 0.006 0.437 0.010 0.014 0.013 0.008 0.019 0.080 108 L 0.248 0.144 0.030 0.009 0.344 0.012 0.019 0.039 0.035 0.053 0.068