# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.037 0.040 0.067 0.069 0.121 0.008 0.074 0.174 0.006 0.001 0.007 0.006 0.016 0.013 0.051 0.032 0.116 0.042 0.060 0.052 0.007 2 A 0.079 0.076 0.100 0.082 0.081 0.010 0.045 0.213 0.006 0.001 0.008 0.011 0.031 0.030 0.055 0.022 0.057 0.023 0.039 0.026 0.008 3 Y 0.108 0.092 0.062 0.085 0.083 0.007 0.024 0.181 0.007 0.002 0.011 0.023 0.048 0.076 0.037 0.026 0.053 0.014 0.035 0.015 0.013 4 F 0.078 0.079 0.035 0.047 0.070 0.007 0.028 0.239 0.009 0.003 0.008 0.019 0.039 0.097 0.097 0.027 0.073 0.010 0.016 0.013 0.007 5 H 0.047 0.055 0.046 0.044 0.033 0.015 0.044 0.376 0.011 0.003 0.006 0.010 0.020 0.086 0.098 0.016 0.055 0.009 0.008 0.011 0.006 6 E 0.077 0.074 0.031 0.065 0.048 0.018 0.056 0.184 0.023 0.010 0.007 0.021 0.040 0.159 0.058 0.028 0.053 0.016 0.014 0.012 0.007 7 L 0.068 0.074 0.048 0.063 0.057 0.013 0.071 0.117 0.015 0.006 0.010 0.017 0.035 0.163 0.086 0.028 0.058 0.016 0.022 0.023 0.010 8 L 0.056 0.057 0.036 0.078 0.068 0.010 0.059 0.083 0.012 0.006 0.011 0.024 0.030 0.141 0.083 0.045 0.072 0.052 0.038 0.029 0.010 9 I 0.021 0.025 0.038 0.062 0.078 0.012 0.042 0.085 0.010 0.003 0.006 0.008 0.018 0.053 0.128 0.070 0.135 0.043 0.057 0.101 0.004 10 G 0.007 0.009 0.017 0.025 0.107 0.008 0.051 0.103 0.011 0.003 0.004 0.004 0.008 0.021 0.061 0.083 0.082 0.072 0.094 0.230 0.003 11 R 0.003 0.001 0.035 0.009 0.039 0.002 0.023 0.081 0.008 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.049 0.021 0.522 0.060 0.066 0.070 0.001 12 E 0.001 0.002 0.011 0.009 0.020 0.021 0.238 0.285 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.017 0.233 0.038 0.030 0.045 0.001 13 D 0.001 0.002 0.010 0.010 0.012 0.052 0.307 0.339 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.011 0.127 0.041 0.027 0.038 0.001 14 L 0.003 0.003 0.018 0.017 0.029 0.017 0.158 0.219 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.015 0.264 0.084 0.082 0.063 0.001 15 L 0.004 0.006 0.017 0.037 0.039 0.007 0.172 0.098 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.026 0.020 0.198 0.073 0.122 0.165 0.001 16 R 0.002 0.002 0.026 0.033 0.028 0.004 0.034 0.144 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.011 0.182 0.036 0.180 0.285 0.001 17 P 0.001 0.001 0.007 0.005 0.041 0.007 0.035 0.210 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.530 0.043 0.024 0.072 0.001 18 F 0.001 0.001 0.009 0.009 0.015 0.016 0.200 0.511 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.126 0.024 0.020 0.044 0.001 19 F 0.002 0.004 0.017 0.022 0.041 0.006 0.093 0.383 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.012 0.194 0.055 0.074 0.067 0.001 20 E 0.004 0.005 0.024 0.028 0.043 0.014 0.157 0.415 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.010 0.173 0.024 0.034 0.042 0.001 21 K 0.008 0.011 0.034 0.077 0.053 0.018 0.193 0.289 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.034 0.010 0.116 0.036 0.032 0.069 0.001 22 C 0.018 0.015 0.019 0.038 0.283 0.002 0.104 0.134 0.006 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.019 0.026 0.087 0.051 0.125 0.054 0.002 23 V 0.036 0.034 0.197 0.175 0.054 0.004 0.041 0.115 0.003 0.001 0.003 0.004 0.014 0.005 0.061 0.009 0.053 0.041 0.073 0.074 0.002 24 K 0.019 0.028 0.022 0.097 0.340 0.004 0.028 0.086 0.004 0.001 0.003 0.004 0.007 0.004 0.021 0.038 0.038 0.037 0.123 0.091 0.005 25 I 0.024 0.017 0.055 0.062 0.288 0.002 0.018 0.084 0.008 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.116 0.013 0.181 0.014 0.060 0.041 0.002 26 E 0.020 0.019 0.079 0.126 0.172 0.014 0.078 0.191 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.074 0.009 0.096 0.016 0.022 0.072 0.001 27 E 0.019 0.018 0.027 0.084 0.370 0.005 0.095 0.086 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.025 0.024 0.065 0.064 0.063 0.039 0.002 28 V 0.018 0.023 0.118 0.180 0.153 0.003 0.036 0.056 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.002 0.091 0.011 0.052 0.042 0.086 0.114 0.002 29 S 0.012 0.011 0.058 0.161 0.230 0.003 0.021 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.010 0.030 0.031 0.168 0.197 0.002 30 R 0.007 0.004 0.026 0.045 0.419 0.003 0.017 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.013 0.286 0.025 0.052 0.048 0.001 31 N 0.008 0.007 0.083 0.116 0.131 0.008 0.206 0.054 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.007 0.067 0.033 0.098 0.129 0.001 32 E 0.007 0.005 0.033 0.060 0.247 0.003 0.065 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.021 0.242 0.054 0.092 0.117 0.001 33 Q 0.008 0.013 0.057 0.086 0.161 0.007 0.253 0.013 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.004 0.054 0.025 0.078 0.048 0.059 0.117 0.002 34 G 0.030 0.051 0.056 0.078 0.319 0.003 0.102 0.007 0.001 0.001 0.007 0.006 0.013 0.007 0.036 0.047 0.027 0.093 0.058 0.054 0.007 35 V 0.067 0.078 0.177 0.148 0.143 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.020 0.013 0.048 0.024 0.118 0.026 0.011 0.010 0.047 0.040 0.020 36 T 0.095 0.114 0.047 0.064 0.275 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.040 0.028 0.061 0.038 0.065 0.048 0.008 0.008 0.037 0.014 0.050 37 L 0.128 0.122 0.093 0.091 0.094 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.037 0.031 0.096 0.057 0.130 0.042 0.009 0.005 0.020 0.013 0.025 38 S 0.096 0.112 0.064 0.113 0.140 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 0.037 0.029 0.065 0.079 0.085 0.057 0.015 0.010 0.027 0.023 0.026 39 I 0.095 0.104 0.041 0.087 0.134 0.002 0.019 0.015 0.002 0.001 0.017 0.021 0.046 0.054 0.143 0.085 0.054 0.020 0.030 0.018 0.011 40 T 0.081 0.077 0.099 0.144 0.051 0.006 0.057 0.042 0.003 0.001 0.011 0.013 0.032 0.039 0.119 0.028 0.088 0.018 0.033 0.055 0.005 41 N 0.033 0.038 0.033 0.053 0.179 0.007 0.090 0.065 0.004 0.003 0.003 0.005 0.009 0.012 0.027 0.065 0.101 0.080 0.064 0.127 0.003 42 V 0.010 0.011 0.055 0.025 0.040 0.003 0.042 0.140 0.004 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.056 0.012 0.460 0.043 0.038 0.047 0.001 43 T 0.008 0.015 0.024 0.019 0.026 0.012 0.083 0.560 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.008 0.162 0.016 0.013 0.021 0.001 44 D 0.010 0.022 0.012 0.020 0.029 0.016 0.062 0.683 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.008 0.087 0.010 0.008 0.009 0.001 45 L 0.018 0.036 0.012 0.027 0.017 0.007 0.034 0.739 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.015 0.004 0.059 0.007 0.004 0.005 0.001 46 V 0.019 0.026 0.007 0.015 0.016 0.004 0.023 0.795 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.009 0.005 0.050 0.006 0.004 0.003 0.001 47 L 0.021 0.029 0.012 0.023 0.011 0.008 0.027 0.766 0.010 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.017 0.003 0.043 0.004 0.003 0.005 0.001 48 K 0.017 0.028 0.009 0.020 0.027 0.008 0.049 0.691 0.019 0.003 0.002 0.002 0.004 0.005 0.013 0.007 0.059 0.014 0.010 0.009 0.002 49 L 0.023 0.024 0.018 0.029 0.036 0.007 0.045 0.539 0.021 0.003 0.002 0.003 0.005 0.005 0.025 0.007 0.141 0.018 0.028 0.019 0.002 50 K 0.010 0.012 0.018 0.019 0.035 0.012 0.087 0.493 0.023 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.008 0.166 0.030 0.027 0.025 0.001 51 K 0.006 0.009 0.016 0.033 0.043 0.032 0.145 0.322 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.011 0.185 0.043 0.033 0.065 0.001 52 T 0.004 0.005 0.013 0.023 0.049 0.014 0.152 0.219 0.024 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.012 0.233 0.073 0.068 0.081 0.001 53 A 0.003 0.003 0.033 0.025 0.033 0.010 0.122 0.136 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.276 0.066 0.112 0.133 0.001 54 H 0.003 0.004 0.018 0.022 0.055 0.013 0.236 0.074 0.016 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.020 0.229 0.106 0.071 0.106 0.001 55 D 0.004 0.006 0.049 0.046 0.046 0.005 0.126 0.047 0.008 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.024 0.023 0.161 0.052 0.187 0.204 0.002 56 T 0.008 0.016 0.041 0.027 0.149 0.007 0.103 0.088 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.034 0.039 0.224 0.092 0.066 0.083 0.002 57 L 0.033 0.080 0.103 0.109 0.075 0.012 0.089 0.165 0.003 0.002 0.003 0.007 0.014 0.018 0.070 0.044 0.065 0.034 0.031 0.037 0.005 58 L 0.122 0.155 0.048 0.061 0.196 0.004 0.019 0.115 0.003 0.001 0.015 0.016 0.044 0.037 0.045 0.037 0.030 0.012 0.018 0.011 0.010 59 V 0.193 0.176 0.111 0.102 0.036 0.003 0.009 0.066 0.002 0.001 0.016 0.025 0.065 0.061 0.082 0.009 0.013 0.004 0.007 0.005 0.015 60 Y 0.184 0.225 0.020 0.062 0.140 0.001 0.009 0.039 0.003 0.001 0.024 0.032 0.077 0.076 0.028 0.022 0.014 0.005 0.009 0.004 0.025 61 F 0.152 0.181 0.074 0.095 0.067 0.002 0.013 0.063 0.007 0.002 0.016 0.024 0.051 0.046 0.128 0.014 0.025 0.007 0.013 0.010 0.013 62 R 0.089 0.096 0.065 0.074 0.197 0.008 0.026 0.084 0.015 0.003 0.009 0.007 0.015 0.017 0.074 0.028 0.126 0.015 0.015 0.029 0.008 63 D 0.073 0.095 0.035 0.079 0.167 0.010 0.174 0.035 0.019 0.013 0.004 0.008 0.023 0.022 0.059 0.025 0.068 0.030 0.023 0.034 0.005 64 M 0.049 0.053 0.124 0.126 0.089 0.013 0.130 0.023 0.005 0.002 0.007 0.006 0.014 0.017 0.060 0.018 0.065 0.042 0.046 0.105 0.006 65 T 0.038 0.026 0.083 0.077 0.218 0.007 0.055 0.013 0.004 0.002 0.006 0.007 0.011 0.011 0.025 0.030 0.076 0.098 0.123 0.085 0.008 66 L 0.018 0.023 0.074 0.089 0.173 0.003 0.033 0.006 0.003 0.001 0.004 0.004 0.010 0.007 0.067 0.036 0.071 0.060 0.137 0.180 0.003 67 K 0.006 0.007 0.079 0.088 0.073 0.002 0.010 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.039 0.012 0.036 0.024 0.180 0.424 0.002 68 P 0.004 0.004 0.025 0.031 0.305 0.002 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.034 0.285 0.038 0.069 0.159 0.001 69 H 0.012 0.019 0.122 0.095 0.112 0.008 0.220 0.011 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.003 0.062 0.016 0.100 0.065 0.051 0.090 0.002 70 T 0.034 0.054 0.107 0.187 0.215 0.002 0.043 0.006 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.002 0.026 0.024 0.048 0.028 0.079 0.126 0.003 71 R 0.058 0.089 0.057 0.063 0.513 0.002 0.025 0.005 0.001 0.001 0.006 0.004 0.013 0.004 0.025 0.025 0.033 0.026 0.021 0.027 0.004 72 Y 0.156 0.249 0.103 0.248 0.076 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.008 0.009 0.030 0.007 0.053 0.007 0.008 0.004 0.008 0.012 0.008 73 T 0.209 0.252 0.012 0.023 0.369 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.020 0.013 0.035 0.006 0.007 0.015 0.002 0.003 0.007 0.002 0.017 74 V 0.345 0.290 0.117 0.099 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.013 0.050 0.007 0.030 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 75 R 0.316 0.309 0.013 0.032 0.183 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.016 0.037 0.005 0.006 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.045 76 I 0.311 0.386 0.053 0.063 0.058 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.009 0.037 0.006 0.042 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.015 77 G 0.292 0.282 0.058 0.113 0.109 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.016 0.012 0.032 0.010 0.011 0.007 0.005 0.004 0.010 0.005 0.024 78 F 0.241 0.148 0.110 0.096 0.200 0.002 0.009 0.013 0.002 0.001 0.006 0.009 0.017 0.015 0.042 0.015 0.032 0.009 0.017 0.012 0.007 79 K 0.099 0.062 0.073 0.146 0.086 0.007 0.081 0.010 0.031 0.027 0.003 0.010 0.024 0.033 0.085 0.014 0.143 0.012 0.022 0.031 0.003 80 Q 0.014 0.013 0.019 0.037 0.145 0.009 0.387 0.008 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.012 0.036 0.030 0.108 0.021 0.030 0.116 0.002 81 G 0.005 0.006 0.056 0.022 0.055 0.007 0.224 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.007 0.040 0.017 0.056 0.395 0.043 0.042 0.004 82 I 0.012 0.012 0.092 0.045 0.125 0.002 0.019 0.005 0.003 0.001 0.007 0.007 0.010 0.015 0.058 0.131 0.049 0.047 0.174 0.180 0.006 83 K 0.010 0.011 0.154 0.060 0.129 0.003 0.013 0.004 0.003 0.001 0.005 0.005 0.014 0.021 0.171 0.031 0.100 0.028 0.074 0.157 0.005 84 G 0.007 0.014 0.036 0.059 0.173 0.005 0.056 0.005 0.002 0.001 0.012 0.009 0.012 0.033 0.078 0.161 0.071 0.050 0.076 0.129 0.010 85 G 0.014 0.021 0.098 0.077 0.103 0.004 0.058 0.007 0.001 0.001 0.013 0.010 0.026 0.044 0.197 0.058 0.062 0.056 0.054 0.086 0.009 86 D 0.027 0.024 0.092 0.075 0.149 0.003 0.029 0.010 0.002 0.001 0.022 0.015 0.025 0.056 0.091 0.124 0.061 0.037 0.086 0.064 0.009 87 V 0.039 0.036 0.096 0.088 0.166 0.005 0.032 0.012 0.002 0.001 0.012 0.012 0.030 0.040 0.118 0.071 0.077 0.036 0.052 0.069 0.008 88 N 0.042 0.055 0.078 0.088 0.176 0.004 0.056 0.018 0.003 0.002 0.013 0.014 0.028 0.036 0.090 0.055 0.063 0.039 0.059 0.071 0.010 89 F 0.065 0.092 0.074 0.089 0.187 0.003 0.035 0.021 0.002 0.001 0.015 0.015 0.035 0.035 0.080 0.061 0.052 0.035 0.049 0.044 0.010 90 E 0.128 0.131 0.166 0.111 0.121 0.005 0.024 0.031 0.002 0.001 0.014 0.015 0.034 0.030 0.061 0.021 0.037 0.015 0.024 0.018 0.012 91 V 0.229 0.213 0.045 0.080 0.161 0.003 0.016 0.015 0.003 0.001 0.009 0.020 0.046 0.030 0.043 0.023 0.025 0.006 0.012 0.009 0.010 92 T 0.154 0.192 0.083 0.075 0.055 0.002 0.016 0.009 0.002 0.001 0.019 0.019 0.056 0.097 0.154 0.011 0.012 0.003 0.007 0.011 0.022 93 N 0.164 0.283 0.022 0.074 0.085 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.023 0.041 0.071 0.110 0.026 0.025 0.007 0.008 0.009 0.006 0.029 94 F 0.230 0.224 0.067 0.053 0.080 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.026 0.031 0.077 0.089 0.048 0.018 0.008 0.004 0.006 0.006 0.017 95 I 0.192 0.188 0.096 0.105 0.073 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.025 0.026 0.053 0.072 0.069 0.015 0.010 0.006 0.010 0.010 0.033 96 V 0.124 0.150 0.024 0.049 0.206 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.016 0.023 0.082 0.104 0.064 0.070 0.012 0.010 0.018 0.013 0.020 97 A 0.068 0.055 0.164 0.176 0.043 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.031 0.027 0.038 0.056 0.110 0.020 0.021 0.014 0.078 0.071 0.016 98 P 0.009 0.011 0.017 0.015 0.497 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.030 0.105 0.104 0.046 0.033 0.112 0.001 99 D 0.007 0.010 0.092 0.101 0.035 0.004 0.047 0.005 0.005 0.008 0.002 0.002 0.003 0.003 0.160 0.013 0.092 0.042 0.108 0.259 0.001 100 K 0.002 0.002 0.019 0.014 0.049 0.004 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.640 0.040 0.024 0.130 0.001 101 G 0.002 0.007 0.010 0.010 0.051 0.014 0.708 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.047 0.068 0.014 0.036 0.001 102 L 0.052 0.073 0.183 0.110 0.118 0.002 0.063 0.017 0.001 0.001 0.008 0.005 0.010 0.002 0.024 0.016 0.072 0.065 0.094 0.077 0.004 103 K 0.151 0.133 0.105 0.070 0.252 0.002 0.020 0.028 0.002 0.001 0.009 0.010 0.031 0.007 0.023 0.014 0.055 0.021 0.037 0.022 0.009 104 Y 0.195 0.255 0.077 0.140 0.102 0.002 0.018 0.014 0.001 0.001 0.010 0.021 0.042 0.014 0.030 0.013 0.009 0.005 0.020 0.015 0.014 105 T 0.208 0.293 0.037 0.080 0.172 0.001 0.011 0.012 0.001 0.001 0.014 0.015 0.052 0.015 0.031 0.012 0.009 0.007 0.009 0.007 0.015 106 I 0.214 0.276 0.111 0.145 0.053 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.021 0.018 0.044 0.014 0.032 0.007 0.009 0.004 0.009 0.007 0.019 107 S 0.196 0.262 0.037 0.073 0.208 0.001 0.009 0.015 0.002 0.001 0.011 0.018 0.041 0.019 0.031 0.022 0.012 0.007 0.011 0.009 0.016 108 L 0.159 0.185 0.099 0.132 0.129 0.002 0.018 0.015 0.002 0.001 0.009 0.009 0.026 0.012 0.109 0.013 0.025 0.008 0.015 0.024 0.009