# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.058 0.040 0.117 0.218 0.003 0.061 0.005 0.002 0.005 0.001 0.069 0.093 0.309 0.001 0.002 0.013 2 A 0.010 0.048 0.186 0.253 0.002 0.055 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 0.074 0.335 0.001 0.002 0.005 3 Y 0.004 0.037 0.042 0.327 0.005 0.143 0.003 0.001 0.001 0.001 0.031 0.034 0.364 0.001 0.001 0.006 4 F 0.002 0.020 0.023 0.158 0.002 0.192 0.002 0.003 0.001 0.001 0.075 0.037 0.482 0.001 0.001 0.001 5 H 0.001 0.135 0.025 0.144 0.001 0.028 0.001 0.002 0.002 0.001 0.043 0.118 0.490 0.001 0.002 0.004 6 E 0.002 0.007 0.013 0.245 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.016 0.663 0.001 0.003 0.005 7 L 0.003 0.011 0.078 0.072 0.003 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.766 0.001 0.002 0.014 8 L 0.005 0.029 0.026 0.147 0.116 0.040 0.127 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.252 0.215 0.003 0.024 9 I 0.005 0.086 0.075 0.235 0.004 0.025 0.006 0.127 0.002 0.001 0.006 0.005 0.128 0.002 0.277 0.016 10 G 0.005 0.013 0.017 0.038 0.002 0.256 0.003 0.007 0.030 0.296 0.027 0.014 0.190 0.001 0.002 0.100 11 R 0.048 0.004 0.002 0.002 0.001 0.115 0.001 0.002 0.001 0.001 0.597 0.050 0.173 0.002 0.001 0.001 12 E 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.675 0.198 0.001 0.002 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.169 0.813 0.001 0.001 0.003 14 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.970 0.001 0.001 0.005 15 L 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.956 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.982 0.001 0.001 0.002 17 P 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.923 0.001 0.001 0.010 19 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.970 0.003 0.002 0.002 20 E 0.001 0.007 0.007 0.002 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.921 0.016 0.010 0.008 21 K 0.002 0.016 0.008 0.013 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.810 0.008 0.045 0.056 22 C 0.024 0.012 0.139 0.019 0.001 0.007 0.060 0.001 0.003 0.001 0.003 0.008 0.455 0.020 0.014 0.234 23 V 0.035 0.098 0.545 0.107 0.001 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.142 0.001 0.015 0.034 24 K 0.015 0.027 0.231 0.341 0.002 0.220 0.003 0.002 0.003 0.004 0.005 0.006 0.102 0.003 0.002 0.036 25 I 0.015 0.013 0.054 0.098 0.005 0.421 0.004 0.002 0.001 0.001 0.261 0.006 0.116 0.002 0.001 0.002 26 E 0.001 0.547 0.031 0.137 0.001 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.044 0.181 0.037 0.001 0.002 0.002 27 E 0.009 0.021 0.059 0.541 0.008 0.061 0.008 0.003 0.006 0.001 0.016 0.036 0.196 0.006 0.004 0.026 28 V 0.006 0.039 0.648 0.147 0.006 0.015 0.020 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.085 0.002 0.003 0.011 29 S 0.010 0.052 0.072 0.348 0.030 0.294 0.022 0.018 0.006 0.008 0.016 0.017 0.080 0.007 0.005 0.015 30 R 0.018 0.087 0.062 0.319 0.023 0.109 0.012 0.040 0.009 0.006 0.195 0.015 0.074 0.006 0.008 0.017 31 N 0.021 0.161 0.047 0.125 0.022 0.186 0.006 0.026 0.025 0.016 0.063 0.171 0.098 0.003 0.010 0.021 32 E 0.022 0.019 0.038 0.020 0.158 0.058 0.207 0.006 0.006 0.004 0.126 0.022 0.051 0.246 0.003 0.015 33 Q 0.007 0.146 0.055 0.040 0.001 0.007 0.005 0.222 0.003 0.001 0.010 0.035 0.018 0.001 0.447 0.003 34 G 0.007 0.013 0.054 0.069 0.001 0.002 0.001 0.001 0.265 0.017 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.557 35 V 0.748 0.003 0.130 0.109 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 36 T 0.004 0.020 0.528 0.422 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 37 L 0.001 0.005 0.011 0.976 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 S 0.001 0.009 0.022 0.894 0.015 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 39 I 0.003 0.014 0.009 0.315 0.403 0.194 0.008 0.004 0.001 0.001 0.038 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 40 T 0.001 0.281 0.015 0.377 0.011 0.038 0.001 0.211 0.003 0.002 0.020 0.026 0.005 0.001 0.009 0.001 41 N 0.005 0.038 0.012 0.160 0.020 0.368 0.004 0.017 0.088 0.137 0.042 0.039 0.039 0.001 0.002 0.027 42 V 0.077 0.058 0.058 0.044 0.024 0.082 0.013 0.017 0.005 0.005 0.485 0.049 0.072 0.004 0.002 0.005 43 T 0.007 0.086 0.047 0.053 0.001 0.139 0.003 0.024 0.005 0.003 0.074 0.440 0.098 0.001 0.015 0.002 44 D 0.013 0.121 0.062 0.145 0.001 0.027 0.003 0.003 0.020 0.004 0.060 0.118 0.356 0.001 0.008 0.057 45 L 0.049 0.016 0.095 0.187 0.001 0.040 0.001 0.001 0.003 0.001 0.082 0.070 0.435 0.001 0.001 0.017 46 V 0.008 0.021 0.243 0.126 0.002 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 0.028 0.507 0.002 0.001 0.003 47 L 0.001 0.046 0.028 0.402 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.472 0.001 0.001 0.002 48 K 0.002 0.019 0.032 0.652 0.005 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.209 0.004 0.001 0.019 49 L 0.008 0.030 0.092 0.405 0.013 0.141 0.012 0.005 0.001 0.001 0.016 0.007 0.253 0.004 0.007 0.006 50 K 0.003 0.207 0.066 0.345 0.014 0.083 0.011 0.008 0.003 0.002 0.041 0.019 0.162 0.009 0.005 0.020 51 K 0.027 0.063 0.049 0.369 0.012 0.094 0.014 0.017 0.007 0.004 0.044 0.033 0.214 0.010 0.018 0.024 52 T 0.020 0.099 0.137 0.104 0.019 0.147 0.035 0.008 0.008 0.008 0.069 0.057 0.228 0.011 0.012 0.039 53 A 0.028 0.094 0.073 0.101 0.031 0.102 0.040 0.021 0.006 0.004 0.149 0.081 0.209 0.016 0.013 0.034 54 H 0.018 0.156 0.110 0.128 0.005 0.046 0.010 0.040 0.011 0.008 0.055 0.154 0.199 0.005 0.025 0.030 55 D 0.017 0.019 0.041 0.032 0.003 0.311 0.009 0.004 0.011 0.019 0.051 0.083 0.371 0.002 0.006 0.020 56 T 0.020 0.031 0.033 0.024 0.001 0.032 0.002 0.004 0.002 0.001 0.540 0.063 0.241 0.001 0.002 0.005 57 L 0.005 0.049 0.025 0.043 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.619 0.209 0.001 0.001 0.005 58 L 0.006 0.004 0.074 0.064 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.018 0.778 0.001 0.001 0.008 59 V 0.001 0.036 0.036 0.079 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.800 0.001 0.001 0.001 60 Y 0.001 0.028 0.008 0.276 0.002 0.089 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.557 0.001 0.001 0.006 61 F 0.003 0.012 0.037 0.161 0.023 0.098 0.012 0.005 0.001 0.001 0.051 0.008 0.561 0.014 0.006 0.007 62 R 0.002 0.099 0.033 0.104 0.004 0.034 0.007 0.018 0.002 0.001 0.046 0.052 0.552 0.012 0.023 0.011 63 D 0.009 0.043 0.029 0.236 0.002 0.021 0.010 0.004 0.009 0.002 0.017 0.021 0.469 0.015 0.031 0.080 64 M 0.060 0.020 0.225 0.126 0.003 0.016 0.030 0.003 0.003 0.002 0.017 0.014 0.367 0.010 0.021 0.083 65 T 0.039 0.059 0.277 0.211 0.011 0.068 0.036 0.004 0.004 0.002 0.010 0.020 0.179 0.010 0.006 0.063 66 L 0.022 0.103 0.155 0.588 0.004 0.019 0.004 0.005 0.003 0.001 0.010 0.007 0.050 0.001 0.005 0.022 67 K 0.016 0.018 0.080 0.195 0.242 0.269 0.087 0.002 0.003 0.007 0.007 0.011 0.032 0.020 0.001 0.010 68 P 0.013 0.068 0.047 0.136 0.012 0.081 0.004 0.323 0.002 0.002 0.240 0.007 0.034 0.002 0.027 0.003 69 H 0.004 0.250 0.019 0.147 0.006 0.056 0.006 0.008 0.214 0.053 0.033 0.138 0.022 0.002 0.002 0.040 70 T 0.302 0.046 0.093 0.164 0.005 0.098 0.016 0.010 0.008 0.003 0.060 0.066 0.111 0.001 0.010 0.009 71 R 0.014 0.211 0.480 0.150 0.002 0.028 0.006 0.004 0.007 0.002 0.014 0.027 0.028 0.001 0.003 0.024 72 Y 0.029 0.032 0.123 0.743 0.001 0.019 0.001 0.003 0.004 0.001 0.009 0.009 0.018 0.001 0.002 0.006 73 T 0.011 0.021 0.333 0.586 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.016 0.001 0.001 0.004 74 V 0.006 0.010 0.063 0.891 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 75 R 0.002 0.009 0.037 0.775 0.115 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 76 I 0.001 0.019 0.013 0.827 0.009 0.050 0.001 0.045 0.001 0.001 0.013 0.002 0.016 0.001 0.003 0.001 77 G 0.001 0.065 0.008 0.572 0.041 0.168 0.003 0.004 0.029 0.029 0.018 0.019 0.023 0.001 0.001 0.016 78 F 0.050 0.028 0.013 0.180 0.078 0.347 0.006 0.034 0.002 0.003 0.103 0.036 0.114 0.002 0.003 0.002 79 K 0.002 0.152 0.051 0.056 0.174 0.037 0.080 0.029 0.009 0.006 0.076 0.053 0.038 0.228 0.004 0.006 80 Q 0.006 0.018 0.012 0.076 0.003 0.013 0.005 0.238 0.013 0.003 0.013 0.019 0.055 0.002 0.517 0.007 81 G 0.008 0.014 0.080 0.023 0.004 0.005 0.009 0.001 0.148 0.038 0.009 0.006 0.051 0.004 0.002 0.597 82 I 0.594 0.006 0.040 0.029 0.113 0.027 0.086 0.003 0.001 0.002 0.008 0.025 0.044 0.018 0.002 0.004 83 K 0.004 0.052 0.101 0.025 0.241 0.045 0.095 0.217 0.002 0.003 0.024 0.009 0.025 0.120 0.032 0.006 84 G 0.005 0.043 0.013 0.111 0.006 0.011 0.004 0.359 0.173 0.038 0.021 0.011 0.019 0.003 0.140 0.043 85 G 0.165 0.014 0.055 0.069 0.003 0.026 0.009 0.007 0.233 0.232 0.027 0.033 0.036 0.001 0.004 0.086 86 D 0.468 0.125 0.164 0.123 0.003 0.022 0.006 0.002 0.005 0.002 0.011 0.037 0.020 0.001 0.002 0.011 87 V 0.035 0.037 0.317 0.425 0.007 0.093 0.008 0.006 0.003 0.002 0.018 0.021 0.019 0.003 0.003 0.005 88 N 0.008 0.128 0.262 0.537 0.003 0.020 0.002 0.005 0.005 0.001 0.004 0.008 0.011 0.001 0.002 0.004 89 F 0.009 0.006 0.036 0.903 0.002 0.013 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 90 E 0.010 0.029 0.150 0.757 0.020 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 91 V 0.003 0.008 0.019 0.386 0.307 0.240 0.012 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 92 T 0.001 0.305 0.017 0.253 0.012 0.139 0.002 0.215 0.004 0.002 0.028 0.009 0.006 0.001 0.007 0.001 93 N 0.006 0.094 0.013 0.593 0.001 0.025 0.001 0.027 0.114 0.021 0.061 0.015 0.010 0.001 0.003 0.016 94 F 0.196 0.012 0.257 0.432 0.002 0.009 0.001 0.002 0.007 0.003 0.027 0.022 0.018 0.001 0.001 0.009 95 I 0.024 0.013 0.366 0.497 0.012 0.035 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.007 0.028 0.002 0.001 0.004 96 V 0.001 0.051 0.027 0.866 0.007 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 97 A 0.002 0.021 0.013 0.585 0.075 0.261 0.005 0.005 0.002 0.003 0.007 0.003 0.012 0.001 0.001 0.003 98 P 0.010 0.088 0.034 0.154 0.059 0.204 0.003 0.108 0.005 0.010 0.260 0.016 0.040 0.001 0.004 0.003 99 D 0.008 0.062 0.011 0.031 0.225 0.137 0.071 0.016 0.025 0.019 0.103 0.094 0.019 0.171 0.003 0.005 100 K 0.010 0.051 0.017 0.021 0.001 0.007 0.002 0.237 0.003 0.001 0.050 0.022 0.021 0.001 0.552 0.004 101 G 0.006 0.019 0.041 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.241 0.017 0.002 0.009 0.008 0.001 0.001 0.637 102 L 0.843 0.003 0.064 0.037 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.019 0.001 0.001 0.002 103 K 0.003 0.280 0.523 0.165 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.004 104 Y 0.002 0.002 0.017 0.970 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 105 T 0.002 0.007 0.353 0.613 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 106 I 0.001 0.007 0.009 0.967 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 S 0.001 0.011 0.007 0.331 0.261 0.367 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 108 L 0.003 0.114 0.008 0.192 0.163 0.140 0.008 0.150 0.002 0.002 0.195 0.006 0.008 0.004 0.004 0.001