# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.114 0.378 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.104 0.094 0.058 0.228 2 A 0.021 0.292 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.251 0.071 0.065 0.271 3 Y 0.040 0.294 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.278 0.083 0.061 0.222 4 F 0.074 0.331 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.143 0.057 0.211 5 H 0.079 0.290 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.083 0.066 0.276 6 E 0.027 0.145 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.307 0.057 0.072 0.381 7 L 0.035 0.077 0.008 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.418 0.079 0.073 0.289 8 L 0.110 0.100 0.013 0.002 0.007 0.006 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.328 0.087 0.063 0.267 9 I 0.057 0.104 0.010 0.001 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.282 0.078 0.091 0.363 10 G 0.066 0.363 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.074 0.068 0.350 11 R 0.231 0.511 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.073 0.026 0.135 12 E 0.180 0.316 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.193 0.043 0.239 13 D 0.151 0.227 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.106 0.065 0.398 14 L 0.031 0.204 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.063 0.156 0.474 15 L 0.054 0.419 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.057 0.071 0.364 16 R 0.133 0.555 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.034 0.046 0.192 17 P 0.045 0.477 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.041 0.058 0.328 18 F 0.202 0.314 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.179 0.051 0.177 19 F 0.411 0.211 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.062 0.068 0.209 20 E 0.037 0.067 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.037 0.110 0.669 21 K 0.030 0.066 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.350 0.058 0.081 0.407 22 C 0.049 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.071 0.098 0.507 23 V 0.010 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.395 0.027 0.121 0.419 24 K 0.039 0.054 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.550 0.049 0.047 0.255 25 I 0.081 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.124 0.082 0.471 26 E 0.022 0.016 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.592 0.046 0.055 0.250 27 E 0.023 0.011 0.002 0.001 0.005 0.003 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.215 0.051 0.082 0.587 28 V 0.053 0.015 0.002 0.001 0.007 0.012 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.060 0.099 0.492 29 S 0.157 0.033 0.006 0.001 0.022 0.016 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.090 0.088 0.447 30 R 0.041 0.014 0.009 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.057 0.093 0.700 31 N 0.402 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.076 0.076 0.375 32 E 0.120 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.078 0.133 0.599 33 Q 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.056 0.141 0.533 34 G 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.010 0.022 0.003 0.004 0.002 0.002 0.002 0.264 0.063 0.097 0.497 35 V 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.024 0.022 0.005 0.009 0.010 0.007 0.004 0.582 0.062 0.043 0.200 36 T 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.023 0.012 0.008 0.007 0.575 0.117 0.036 0.197 37 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.019 0.026 0.009 0.614 0.089 0.037 0.169 38 S 0.023 0.006 0.001 0.001 0.007 0.005 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.006 0.553 0.061 0.052 0.255 39 I 0.032 0.009 0.001 0.001 0.020 0.009 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.388 0.132 0.071 0.317 40 T 0.010 0.012 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.332 0.066 0.138 0.429 41 N 0.184 0.127 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.070 0.091 0.330 42 V 0.105 0.182 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.079 0.139 0.392 43 T 0.031 0.344 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.047 0.094 0.314 44 D 0.023 0.248 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.187 0.082 0.092 0.339 45 L 0.034 0.334 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.005 0.002 0.004 0.002 0.004 0.002 0.328 0.091 0.042 0.130 46 V 0.085 0.248 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.006 0.006 0.003 0.292 0.094 0.039 0.189 47 L 0.029 0.154 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.004 0.003 0.501 0.063 0.036 0.174 48 K 0.066 0.045 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.269 0.369 0.047 0.182 49 L 0.099 0.098 0.009 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.210 0.092 0.300 50 K 0.087 0.052 0.011 0.002 0.004 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.076 0.125 0.527 51 K 0.070 0.048 0.005 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.064 0.088 0.596 52 T 0.210 0.044 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.206 0.096 0.362 53 A 0.048 0.059 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.070 0.147 0.596 54 H 0.055 0.087 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.049 0.152 0.589 55 D 0.077 0.156 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.110 0.114 0.413 56 T 0.013 0.112 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.099 0.145 0.458 57 L 0.011 0.082 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.543 0.097 0.053 0.192 58 L 0.013 0.082 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.006 0.004 0.577 0.119 0.034 0.146 59 V 0.005 0.036 0.006 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.772 0.061 0.018 0.080 60 Y 0.012 0.026 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.765 0.057 0.021 0.104 61 F 0.107 0.021 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.395 0.031 0.109 62 R 0.065 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.365 0.126 0.091 0.326 63 D 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.040 0.110 0.615 64 M 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.365 0.033 0.099 0.472 65 T 0.014 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.281 0.047 0.113 0.517 66 L 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.025 0.097 0.778 67 K 0.079 0.005 0.002 0.001 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.196 0.126 0.104 0.456 68 P 0.034 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.030 0.112 0.747 69 H 0.044 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.088 0.137 0.602 70 T 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.485 0.065 0.091 0.329 71 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.031 0.108 0.549 72 Y 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.822 0.031 0.023 0.097 73 T 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.006 0.006 0.006 0.606 0.064 0.041 0.244 74 V 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.004 0.894 0.023 0.009 0.044 75 R 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.007 0.692 0.041 0.033 0.168 76 I 0.007 0.007 0.001 0.001 0.007 0.015 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.784 0.044 0.022 0.092 77 G 0.042 0.011 0.016 0.001 0.043 0.006 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.398 0.173 0.055 0.233 78 F 0.210 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.216 0.052 0.091 0.406 79 K 0.220 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.064 0.114 0.500 80 Q 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.022 0.132 0.705 81 G 0.044 0.015 0.002 0.001 0.005 0.005 0.004 0.001 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.107 0.153 0.551 82 I 0.075 0.010 0.005 0.001 0.010 0.004 0.005 0.002 0.036 0.019 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.095 0.077 0.136 0.500 83 K 0.161 0.022 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.142 0.069 0.116 0.468 84 G 0.076 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.006 0.003 0.002 0.100 0.115 0.152 0.493 85 G 0.034 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.202 0.072 0.147 0.497 86 D 0.111 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.170 0.102 0.106 0.460 87 V 0.045 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.193 0.063 0.152 0.495 88 N 0.014 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.412 0.124 0.101 0.318 89 F 0.009 0.011 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.007 0.004 0.005 0.003 0.397 0.142 0.113 0.288 90 E 0.017 0.007 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.511 0.069 0.088 0.280 91 V 0.076 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.419 0.124 0.071 0.282 92 T 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.076 0.141 0.436 93 N 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.767 0.052 0.038 0.130 94 F 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.494 0.072 0.087 0.311 95 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.023 0.027 0.074 96 V 0.012 0.004 0.001 0.001 0.002 0.016 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.417 0.050 0.076 0.399 97 A 0.046 0.006 0.007 0.001 0.097 0.033 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.256 0.191 0.080 0.250 98 P 0.035 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.029 0.108 0.730 99 D 0.378 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.102 0.090 0.386 100 K 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.023 0.166 0.609 101 G 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.072 0.125 0.593 102 L 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.026 0.045 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.334 0.104 0.071 0.285 103 K 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.006 0.005 0.005 0.006 0.003 0.004 0.403 0.072 0.082 0.384 104 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.046 0.014 0.021 0.009 0.735 0.041 0.018 0.099 105 T 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.031 0.048 0.015 0.518 0.056 0.042 0.264 106 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.772 0.027 0.029 0.147 107 S 0.011 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.419 0.044 0.078 0.421 108 L 0.022 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.353 0.044 0.091 0.467