# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.034 0.309 0.004 0.036 0.053 0.113 0.081 0.005 0.001 0.096 0.269 2 A 0.017 0.307 0.006 0.057 0.096 0.175 0.055 0.004 0.001 0.060 0.222 3 Y 0.034 0.327 0.008 0.035 0.122 0.156 0.040 0.008 0.002 0.055 0.213 4 F 0.072 0.203 0.012 0.035 0.099 0.106 0.056 0.011 0.003 0.111 0.292 5 H 0.056 0.126 0.006 0.047 0.132 0.173 0.074 0.006 0.001 0.081 0.297 6 E 0.030 0.089 0.004 0.058 0.073 0.230 0.078 0.004 0.001 0.064 0.369 7 L 0.023 0.064 0.004 0.106 0.121 0.232 0.062 0.003 0.001 0.057 0.328 8 L 0.051 0.054 0.002 0.071 0.168 0.187 0.062 0.003 0.001 0.043 0.358 9 I 0.022 0.050 0.005 0.073 0.162 0.107 0.081 0.002 0.001 0.027 0.469 10 G 0.066 0.369 0.008 0.052 0.039 0.056 0.058 0.016 0.003 0.025 0.309 11 R 0.322 0.385 0.005 0.008 0.007 0.011 0.027 0.039 0.002 0.030 0.164 12 E 0.241 0.253 0.006 0.012 0.015 0.015 0.046 0.011 0.001 0.051 0.349 13 D 0.096 0.080 0.004 0.022 0.014 0.027 0.070 0.003 0.001 0.112 0.572 14 L 0.024 0.130 0.005 0.025 0.016 0.021 0.121 0.005 0.001 0.122 0.529 15 L 0.051 0.513 0.003 0.009 0.012 0.013 0.036 0.019 0.001 0.047 0.294 16 R 0.071 0.674 0.003 0.004 0.009 0.006 0.024 0.008 0.001 0.032 0.169 17 P 0.045 0.566 0.010 0.009 0.013 0.014 0.051 0.007 0.001 0.088 0.195 18 F 0.062 0.419 0.025 0.011 0.012 0.020 0.067 0.014 0.004 0.126 0.240 19 F 0.177 0.491 0.008 0.011 0.011 0.027 0.052 0.032 0.003 0.056 0.133 20 E 0.082 0.215 0.010 0.013 0.023 0.028 0.081 0.007 0.004 0.091 0.447 21 K 0.051 0.206 0.008 0.044 0.037 0.087 0.081 0.004 0.001 0.041 0.440 22 C 0.047 0.115 0.003 0.038 0.028 0.106 0.101 0.009 0.001 0.037 0.514 23 V 0.022 0.081 0.014 0.058 0.155 0.126 0.087 0.004 0.003 0.034 0.416 24 K 0.075 0.261 0.004 0.050 0.065 0.116 0.049 0.009 0.001 0.048 0.324 25 I 0.119 0.120 0.004 0.027 0.044 0.065 0.079 0.014 0.001 0.128 0.398 26 E 0.030 0.101 0.006 0.085 0.123 0.169 0.073 0.005 0.002 0.099 0.307 27 E 0.055 0.063 0.003 0.022 0.044 0.121 0.076 0.005 0.001 0.152 0.459 28 V 0.042 0.057 0.005 0.033 0.100 0.085 0.092 0.009 0.002 0.091 0.485 29 S 0.087 0.053 0.007 0.033 0.094 0.121 0.069 0.009 0.005 0.077 0.446 30 R 0.062 0.019 0.010 0.014 0.026 0.048 0.093 0.004 0.005 0.065 0.654 31 N 0.237 0.016 0.004 0.011 0.031 0.046 0.093 0.010 0.002 0.051 0.499 32 E 0.097 0.005 0.002 0.013 0.017 0.037 0.118 0.003 0.001 0.043 0.664 33 Q 0.009 0.004 0.002 0.029 0.050 0.130 0.114 0.001 0.001 0.026 0.636 34 G 0.006 0.003 0.001 0.028 0.056 0.138 0.074 0.001 0.001 0.053 0.641 35 V 0.003 0.003 0.001 0.053 0.351 0.261 0.043 0.001 0.001 0.039 0.245 36 T 0.005 0.004 0.001 0.127 0.179 0.290 0.037 0.001 0.001 0.083 0.273 37 L 0.002 0.003 0.001 0.086 0.348 0.251 0.033 0.001 0.001 0.061 0.213 38 S 0.018 0.013 0.001 0.130 0.212 0.270 0.038 0.003 0.001 0.083 0.232 39 I 0.084 0.018 0.002 0.049 0.155 0.175 0.060 0.005 0.001 0.169 0.282 40 T 0.011 0.035 0.002 0.088 0.108 0.151 0.094 0.002 0.001 0.107 0.401 41 N 0.038 0.263 0.002 0.016 0.062 0.100 0.064 0.004 0.001 0.080 0.370 42 V 0.042 0.413 0.002 0.011 0.040 0.026 0.077 0.008 0.001 0.080 0.300 43 T 0.017 0.504 0.002 0.017 0.041 0.084 0.050 0.004 0.001 0.076 0.205 44 D 0.015 0.574 0.002 0.021 0.031 0.101 0.044 0.002 0.001 0.079 0.131 45 L 0.021 0.598 0.005 0.043 0.052 0.095 0.032 0.004 0.001 0.065 0.083 46 V 0.048 0.536 0.005 0.034 0.040 0.086 0.031 0.010 0.001 0.079 0.130 47 L 0.027 0.410 0.006 0.051 0.087 0.096 0.037 0.003 0.001 0.101 0.181 48 K 0.024 0.127 0.007 0.022 0.035 0.052 0.042 0.002 0.001 0.532 0.156 49 L 0.038 0.231 0.014 0.023 0.022 0.029 0.097 0.014 0.003 0.285 0.243 50 K 0.143 0.233 0.015 0.017 0.037 0.032 0.062 0.032 0.006 0.079 0.342 51 K 0.110 0.093 0.006 0.014 0.022 0.041 0.063 0.006 0.003 0.070 0.572 52 T 0.074 0.038 0.007 0.017 0.016 0.025 0.110 0.004 0.002 0.231 0.477 53 A 0.048 0.052 0.010 0.028 0.020 0.033 0.151 0.006 0.003 0.138 0.512 54 H 0.088 0.100 0.005 0.010 0.008 0.013 0.115 0.008 0.001 0.045 0.605 55 D 0.055 0.142 0.004 0.017 0.021 0.036 0.138 0.007 0.001 0.060 0.520 56 T 0.020 0.143 0.003 0.037 0.044 0.091 0.118 0.004 0.001 0.100 0.439 57 L 0.011 0.108 0.002 0.087 0.066 0.343 0.066 0.003 0.001 0.087 0.229 58 L 0.013 0.091 0.002 0.128 0.159 0.227 0.055 0.003 0.001 0.073 0.248 59 V 0.007 0.038 0.003 0.129 0.295 0.297 0.026 0.001 0.001 0.044 0.159 60 Y 0.019 0.071 0.005 0.085 0.240 0.279 0.034 0.005 0.002 0.067 0.193 61 F 0.072 0.021 0.012 0.059 0.108 0.142 0.068 0.008 0.006 0.258 0.245 62 R 0.082 0.014 0.005 0.052 0.128 0.195 0.080 0.006 0.003 0.095 0.339 63 D 0.040 0.007 0.001 0.033 0.034 0.098 0.080 0.003 0.001 0.037 0.666 64 M 0.019 0.003 0.002 0.056 0.135 0.148 0.104 0.001 0.001 0.048 0.484 65 T 0.008 0.004 0.001 0.045 0.083 0.166 0.082 0.001 0.001 0.052 0.557 66 L 0.025 0.004 0.001 0.030 0.078 0.078 0.090 0.002 0.001 0.062 0.629 67 K 0.068 0.007 0.002 0.043 0.064 0.069 0.104 0.004 0.001 0.091 0.547 68 P 0.045 0.006 0.001 0.020 0.023 0.042 0.105 0.002 0.001 0.038 0.718 69 H 0.047 0.005 0.001 0.023 0.024 0.049 0.126 0.002 0.001 0.053 0.670 70 T 0.016 0.008 0.001 0.026 0.115 0.184 0.114 0.002 0.001 0.036 0.497 71 R 0.010 0.006 0.001 0.030 0.087 0.231 0.105 0.002 0.001 0.041 0.487 72 Y 0.002 0.003 0.001 0.043 0.317 0.427 0.034 0.001 0.001 0.024 0.147 73 T 0.004 0.004 0.001 0.054 0.192 0.407 0.036 0.001 0.001 0.051 0.249 74 V 0.003 0.004 0.001 0.052 0.423 0.360 0.016 0.001 0.001 0.037 0.105 75 R 0.007 0.012 0.001 0.071 0.309 0.346 0.026 0.001 0.001 0.051 0.176 76 I 0.009 0.013 0.002 0.106 0.341 0.326 0.026 0.002 0.001 0.025 0.150 77 G 0.022 0.015 0.026 0.090 0.275 0.275 0.029 0.006 0.017 0.075 0.169 78 F 0.381 0.016 0.002 0.038 0.070 0.093 0.051 0.013 0.001 0.043 0.293 79 K 0.211 0.014 0.002 0.041 0.040 0.048 0.086 0.011 0.001 0.046 0.500 80 Q 0.014 0.006 0.001 0.085 0.019 0.052 0.099 0.001 0.001 0.024 0.699 81 G 0.040 0.006 0.002 0.032 0.022 0.055 0.117 0.003 0.001 0.091 0.630 82 I 0.045 0.005 0.001 0.032 0.092 0.038 0.117 0.003 0.001 0.049 0.618 83 K 0.191 0.013 0.002 0.066 0.025 0.045 0.112 0.005 0.001 0.057 0.483 84 G 0.037 0.009 0.001 0.017 0.009 0.027 0.128 0.003 0.001 0.044 0.724 85 G 0.022 0.013 0.002 0.038 0.032 0.071 0.158 0.003 0.001 0.034 0.628 86 D 0.068 0.019 0.002 0.058 0.072 0.105 0.124 0.005 0.001 0.085 0.461 87 V 0.025 0.014 0.002 0.078 0.087 0.120 0.124 0.003 0.001 0.064 0.482 88 N 0.025 0.011 0.001 0.089 0.065 0.164 0.104 0.002 0.001 0.114 0.424 89 F 0.006 0.006 0.002 0.118 0.146 0.214 0.109 0.001 0.001 0.102 0.293 90 E 0.015 0.008 0.002 0.176 0.137 0.224 0.078 0.003 0.001 0.093 0.261 91 V 0.025 0.006 0.002 0.164 0.117 0.190 0.070 0.005 0.001 0.136 0.284 92 T 0.011 0.005 0.002 0.201 0.107 0.188 0.080 0.003 0.001 0.091 0.312 93 N 0.008 0.003 0.001 0.225 0.114 0.372 0.043 0.002 0.001 0.054 0.180 94 F 0.009 0.002 0.001 0.221 0.195 0.213 0.045 0.001 0.001 0.082 0.232 95 I 0.002 0.002 0.001 0.315 0.200 0.274 0.044 0.001 0.001 0.032 0.130 96 V 0.013 0.011 0.001 0.260 0.097 0.182 0.085 0.002 0.001 0.032 0.316 97 A 0.197 0.019 0.025 0.068 0.069 0.088 0.086 0.021 0.021 0.114 0.293 98 P 0.244 0.013 0.001 0.013 0.007 0.015 0.091 0.010 0.001 0.023 0.581 99 D 0.349 0.011 0.002 0.010 0.004 0.012 0.073 0.006 0.001 0.028 0.504 100 K 0.021 0.010 0.001 0.054 0.035 0.062 0.114 0.002 0.001 0.029 0.673 101 G 0.022 0.009 0.001 0.026 0.021 0.078 0.105 0.002 0.001 0.100 0.636 102 L 0.013 0.009 0.001 0.035 0.366 0.173 0.066 0.003 0.001 0.052 0.282 103 K 0.011 0.009 0.001 0.095 0.075 0.192 0.063 0.002 0.001 0.082 0.469 104 Y 0.008 0.006 0.002 0.072 0.288 0.300 0.039 0.001 0.001 0.055 0.229 105 T 0.017 0.006 0.002 0.101 0.161 0.251 0.054 0.002 0.001 0.085 0.320 106 I 0.013 0.004 0.002 0.114 0.200 0.198 0.062 0.002 0.001 0.056 0.349 107 S 0.030 0.012 0.002 0.100 0.119 0.184 0.073 0.003 0.001 0.065 0.410 108 L 0.044 0.013 0.002 0.044 0.071 0.078 0.110 0.004 0.001 0.065 0.568