# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.027 0.469 0.015 0.031 0.060 0.060 0.110 0.228 2 A 0.016 0.440 0.026 0.062 0.101 0.061 0.132 0.161 3 Y 0.017 0.549 0.027 0.050 0.103 0.038 0.118 0.097 4 F 0.033 0.508 0.047 0.058 0.099 0.029 0.123 0.102 5 H 0.048 0.341 0.045 0.120 0.135 0.038 0.115 0.157 6 E 0.033 0.118 0.093 0.111 0.170 0.067 0.131 0.278 7 L 0.047 0.162 0.098 0.096 0.160 0.098 0.063 0.275 8 L 0.057 0.115 0.082 0.092 0.127 0.090 0.052 0.384 9 I 0.015 0.084 0.125 0.079 0.088 0.107 0.057 0.444 10 G 0.079 0.279 0.043 0.040 0.050 0.072 0.108 0.329 11 R 0.270 0.232 0.026 0.021 0.020 0.039 0.252 0.141 12 E 0.153 0.327 0.012 0.013 0.020 0.052 0.061 0.362 13 D 0.064 0.089 0.017 0.016 0.022 0.077 0.067 0.648 14 L 0.011 0.163 0.019 0.030 0.036 0.133 0.083 0.525 15 L 0.075 0.393 0.016 0.009 0.021 0.078 0.065 0.343 16 R 0.191 0.497 0.012 0.023 0.016 0.039 0.072 0.151 17 P 0.047 0.336 0.028 0.015 0.027 0.063 0.137 0.347 18 F 0.087 0.218 0.056 0.020 0.037 0.075 0.293 0.215 19 F 0.209 0.147 0.037 0.039 0.046 0.058 0.208 0.255 20 E 0.059 0.032 0.023 0.019 0.025 0.059 0.046 0.735 21 K 0.020 0.052 0.049 0.036 0.085 0.110 0.029 0.620 22 C 0.020 0.035 0.034 0.026 0.055 0.097 0.023 0.710 23 V 0.011 0.032 0.117 0.184 0.100 0.101 0.028 0.427 24 K 0.062 0.185 0.029 0.030 0.039 0.060 0.051 0.543 25 I 0.237 0.192 0.039 0.046 0.028 0.035 0.260 0.163 26 E 0.066 0.148 0.046 0.065 0.064 0.069 0.092 0.450 27 E 0.083 0.037 0.026 0.030 0.054 0.065 0.114 0.591 28 V 0.079 0.031 0.022 0.069 0.055 0.112 0.062 0.570 29 S 0.066 0.022 0.011 0.029 0.074 0.088 0.056 0.654 30 R 0.040 0.006 0.007 0.013 0.020 0.086 0.035 0.792 31 N 0.281 0.015 0.012 0.032 0.039 0.081 0.082 0.457 32 E 0.060 0.006 0.011 0.017 0.030 0.089 0.043 0.743 33 Q 0.008 0.005 0.053 0.044 0.198 0.120 0.029 0.544 34 G 0.004 0.003 0.069 0.098 0.225 0.067 0.054 0.479 35 V 0.004 0.007 0.108 0.333 0.251 0.045 0.037 0.214 36 T 0.005 0.009 0.194 0.164 0.290 0.035 0.097 0.206 37 L 0.003 0.008 0.140 0.329 0.254 0.026 0.129 0.111 38 S 0.039 0.056 0.231 0.164 0.233 0.032 0.089 0.156 39 I 0.047 0.053 0.079 0.151 0.175 0.050 0.198 0.247 40 T 0.008 0.068 0.152 0.106 0.164 0.068 0.125 0.308 41 N 0.051 0.249 0.052 0.069 0.120 0.089 0.101 0.269 42 V 0.075 0.387 0.049 0.057 0.058 0.058 0.072 0.244 43 T 0.051 0.459 0.024 0.051 0.118 0.053 0.064 0.180 44 D 0.033 0.323 0.042 0.046 0.106 0.053 0.118 0.277 45 L 0.014 0.431 0.050 0.157 0.154 0.030 0.051 0.112 46 V 0.015 0.328 0.076 0.117 0.185 0.035 0.073 0.170 47 L 0.039 0.210 0.097 0.160 0.173 0.040 0.101 0.179 48 K 0.048 0.100 0.064 0.157 0.138 0.032 0.365 0.096 49 L 0.070 0.187 0.033 0.047 0.070 0.064 0.201 0.328 50 K 0.064 0.114 0.032 0.079 0.119 0.080 0.096 0.416 51 K 0.062 0.045 0.019 0.040 0.044 0.079 0.061 0.649 52 T 0.138 0.060 0.019 0.028 0.034 0.100 0.140 0.480 53 A 0.054 0.051 0.022 0.024 0.032 0.139 0.078 0.599 54 H 0.062 0.054 0.018 0.012 0.023 0.104 0.062 0.664 55 D 0.143 0.175 0.017 0.030 0.038 0.077 0.067 0.453 56 T 0.026 0.139 0.035 0.041 0.106 0.093 0.063 0.498 57 L 0.010 0.110 0.089 0.107 0.293 0.071 0.066 0.253 58 L 0.013 0.076 0.085 0.235 0.294 0.049 0.080 0.167 59 V 0.004 0.039 0.138 0.364 0.284 0.025 0.053 0.093 60 Y 0.018 0.055 0.148 0.177 0.383 0.029 0.080 0.110 61 F 0.105 0.017 0.127 0.198 0.191 0.028 0.236 0.099 62 R 0.075 0.015 0.043 0.199 0.163 0.054 0.085 0.366 63 D 0.038 0.004 0.017 0.028 0.092 0.064 0.018 0.739 64 M 0.017 0.002 0.020 0.094 0.120 0.116 0.027 0.604 65 T 0.011 0.002 0.019 0.104 0.164 0.087 0.032 0.582 66 L 0.020 0.001 0.012 0.034 0.054 0.080 0.035 0.764 67 K 0.094 0.004 0.030 0.171 0.106 0.110 0.085 0.400 68 P 0.056 0.003 0.012 0.013 0.033 0.068 0.031 0.784 69 H 0.056 0.005 0.044 0.033 0.075 0.118 0.064 0.606 70 T 0.035 0.009 0.068 0.095 0.238 0.098 0.068 0.389 71 R 0.006 0.005 0.053 0.104 0.218 0.063 0.030 0.522 72 Y 0.003 0.004 0.111 0.258 0.443 0.028 0.020 0.132 73 T 0.003 0.005 0.095 0.247 0.417 0.022 0.041 0.169 74 V 0.005 0.007 0.115 0.428 0.296 0.022 0.020 0.107 75 R 0.010 0.008 0.149 0.310 0.323 0.025 0.030 0.146 76 I 0.014 0.012 0.091 0.273 0.302 0.044 0.067 0.196 77 G 0.022 0.012 0.148 0.155 0.266 0.057 0.118 0.223 78 F 0.193 0.011 0.035 0.139 0.132 0.074 0.073 0.343 79 K 0.092 0.009 0.018 0.072 0.069 0.072 0.065 0.603 80 Q 0.008 0.003 0.036 0.039 0.124 0.141 0.025 0.625 81 G 0.017 0.003 0.051 0.044 0.128 0.137 0.061 0.560 82 I 0.075 0.004 0.060 0.135 0.065 0.117 0.062 0.483 83 K 0.134 0.008 0.052 0.040 0.069 0.112 0.059 0.528 84 G 0.045 0.008 0.028 0.025 0.061 0.098 0.047 0.688 85 G 0.034 0.008 0.061 0.050 0.103 0.119 0.033 0.592 86 D 0.034 0.012 0.052 0.077 0.112 0.107 0.060 0.546 87 V 0.019 0.012 0.052 0.149 0.183 0.091 0.045 0.449 88 N 0.015 0.008 0.073 0.119 0.305 0.074 0.134 0.272 89 F 0.005 0.005 0.087 0.184 0.269 0.064 0.190 0.197 90 E 0.010 0.007 0.159 0.239 0.334 0.044 0.078 0.128 91 V 0.024 0.007 0.103 0.163 0.263 0.061 0.084 0.296 92 T 0.014 0.005 0.128 0.177 0.282 0.070 0.061 0.263 93 N 0.009 0.002 0.142 0.164 0.418 0.058 0.046 0.161 94 F 0.010 0.002 0.111 0.156 0.237 0.074 0.033 0.377 95 I 0.002 0.001 0.137 0.329 0.378 0.026 0.015 0.112 96 V 0.017 0.003 0.084 0.117 0.213 0.078 0.032 0.454 97 A 0.051 0.003 0.126 0.331 0.157 0.076 0.082 0.173 98 P 0.098 0.003 0.010 0.011 0.016 0.078 0.014 0.769 99 D 0.609 0.007 0.009 0.005 0.007 0.037 0.040 0.287 100 K 0.052 0.007 0.016 0.016 0.040 0.179 0.020 0.671 101 G 0.013 0.003 0.014 0.008 0.042 0.072 0.041 0.807 102 L 0.027 0.009 0.033 0.209 0.177 0.111 0.074 0.361 103 K 0.008 0.005 0.053 0.104 0.179 0.062 0.091 0.498 104 Y 0.009 0.005 0.101 0.203 0.337 0.046 0.052 0.247 105 T 0.008 0.003 0.198 0.174 0.310 0.034 0.058 0.215 106 I 0.013 0.003 0.129 0.291 0.227 0.044 0.037 0.257 107 S 0.019 0.007 0.123 0.132 0.224 0.062 0.060 0.373 108 L 0.034 0.010 0.052 0.096 0.121 0.097 0.064 0.525