# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.174 0.082 0.058 0.132 0.128 0.120 0.133 0.071 0.055 0.031 0.017 2 A 0.078 0.069 0.075 0.136 0.130 0.122 0.149 0.084 0.077 0.053 0.028 3 Y 0.013 0.027 0.047 0.089 0.088 0.106 0.194 0.155 0.138 0.086 0.057 4 F 0.007 0.010 0.032 0.037 0.043 0.068 0.144 0.147 0.195 0.175 0.143 5 H 0.017 0.032 0.099 0.179 0.179 0.150 0.154 0.073 0.061 0.038 0.018 6 E 0.022 0.038 0.093 0.158 0.148 0.156 0.172 0.088 0.070 0.037 0.019 7 L 0.006 0.007 0.018 0.021 0.025 0.045 0.119 0.174 0.226 0.216 0.145 8 L 0.016 0.027 0.054 0.070 0.070 0.081 0.161 0.155 0.158 0.130 0.078 9 I 0.016 0.029 0.086 0.073 0.071 0.084 0.144 0.135 0.143 0.140 0.080 10 G 0.075 0.118 0.131 0.146 0.124 0.096 0.126 0.067 0.054 0.043 0.019 11 R 0.057 0.068 0.046 0.093 0.103 0.119 0.183 0.129 0.097 0.068 0.037 12 E 0.262 0.125 0.085 0.171 0.127 0.081 0.064 0.036 0.024 0.017 0.008 13 D 0.223 0.120 0.140 0.194 0.137 0.073 0.058 0.026 0.015 0.009 0.004 14 L 0.027 0.043 0.055 0.085 0.083 0.100 0.162 0.144 0.137 0.101 0.062 15 L 0.012 0.019 0.041 0.051 0.054 0.081 0.168 0.142 0.178 0.160 0.094 16 R 0.042 0.064 0.218 0.207 0.206 0.097 0.084 0.038 0.024 0.014 0.005 17 P 0.176 0.117 0.227 0.151 0.100 0.079 0.073 0.031 0.024 0.015 0.006 18 F 0.073 0.057 0.055 0.084 0.082 0.127 0.190 0.107 0.107 0.080 0.038 19 F 0.033 0.033 0.039 0.072 0.079 0.118 0.194 0.153 0.134 0.092 0.052 20 E 0.096 0.103 0.227 0.220 0.145 0.082 0.056 0.029 0.022 0.016 0.005 21 K 0.067 0.108 0.170 0.181 0.181 0.121 0.103 0.038 0.019 0.010 0.003 22 C 0.037 0.059 0.061 0.122 0.088 0.099 0.169 0.103 0.118 0.091 0.053 23 V 0.022 0.019 0.043 0.058 0.083 0.111 0.206 0.163 0.136 0.098 0.060 24 K 0.074 0.447 0.271 0.145 0.047 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 I 0.015 0.017 0.020 0.070 0.075 0.232 0.270 0.119 0.097 0.051 0.034 26 E 0.723 0.097 0.085 0.065 0.019 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 27 E 0.047 0.198 0.100 0.292 0.197 0.086 0.056 0.014 0.007 0.003 0.001 28 V 0.006 0.011 0.028 0.031 0.035 0.078 0.161 0.134 0.208 0.167 0.141 29 S 0.154 0.148 0.260 0.255 0.103 0.041 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 30 R 0.059 0.096 0.348 0.172 0.115 0.084 0.065 0.029 0.017 0.010 0.004 31 N 0.214 0.189 0.124 0.169 0.109 0.070 0.072 0.023 0.016 0.010 0.005 32 E 0.110 0.117 0.081 0.147 0.136 0.157 0.147 0.056 0.030 0.014 0.008 33 Q 0.297 0.159 0.245 0.157 0.076 0.032 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 34 G 0.268 0.166 0.125 0.200 0.113 0.069 0.039 0.012 0.006 0.002 0.001 35 V 0.008 0.010 0.018 0.027 0.034 0.069 0.141 0.172 0.208 0.172 0.140 36 T 0.073 0.148 0.104 0.269 0.203 0.092 0.066 0.021 0.013 0.007 0.003 37 L 0.011 0.018 0.042 0.032 0.037 0.052 0.103 0.133 0.206 0.211 0.155 38 S 0.087 0.161 0.104 0.250 0.185 0.086 0.064 0.025 0.020 0.013 0.006 39 I 0.018 0.015 0.016 0.034 0.031 0.050 0.120 0.135 0.206 0.193 0.183 40 T 0.109 0.107 0.068 0.193 0.179 0.106 0.094 0.051 0.044 0.032 0.018 41 N 0.068 0.132 0.079 0.183 0.149 0.102 0.117 0.063 0.052 0.035 0.019 42 V 0.020 0.019 0.020 0.048 0.054 0.078 0.133 0.147 0.188 0.162 0.129 43 T 0.090 0.121 0.078 0.188 0.167 0.114 0.113 0.049 0.040 0.027 0.012 44 D 0.075 0.113 0.109 0.240 0.176 0.106 0.084 0.042 0.029 0.018 0.008 45 L 0.009 0.011 0.021 0.038 0.051 0.084 0.185 0.176 0.186 0.138 0.102 46 V 0.009 0.021 0.049 0.091 0.086 0.089 0.166 0.128 0.160 0.123 0.079 47 L 0.004 0.011 0.063 0.063 0.068 0.101 0.172 0.139 0.162 0.132 0.085 48 K 0.009 0.031 0.154 0.229 0.250 0.112 0.109 0.046 0.032 0.019 0.008 49 L 0.004 0.008 0.024 0.022 0.024 0.049 0.138 0.173 0.219 0.201 0.138 50 K 0.033 0.053 0.115 0.210 0.202 0.105 0.123 0.063 0.046 0.038 0.013 51 K 0.091 0.078 0.168 0.165 0.142 0.098 0.116 0.060 0.043 0.027 0.011 52 T 0.145 0.112 0.119 0.179 0.147 0.102 0.097 0.040 0.031 0.019 0.009 53 A 0.164 0.085 0.058 0.085 0.072 0.092 0.162 0.098 0.091 0.059 0.034 54 H 0.180 0.142 0.087 0.147 0.125 0.083 0.093 0.055 0.045 0.027 0.015 55 D 0.104 0.106 0.084 0.128 0.132 0.126 0.136 0.075 0.058 0.032 0.019 56 T 0.151 0.136 0.095 0.184 0.148 0.102 0.086 0.041 0.031 0.019 0.008 57 L 0.024 0.027 0.033 0.072 0.095 0.130 0.206 0.159 0.130 0.076 0.048 58 L 0.009 0.019 0.042 0.080 0.087 0.099 0.157 0.148 0.157 0.123 0.079 59 V 0.005 0.012 0.046 0.048 0.054 0.076 0.164 0.172 0.179 0.151 0.094 60 Y 0.005 0.020 0.074 0.104 0.108 0.106 0.176 0.144 0.126 0.088 0.049 61 F 0.003 0.005 0.018 0.018 0.017 0.037 0.087 0.113 0.221 0.274 0.206 62 R 0.021 0.038 0.088 0.178 0.194 0.146 0.157 0.073 0.052 0.038 0.015 63 D 0.073 0.111 0.119 0.241 0.164 0.107 0.089 0.042 0.029 0.017 0.008 64 M 0.036 0.022 0.027 0.042 0.053 0.077 0.158 0.161 0.170 0.148 0.106 65 T 0.198 0.281 0.087 0.181 0.118 0.043 0.041 0.022 0.016 0.010 0.004 66 L 0.030 0.026 0.030 0.055 0.045 0.085 0.134 0.112 0.184 0.163 0.137 67 K 0.278 0.229 0.098 0.199 0.114 0.036 0.022 0.010 0.007 0.004 0.002 68 P 0.212 0.174 0.059 0.137 0.107 0.084 0.100 0.053 0.039 0.023 0.013 69 H 0.149 0.094 0.045 0.111 0.111 0.101 0.109 0.080 0.084 0.069 0.048 70 T 0.088 0.102 0.067 0.153 0.118 0.145 0.158 0.068 0.053 0.031 0.017 71 R 0.124 0.122 0.123 0.248 0.167 0.083 0.059 0.031 0.023 0.015 0.006 72 Y 0.034 0.033 0.032 0.071 0.089 0.138 0.205 0.154 0.118 0.076 0.051 73 T 0.051 0.134 0.084 0.230 0.166 0.107 0.091 0.045 0.042 0.035 0.016 74 V 0.005 0.007 0.011 0.017 0.022 0.052 0.126 0.182 0.207 0.197 0.174 75 R 0.068 0.134 0.120 0.378 0.204 0.049 0.026 0.010 0.006 0.004 0.001 76 I 0.007 0.007 0.011 0.017 0.021 0.041 0.105 0.126 0.221 0.213 0.231 77 G 0.103 0.338 0.081 0.241 0.151 0.035 0.024 0.009 0.008 0.007 0.003 78 F 0.006 0.008 0.010 0.025 0.024 0.066 0.127 0.148 0.209 0.179 0.197 79 K 0.188 0.224 0.119 0.301 0.118 0.025 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 80 Q 0.147 0.169 0.070 0.171 0.156 0.090 0.103 0.045 0.027 0.016 0.008 81 G 0.223 0.139 0.047 0.170 0.138 0.084 0.076 0.044 0.040 0.023 0.016 82 I 0.013 0.012 0.015 0.030 0.025 0.058 0.119 0.108 0.216 0.221 0.182 83 K 0.062 0.178 0.109 0.255 0.174 0.082 0.070 0.033 0.021 0.011 0.006 84 G 0.250 0.182 0.057 0.113 0.091 0.069 0.078 0.051 0.049 0.035 0.024 85 G 0.195 0.083 0.030 0.092 0.104 0.103 0.124 0.083 0.077 0.063 0.045 86 D 0.148 0.154 0.047 0.165 0.131 0.093 0.095 0.061 0.050 0.035 0.022 87 V 0.029 0.022 0.018 0.049 0.051 0.083 0.134 0.149 0.179 0.155 0.131 88 N 0.118 0.169 0.077 0.247 0.197 0.079 0.052 0.024 0.018 0.012 0.006 89 F 0.044 0.035 0.025 0.054 0.063 0.083 0.135 0.140 0.164 0.139 0.117 90 E 0.106 0.141 0.077 0.249 0.194 0.090 0.063 0.030 0.024 0.018 0.008 91 V 0.012 0.012 0.017 0.032 0.033 0.050 0.111 0.165 0.210 0.190 0.168 92 T 0.041 0.064 0.069 0.182 0.179 0.131 0.127 0.072 0.064 0.050 0.022 93 N 0.043 0.064 0.074 0.162 0.145 0.123 0.149 0.083 0.082 0.051 0.025 94 F 0.015 0.018 0.024 0.052 0.059 0.086 0.166 0.150 0.190 0.142 0.099 95 I 0.021 0.022 0.030 0.055 0.055 0.069 0.150 0.138 0.183 0.161 0.115 96 V 0.014 0.029 0.046 0.082 0.084 0.087 0.160 0.144 0.154 0.115 0.084 97 A 0.018 0.034 0.041 0.067 0.071 0.094 0.162 0.143 0.148 0.130 0.091 98 P 0.065 0.082 0.058 0.165 0.150 0.125 0.153 0.084 0.056 0.041 0.021 99 D 0.330 0.156 0.067 0.147 0.101 0.061 0.052 0.032 0.024 0.018 0.011 100 K 0.174 0.168 0.053 0.160 0.145 0.113 0.095 0.040 0.026 0.016 0.009 101 G 0.252 0.204 0.063 0.156 0.108 0.061 0.058 0.033 0.030 0.022 0.013 102 L 0.012 0.014 0.014 0.033 0.048 0.107 0.171 0.183 0.170 0.136 0.112 103 K 0.131 0.224 0.171 0.303 0.110 0.032 0.014 0.006 0.004 0.003 0.001 104 Y 0.010 0.011 0.016 0.024 0.034 0.056 0.127 0.220 0.193 0.169 0.139 105 T 0.066 0.147 0.087 0.232 0.180 0.089 0.075 0.040 0.036 0.033 0.013 106 I 0.015 0.017 0.032 0.039 0.040 0.080 0.147 0.135 0.186 0.178 0.130 107 S 0.176 0.233 0.165 0.244 0.119 0.031 0.016 0.007 0.005 0.003 0.001 108 L 0.077 0.042 0.034 0.065 0.067 0.104 0.169 0.120 0.144 0.113 0.066