# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.065 0.071 0.007 0.049 0.050 0.094 0.093 0.002 0.001 0.005 0.564 2 A 0.057 0.135 0.005 0.067 0.084 0.106 0.118 0.002 0.001 0.006 0.420 3 Y 0.052 0.243 0.004 0.051 0.079 0.098 0.115 0.003 0.001 0.004 0.352 4 F 0.047 0.347 0.004 0.070 0.070 0.152 0.044 0.003 0.001 0.003 0.261 5 H 0.034 0.355 0.003 0.055 0.066 0.142 0.053 0.003 0.001 0.003 0.285 6 E 0.069 0.438 0.007 0.038 0.043 0.051 0.067 0.005 0.001 0.005 0.278 7 L 0.097 0.546 0.010 0.043 0.064 0.058 0.034 0.006 0.001 0.003 0.139 8 L 0.071 0.566 0.013 0.062 0.066 0.072 0.020 0.007 0.001 0.001 0.122 9 I 0.058 0.428 0.018 0.070 0.069 0.085 0.019 0.008 0.001 0.002 0.242 10 G 0.069 0.232 0.017 0.051 0.039 0.081 0.051 0.015 0.001 0.003 0.442 11 R 0.056 0.226 0.020 0.061 0.027 0.084 0.055 0.007 0.001 0.002 0.462 12 E 0.009 0.061 0.002 0.010 0.007 0.023 0.077 0.002 0.001 0.001 0.808 13 D 0.072 0.086 0.004 0.007 0.005 0.009 0.242 0.002 0.001 0.005 0.569 14 L 0.325 0.341 0.008 0.004 0.002 0.005 0.029 0.008 0.001 0.004 0.275 15 L 0.151 0.569 0.044 0.009 0.003 0.015 0.024 0.010 0.001 0.002 0.172 16 R 0.074 0.571 0.029 0.015 0.011 0.010 0.012 0.005 0.001 0.001 0.272 17 P 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 18 F 0.071 0.279 0.011 0.010 0.009 0.030 0.068 0.006 0.001 0.002 0.514 19 F 0.164 0.525 0.004 0.015 0.005 0.011 0.025 0.003 0.001 0.002 0.247 20 E 0.071 0.629 0.005 0.010 0.014 0.015 0.018 0.003 0.001 0.002 0.232 21 K 0.153 0.568 0.004 0.023 0.013 0.010 0.026 0.008 0.001 0.002 0.191 22 C 0.235 0.502 0.008 0.014 0.010 0.018 0.009 0.016 0.001 0.001 0.187 23 V 0.102 0.338 0.033 0.052 0.159 0.127 0.032 0.007 0.001 0.002 0.146 24 K 0.021 0.113 0.016 0.040 0.105 0.098 0.054 0.009 0.001 0.001 0.542 25 I 0.058 0.089 0.006 0.081 0.135 0.359 0.015 0.002 0.001 0.001 0.255 26 E 0.016 0.075 0.002 0.056 0.211 0.195 0.158 0.002 0.001 0.003 0.283 27 E 0.020 0.024 0.002 0.020 0.028 0.044 0.106 0.003 0.001 0.002 0.751 28 V 0.069 0.090 0.005 0.110 0.131 0.280 0.041 0.002 0.001 0.003 0.269 29 S 0.057 0.074 0.004 0.053 0.091 0.115 0.107 0.002 0.001 0.005 0.492 30 R 0.048 0.086 0.005 0.036 0.076 0.105 0.057 0.005 0.001 0.004 0.576 31 N 0.120 0.089 0.003 0.044 0.079 0.138 0.064 0.006 0.001 0.005 0.452 32 E 0.162 0.029 0.004 0.029 0.034 0.047 0.098 0.005 0.001 0.011 0.581 33 Q 0.100 0.033 0.008 0.030 0.040 0.051 0.237 0.005 0.001 0.009 0.487 34 G 0.292 0.016 0.008 0.047 0.043 0.063 0.122 0.007 0.001 0.024 0.379 35 V 0.128 0.011 0.033 0.116 0.161 0.123 0.098 0.003 0.001 0.003 0.322 36 T 0.013 0.002 0.003 0.139 0.157 0.264 0.066 0.001 0.001 0.001 0.354 37 L 0.013 0.002 0.002 0.171 0.246 0.425 0.016 0.001 0.001 0.001 0.123 38 S 0.005 0.002 0.001 0.332 0.202 0.252 0.053 0.001 0.001 0.002 0.153 39 I 0.007 0.003 0.001 0.291 0.145 0.290 0.035 0.001 0.001 0.003 0.224 40 T 0.007 0.010 0.001 0.392 0.109 0.196 0.091 0.001 0.001 0.010 0.185 41 N 0.020 0.008 0.001 0.087 0.058 0.070 0.343 0.001 0.001 0.013 0.401 42 V 0.051 0.038 0.004 0.109 0.068 0.129 0.136 0.001 0.001 0.010 0.454 43 T 0.015 0.049 0.002 0.035 0.045 0.097 0.411 0.001 0.001 0.009 0.337 44 D 0.136 0.091 0.005 0.021 0.030 0.042 0.161 0.001 0.001 0.035 0.477 45 L 0.085 0.436 0.008 0.027 0.130 0.109 0.077 0.002 0.001 0.005 0.121 46 V 0.039 0.461 0.007 0.041 0.126 0.134 0.063 0.002 0.001 0.002 0.125 47 L 0.025 0.578 0.002 0.022 0.148 0.132 0.012 0.002 0.001 0.001 0.078 48 K 0.029 0.601 0.002 0.017 0.109 0.110 0.021 0.007 0.001 0.001 0.101 49 L 0.051 0.561 0.005 0.027 0.092 0.120 0.011 0.016 0.001 0.001 0.116 50 K 0.053 0.327 0.011 0.034 0.082 0.185 0.060 0.013 0.001 0.002 0.232 51 K 0.149 0.146 0.031 0.029 0.026 0.028 0.049 0.020 0.001 0.005 0.517 52 T 0.174 0.190 0.031 0.044 0.051 0.073 0.059 0.020 0.001 0.004 0.354 53 A 0.184 0.099 0.023 0.056 0.043 0.064 0.051 0.011 0.001 0.005 0.464 54 H 0.064 0.064 0.020 0.038 0.036 0.059 0.184 0.007 0.001 0.005 0.523 55 D 0.182 0.052 0.006 0.037 0.043 0.066 0.129 0.005 0.001 0.013 0.466 56 T 0.054 0.027 0.005 0.019 0.016 0.021 0.085 0.002 0.001 0.007 0.763 57 L 0.045 0.027 0.013 0.065 0.070 0.100 0.462 0.001 0.001 0.010 0.205 58 L 0.136 0.094 0.009 0.160 0.106 0.152 0.124 0.001 0.001 0.009 0.208 59 V 0.018 0.157 0.003 0.161 0.283 0.276 0.020 0.001 0.001 0.003 0.080 60 Y 0.008 0.182 0.002 0.148 0.252 0.241 0.025 0.002 0.001 0.001 0.138 61 F 0.007 0.106 0.001 0.063 0.327 0.424 0.007 0.001 0.001 0.001 0.063 62 R 0.014 0.091 0.001 0.043 0.249 0.438 0.027 0.003 0.001 0.002 0.132 63 D 0.099 0.077 0.009 0.043 0.103 0.130 0.088 0.008 0.001 0.005 0.438 64 M 0.199 0.080 0.008 0.056 0.166 0.200 0.052 0.005 0.001 0.005 0.230 65 T 0.094 0.039 0.015 0.057 0.073 0.107 0.094 0.008 0.001 0.009 0.505 66 L 0.122 0.017 0.027 0.078 0.071 0.167 0.051 0.003 0.001 0.006 0.459 67 K 0.040 0.009 0.004 0.071 0.099 0.112 0.188 0.001 0.001 0.003 0.473 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.994 69 H 0.009 0.003 0.001 0.060 0.139 0.375 0.069 0.001 0.001 0.002 0.340 70 T 0.332 0.006 0.001 0.060 0.076 0.100 0.067 0.001 0.001 0.008 0.350 71 R 0.092 0.010 0.002 0.063 0.135 0.188 0.069 0.001 0.001 0.008 0.433 72 Y 0.057 0.008 0.002 0.112 0.253 0.244 0.075 0.001 0.001 0.004 0.245 73 T 0.022 0.004 0.001 0.085 0.164 0.237 0.085 0.001 0.001 0.002 0.399 74 V 0.011 0.002 0.001 0.069 0.380 0.465 0.016 0.001 0.001 0.001 0.056 75 R 0.007 0.003 0.001 0.119 0.224 0.331 0.047 0.001 0.001 0.001 0.266 76 I 0.004 0.002 0.001 0.067 0.385 0.469 0.010 0.001 0.001 0.001 0.061 77 G 0.004 0.005 0.001 0.073 0.171 0.348 0.081 0.001 0.001 0.002 0.316 78 F 0.016 0.006 0.001 0.090 0.209 0.372 0.041 0.001 0.001 0.003 0.262 79 K 0.013 0.015 0.001 0.072 0.136 0.215 0.187 0.001 0.001 0.006 0.355 80 Q 0.061 0.016 0.002 0.038 0.047 0.066 0.270 0.002 0.001 0.013 0.486 81 G 0.269 0.029 0.004 0.083 0.055 0.107 0.073 0.006 0.001 0.027 0.347 82 I 0.137 0.031 0.038 0.113 0.072 0.077 0.154 0.003 0.001 0.009 0.366 83 K 0.020 0.015 0.004 0.084 0.068 0.071 0.112 0.002 0.001 0.007 0.617 84 G 0.024 0.011 0.002 0.037 0.048 0.107 0.087 0.004 0.001 0.006 0.674 85 G 0.133 0.014 0.008 0.079 0.057 0.078 0.110 0.007 0.001 0.011 0.504 86 D 0.228 0.004 0.008 0.048 0.071 0.103 0.108 0.001 0.001 0.005 0.423 87 V 0.080 0.005 0.005 0.075 0.139 0.168 0.131 0.001 0.001 0.006 0.390 88 N 0.031 0.005 0.002 0.132 0.107 0.159 0.229 0.001 0.001 0.009 0.326 89 F 0.050 0.009 0.002 0.152 0.162 0.244 0.077 0.001 0.001 0.010 0.294 90 E 0.022 0.008 0.002 0.181 0.272 0.265 0.100 0.001 0.001 0.006 0.144 91 V 0.006 0.005 0.001 0.108 0.249 0.252 0.069 0.001 0.001 0.002 0.307 92 T 0.006 0.005 0.001 0.077 0.257 0.582 0.019 0.001 0.001 0.002 0.052 93 N 0.030 0.005 0.001 0.129 0.263 0.388 0.037 0.001 0.001 0.011 0.135 94 F 0.035 0.007 0.006 0.189 0.232 0.277 0.066 0.001 0.001 0.007 0.179 95 I 0.016 0.003 0.002 0.279 0.244 0.351 0.034 0.001 0.001 0.005 0.066 96 V 0.008 0.006 0.002 0.128 0.182 0.325 0.042 0.001 0.001 0.003 0.305 97 A 0.010 0.004 0.001 0.124 0.280 0.468 0.019 0.001 0.001 0.002 0.093 98 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 0.021 0.001 0.001 0.001 0.955 99 D 0.008 0.002 0.001 0.036 0.080 0.210 0.155 0.001 0.001 0.003 0.504 100 K 0.127 0.005 0.001 0.018 0.025 0.031 0.148 0.001 0.001 0.032 0.613 101 G 0.211 0.006 0.004 0.021 0.020 0.026 0.209 0.002 0.001 0.071 0.431 102 L 0.311 0.014 0.014 0.037 0.054 0.062 0.257 0.001 0.001 0.012 0.239 103 K 0.045 0.008 0.002 0.051 0.088 0.121 0.093 0.001 0.001 0.010 0.581 104 Y 0.024 0.008 0.005 0.073 0.166 0.218 0.090 0.001 0.001 0.003 0.411 105 T 0.027 0.007 0.001 0.133 0.133 0.195 0.094 0.001 0.001 0.003 0.404 106 I 0.029 0.009 0.001 0.119 0.228 0.373 0.028 0.001 0.001 0.003 0.209 107 S 0.009 0.014 0.001 0.182 0.145 0.218 0.121 0.001 0.001 0.005 0.305 108 L 0.034 0.014 0.001 0.117 0.157 0.270 0.062 0.001 0.001 0.005 0.339