# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.041 0.018 0.032 0.039 0.056 0.081 0.008 0.725 2 A 0.061 0.027 0.047 0.087 0.109 0.105 0.010 0.553 3 Y 0.068 0.043 0.060 0.142 0.187 0.109 0.008 0.382 4 F 0.048 0.053 0.061 0.169 0.285 0.066 0.005 0.312 5 H 0.026 0.067 0.055 0.193 0.311 0.069 0.006 0.273 6 E 0.041 0.110 0.045 0.141 0.238 0.085 0.008 0.333 7 L 0.084 0.189 0.057 0.190 0.301 0.050 0.014 0.114 8 L 0.102 0.215 0.057 0.194 0.225 0.037 0.021 0.148 9 I 0.044 0.184 0.127 0.203 0.207 0.027 0.015 0.192 10 G 0.059 0.158 0.054 0.116 0.177 0.048 0.022 0.365 11 R 0.074 0.135 0.092 0.065 0.171 0.067 0.019 0.377 12 E 0.014 0.075 0.022 0.021 0.038 0.085 0.008 0.736 13 D 0.076 0.116 0.015 0.015 0.018 0.096 0.021 0.644 14 L 0.376 0.165 0.025 0.016 0.017 0.069 0.033 0.299 15 L 0.081 0.463 0.078 0.031 0.037 0.064 0.026 0.220 16 R 0.065 0.325 0.056 0.051 0.078 0.057 0.011 0.358 17 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 18 F 0.022 0.301 0.013 0.027 0.054 0.133 0.007 0.443 19 F 0.069 0.656 0.016 0.009 0.014 0.024 0.012 0.200 20 E 0.026 0.835 0.007 0.009 0.013 0.017 0.006 0.088 21 K 0.095 0.710 0.008 0.009 0.009 0.018 0.018 0.133 22 C 0.199 0.582 0.021 0.011 0.014 0.019 0.034 0.119 23 V 0.077 0.642 0.043 0.067 0.034 0.015 0.022 0.100 24 K 0.015 0.144 0.036 0.029 0.040 0.030 0.014 0.692 25 I 0.038 0.115 0.063 0.071 0.140 0.046 0.009 0.517 26 E 0.029 0.121 0.059 0.142 0.127 0.098 0.010 0.413 27 E 0.038 0.062 0.021 0.040 0.064 0.081 0.010 0.686 28 V 0.098 0.187 0.147 0.103 0.136 0.063 0.011 0.256 29 S 0.029 0.220 0.031 0.127 0.114 0.073 0.008 0.398 30 R 0.058 0.110 0.037 0.068 0.150 0.049 0.020 0.507 31 N 0.095 0.094 0.028 0.047 0.081 0.146 0.034 0.475 32 E 0.152 0.056 0.031 0.038 0.045 0.121 0.046 0.513 33 Q 0.072 0.060 0.047 0.061 0.057 0.233 0.032 0.439 34 G 0.150 0.024 0.058 0.072 0.080 0.129 0.041 0.446 35 V 0.144 0.017 0.237 0.152 0.161 0.088 0.009 0.191 36 T 0.008 0.005 0.201 0.210 0.231 0.037 0.003 0.307 37 L 0.004 0.003 0.208 0.235 0.363 0.019 0.002 0.166 38 S 0.004 0.003 0.238 0.214 0.342 0.038 0.003 0.158 39 I 0.009 0.005 0.242 0.167 0.271 0.050 0.004 0.252 40 T 0.016 0.010 0.229 0.160 0.232 0.107 0.005 0.241 41 N 0.029 0.005 0.072 0.075 0.132 0.237 0.012 0.438 42 V 0.056 0.013 0.095 0.062 0.120 0.133 0.007 0.513 43 T 0.017 0.022 0.059 0.080 0.101 0.240 0.010 0.472 44 D 0.056 0.019 0.026 0.040 0.067 0.269 0.014 0.507 45 L 0.105 0.175 0.073 0.122 0.180 0.160 0.008 0.177 46 V 0.039 0.263 0.065 0.149 0.259 0.110 0.008 0.108 47 L 0.045 0.319 0.076 0.204 0.236 0.042 0.009 0.069 48 K 0.034 0.425 0.037 0.179 0.172 0.023 0.009 0.120 49 L 0.063 0.259 0.092 0.119 0.281 0.042 0.019 0.126 50 K 0.042 0.394 0.058 0.148 0.186 0.037 0.015 0.120 51 K 0.050 0.267 0.063 0.079 0.130 0.052 0.032 0.328 52 T 0.110 0.265 0.044 0.052 0.076 0.077 0.035 0.341 53 A 0.150 0.259 0.084 0.051 0.058 0.066 0.040 0.294 54 H 0.078 0.117 0.044 0.034 0.043 0.317 0.038 0.330 55 D 0.168 0.105 0.042 0.025 0.040 0.157 0.036 0.427 56 T 0.082 0.097 0.030 0.022 0.030 0.162 0.017 0.560 57 L 0.090 0.089 0.050 0.053 0.061 0.325 0.027 0.305 58 L 0.120 0.125 0.088 0.139 0.195 0.149 0.018 0.166 59 V 0.044 0.123 0.078 0.276 0.318 0.039 0.007 0.117 60 Y 0.019 0.088 0.092 0.244 0.376 0.028 0.005 0.148 61 F 0.019 0.075 0.065 0.256 0.436 0.025 0.009 0.116 62 R 0.024 0.086 0.063 0.215 0.340 0.046 0.011 0.215 63 D 0.029 0.100 0.044 0.133 0.213 0.061 0.020 0.400 64 M 0.279 0.065 0.042 0.093 0.147 0.085 0.037 0.251 65 T 0.244 0.036 0.036 0.119 0.118 0.103 0.048 0.297 66 L 0.050 0.026 0.076 0.089 0.115 0.035 0.031 0.578 67 K 0.056 0.013 0.060 0.188 0.225 0.190 0.007 0.261 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 69 H 0.008 0.009 0.046 0.114 0.308 0.172 0.006 0.338 70 T 0.311 0.009 0.041 0.046 0.040 0.088 0.021 0.444 71 R 0.101 0.016 0.069 0.117 0.126 0.086 0.010 0.477 72 Y 0.091 0.012 0.122 0.191 0.254 0.094 0.006 0.231 73 T 0.044 0.008 0.124 0.154 0.236 0.088 0.007 0.339 74 V 0.011 0.008 0.161 0.338 0.314 0.029 0.003 0.134 75 R 0.008 0.008 0.120 0.225 0.334 0.041 0.003 0.262 76 I 0.009 0.006 0.137 0.286 0.428 0.024 0.003 0.107 77 G 0.012 0.010 0.092 0.221 0.340 0.044 0.005 0.276 78 F 0.020 0.009 0.111 0.129 0.341 0.068 0.007 0.314 79 K 0.025 0.023 0.078 0.140 0.234 0.152 0.007 0.341 80 Q 0.061 0.027 0.047 0.104 0.145 0.102 0.019 0.497 81 G 0.270 0.017 0.044 0.053 0.067 0.058 0.043 0.449 82 I 0.111 0.022 0.333 0.115 0.086 0.056 0.022 0.255 83 K 0.013 0.015 0.106 0.084 0.122 0.107 0.009 0.542 84 G 0.022 0.012 0.060 0.044 0.109 0.057 0.009 0.686 85 G 0.072 0.014 0.135 0.069 0.071 0.111 0.021 0.507 86 D 0.063 0.004 0.089 0.038 0.045 0.173 0.014 0.575 87 V 0.041 0.008 0.132 0.105 0.124 0.099 0.007 0.484 88 N 0.037 0.006 0.080 0.142 0.256 0.223 0.007 0.250 89 F 0.055 0.006 0.104 0.176 0.198 0.080 0.009 0.371 90 E 0.023 0.007 0.162 0.204 0.246 0.113 0.005 0.240 91 V 0.011 0.005 0.090 0.157 0.273 0.082 0.003 0.378 92 T 0.007 0.008 0.135 0.316 0.405 0.035 0.003 0.092 93 N 0.017 0.006 0.131 0.208 0.348 0.071 0.009 0.210 94 F 0.035 0.008 0.251 0.194 0.273 0.056 0.007 0.176 95 I 0.017 0.005 0.222 0.275 0.316 0.048 0.006 0.111 96 V 0.014 0.008 0.131 0.144 0.336 0.039 0.007 0.321 97 A 0.011 0.005 0.216 0.250 0.311 0.038 0.004 0.166 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 99 D 0.010 0.004 0.036 0.063 0.234 0.199 0.006 0.448 100 K 0.343 0.010 0.028 0.033 0.036 0.121 0.020 0.408 101 G 0.220 0.014 0.024 0.032 0.036 0.139 0.027 0.508 102 L 0.289 0.016 0.133 0.076 0.096 0.134 0.014 0.243 103 K 0.033 0.023 0.092 0.101 0.108 0.115 0.006 0.521 104 Y 0.044 0.021 0.093 0.104 0.247 0.094 0.008 0.389 105 T 0.050 0.037 0.163 0.186 0.287 0.080 0.008 0.188 106 I 0.017 0.044 0.168 0.224 0.234 0.036 0.006 0.270 107 S 0.013 0.047 0.112 0.166 0.290 0.071 0.007 0.294 108 L 0.049 0.037 0.091 0.111 0.254 0.081 0.013 0.365