# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.158 0.107 0.126 0.127 0.141 0.121 0.092 0.049 0.036 0.020 0.012 0.005 0.002 0.002 2 A 0.127 0.070 0.087 0.117 0.144 0.143 0.115 0.073 0.054 0.032 0.020 0.010 0.005 0.003 3 Y 0.089 0.062 0.072 0.127 0.153 0.146 0.126 0.086 0.060 0.036 0.022 0.013 0.006 0.003 4 F 0.083 0.047 0.055 0.091 0.116 0.150 0.135 0.114 0.088 0.051 0.037 0.021 0.009 0.003 5 H 0.138 0.107 0.109 0.141 0.135 0.111 0.093 0.063 0.044 0.024 0.019 0.009 0.004 0.002 6 E 0.131 0.108 0.122 0.130 0.146 0.108 0.089 0.057 0.048 0.028 0.018 0.009 0.003 0.002 7 L 0.047 0.033 0.053 0.093 0.130 0.152 0.136 0.139 0.097 0.066 0.032 0.013 0.007 0.003 8 L 0.051 0.038 0.058 0.110 0.172 0.156 0.136 0.099 0.089 0.050 0.019 0.013 0.005 0.004 9 I 0.101 0.052 0.060 0.106 0.135 0.136 0.105 0.110 0.084 0.057 0.028 0.016 0.008 0.002 10 G 0.132 0.108 0.104 0.182 0.152 0.122 0.082 0.044 0.040 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 11 R 0.103 0.080 0.092 0.165 0.172 0.156 0.096 0.045 0.054 0.020 0.013 0.003 0.001 0.001 12 E 0.302 0.234 0.186 0.116 0.079 0.042 0.021 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 13 D 0.429 0.243 0.149 0.079 0.052 0.025 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.093 0.059 0.078 0.142 0.202 0.164 0.117 0.087 0.038 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 15 L 0.065 0.056 0.082 0.146 0.216 0.188 0.127 0.060 0.038 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 16 R 0.373 0.224 0.163 0.104 0.068 0.032 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 P 0.337 0.200 0.159 0.122 0.080 0.049 0.027 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 18 F 0.109 0.069 0.093 0.140 0.193 0.170 0.103 0.062 0.041 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 19 F 0.090 0.085 0.097 0.180 0.203 0.142 0.098 0.046 0.036 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 20 E 0.437 0.261 0.141 0.074 0.038 0.023 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.241 0.222 0.197 0.135 0.098 0.056 0.026 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 22 C 0.075 0.053 0.077 0.139 0.220 0.159 0.118 0.073 0.058 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 23 V 0.092 0.073 0.108 0.181 0.184 0.155 0.103 0.054 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 24 K 0.427 0.228 0.135 0.090 0.058 0.028 0.016 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 I 0.067 0.058 0.087 0.179 0.197 0.151 0.108 0.059 0.043 0.031 0.015 0.004 0.002 0.001 26 E 0.494 0.229 0.138 0.064 0.033 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.291 0.167 0.164 0.136 0.142 0.054 0.022 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 V 0.096 0.050 0.068 0.158 0.205 0.170 0.126 0.080 0.027 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 29 S 0.382 0.223 0.174 0.107 0.068 0.025 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.393 0.135 0.153 0.138 0.096 0.042 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 N 0.391 0.174 0.128 0.126 0.095 0.050 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.311 0.182 0.140 0.151 0.115 0.048 0.023 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.328 0.175 0.124 0.138 0.099 0.065 0.034 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 34 G 0.244 0.159 0.152 0.133 0.123 0.084 0.047 0.023 0.018 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 35 V 0.032 0.020 0.035 0.077 0.120 0.148 0.146 0.168 0.100 0.077 0.043 0.020 0.011 0.003 36 T 0.045 0.046 0.052 0.095 0.138 0.136 0.134 0.133 0.091 0.055 0.035 0.025 0.010 0.005 37 L 0.038 0.016 0.022 0.035 0.044 0.078 0.095 0.126 0.137 0.154 0.119 0.083 0.040 0.014 38 S 0.043 0.036 0.050 0.094 0.128 0.127 0.130 0.114 0.106 0.069 0.048 0.032 0.013 0.010 39 I 0.026 0.016 0.022 0.038 0.060 0.106 0.112 0.104 0.137 0.129 0.120 0.077 0.036 0.017 40 T 0.052 0.052 0.073 0.120 0.137 0.143 0.142 0.114 0.079 0.041 0.023 0.012 0.006 0.003 41 N 0.060 0.076 0.091 0.133 0.151 0.140 0.112 0.088 0.063 0.040 0.026 0.011 0.005 0.003 42 V 0.039 0.038 0.050 0.091 0.142 0.167 0.151 0.136 0.093 0.050 0.024 0.012 0.005 0.002 43 T 0.060 0.072 0.094 0.133 0.151 0.137 0.139 0.084 0.058 0.037 0.020 0.008 0.004 0.002 44 D 0.102 0.080 0.109 0.110 0.146 0.127 0.118 0.078 0.061 0.032 0.020 0.010 0.004 0.003 45 L 0.043 0.023 0.039 0.064 0.098 0.136 0.122 0.119 0.111 0.098 0.074 0.036 0.027 0.011 46 V 0.040 0.024 0.031 0.074 0.125 0.114 0.135 0.111 0.137 0.096 0.046 0.038 0.016 0.011 47 L 0.056 0.026 0.028 0.054 0.059 0.094 0.110 0.143 0.122 0.121 0.101 0.051 0.030 0.008 48 K 0.117 0.098 0.102 0.135 0.135 0.108 0.102 0.071 0.061 0.027 0.023 0.012 0.005 0.003 49 L 0.038 0.025 0.037 0.069 0.098 0.151 0.152 0.139 0.110 0.093 0.054 0.021 0.008 0.003 50 K 0.091 0.098 0.131 0.151 0.190 0.131 0.083 0.055 0.042 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 51 K 0.150 0.125 0.129 0.173 0.160 0.096 0.061 0.048 0.029 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 52 T 0.171 0.139 0.144 0.155 0.140 0.103 0.066 0.045 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 53 A 0.100 0.077 0.101 0.148 0.168 0.151 0.107 0.072 0.043 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 54 H 0.144 0.120 0.127 0.163 0.152 0.116 0.080 0.054 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 55 D 0.216 0.156 0.143 0.131 0.123 0.092 0.056 0.037 0.022 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 56 T 0.118 0.090 0.104 0.133 0.156 0.131 0.104 0.067 0.048 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 57 L 0.061 0.042 0.058 0.093 0.137 0.155 0.144 0.112 0.086 0.052 0.032 0.016 0.008 0.004 58 L 0.050 0.029 0.041 0.070 0.111 0.136 0.145 0.112 0.113 0.082 0.052 0.035 0.016 0.009 59 V 0.067 0.031 0.039 0.062 0.083 0.105 0.112 0.124 0.124 0.093 0.075 0.047 0.027 0.011 60 Y 0.059 0.037 0.045 0.088 0.110 0.120 0.124 0.104 0.106 0.085 0.058 0.038 0.017 0.010 61 F 0.051 0.030 0.035 0.064 0.092 0.124 0.135 0.138 0.136 0.087 0.057 0.031 0.013 0.005 62 R 0.087 0.075 0.090 0.136 0.152 0.141 0.112 0.076 0.054 0.035 0.023 0.010 0.005 0.003 63 D 0.150 0.131 0.131 0.142 0.159 0.097 0.068 0.042 0.040 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 64 M 0.115 0.067 0.086 0.128 0.139 0.148 0.111 0.079 0.055 0.038 0.019 0.008 0.004 0.002 65 T 0.165 0.115 0.125 0.155 0.155 0.104 0.079 0.045 0.033 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 66 L 0.095 0.045 0.055 0.092 0.128 0.154 0.127 0.115 0.082 0.059 0.027 0.012 0.007 0.002 67 K 0.230 0.158 0.151 0.154 0.122 0.073 0.050 0.030 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 68 P 0.233 0.117 0.123 0.134 0.130 0.094 0.061 0.036 0.031 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 69 H 0.124 0.088 0.100 0.141 0.158 0.132 0.098 0.072 0.048 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 70 T 0.137 0.108 0.121 0.148 0.141 0.112 0.086 0.060 0.036 0.026 0.016 0.005 0.002 0.001 71 R 0.116 0.112 0.113 0.132 0.143 0.113 0.097 0.071 0.052 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 72 Y 0.052 0.033 0.056 0.088 0.114 0.134 0.132 0.104 0.095 0.082 0.062 0.025 0.014 0.008 73 T 0.030 0.036 0.049 0.084 0.134 0.123 0.138 0.145 0.108 0.067 0.040 0.024 0.013 0.009 74 V 0.019 0.006 0.010 0.018 0.027 0.057 0.078 0.110 0.120 0.189 0.141 0.118 0.081 0.027 75 R 0.027 0.033 0.054 0.105 0.153 0.109 0.142 0.128 0.096 0.065 0.041 0.026 0.012 0.011 76 I 0.021 0.008 0.011 0.024 0.033 0.077 0.075 0.079 0.109 0.185 0.175 0.120 0.061 0.022 77 G 0.060 0.060 0.082 0.159 0.179 0.115 0.120 0.081 0.083 0.030 0.014 0.010 0.003 0.003 78 F 0.032 0.026 0.029 0.071 0.082 0.135 0.123 0.160 0.114 0.117 0.075 0.023 0.011 0.003 79 K 0.212 0.208 0.175 0.132 0.108 0.070 0.041 0.023 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 80 Q 0.226 0.165 0.147 0.151 0.114 0.069 0.047 0.034 0.020 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 81 G 0.226 0.169 0.151 0.122 0.119 0.087 0.056 0.033 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 82 I 0.065 0.061 0.079 0.118 0.164 0.159 0.124 0.111 0.054 0.038 0.018 0.005 0.003 0.001 83 K 0.178 0.129 0.132 0.139 0.132 0.099 0.075 0.049 0.028 0.018 0.012 0.006 0.002 0.001 84 G 0.149 0.079 0.096 0.105 0.134 0.125 0.089 0.071 0.061 0.042 0.025 0.016 0.006 0.003 85 G 0.105 0.060 0.061 0.104 0.123 0.111 0.099 0.110 0.083 0.069 0.036 0.023 0.012 0.004 86 D 0.087 0.087 0.087 0.123 0.125 0.111 0.104 0.102 0.077 0.048 0.026 0.015 0.007 0.003 87 V 0.044 0.026 0.040 0.065 0.088 0.134 0.127 0.109 0.114 0.119 0.071 0.037 0.018 0.008 88 N 0.060 0.065 0.091 0.134 0.168 0.134 0.112 0.068 0.066 0.041 0.031 0.016 0.006 0.006 89 F 0.029 0.021 0.031 0.058 0.072 0.114 0.130 0.122 0.125 0.128 0.086 0.046 0.026 0.012 90 E 0.032 0.041 0.058 0.099 0.123 0.126 0.146 0.150 0.101 0.058 0.033 0.018 0.008 0.006 91 V 0.013 0.012 0.016 0.027 0.044 0.072 0.092 0.162 0.138 0.142 0.138 0.083 0.045 0.016 92 T 0.022 0.020 0.029 0.052 0.067 0.089 0.132 0.139 0.138 0.116 0.080 0.066 0.031 0.019 93 N 0.015 0.013 0.022 0.035 0.056 0.073 0.110 0.135 0.148 0.141 0.117 0.074 0.034 0.028 94 F 0.011 0.006 0.010 0.016 0.031 0.058 0.073 0.131 0.150 0.158 0.147 0.101 0.071 0.036 95 I 0.020 0.014 0.018 0.037 0.056 0.074 0.105 0.115 0.127 0.129 0.110 0.098 0.058 0.040 96 V 0.020 0.016 0.020 0.048 0.064 0.095 0.130 0.130 0.148 0.128 0.104 0.059 0.024 0.013 97 A 0.042 0.042 0.054 0.091 0.108 0.150 0.145 0.126 0.107 0.051 0.049 0.021 0.010 0.004 98 P 0.083 0.086 0.087 0.134 0.146 0.143 0.115 0.073 0.057 0.035 0.025 0.010 0.004 0.002 99 D 0.162 0.155 0.159 0.138 0.145 0.085 0.059 0.041 0.033 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 100 K 0.202 0.150 0.159 0.158 0.118 0.089 0.056 0.031 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 101 G 0.282 0.157 0.139 0.104 0.109 0.078 0.055 0.035 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 102 L 0.080 0.054 0.077 0.129 0.174 0.157 0.115 0.093 0.047 0.043 0.019 0.007 0.004 0.001 103 K 0.274 0.193 0.144 0.122 0.102 0.056 0.046 0.028 0.019 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 104 Y 0.083 0.042 0.061 0.095 0.117 0.139 0.111 0.114 0.085 0.078 0.043 0.019 0.010 0.003 105 T 0.079 0.061 0.065 0.121 0.157 0.129 0.123 0.106 0.077 0.040 0.019 0.014 0.005 0.003 106 I 0.070 0.029 0.036 0.058 0.074 0.123 0.120 0.120 0.103 0.118 0.075 0.043 0.025 0.006 107 S 0.159 0.119 0.129 0.149 0.144 0.094 0.082 0.047 0.037 0.017 0.012 0.007 0.002 0.002 108 L 0.065 0.036 0.051 0.081 0.104 0.161 0.136 0.093 0.090 0.083 0.060 0.024 0.011 0.004