# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.021 0.030 0.050 0.047 0.094 0.009 0.086 0.207 0.005 0.001 0.006 0.006 0.011 0.011 0.055 0.036 0.135 0.054 0.065 0.066 0.004 2 A 0.035 0.041 0.060 0.046 0.062 0.012 0.049 0.345 0.005 0.001 0.007 0.007 0.018 0.015 0.047 0.025 0.129 0.026 0.030 0.036 0.005 3 Y 0.038 0.058 0.032 0.037 0.120 0.007 0.055 0.379 0.008 0.002 0.007 0.008 0.018 0.017 0.033 0.034 0.068 0.025 0.021 0.028 0.004 4 F 0.036 0.055 0.025 0.030 0.095 0.003 0.041 0.398 0.006 0.001 0.005 0.007 0.012 0.016 0.068 0.031 0.099 0.020 0.019 0.030 0.003 5 H 0.025 0.037 0.026 0.031 0.029 0.013 0.041 0.564 0.007 0.001 0.004 0.004 0.009 0.009 0.029 0.007 0.127 0.011 0.007 0.017 0.002 6 E 0.019 0.026 0.007 0.013 0.041 0.034 0.085 0.641 0.010 0.003 0.004 0.003 0.009 0.006 0.006 0.010 0.051 0.015 0.006 0.008 0.002 7 L 0.019 0.036 0.014 0.022 0.045 0.012 0.075 0.598 0.013 0.006 0.004 0.003 0.008 0.007 0.017 0.011 0.055 0.027 0.013 0.013 0.002 8 L 0.027 0.028 0.026 0.032 0.056 0.018 0.083 0.380 0.033 0.011 0.006 0.006 0.010 0.010 0.027 0.018 0.133 0.036 0.031 0.023 0.004 9 I 0.021 0.025 0.040 0.034 0.072 0.014 0.132 0.218 0.022 0.005 0.002 0.004 0.008 0.009 0.032 0.022 0.168 0.042 0.031 0.096 0.003 10 G 0.006 0.009 0.015 0.016 0.138 0.005 0.119 0.121 0.014 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.026 0.038 0.102 0.097 0.079 0.200 0.001 11 R 0.002 0.002 0.025 0.020 0.024 0.003 0.030 0.086 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.011 0.417 0.046 0.088 0.181 0.001 12 E 0.001 0.002 0.007 0.006 0.017 0.021 0.104 0.356 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.359 0.029 0.024 0.053 0.001 13 D 0.001 0.001 0.008 0.010 0.011 0.067 0.281 0.327 0.014 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.007 0.127 0.073 0.037 0.019 0.001 14 L 0.002 0.002 0.014 0.011 0.022 0.005 0.207 0.200 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.016 0.274 0.069 0.070 0.071 0.001 15 L 0.002 0.002 0.009 0.009 0.029 0.007 0.137 0.099 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.013 0.426 0.108 0.053 0.070 0.001 16 R 0.003 0.003 0.029 0.022 0.019 0.020 0.040 0.240 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.283 0.034 0.049 0.224 0.001 17 P 0.001 0.002 0.003 0.003 0.032 0.011 0.033 0.587 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.235 0.014 0.016 0.050 0.001 18 F 0.001 0.001 0.005 0.004 0.016 0.007 0.085 0.724 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.096 0.018 0.008 0.010 0.001 19 F 0.003 0.004 0.004 0.007 0.013 0.005 0.121 0.656 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.120 0.016 0.013 0.015 0.001 20 E 0.007 0.011 0.018 0.016 0.028 0.038 0.175 0.437 0.026 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.007 0.164 0.026 0.006 0.015 0.001 21 K 0.021 0.021 0.027 0.048 0.036 0.071 0.205 0.306 0.024 0.008 0.002 0.002 0.005 0.002 0.010 0.006 0.102 0.038 0.027 0.038 0.002 22 C 0.010 0.033 0.007 0.013 0.398 0.002 0.069 0.128 0.007 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.043 0.078 0.090 0.041 0.056 0.002 23 V 0.033 0.018 0.157 0.070 0.028 0.014 0.158 0.092 0.007 0.002 0.003 0.005 0.007 0.004 0.082 0.021 0.095 0.039 0.079 0.082 0.003 24 K 0.010 0.017 0.028 0.027 0.273 0.002 0.017 0.048 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.040 0.019 0.053 0.099 0.344 0.002 25 I 0.006 0.006 0.015 0.017 0.196 0.001 0.084 0.034 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.091 0.066 0.331 0.046 0.052 0.036 0.003 26 E 0.014 0.019 0.150 0.122 0.015 0.015 0.268 0.120 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.003 0.062 0.006 0.058 0.049 0.041 0.042 0.002 27 E 0.010 0.014 0.011 0.025 0.346 0.014 0.051 0.047 0.003 0.001 0.005 0.003 0.007 0.002 0.005 0.096 0.030 0.183 0.096 0.046 0.002 28 V 0.016 0.026 0.092 0.086 0.182 0.001 0.031 0.049 0.002 0.001 0.003 0.004 0.010 0.007 0.181 0.056 0.069 0.030 0.083 0.069 0.002 29 S 0.019 0.024 0.101 0.156 0.156 0.005 0.058 0.044 0.004 0.001 0.003 0.002 0.007 0.003 0.050 0.028 0.077 0.027 0.082 0.152 0.002 30 R 0.011 0.012 0.047 0.059 0.241 0.008 0.104 0.030 0.006 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.030 0.018 0.195 0.060 0.047 0.123 0.001 31 N 0.006 0.010 0.065 0.109 0.135 0.005 0.143 0.035 0.008 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.009 0.089 0.067 0.129 0.158 0.001 32 E 0.006 0.005 0.054 0.063 0.130 0.003 0.059 0.010 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.008 0.372 0.053 0.093 0.109 0.001 33 Q 0.010 0.023 0.043 0.051 0.127 0.006 0.303 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.015 0.176 0.055 0.039 0.105 0.002 34 G 0.038 0.069 0.068 0.067 0.216 0.005 0.172 0.009 0.002 0.001 0.007 0.004 0.013 0.008 0.038 0.052 0.033 0.101 0.048 0.040 0.007 35 V 0.113 0.121 0.251 0.122 0.106 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.013 0.011 0.031 0.018 0.078 0.023 0.013 0.011 0.029 0.030 0.017 36 T 0.165 0.212 0.066 0.053 0.189 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.030 0.028 0.059 0.039 0.042 0.029 0.005 0.004 0.012 0.011 0.049 37 L 0.227 0.190 0.082 0.084 0.058 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.041 0.041 0.089 0.052 0.068 0.020 0.003 0.002 0.006 0.006 0.024 38 S 0.158 0.226 0.043 0.069 0.158 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.035 0.032 0.073 0.064 0.041 0.045 0.005 0.004 0.010 0.011 0.017 39 I 0.112 0.115 0.045 0.097 0.143 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.025 0.028 0.059 0.071 0.125 0.070 0.032 0.010 0.021 0.014 0.015 40 T 0.077 0.097 0.076 0.093 0.097 0.003 0.044 0.022 0.002 0.001 0.009 0.011 0.048 0.049 0.137 0.047 0.094 0.019 0.022 0.046 0.007 41 N 0.039 0.048 0.057 0.068 0.163 0.004 0.084 0.023 0.006 0.001 0.007 0.006 0.015 0.010 0.043 0.046 0.066 0.078 0.089 0.143 0.003 42 V 0.015 0.014 0.041 0.034 0.098 0.002 0.029 0.036 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.102 0.035 0.367 0.049 0.053 0.105 0.001 43 T 0.015 0.026 0.046 0.050 0.044 0.013 0.097 0.265 0.004 0.001 0.003 0.002 0.007 0.006 0.035 0.011 0.244 0.033 0.023 0.071 0.002 44 D 0.026 0.038 0.017 0.019 0.082 0.033 0.103 0.466 0.007 0.002 0.005 0.003 0.009 0.005 0.009 0.017 0.073 0.043 0.020 0.022 0.002 45 L 0.034 0.059 0.032 0.035 0.082 0.006 0.024 0.536 0.006 0.002 0.006 0.005 0.012 0.012 0.032 0.018 0.048 0.019 0.013 0.018 0.003 46 V 0.048 0.087 0.014 0.020 0.098 0.003 0.028 0.551 0.004 0.001 0.005 0.006 0.018 0.017 0.018 0.018 0.033 0.008 0.007 0.010 0.006 47 L 0.071 0.137 0.028 0.032 0.034 0.010 0.036 0.520 0.007 0.002 0.007 0.005 0.016 0.015 0.021 0.007 0.029 0.007 0.003 0.007 0.004 48 K 0.066 0.093 0.016 0.039 0.107 0.014 0.038 0.417 0.022 0.006 0.012 0.009 0.022 0.019 0.015 0.016 0.041 0.019 0.011 0.013 0.006 49 L 0.041 0.074 0.023 0.035 0.137 0.004 0.046 0.360 0.014 0.005 0.005 0.006 0.015 0.018 0.030 0.025 0.074 0.023 0.025 0.034 0.006 50 K 0.025 0.040 0.041 0.041 0.045 0.011 0.119 0.294 0.017 0.005 0.005 0.004 0.009 0.013 0.054 0.017 0.165 0.035 0.022 0.034 0.004 51 K 0.022 0.024 0.027 0.047 0.102 0.023 0.128 0.146 0.030 0.008 0.004 0.004 0.009 0.007 0.016 0.018 0.177 0.070 0.053 0.081 0.003 52 T 0.010 0.016 0.031 0.028 0.134 0.005 0.102 0.112 0.012 0.005 0.002 0.002 0.004 0.005 0.027 0.028 0.152 0.071 0.096 0.157 0.002 53 A 0.007 0.011 0.053 0.044 0.085 0.004 0.086 0.065 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.035 0.024 0.301 0.062 0.063 0.144 0.001 54 H 0.010 0.012 0.031 0.029 0.151 0.005 0.172 0.062 0.008 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.026 0.025 0.176 0.093 0.061 0.124 0.001 55 D 0.015 0.022 0.077 0.086 0.077 0.005 0.081 0.070 0.008 0.003 0.003 0.003 0.006 0.007 0.055 0.025 0.133 0.065 0.101 0.156 0.002 56 T 0.040 0.053 0.058 0.048 0.170 0.007 0.058 0.088 0.005 0.002 0.006 0.005 0.010 0.012 0.039 0.036 0.233 0.040 0.033 0.053 0.005 57 L 0.089 0.134 0.066 0.073 0.111 0.010 0.093 0.143 0.004 0.001 0.015 0.010 0.033 0.024 0.040 0.030 0.042 0.033 0.015 0.020 0.012 58 L 0.159 0.342 0.032 0.033 0.118 0.002 0.018 0.088 0.001 0.001 0.016 0.015 0.041 0.033 0.023 0.023 0.009 0.011 0.007 0.007 0.022 59 V 0.305 0.320 0.053 0.051 0.045 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 0.022 0.019 0.054 0.026 0.019 0.010 0.004 0.002 0.003 0.002 0.016 60 Y 0.224 0.428 0.023 0.036 0.118 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.014 0.015 0.039 0.023 0.012 0.011 0.003 0.002 0.002 0.003 0.012 61 F 0.243 0.312 0.029 0.060 0.096 0.001 0.007 0.037 0.003 0.001 0.024 0.021 0.045 0.025 0.047 0.015 0.009 0.004 0.006 0.004 0.012 62 R 0.172 0.204 0.083 0.134 0.086 0.005 0.021 0.052 0.006 0.002 0.017 0.014 0.038 0.019 0.045 0.011 0.056 0.008 0.006 0.013 0.009 63 D 0.086 0.127 0.025 0.076 0.226 0.022 0.129 0.053 0.013 0.007 0.016 0.010 0.028 0.006 0.012 0.025 0.040 0.045 0.022 0.020 0.009 64 M 0.059 0.064 0.103 0.109 0.145 0.009 0.064 0.031 0.009 0.005 0.009 0.007 0.021 0.007 0.051 0.024 0.073 0.080 0.065 0.057 0.005 65 T 0.025 0.031 0.112 0.101 0.143 0.004 0.048 0.016 0.005 0.002 0.005 0.004 0.008 0.003 0.040 0.025 0.124 0.050 0.093 0.156 0.004 66 L 0.015 0.014 0.039 0.044 0.264 0.003 0.061 0.007 0.004 0.002 0.002 0.003 0.004 0.003 0.047 0.031 0.166 0.077 0.082 0.132 0.002 67 K 0.007 0.007 0.127 0.102 0.042 0.002 0.016 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.009 0.076 0.018 0.100 0.439 0.001 68 P 0.005 0.008 0.023 0.023 0.305 0.003 0.039 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.026 0.272 0.039 0.060 0.166 0.001 69 H 0.012 0.012 0.073 0.066 0.132 0.004 0.234 0.029 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.003 0.065 0.026 0.125 0.062 0.061 0.080 0.002 70 T 0.034 0.044 0.129 0.146 0.117 0.002 0.091 0.019 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.005 0.039 0.018 0.098 0.041 0.074 0.124 0.004 71 R 0.080 0.103 0.065 0.052 0.342 0.004 0.065 0.015 0.001 0.001 0.007 0.005 0.013 0.007 0.026 0.044 0.081 0.031 0.018 0.033 0.006 72 Y 0.155 0.206 0.153 0.203 0.060 0.003 0.035 0.011 0.001 0.001 0.011 0.010 0.029 0.010 0.036 0.009 0.013 0.015 0.014 0.016 0.010 73 T 0.175 0.257 0.020 0.021 0.360 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.013 0.012 0.028 0.010 0.013 0.041 0.004 0.008 0.007 0.006 0.014 74 V 0.239 0.222 0.202 0.151 0.018 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.019 0.017 0.039 0.012 0.047 0.004 0.002 0.002 0.003 0.004 0.010 75 R 0.235 0.271 0.015 0.027 0.284 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.027 0.021 0.046 0.011 0.008 0.019 0.003 0.003 0.003 0.003 0.016 76 I 0.239 0.233 0.093 0.131 0.055 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.025 0.024 0.068 0.017 0.054 0.009 0.006 0.003 0.005 0.005 0.011 77 G 0.128 0.199 0.046 0.088 0.254 0.001 0.012 0.023 0.002 0.001 0.023 0.018 0.047 0.023 0.032 0.039 0.013 0.016 0.011 0.016 0.008 78 F 0.107 0.111 0.061 0.123 0.189 0.006 0.031 0.028 0.007 0.003 0.017 0.014 0.043 0.013 0.055 0.029 0.060 0.022 0.039 0.035 0.008 79 K 0.048 0.043 0.102 0.143 0.099 0.010 0.055 0.026 0.015 0.006 0.011 0.009 0.024 0.014 0.087 0.014 0.169 0.029 0.041 0.052 0.005 80 Q 0.023 0.033 0.035 0.039 0.148 0.009 0.198 0.030 0.002 0.001 0.003 0.003 0.010 0.008 0.032 0.025 0.214 0.047 0.029 0.106 0.005 81 G 0.015 0.030 0.054 0.054 0.127 0.007 0.142 0.023 0.005 0.003 0.006 0.005 0.007 0.014 0.070 0.026 0.087 0.174 0.069 0.078 0.004 82 I 0.023 0.013 0.112 0.102 0.077 0.005 0.018 0.012 0.006 0.002 0.004 0.005 0.011 0.012 0.055 0.024 0.112 0.022 0.153 0.227 0.004 83 K 0.011 0.020 0.050 0.039 0.239 0.001 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.028 0.024 0.088 0.019 0.072 0.355 0.003 84 G 0.010 0.010 0.034 0.039 0.109 0.003 0.139 0.008 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.011 0.095 0.066 0.239 0.051 0.065 0.106 0.003 85 G 0.012 0.018 0.100 0.086 0.071 0.004 0.134 0.014 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.013 0.079 0.023 0.135 0.072 0.067 0.156 0.003 86 D 0.015 0.019 0.061 0.069 0.174 0.006 0.062 0.012 0.004 0.002 0.007 0.004 0.012 0.007 0.020 0.051 0.045 0.076 0.212 0.140 0.004 87 V 0.031 0.029 0.159 0.097 0.132 0.002 0.025 0.010 0.001 0.001 0.005 0.004 0.012 0.008 0.104 0.034 0.156 0.031 0.063 0.092 0.004 88 N 0.044 0.060 0.059 0.100 0.210 0.004 0.090 0.013 0.002 0.001 0.016 0.009 0.022 0.011 0.065 0.047 0.055 0.060 0.063 0.060 0.009 89 F 0.076 0.088 0.101 0.095 0.209 0.004 0.036 0.016 0.001 0.001 0.015 0.012 0.025 0.021 0.063 0.058 0.039 0.039 0.039 0.056 0.007 90 E 0.073 0.107 0.144 0.147 0.122 0.005 0.023 0.017 0.002 0.001 0.025 0.012 0.050 0.038 0.091 0.029 0.029 0.023 0.028 0.025 0.011 91 V 0.101 0.104 0.048 0.076 0.294 0.002 0.015 0.005 0.004 0.002 0.023 0.016 0.060 0.052 0.041 0.044 0.016 0.016 0.041 0.022 0.017 92 T 0.076 0.095 0.100 0.088 0.076 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.013 0.013 0.039 0.086 0.225 0.055 0.037 0.008 0.017 0.034 0.014 93 N 0.063 0.115 0.026 0.048 0.128 0.002 0.037 0.002 0.001 0.001 0.020 0.017 0.057 0.175 0.089 0.087 0.026 0.030 0.017 0.026 0.034 94 F 0.081 0.100 0.054 0.039 0.095 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.025 0.024 0.054 0.204 0.093 0.102 0.010 0.019 0.033 0.031 0.022 95 I 0.062 0.079 0.111 0.061 0.047 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.015 0.013 0.057 0.159 0.264 0.040 0.021 0.006 0.012 0.011 0.035 96 V 0.096 0.100 0.036 0.049 0.150 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.030 0.029 0.079 0.130 0.076 0.077 0.012 0.009 0.042 0.036 0.032 97 A 0.035 0.039 0.131 0.118 0.038 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.008 0.010 0.012 0.054 0.306 0.048 0.040 0.008 0.040 0.102 0.003 98 P 0.015 0.021 0.017 0.046 0.288 0.003 0.023 0.006 0.002 0.001 0.003 0.003 0.009 0.016 0.034 0.113 0.183 0.023 0.050 0.142 0.002 99 D 0.010 0.009 0.071 0.101 0.057 0.011 0.170 0.011 0.012 0.005 0.003 0.002 0.005 0.003 0.053 0.012 0.200 0.056 0.106 0.105 0.001 100 K 0.005 0.005 0.027 0.022 0.066 0.004 0.292 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.017 0.276 0.062 0.058 0.137 0.001 101 G 0.008 0.011 0.039 0.030 0.117 0.004 0.252 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.026 0.023 0.080 0.248 0.072 0.075 0.001 102 L 0.030 0.034 0.116 0.093 0.155 0.003 0.052 0.007 0.002 0.001 0.004 0.004 0.008 0.004 0.040 0.058 0.055 0.065 0.130 0.138 0.003 103 K 0.086 0.100 0.175 0.083 0.205 0.003 0.020 0.007 0.001 0.001 0.013 0.008 0.021 0.011 0.091 0.039 0.038 0.023 0.032 0.033 0.011 104 Y 0.138 0.132 0.088 0.098 0.141 0.002 0.015 0.007 0.001 0.001 0.034 0.028 0.069 0.041 0.061 0.049 0.010 0.014 0.025 0.020 0.029 105 T 0.135 0.193 0.058 0.048 0.149 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.028 0.029 0.050 0.066 0.115 0.065 0.006 0.007 0.012 0.010 0.021 106 I 0.150 0.148 0.086 0.118 0.064 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.037 0.033 0.093 0.078 0.081 0.049 0.006 0.004 0.011 0.010 0.021 107 S 0.132 0.172 0.037 0.056 0.216 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.028 0.029 0.066 0.067 0.057 0.058 0.013 0.010 0.013 0.014 0.015 108 L 0.098 0.095 0.065 0.102 0.105 0.002 0.024 0.013 0.002 0.001 0.021 0.022 0.053 0.050 0.170 0.067 0.030 0.018 0.028 0.024 0.011