# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.059 0.025 0.216 0.273 0.002 0.057 0.007 0.003 0.006 0.002 0.050 0.066 0.214 0.002 0.004 0.014 2 A 0.010 0.040 0.176 0.445 0.004 0.033 0.006 0.003 0.001 0.001 0.022 0.044 0.205 0.002 0.002 0.007 3 Y 0.004 0.026 0.037 0.658 0.008 0.067 0.005 0.003 0.001 0.001 0.014 0.017 0.149 0.003 0.002 0.007 4 F 0.005 0.015 0.035 0.252 0.005 0.305 0.007 0.006 0.002 0.001 0.058 0.025 0.271 0.005 0.002 0.004 5 H 0.003 0.165 0.030 0.264 0.001 0.019 0.003 0.006 0.003 0.001 0.026 0.060 0.405 0.002 0.006 0.006 6 E 0.007 0.017 0.036 0.424 0.003 0.028 0.006 0.001 0.004 0.001 0.011 0.022 0.411 0.004 0.003 0.023 7 L 0.012 0.014 0.352 0.234 0.004 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.008 0.012 0.305 0.003 0.006 0.017 8 L 0.003 0.014 0.058 0.214 0.182 0.093 0.157 0.005 0.001 0.003 0.011 0.006 0.140 0.097 0.003 0.012 9 I 0.006 0.079 0.059 0.406 0.008 0.043 0.007 0.192 0.001 0.001 0.027 0.009 0.074 0.003 0.075 0.009 10 G 0.008 0.030 0.017 0.115 0.007 0.268 0.006 0.007 0.077 0.188 0.054 0.055 0.110 0.003 0.003 0.053 11 R 0.067 0.011 0.007 0.013 0.006 0.098 0.003 0.003 0.001 0.001 0.463 0.070 0.248 0.004 0.002 0.003 12 E 0.002 0.020 0.008 0.008 0.002 0.021 0.003 0.004 0.001 0.001 0.292 0.385 0.237 0.008 0.005 0.002 13 D 0.001 0.011 0.008 0.006 0.001 0.014 0.004 0.001 0.002 0.001 0.033 0.361 0.524 0.003 0.012 0.020 14 L 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.015 0.044 0.879 0.006 0.004 0.019 15 L 0.002 0.008 0.035 0.006 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.873 0.001 0.021 0.016 16 R 0.002 0.001 0.019 0.009 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.909 0.003 0.001 0.027 17 P 0.008 0.002 0.008 0.010 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.011 0.901 0.004 0.003 0.002 18 F 0.001 0.012 0.005 0.016 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.049 0.175 0.705 0.002 0.006 0.008 19 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.958 0.004 0.002 0.002 20 E 0.001 0.005 0.007 0.005 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.912 0.032 0.007 0.007 21 K 0.003 0.010 0.020 0.032 0.001 0.007 0.007 0.004 0.004 0.001 0.008 0.022 0.692 0.009 0.075 0.106 22 C 0.017 0.008 0.222 0.027 0.002 0.009 0.057 0.001 0.010 0.001 0.005 0.006 0.344 0.040 0.010 0.241 23 V 0.133 0.041 0.443 0.182 0.001 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.003 0.003 0.114 0.002 0.039 0.023 24 K 0.008 0.016 0.085 0.131 0.002 0.500 0.003 0.001 0.005 0.005 0.006 0.009 0.149 0.001 0.001 0.078 25 I 0.013 0.006 0.014 0.048 0.021 0.263 0.005 0.002 0.001 0.001 0.490 0.007 0.122 0.007 0.001 0.001 26 E 0.001 0.666 0.007 0.070 0.001 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 0.008 0.195 0.029 0.001 0.006 0.001 27 E 0.003 0.010 0.053 0.277 0.002 0.048 0.020 0.001 0.024 0.001 0.018 0.034 0.385 0.004 0.012 0.107 28 V 0.029 0.020 0.594 0.091 0.001 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.010 0.015 0.191 0.001 0.005 0.020 29 S 0.010 0.027 0.049 0.115 0.035 0.441 0.046 0.004 0.003 0.004 0.008 0.015 0.207 0.024 0.004 0.010 30 R 0.010 0.068 0.055 0.269 0.015 0.034 0.008 0.048 0.002 0.001 0.326 0.009 0.116 0.010 0.017 0.014 31 N 0.012 0.094 0.024 0.047 0.020 0.208 0.011 0.015 0.051 0.020 0.026 0.317 0.084 0.012 0.019 0.041 32 E 0.022 0.015 0.030 0.009 0.076 0.015 0.194 0.006 0.004 0.001 0.212 0.013 0.105 0.265 0.014 0.019 33 Q 0.007 0.104 0.043 0.017 0.001 0.005 0.003 0.200 0.004 0.001 0.006 0.056 0.028 0.002 0.512 0.013 34 G 0.007 0.019 0.107 0.055 0.001 0.002 0.003 0.001 0.139 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.651 35 V 0.764 0.003 0.168 0.054 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 36 T 0.005 0.045 0.652 0.237 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 37 L 0.001 0.009 0.009 0.970 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 S 0.001 0.017 0.029 0.838 0.032 0.065 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 39 I 0.001 0.010 0.018 0.318 0.392 0.188 0.010 0.014 0.001 0.001 0.032 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 40 T 0.002 0.282 0.024 0.353 0.009 0.042 0.002 0.182 0.004 0.005 0.028 0.044 0.006 0.001 0.016 0.001 41 N 0.010 0.025 0.014 0.092 0.014 0.500 0.005 0.005 0.096 0.067 0.046 0.049 0.036 0.001 0.001 0.037 42 V 0.101 0.023 0.025 0.029 0.007 0.048 0.004 0.009 0.002 0.001 0.588 0.065 0.089 0.003 0.002 0.004 43 T 0.004 0.217 0.023 0.031 0.001 0.050 0.002 0.010 0.004 0.002 0.026 0.515 0.100 0.001 0.011 0.003 44 D 0.007 0.035 0.073 0.117 0.001 0.033 0.006 0.001 0.006 0.001 0.110 0.043 0.523 0.002 0.004 0.037 45 L 0.048 0.019 0.247 0.175 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.104 0.341 0.001 0.003 0.010 46 V 0.003 0.012 0.142 0.196 0.001 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.563 0.002 0.001 0.007 47 L 0.001 0.006 0.024 0.379 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.568 0.001 0.001 0.002 48 K 0.001 0.011 0.021 0.494 0.007 0.054 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.373 0.009 0.001 0.009 49 L 0.004 0.015 0.020 0.328 0.005 0.128 0.008 0.009 0.002 0.001 0.034 0.016 0.409 0.007 0.009 0.007 50 K 0.003 0.184 0.044 0.251 0.003 0.058 0.007 0.011 0.008 0.002 0.022 0.037 0.321 0.003 0.015 0.031 51 K 0.037 0.060 0.083 0.348 0.011 0.047 0.019 0.005 0.007 0.004 0.034 0.017 0.250 0.013 0.008 0.058 52 T 0.034 0.036 0.183 0.058 0.022 0.241 0.027 0.008 0.002 0.002 0.033 0.039 0.255 0.022 0.012 0.024 53 A 0.011 0.090 0.088 0.103 0.021 0.059 0.025 0.025 0.004 0.002 0.277 0.040 0.165 0.020 0.030 0.040 54 H 0.019 0.192 0.084 0.096 0.010 0.076 0.029 0.023 0.015 0.007 0.034 0.197 0.103 0.013 0.040 0.064 55 D 0.046 0.043 0.103 0.040 0.006 0.198 0.029 0.011 0.017 0.007 0.090 0.040 0.287 0.010 0.017 0.056 56 T 0.051 0.124 0.133 0.086 0.001 0.042 0.007 0.014 0.008 0.003 0.191 0.130 0.175 0.005 0.010 0.020 57 L 0.038 0.088 0.211 0.265 0.001 0.030 0.004 0.002 0.008 0.001 0.024 0.161 0.127 0.001 0.011 0.028 58 L 0.020 0.013 0.374 0.311 0.001 0.027 0.010 0.001 0.002 0.001 0.010 0.014 0.194 0.001 0.002 0.022 59 V 0.005 0.023 0.191 0.641 0.006 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.103 0.002 0.001 0.002 60 Y 0.001 0.013 0.024 0.755 0.008 0.100 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.075 0.002 0.001 0.004 61 F 0.004 0.022 0.024 0.363 0.026 0.253 0.013 0.011 0.004 0.002 0.060 0.017 0.187 0.007 0.002 0.005 62 R 0.006 0.174 0.020 0.375 0.024 0.045 0.009 0.037 0.006 0.005 0.040 0.046 0.181 0.015 0.012 0.006 63 D 0.012 0.109 0.060 0.407 0.011 0.060 0.012 0.011 0.032 0.005 0.023 0.026 0.140 0.012 0.013 0.068 64 M 0.044 0.038 0.465 0.247 0.003 0.016 0.007 0.007 0.007 0.003 0.012 0.014 0.083 0.003 0.011 0.040 65 T 0.047 0.067 0.283 0.364 0.026 0.068 0.024 0.003 0.006 0.003 0.006 0.008 0.044 0.007 0.005 0.039 66 L 0.018 0.085 0.208 0.606 0.005 0.013 0.005 0.010 0.002 0.001 0.011 0.003 0.016 0.001 0.004 0.013 67 K 0.006 0.025 0.073 0.294 0.219 0.269 0.038 0.009 0.005 0.021 0.006 0.009 0.012 0.011 0.001 0.004 68 P 0.020 0.064 0.037 0.279 0.014 0.170 0.003 0.138 0.003 0.001 0.223 0.007 0.024 0.001 0.012 0.003 69 H 0.006 0.283 0.023 0.218 0.007 0.048 0.005 0.008 0.106 0.022 0.047 0.199 0.009 0.001 0.002 0.015 70 T 0.195 0.080 0.135 0.232 0.010 0.164 0.015 0.013 0.011 0.003 0.032 0.044 0.045 0.003 0.010 0.008 71 R 0.011 0.299 0.379 0.216 0.001 0.024 0.003 0.007 0.008 0.001 0.014 0.010 0.013 0.001 0.002 0.013 72 Y 0.025 0.045 0.125 0.773 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 73 T 0.009 0.009 0.436 0.520 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 74 V 0.001 0.008 0.037 0.945 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.001 0.006 0.009 0.808 0.130 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.001 0.011 0.007 0.906 0.007 0.021 0.001 0.038 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.001 0.022 0.009 0.790 0.021 0.079 0.001 0.006 0.025 0.022 0.009 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 78 F 0.030 0.027 0.009 0.331 0.154 0.265 0.006 0.015 0.006 0.006 0.100 0.017 0.028 0.003 0.001 0.001 79 K 0.001 0.102 0.014 0.057 0.487 0.036 0.037 0.039 0.004 0.006 0.053 0.034 0.009 0.117 0.002 0.001 80 Q 0.006 0.033 0.023 0.133 0.003 0.017 0.003 0.296 0.017 0.007 0.042 0.034 0.040 0.002 0.330 0.015 81 G 0.008 0.010 0.144 0.052 0.012 0.005 0.005 0.001 0.180 0.027 0.006 0.008 0.018 0.002 0.001 0.521 82 I 0.434 0.006 0.046 0.031 0.245 0.012 0.122 0.004 0.001 0.003 0.011 0.006 0.016 0.054 0.003 0.004 83 K 0.002 0.048 0.106 0.021 0.259 0.059 0.096 0.284 0.003 0.005 0.011 0.008 0.011 0.055 0.029 0.004 84 G 0.011 0.041 0.012 0.162 0.007 0.033 0.004 0.323 0.138 0.051 0.077 0.012 0.012 0.002 0.084 0.032 85 G 0.188 0.019 0.025 0.050 0.003 0.019 0.004 0.004 0.294 0.215 0.042 0.084 0.020 0.001 0.002 0.030 86 D 0.379 0.116 0.167 0.126 0.027 0.033 0.011 0.005 0.011 0.002 0.027 0.046 0.032 0.004 0.002 0.014 87 V 0.026 0.042 0.296 0.445 0.014 0.055 0.012 0.026 0.004 0.003 0.024 0.022 0.018 0.004 0.005 0.005 88 N 0.012 0.141 0.282 0.394 0.006 0.048 0.011 0.014 0.020 0.009 0.009 0.017 0.017 0.001 0.007 0.012 89 F 0.019 0.019 0.037 0.848 0.002 0.008 0.002 0.004 0.006 0.001 0.028 0.004 0.014 0.001 0.001 0.005 90 E 0.015 0.026 0.231 0.629 0.018 0.035 0.003 0.002 0.004 0.002 0.004 0.016 0.008 0.001 0.001 0.007 91 V 0.009 0.014 0.064 0.469 0.147 0.236 0.014 0.011 0.001 0.001 0.013 0.003 0.009 0.006 0.001 0.002 92 T 0.002 0.303 0.034 0.387 0.013 0.111 0.004 0.093 0.005 0.005 0.013 0.013 0.008 0.001 0.006 0.002 93 N 0.014 0.137 0.028 0.636 0.003 0.039 0.002 0.009 0.072 0.008 0.023 0.007 0.007 0.001 0.002 0.013 94 F 0.084 0.027 0.371 0.483 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.005 95 I 0.018 0.007 0.369 0.537 0.021 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 96 V 0.001 0.045 0.038 0.901 0.003 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.001 0.009 0.009 0.736 0.045 0.182 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 P 0.011 0.069 0.021 0.298 0.085 0.341 0.002 0.046 0.004 0.003 0.105 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 99 D 0.004 0.089 0.006 0.048 0.333 0.158 0.031 0.025 0.018 0.011 0.150 0.100 0.004 0.021 0.002 0.001 100 K 0.012 0.079 0.033 0.069 0.010 0.016 0.005 0.335 0.005 0.003 0.149 0.054 0.019 0.002 0.204 0.005 101 G 0.008 0.060 0.093 0.052 0.002 0.006 0.003 0.002 0.258 0.020 0.007 0.037 0.008 0.002 0.002 0.440 102 L 0.664 0.015 0.132 0.086 0.001 0.022 0.005 0.003 0.004 0.001 0.005 0.010 0.032 0.001 0.010 0.010 103 K 0.006 0.196 0.595 0.169 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 104 Y 0.018 0.008 0.044 0.911 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 T 0.002 0.016 0.261 0.709 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.001 0.003 0.011 0.972 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 S 0.001 0.015 0.013 0.606 0.208 0.141 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 108 L 0.002 0.038 0.007 0.473 0.058 0.191 0.002 0.124 0.004 0.003 0.084 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001