# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.035 0.304 0.010 0.043 0.050 0.061 0.066 0.011 0.003 0.117 0.299 2 A 0.023 0.426 0.016 0.045 0.059 0.066 0.057 0.008 0.005 0.097 0.199 3 Y 0.022 0.523 0.017 0.039 0.058 0.059 0.041 0.009 0.004 0.066 0.163 4 F 0.051 0.463 0.018 0.039 0.054 0.069 0.034 0.018 0.006 0.099 0.150 5 H 0.077 0.356 0.018 0.055 0.066 0.079 0.047 0.012 0.006 0.113 0.172 6 E 0.021 0.150 0.026 0.091 0.076 0.102 0.082 0.009 0.007 0.110 0.327 7 L 0.034 0.142 0.025 0.110 0.101 0.139 0.076 0.018 0.008 0.068 0.280 8 L 0.071 0.101 0.010 0.121 0.099 0.121 0.070 0.020 0.005 0.066 0.317 9 I 0.027 0.094 0.011 0.121 0.072 0.057 0.119 0.009 0.004 0.054 0.432 10 G 0.042 0.275 0.012 0.047 0.025 0.034 0.080 0.019 0.007 0.032 0.426 11 R 0.326 0.352 0.010 0.013 0.010 0.011 0.026 0.050 0.008 0.027 0.168 12 E 0.280 0.221 0.006 0.013 0.011 0.011 0.041 0.026 0.004 0.040 0.347 13 D 0.089 0.110 0.005 0.022 0.010 0.017 0.071 0.012 0.004 0.101 0.561 14 L 0.042 0.169 0.016 0.024 0.014 0.016 0.105 0.013 0.007 0.070 0.523 15 L 0.067 0.474 0.011 0.010 0.012 0.010 0.041 0.018 0.005 0.025 0.326 16 R 0.202 0.435 0.005 0.007 0.013 0.015 0.031 0.021 0.003 0.048 0.221 17 P 0.072 0.350 0.012 0.012 0.015 0.013 0.077 0.008 0.004 0.095 0.343 18 F 0.090 0.283 0.038 0.016 0.013 0.020 0.080 0.019 0.013 0.101 0.327 19 F 0.358 0.240 0.021 0.014 0.010 0.019 0.062 0.019 0.010 0.055 0.194 20 E 0.068 0.067 0.008 0.027 0.031 0.029 0.058 0.008 0.002 0.065 0.636 21 K 0.021 0.065 0.004 0.057 0.054 0.064 0.131 0.005 0.001 0.067 0.530 22 C 0.023 0.051 0.004 0.085 0.051 0.117 0.132 0.004 0.002 0.082 0.449 23 V 0.013 0.047 0.005 0.076 0.095 0.065 0.112 0.004 0.001 0.045 0.538 24 K 0.062 0.115 0.003 0.086 0.074 0.159 0.055 0.015 0.001 0.059 0.370 25 I 0.097 0.052 0.001 0.051 0.076 0.065 0.049 0.007 0.001 0.106 0.496 26 E 0.026 0.059 0.003 0.102 0.081 0.095 0.077 0.003 0.002 0.087 0.464 27 E 0.028 0.036 0.003 0.050 0.047 0.110 0.087 0.004 0.001 0.083 0.550 28 V 0.073 0.045 0.005 0.036 0.103 0.115 0.077 0.007 0.002 0.064 0.472 29 S 0.086 0.039 0.004 0.030 0.066 0.094 0.110 0.004 0.002 0.071 0.494 30 R 0.040 0.021 0.009 0.022 0.039 0.058 0.108 0.003 0.003 0.048 0.650 31 N 0.220 0.025 0.004 0.018 0.036 0.064 0.101 0.007 0.002 0.053 0.469 32 E 0.095 0.007 0.001 0.013 0.020 0.039 0.147 0.002 0.001 0.066 0.611 33 Q 0.009 0.007 0.001 0.043 0.056 0.073 0.169 0.001 0.001 0.039 0.603 34 G 0.005 0.005 0.001 0.079 0.086 0.281 0.081 0.001 0.001 0.052 0.411 35 V 0.003 0.006 0.001 0.089 0.264 0.251 0.069 0.001 0.001 0.045 0.272 36 T 0.002 0.003 0.001 0.171 0.194 0.300 0.059 0.001 0.001 0.132 0.138 37 L 0.002 0.005 0.001 0.226 0.247 0.229 0.042 0.001 0.001 0.097 0.150 38 S 0.029 0.038 0.001 0.203 0.190 0.243 0.035 0.002 0.001 0.063 0.195 39 I 0.079 0.037 0.001 0.090 0.107 0.143 0.049 0.004 0.001 0.196 0.294 40 T 0.013 0.067 0.004 0.057 0.067 0.074 0.133 0.001 0.002 0.122 0.460 41 N 0.050 0.338 0.006 0.028 0.030 0.058 0.062 0.004 0.002 0.090 0.332 42 V 0.064 0.299 0.006 0.015 0.041 0.035 0.062 0.009 0.002 0.106 0.361 43 T 0.019 0.317 0.004 0.023 0.059 0.089 0.081 0.003 0.001 0.128 0.277 44 D 0.012 0.340 0.004 0.033 0.060 0.112 0.057 0.002 0.001 0.134 0.246 45 L 0.014 0.325 0.007 0.045 0.153 0.169 0.039 0.005 0.002 0.102 0.139 46 V 0.026 0.276 0.006 0.036 0.124 0.183 0.030 0.005 0.003 0.092 0.218 47 L 0.021 0.192 0.006 0.044 0.180 0.175 0.036 0.004 0.002 0.101 0.239 48 K 0.022 0.025 0.004 0.036 0.098 0.143 0.076 0.004 0.002 0.331 0.258 49 L 0.055 0.077 0.018 0.048 0.082 0.089 0.092 0.006 0.007 0.186 0.339 50 K 0.121 0.054 0.009 0.042 0.051 0.070 0.105 0.008 0.004 0.071 0.463 51 K 0.058 0.042 0.008 0.032 0.041 0.063 0.066 0.007 0.003 0.044 0.637 52 T 0.105 0.025 0.004 0.027 0.026 0.051 0.150 0.007 0.003 0.101 0.502 53 A 0.053 0.024 0.009 0.024 0.021 0.031 0.170 0.004 0.003 0.087 0.573 54 H 0.056 0.049 0.005 0.023 0.018 0.014 0.136 0.005 0.002 0.038 0.652 55 D 0.084 0.072 0.003 0.028 0.039 0.078 0.089 0.008 0.001 0.080 0.518 56 T 0.010 0.043 0.002 0.037 0.080 0.080 0.130 0.002 0.001 0.092 0.525 57 L 0.006 0.060 0.003 0.164 0.143 0.351 0.073 0.002 0.001 0.057 0.141 58 L 0.005 0.029 0.001 0.151 0.217 0.360 0.041 0.002 0.001 0.067 0.126 59 V 0.003 0.034 0.002 0.135 0.354 0.298 0.025 0.002 0.001 0.050 0.095 60 Y 0.014 0.072 0.004 0.167 0.254 0.272 0.033 0.003 0.001 0.069 0.111 61 F 0.048 0.014 0.005 0.099 0.151 0.217 0.035 0.006 0.002 0.267 0.156 62 R 0.066 0.025 0.007 0.085 0.131 0.138 0.120 0.005 0.003 0.089 0.331 63 D 0.053 0.018 0.002 0.080 0.074 0.166 0.074 0.004 0.001 0.046 0.483 64 M 0.023 0.007 0.002 0.078 0.118 0.150 0.083 0.003 0.001 0.040 0.496 65 T 0.017 0.008 0.002 0.052 0.075 0.168 0.123 0.003 0.001 0.030 0.521 66 L 0.025 0.009 0.001 0.022 0.049 0.038 0.108 0.002 0.001 0.047 0.698 67 K 0.108 0.011 0.004 0.047 0.076 0.068 0.151 0.005 0.002 0.136 0.393 68 P 0.030 0.012 0.001 0.023 0.032 0.043 0.096 0.001 0.001 0.038 0.724 69 H 0.048 0.012 0.002 0.036 0.050 0.098 0.135 0.003 0.001 0.085 0.531 70 T 0.021 0.010 0.001 0.058 0.126 0.298 0.100 0.001 0.001 0.050 0.334 71 R 0.007 0.008 0.001 0.069 0.123 0.253 0.069 0.001 0.001 0.041 0.428 72 Y 0.004 0.004 0.001 0.069 0.323 0.402 0.034 0.001 0.001 0.026 0.136 73 T 0.002 0.002 0.001 0.058 0.243 0.348 0.057 0.001 0.001 0.044 0.244 74 V 0.002 0.003 0.001 0.109 0.316 0.415 0.031 0.001 0.001 0.021 0.101 75 R 0.004 0.003 0.001 0.073 0.267 0.441 0.037 0.001 0.001 0.026 0.149 76 I 0.008 0.011 0.002 0.106 0.338 0.307 0.034 0.001 0.001 0.036 0.157 77 G 0.025 0.010 0.006 0.106 0.165 0.289 0.093 0.003 0.001 0.041 0.260 78 F 0.267 0.036 0.004 0.044 0.066 0.146 0.087 0.010 0.001 0.042 0.297 79 K 0.232 0.007 0.001 0.063 0.047 0.073 0.092 0.006 0.001 0.037 0.440 80 Q 0.007 0.009 0.002 0.078 0.045 0.050 0.148 0.001 0.001 0.016 0.644 81 G 0.037 0.009 0.003 0.058 0.041 0.157 0.153 0.008 0.001 0.049 0.484 82 I 0.120 0.011 0.006 0.043 0.064 0.043 0.130 0.011 0.001 0.060 0.510 83 K 0.163 0.017 0.002 0.103 0.064 0.065 0.117 0.006 0.001 0.046 0.418 84 G 0.023 0.012 0.001 0.048 0.030 0.052 0.114 0.002 0.001 0.035 0.683 85 G 0.010 0.027 0.001 0.104 0.097 0.095 0.113 0.002 0.001 0.049 0.501 86 D 0.022 0.029 0.002 0.089 0.091 0.273 0.069 0.005 0.001 0.087 0.332 87 V 0.014 0.054 0.002 0.064 0.237 0.139 0.054 0.003 0.001 0.045 0.389 88 N 0.014 0.016 0.001 0.080 0.165 0.224 0.064 0.002 0.001 0.230 0.204 89 F 0.007 0.029 0.007 0.105 0.174 0.160 0.077 0.001 0.001 0.179 0.260 90 E 0.027 0.034 0.008 0.128 0.146 0.242 0.076 0.003 0.002 0.086 0.247 91 V 0.029 0.023 0.004 0.059 0.141 0.188 0.063 0.003 0.001 0.075 0.413 92 T 0.011 0.014 0.002 0.111 0.159 0.244 0.118 0.002 0.001 0.075 0.264 93 N 0.005 0.006 0.001 0.176 0.131 0.407 0.062 0.001 0.001 0.055 0.156 94 F 0.003 0.003 0.001 0.334 0.203 0.239 0.048 0.001 0.001 0.039 0.130 95 I 0.003 0.002 0.001 0.240 0.194 0.358 0.045 0.001 0.001 0.027 0.130 96 V 0.014 0.006 0.001 0.259 0.153 0.121 0.062 0.002 0.001 0.050 0.332 97 A 0.073 0.005 0.005 0.192 0.135 0.154 0.101 0.005 0.003 0.094 0.233 98 P 0.061 0.006 0.002 0.024 0.023 0.026 0.126 0.003 0.001 0.032 0.698 99 D 0.377 0.009 0.002 0.029 0.023 0.040 0.084 0.008 0.001 0.055 0.371 100 K 0.030 0.004 0.001 0.020 0.034 0.047 0.138 0.001 0.001 0.021 0.704 101 G 0.019 0.006 0.001 0.038 0.056 0.204 0.090 0.002 0.001 0.037 0.547 102 L 0.012 0.004 0.001 0.037 0.229 0.301 0.084 0.001 0.001 0.025 0.307 103 K 0.003 0.002 0.001 0.046 0.275 0.300 0.058 0.001 0.001 0.037 0.278 104 Y 0.002 0.001 0.001 0.059 0.308 0.401 0.043 0.001 0.001 0.032 0.154 105 T 0.003 0.001 0.001 0.063 0.281 0.393 0.042 0.001 0.001 0.038 0.179 106 I 0.007 0.002 0.001 0.089 0.288 0.354 0.038 0.001 0.001 0.027 0.193 107 S 0.014 0.004 0.001 0.091 0.160 0.299 0.066 0.001 0.001 0.034 0.331 108 L 0.025 0.015 0.001 0.060 0.108 0.144 0.085 0.001 0.001 0.038 0.523