# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.098 0.106 0.018 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.257 0.016 0.075 0.410 2 A 0.036 0.098 0.010 0.002 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.506 0.007 0.065 0.255 3 Y 0.025 0.101 0.005 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.574 0.008 0.065 0.202 4 F 0.021 0.164 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.560 0.010 0.047 0.177 5 H 0.018 0.179 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.471 0.012 0.053 0.254 6 E 0.047 0.172 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.254 0.032 0.084 0.378 7 L 0.063 0.273 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.265 0.019 0.081 0.259 8 L 0.042 0.321 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.373 0.016 0.052 0.168 9 I 0.072 0.370 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.268 0.023 0.029 0.197 10 G 0.052 0.333 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.028 0.073 0.404 11 R 0.098 0.190 0.081 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.061 0.059 0.411 12 E 0.027 0.264 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.013 0.064 0.555 13 D 0.072 0.181 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.047 0.066 0.594 14 L 0.182 0.344 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.028 0.373 15 L 0.110 0.502 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.070 0.053 0.204 16 R 0.234 0.193 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.072 0.031 0.438 17 P 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 18 F 0.035 0.142 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.012 0.076 0.692 19 F 0.081 0.310 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.013 0.065 0.487 20 E 0.156 0.529 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.046 0.031 0.189 21 K 0.235 0.456 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.038 0.049 0.140 22 C 0.257 0.426 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.027 0.024 0.167 23 V 0.090 0.286 0.052 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.397 0.017 0.024 0.122 24 K 0.023 0.135 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.015 0.070 0.501 25 I 0.043 0.069 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.532 0.011 0.036 0.279 26 E 0.014 0.090 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.409 0.004 0.134 0.329 27 E 0.054 0.056 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.004 0.141 0.023 0.091 0.596 28 V 0.141 0.100 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.005 0.022 0.037 0.014 0.006 0.242 0.028 0.072 0.302 29 S 0.036 0.162 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.015 0.004 0.027 0.020 0.005 0.003 0.160 0.013 0.125 0.400 30 R 0.045 0.070 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.019 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.151 0.021 0.111 0.529 31 N 0.093 0.100 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.064 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.050 0.065 0.126 0.431 32 E 0.087 0.066 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.042 0.147 0.541 33 Q 0.033 0.078 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.029 0.401 0.376 34 G 0.184 0.034 0.042 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.064 0.220 0.359 35 V 0.146 0.037 0.046 0.010 0.014 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.010 0.127 0.334 36 T 0.005 0.005 0.003 0.002 0.015 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.603 0.002 0.085 0.264 37 L 0.004 0.003 0.002 0.001 0.030 0.032 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.602 0.003 0.042 0.247 38 S 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.005 0.654 0.003 0.073 0.212 39 I 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.009 0.007 0.613 0.002 0.038 0.299 40 T 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 0.004 0.003 0.686 0.002 0.088 0.186 41 N 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.212 0.007 0.165 0.567 42 V 0.029 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.375 0.007 0.145 0.417 43 T 0.014 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.006 0.472 0.305 44 D 0.123 0.058 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.040 0.222 0.400 45 L 0.076 0.371 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.017 0.096 0.246 46 V 0.031 0.363 0.010 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.252 0.009 0.163 0.155 47 L 0.036 0.576 0.009 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.191 0.016 0.043 0.108 48 K 0.042 0.585 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.015 0.026 0.111 49 L 0.049 0.588 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.153 0.034 0.022 0.127 50 K 0.050 0.453 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 0.146 0.058 0.036 0.198 51 K 0.086 0.206 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.131 0.069 0.086 0.347 52 T 0.131 0.109 0.050 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.048 0.052 0.141 0.445 53 A 0.089 0.097 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.157 0.026 0.166 0.417 54 H 0.064 0.076 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.039 0.320 0.383 55 D 0.222 0.065 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.075 0.154 0.360 56 T 0.082 0.150 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.020 0.123 0.528 57 L 0.085 0.097 0.022 0.003 0.009 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.026 0.273 0.245 58 L 0.078 0.110 0.026 0.004 0.013 0.012 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.003 0.376 0.018 0.107 0.228 59 V 0.015 0.083 0.006 0.002 0.008 0.005 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.007 0.003 0.688 0.005 0.041 0.096 60 Y 0.012 0.087 0.003 0.001 0.009 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.004 0.003 0.003 0.684 0.005 0.034 0.131 61 F 0.010 0.073 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.727 0.006 0.025 0.116 62 R 0.011 0.078 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.503 0.010 0.077 0.290 63 D 0.062 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.042 0.131 0.480 64 M 0.148 0.044 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.332 0.064 0.084 0.289 65 T 0.073 0.027 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.019 0.156 0.421 66 L 0.059 0.018 0.039 0.008 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.159 0.024 0.050 0.617 67 K 0.018 0.009 0.007 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.006 0.003 0.002 0.002 0.202 0.004 0.217 0.509 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 69 H 0.029 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.387 0.004 0.144 0.407 70 T 0.088 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.002 0.129 0.582 71 R 0.065 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.008 0.073 0.517 72 Y 0.045 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.709 0.005 0.083 0.142 73 T 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.586 0.003 0.090 0.281 74 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.896 0.001 0.015 0.062 75 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 0.007 0.676 0.002 0.047 0.214 76 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.027 0.017 0.012 0.766 0.001 0.024 0.121 77 G 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.002 0.025 0.010 0.006 0.006 0.569 0.002 0.084 0.258 78 F 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.031 0.007 0.005 0.006 0.004 0.003 0.004 0.386 0.006 0.053 0.449 79 K 0.018 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.005 0.005 0.005 0.004 0.003 0.001 0.002 0.245 0.007 0.128 0.524 80 Q 0.070 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.102 0.038 0.175 0.569 81 G 0.251 0.029 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.051 0.064 0.063 0.499 82 I 0.118 0.023 0.115 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.011 0.145 0.480 83 K 0.015 0.014 0.008 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.005 0.132 0.657 84 G 0.038 0.014 0.010 0.006 0.022 0.012 0.007 0.003 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.011 0.098 0.679 85 G 0.099 0.017 0.009 0.003 0.003 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.015 0.160 0.523 86 D 0.087 0.018 0.006 0.003 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.008 0.140 0.614 87 V 0.058 0.031 0.005 0.002 0.004 0.005 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.009 0.126 0.469 88 N 0.042 0.029 0.003 0.002 0.007 0.008 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.220 0.008 0.247 0.411 89 F 0.083 0.022 0.003 0.001 0.004 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.372 0.012 0.087 0.384 90 E 0.052 0.035 0.002 0.001 0.004 0.003 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.487 0.005 0.125 0.263 91 V 0.023 0.035 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.592 0.003 0.073 0.251 92 T 0.009 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.741 0.004 0.042 0.151 93 N 0.015 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.602 0.010 0.066 0.275 94 F 0.028 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.656 0.012 0.088 0.182 95 I 0.010 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.830 0.004 0.043 0.080 96 V 0.017 0.019 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.031 0.034 0.005 0.474 0.006 0.078 0.306 97 A 0.010 0.015 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.039 0.005 0.124 0.047 0.011 0.011 0.514 0.005 0.046 0.153 98 P 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.012 0.940 99 D 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.026 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.217 0.010 0.151 0.427 100 K 0.090 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.017 0.116 0.676 101 G 0.129 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.042 0.209 0.488 102 L 0.279 0.005 0.036 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.023 0.228 0.296 103 K 0.028 0.017 0.005 0.004 0.008 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.004 0.134 0.446 104 Y 0.016 0.006 0.004 0.003 0.137 0.059 0.047 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.436 0.004 0.081 0.188 105 T 0.014 0.012 0.003 0.001 0.014 0.032 0.026 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.007 0.506 0.005 0.070 0.281 106 I 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.005 0.796 0.002 0.026 0.126 107 S 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.005 0.008 0.005 0.580 0.003 0.092 0.270 108 L 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.004 0.580 0.003 0.070 0.305