# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.239 0.361 0.193 0.033 0.105 0.023 0.021 0.004 0.018 0.003 0.001 2 A 0.433 0.258 0.194 0.018 0.039 0.035 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 3 Y 0.315 0.393 0.128 0.033 0.057 0.041 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 4 F 0.600 0.160 0.116 0.052 0.023 0.028 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 5 H 0.740 0.102 0.044 0.062 0.024 0.009 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 6 E 0.564 0.292 0.059 0.028 0.027 0.009 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 7 L 0.518 0.293 0.108 0.031 0.014 0.021 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 8 L 0.335 0.408 0.148 0.024 0.021 0.035 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 9 I 0.305 0.330 0.190 0.075 0.017 0.036 0.022 0.001 0.025 0.001 0.001 10 G 0.162 0.034 0.161 0.074 0.182 0.070 0.059 0.103 0.016 0.137 0.002 11 R 0.534 0.077 0.188 0.100 0.034 0.033 0.009 0.003 0.016 0.005 0.001 12 E 0.910 0.020 0.030 0.027 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.933 0.015 0.014 0.028 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.848 0.013 0.024 0.102 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.895 0.025 0.020 0.049 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 R 0.859 0.052 0.025 0.002 0.001 0.011 0.019 0.001 0.032 0.001 0.001 17 P 0.967 0.001 0.024 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.741 0.014 0.024 0.201 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 19 F 0.899 0.015 0.030 0.038 0.004 0.005 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 20 E 0.928 0.024 0.019 0.018 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 21 K 0.781 0.040 0.023 0.116 0.016 0.003 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 22 C 0.264 0.213 0.200 0.170 0.033 0.029 0.069 0.005 0.016 0.001 0.001 23 V 0.174 0.503 0.202 0.028 0.032 0.033 0.013 0.001 0.014 0.001 0.001 24 K 0.065 0.288 0.438 0.023 0.023 0.116 0.017 0.001 0.029 0.001 0.001 25 I 0.248 0.236 0.347 0.033 0.008 0.113 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 26 E 0.576 0.188 0.104 0.084 0.016 0.019 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 27 E 0.224 0.446 0.126 0.049 0.098 0.021 0.011 0.001 0.024 0.001 0.001 28 V 0.166 0.570 0.155 0.024 0.034 0.027 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 29 S 0.191 0.275 0.284 0.075 0.064 0.055 0.018 0.003 0.027 0.005 0.002 30 R 0.324 0.214 0.148 0.154 0.058 0.026 0.033 0.005 0.031 0.004 0.002 31 N 0.182 0.129 0.213 0.148 0.090 0.051 0.112 0.033 0.023 0.017 0.002 32 E 0.260 0.250 0.269 0.150 0.015 0.025 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 33 Q 0.122 0.227 0.203 0.339 0.019 0.010 0.063 0.002 0.013 0.001 0.001 34 G 0.016 0.054 0.064 0.023 0.174 0.018 0.304 0.308 0.005 0.032 0.001 35 V 0.004 0.647 0.271 0.005 0.050 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 36 T 0.015 0.575 0.312 0.015 0.020 0.052 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 37 L 0.007 0.779 0.084 0.009 0.081 0.022 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 38 S 0.012 0.720 0.098 0.004 0.116 0.027 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 39 I 0.035 0.700 0.156 0.011 0.029 0.049 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 40 T 0.067 0.594 0.147 0.047 0.083 0.030 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 41 N 0.048 0.141 0.251 0.043 0.137 0.152 0.150 0.015 0.041 0.021 0.002 42 V 0.428 0.199 0.191 0.069 0.028 0.052 0.015 0.002 0.014 0.002 0.001 43 T 0.538 0.087 0.084 0.240 0.018 0.015 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 44 D 0.649 0.063 0.074 0.097 0.045 0.020 0.029 0.005 0.015 0.002 0.001 45 L 0.660 0.146 0.078 0.064 0.019 0.016 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 46 V 0.668 0.227 0.060 0.012 0.008 0.012 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 47 L 0.375 0.378 0.142 0.013 0.011 0.049 0.012 0.001 0.019 0.001 0.001 48 K 0.340 0.286 0.189 0.018 0.037 0.087 0.011 0.001 0.029 0.001 0.001 49 L 0.344 0.158 0.305 0.071 0.012 0.069 0.006 0.001 0.032 0.001 0.001 50 K 0.599 0.085 0.155 0.072 0.025 0.029 0.013 0.003 0.013 0.005 0.002 51 K 0.546 0.126 0.138 0.108 0.032 0.020 0.012 0.002 0.013 0.002 0.001 52 T 0.340 0.170 0.180 0.186 0.030 0.036 0.032 0.003 0.019 0.002 0.002 53 A 0.359 0.142 0.183 0.145 0.070 0.021 0.040 0.011 0.018 0.008 0.002 54 H 0.210 0.122 0.189 0.251 0.088 0.043 0.054 0.011 0.021 0.010 0.001 55 D 0.252 0.109 0.260 0.168 0.055 0.061 0.049 0.011 0.027 0.006 0.001 56 T 0.570 0.081 0.166 0.135 0.015 0.017 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 57 L 0.595 0.182 0.082 0.100 0.016 0.012 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 58 L 0.267 0.530 0.101 0.028 0.027 0.019 0.015 0.001 0.012 0.001 0.001 59 V 0.120 0.727 0.079 0.004 0.039 0.016 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 60 Y 0.050 0.485 0.303 0.008 0.034 0.083 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 61 F 0.158 0.390 0.216 0.050 0.029 0.111 0.008 0.001 0.036 0.001 0.001 62 R 0.433 0.277 0.098 0.081 0.063 0.014 0.013 0.001 0.017 0.003 0.001 63 D 0.217 0.138 0.133 0.212 0.112 0.036 0.113 0.014 0.017 0.006 0.002 64 M 0.134 0.362 0.193 0.129 0.115 0.017 0.017 0.004 0.027 0.001 0.001 65 T 0.119 0.430 0.261 0.055 0.031 0.034 0.028 0.001 0.036 0.001 0.002 66 L 0.067 0.442 0.308 0.052 0.021 0.066 0.023 0.001 0.018 0.001 0.001 67 K 0.009 0.433 0.281 0.001 0.083 0.023 0.003 0.001 0.162 0.004 0.001 68 P 0.055 0.002 0.830 0.007 0.002 0.041 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 69 H 0.128 0.195 0.155 0.190 0.088 0.066 0.059 0.077 0.034 0.007 0.001 70 T 0.080 0.389 0.264 0.107 0.090 0.022 0.018 0.002 0.024 0.003 0.001 71 R 0.091 0.404 0.239 0.091 0.094 0.033 0.022 0.004 0.017 0.002 0.001 72 Y 0.037 0.523 0.158 0.051 0.189 0.015 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 73 T 0.017 0.716 0.149 0.012 0.067 0.017 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 74 V 0.013 0.842 0.087 0.003 0.034 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 75 R 0.018 0.666 0.199 0.004 0.037 0.052 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 76 I 0.032 0.721 0.154 0.011 0.023 0.028 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 77 G 0.076 0.157 0.275 0.029 0.155 0.148 0.043 0.029 0.031 0.052 0.005 78 F 0.162 0.319 0.303 0.080 0.069 0.022 0.008 0.002 0.030 0.004 0.002 79 K 0.426 0.198 0.186 0.085 0.023 0.028 0.016 0.003 0.024 0.005 0.005 80 Q 0.176 0.132 0.136 0.384 0.046 0.015 0.082 0.005 0.019 0.002 0.002 81 G 0.043 0.018 0.064 0.020 0.104 0.011 0.100 0.495 0.005 0.138 0.002 82 I 0.082 0.390 0.410 0.049 0.017 0.023 0.004 0.001 0.022 0.001 0.002 83 K 0.104 0.255 0.359 0.147 0.026 0.036 0.026 0.002 0.032 0.006 0.008 84 G 0.022 0.033 0.083 0.050 0.176 0.015 0.118 0.263 0.014 0.223 0.003 85 G 0.071 0.044 0.172 0.037 0.207 0.013 0.027 0.176 0.006 0.243 0.005 86 D 0.090 0.184 0.300 0.191 0.086 0.067 0.039 0.008 0.022 0.005 0.006 87 V 0.105 0.478 0.247 0.041 0.086 0.013 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 88 N 0.134 0.307 0.259 0.108 0.044 0.070 0.049 0.004 0.020 0.002 0.004 89 F 0.026 0.529 0.203 0.027 0.164 0.021 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 90 E 0.057 0.609 0.210 0.008 0.022 0.064 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 91 V 0.032 0.513 0.309 0.012 0.016 0.095 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 92 T 0.134 0.379 0.163 0.189 0.060 0.042 0.008 0.001 0.022 0.002 0.001 93 N 0.062 0.210 0.162 0.114 0.194 0.051 0.149 0.020 0.030 0.007 0.002 94 F 0.041 0.530 0.213 0.025 0.126 0.033 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 95 I 0.050 0.610 0.238 0.017 0.019 0.041 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 96 V 0.038 0.601 0.227 0.020 0.017 0.059 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 97 A 0.008 0.293 0.324 0.003 0.126 0.052 0.003 0.001 0.181 0.008 0.001 98 P 0.211 0.005 0.672 0.021 0.004 0.021 0.001 0.001 0.002 0.008 0.054 99 D 0.252 0.126 0.175 0.162 0.031 0.059 0.053 0.038 0.088 0.014 0.002 100 K 0.219 0.058 0.194 0.425 0.021 0.004 0.059 0.003 0.010 0.004 0.003 101 G 0.004 0.003 0.009 0.007 0.042 0.002 0.121 0.727 0.001 0.083 0.001 102 L 0.018 0.391 0.482 0.041 0.038 0.019 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 103 K 0.056 0.477 0.317 0.058 0.039 0.028 0.008 0.001 0.013 0.001 0.003 104 Y 0.004 0.698 0.100 0.010 0.167 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 105 T 0.006 0.797 0.105 0.004 0.058 0.019 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 106 I 0.003 0.843 0.094 0.002 0.034 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 107 S 0.013 0.611 0.222 0.005 0.046 0.070 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 108 L 0.050 0.477 0.308 0.027 0.047 0.056 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001