# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.112 0.108 0.018 0.007 0.310 0.007 0.017 0.276 0.082 0.034 0.030 2 A 0.144 0.110 0.014 0.006 0.289 0.007 0.043 0.318 0.038 0.013 0.018 3 Y 0.171 0.096 0.023 0.006 0.192 0.005 0.032 0.391 0.030 0.018 0.035 4 F 0.117 0.046 0.007 0.006 0.123 0.007 0.012 0.526 0.095 0.032 0.028 5 H 0.034 0.030 0.010 0.009 0.063 0.015 0.026 0.655 0.132 0.015 0.011 6 E 0.045 0.025 0.010 0.004 0.088 0.005 0.027 0.646 0.109 0.024 0.017 7 L 0.073 0.048 0.011 0.006 0.145 0.004 0.054 0.542 0.076 0.027 0.014 8 L 0.228 0.042 0.012 0.014 0.119 0.007 0.114 0.347 0.041 0.035 0.040 9 I 0.033 0.088 0.060 0.058 0.060 0.060 0.114 0.300 0.066 0.120 0.042 10 G 0.022 0.171 0.153 0.130 0.043 0.028 0.014 0.169 0.053 0.177 0.040 11 R 0.022 0.068 0.023 0.008 0.040 0.006 0.012 0.483 0.257 0.068 0.014 12 E 0.005 0.022 0.009 0.003 0.010 0.007 0.020 0.629 0.268 0.022 0.005 13 D 0.008 0.021 0.008 0.003 0.011 0.006 0.030 0.692 0.161 0.055 0.007 14 L 0.010 0.014 0.008 0.002 0.011 0.005 0.022 0.593 0.194 0.134 0.008 15 L 0.017 0.050 0.022 0.014 0.021 0.015 0.027 0.484 0.179 0.159 0.013 16 R 0.016 0.143 0.108 0.024 0.048 0.013 0.027 0.440 0.126 0.042 0.011 17 P 0.010 0.050 0.032 0.003 0.024 0.005 0.034 0.680 0.138 0.020 0.004 18 F 0.022 0.020 0.007 0.003 0.020 0.006 0.037 0.607 0.183 0.085 0.010 19 F 0.037 0.038 0.013 0.007 0.053 0.017 0.028 0.505 0.204 0.083 0.016 20 E 0.026 0.023 0.014 0.013 0.033 0.028 0.083 0.567 0.153 0.047 0.013 21 K 0.039 0.059 0.035 0.017 0.070 0.037 0.138 0.348 0.111 0.127 0.018 22 C 0.312 0.066 0.011 0.004 0.327 0.004 0.015 0.102 0.039 0.070 0.048 23 V 0.138 0.237 0.040 0.008 0.373 0.017 0.029 0.088 0.027 0.013 0.030 24 K 0.227 0.178 0.066 0.004 0.334 0.006 0.023 0.062 0.012 0.014 0.073 25 I 0.263 0.121 0.010 0.005 0.293 0.007 0.008 0.116 0.085 0.049 0.044 26 E 0.065 0.149 0.031 0.012 0.197 0.038 0.098 0.275 0.102 0.016 0.016 27 E 0.257 0.071 0.023 0.004 0.323 0.005 0.023 0.130 0.042 0.057 0.065 28 V 0.159 0.195 0.038 0.014 0.288 0.016 0.037 0.119 0.042 0.045 0.046 29 S 0.116 0.187 0.090 0.025 0.241 0.031 0.045 0.118 0.051 0.035 0.063 30 R 0.084 0.132 0.046 0.032 0.135 0.036 0.068 0.206 0.118 0.102 0.043 31 N 0.085 0.105 0.127 0.061 0.127 0.035 0.046 0.148 0.089 0.118 0.060 32 E 0.106 0.057 0.028 0.024 0.089 0.039 0.067 0.215 0.188 0.136 0.051 33 Q 0.043 0.235 0.112 0.083 0.101 0.077 0.104 0.082 0.059 0.073 0.031 34 G 0.158 0.061 0.046 0.064 0.119 0.032 0.025 0.054 0.046 0.245 0.150 35 V 0.128 0.271 0.036 0.011 0.399 0.017 0.027 0.035 0.023 0.026 0.028 36 T 0.228 0.155 0.028 0.004 0.503 0.004 0.007 0.014 0.007 0.010 0.040 37 L 0.188 0.186 0.036 0.009 0.427 0.012 0.014 0.029 0.024 0.018 0.056 38 S 0.129 0.258 0.053 0.006 0.442 0.008 0.019 0.027 0.012 0.009 0.036 39 I 0.292 0.063 0.011 0.005 0.226 0.007 0.018 0.068 0.074 0.137 0.098 40 T 0.050 0.256 0.080 0.032 0.254 0.056 0.068 0.078 0.055 0.038 0.032 41 N 0.228 0.141 0.062 0.012 0.319 0.007 0.010 0.085 0.030 0.046 0.059 42 V 0.016 0.012 0.005 0.002 0.020 0.003 0.005 0.387 0.476 0.061 0.011 43 T 0.005 0.015 0.007 0.004 0.009 0.009 0.015 0.801 0.120 0.013 0.003 44 D 0.011 0.007 0.003 0.002 0.014 0.002 0.006 0.854 0.076 0.019 0.006 45 L 0.015 0.010 0.002 0.001 0.021 0.002 0.008 0.882 0.050 0.008 0.002 46 V 0.021 0.004 0.001 0.001 0.021 0.001 0.008 0.898 0.037 0.004 0.003 47 L 0.019 0.013 0.004 0.003 0.038 0.002 0.019 0.852 0.043 0.003 0.003 48 K 0.042 0.010 0.003 0.005 0.019 0.002 0.055 0.813 0.031 0.014 0.005 49 L 0.043 0.046 0.013 0.006 0.066 0.006 0.030 0.640 0.101 0.033 0.017 50 K 0.031 0.052 0.017 0.008 0.057 0.012 0.039 0.580 0.154 0.034 0.018 51 K 0.030 0.054 0.025 0.012 0.047 0.016 0.106 0.457 0.159 0.071 0.022 52 T 0.073 0.164 0.078 0.021 0.144 0.017 0.053 0.205 0.108 0.093 0.043 53 A 0.056 0.074 0.028 0.018 0.070 0.022 0.064 0.287 0.206 0.129 0.046 54 H 0.034 0.103 0.070 0.030 0.067 0.041 0.081 0.249 0.145 0.142 0.039 55 D 0.136 0.138 0.035 0.010 0.225 0.011 0.023 0.200 0.085 0.083 0.053 56 T 0.059 0.061 0.014 0.006 0.103 0.012 0.017 0.382 0.270 0.053 0.023 57 L 0.049 0.059 0.016 0.009 0.107 0.022 0.055 0.492 0.122 0.049 0.020 58 L 0.244 0.049 0.005 0.003 0.458 0.002 0.006 0.150 0.027 0.025 0.030 59 V 0.196 0.096 0.006 0.004 0.508 0.004 0.024 0.135 0.013 0.004 0.010 60 Y 0.317 0.081 0.023 0.006 0.348 0.004 0.027 0.116 0.013 0.011 0.054 61 F 0.232 0.057 0.010 0.016 0.182 0.012 0.020 0.235 0.099 0.067 0.071 62 R 0.036 0.095 0.033 0.034 0.102 0.067 0.117 0.288 0.166 0.042 0.020 63 D 0.205 0.070 0.019 0.008 0.259 0.011 0.044 0.109 0.081 0.130 0.065 64 M 0.132 0.216 0.029 0.011 0.336 0.014 0.047 0.072 0.054 0.052 0.037 65 T 0.145 0.190 0.077 0.015 0.339 0.015 0.036 0.041 0.030 0.040 0.072 66 L 0.167 0.246 0.098 0.042 0.222 0.013 0.018 0.039 0.040 0.056 0.060 67 K 0.042 0.298 0.315 0.056 0.151 0.019 0.024 0.033 0.031 0.015 0.018 68 P 0.126 0.136 0.053 0.015 0.171 0.026 0.139 0.133 0.111 0.052 0.038 69 H 0.142 0.122 0.059 0.035 0.174 0.034 0.056 0.048 0.062 0.172 0.097 70 T 0.120 0.249 0.074 0.034 0.315 0.030 0.037 0.036 0.032 0.037 0.036 71 R 0.321 0.071 0.023 0.020 0.265 0.031 0.035 0.039 0.036 0.086 0.073 72 Y 0.163 0.193 0.030 0.013 0.482 0.022 0.024 0.016 0.010 0.016 0.031 73 T 0.323 0.064 0.007 0.002 0.560 0.003 0.003 0.005 0.002 0.005 0.026 74 V 0.213 0.107 0.009 0.001 0.636 0.003 0.004 0.005 0.002 0.002 0.017 75 R 0.339 0.075 0.018 0.001 0.501 0.002 0.004 0.005 0.002 0.002 0.050 76 I 0.248 0.200 0.026 0.005 0.414 0.008 0.013 0.020 0.007 0.010 0.049 77 G 0.214 0.144 0.066 0.024 0.302 0.024 0.026 0.042 0.021 0.039 0.097 78 F 0.143 0.155 0.116 0.035 0.168 0.037 0.040 0.128 0.064 0.052 0.063 79 K 0.051 0.047 0.042 0.071 0.057 0.127 0.133 0.257 0.102 0.078 0.036 80 Q 0.019 0.293 0.151 0.156 0.054 0.067 0.060 0.059 0.046 0.073 0.021 81 G 0.054 0.068 0.111 0.173 0.062 0.024 0.014 0.050 0.041 0.270 0.133 82 I 0.148 0.131 0.084 0.029 0.167 0.033 0.053 0.151 0.082 0.063 0.058 83 K 0.063 0.109 0.077 0.091 0.091 0.153 0.103 0.110 0.059 0.091 0.052 84 G 0.037 0.091 0.111 0.353 0.046 0.085 0.041 0.042 0.037 0.115 0.043 85 G 0.053 0.083 0.126 0.131 0.063 0.054 0.032 0.073 0.063 0.251 0.072 86 D 0.234 0.115 0.056 0.013 0.265 0.016 0.018 0.065 0.060 0.083 0.075 87 V 0.125 0.185 0.057 0.030 0.242 0.046 0.062 0.093 0.075 0.047 0.038 88 N 0.228 0.080 0.050 0.030 0.220 0.029 0.041 0.051 0.040 0.119 0.111 89 F 0.130 0.251 0.026 0.009 0.471 0.009 0.009 0.025 0.018 0.022 0.030 90 E 0.256 0.121 0.023 0.006 0.461 0.008 0.019 0.032 0.014 0.019 0.040 91 V 0.376 0.070 0.019 0.013 0.324 0.015 0.014 0.027 0.020 0.040 0.082 92 T 0.115 0.142 0.053 0.097 0.233 0.117 0.092 0.046 0.031 0.038 0.035 93 N 0.291 0.055 0.028 0.050 0.267 0.039 0.025 0.029 0.029 0.104 0.084 94 F 0.200 0.139 0.012 0.007 0.545 0.011 0.017 0.017 0.014 0.016 0.022 95 I 0.236 0.104 0.023 0.003 0.566 0.004 0.007 0.009 0.005 0.007 0.038 96 V 0.218 0.193 0.053 0.008 0.379 0.007 0.011 0.012 0.008 0.016 0.093 97 A 0.085 0.368 0.222 0.015 0.234 0.007 0.007 0.009 0.006 0.008 0.040 98 P 0.103 0.218 0.116 0.026 0.150 0.039 0.095 0.102 0.077 0.039 0.035 99 D 0.098 0.144 0.170 0.071 0.150 0.044 0.049 0.073 0.082 0.072 0.048 100 K 0.026 0.163 0.106 0.088 0.051 0.052 0.112 0.122 0.177 0.084 0.020 101 G 0.050 0.028 0.040 0.043 0.031 0.025 0.017 0.041 0.067 0.517 0.141 102 L 0.119 0.280 0.041 0.012 0.389 0.016 0.021 0.042 0.032 0.027 0.022 103 K 0.342 0.068 0.024 0.019 0.291 0.038 0.049 0.047 0.023 0.044 0.055 104 Y 0.201 0.158 0.027 0.016 0.476 0.017 0.016 0.021 0.012 0.020 0.036 105 T 0.244 0.090 0.007 0.003 0.613 0.003 0.004 0.009 0.004 0.005 0.018 106 I 0.235 0.132 0.027 0.002 0.524 0.004 0.005 0.010 0.005 0.005 0.051 107 S 0.202 0.222 0.047 0.003 0.412 0.005 0.008 0.015 0.006 0.007 0.074 108 L 0.224 0.172 0.034 0.012 0.248 0.017 0.027 0.087 0.057 0.055 0.067