# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 145 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.020 0.002 0.014 0.013 0.035 0.068 0.001 0.001 0.002 0.809 2 S 0.034 0.042 0.003 0.014 0.015 0.035 0.197 0.001 0.001 0.005 0.654 3 M 0.142 0.087 0.003 0.014 0.011 0.028 0.155 0.003 0.001 0.008 0.550 4 K 0.132 0.283 0.005 0.013 0.014 0.025 0.089 0.004 0.001 0.006 0.429 5 K 0.079 0.250 0.007 0.009 0.010 0.015 0.094 0.005 0.001 0.006 0.525 6 T 0.110 0.382 0.013 0.008 0.009 0.019 0.084 0.007 0.001 0.003 0.365 7 K 0.076 0.474 0.006 0.008 0.008 0.016 0.042 0.005 0.001 0.003 0.362 8 N 0.027 0.313 0.004 0.005 0.004 0.006 0.044 0.004 0.001 0.002 0.591 9 W 0.029 0.594 0.007 0.007 0.006 0.007 0.051 0.002 0.001 0.001 0.298 10 L 0.020 0.866 0.002 0.007 0.005 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.076 11 L 0.006 0.939 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.040 12 V 0.002 0.970 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 13 F 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 14 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 15 T 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 16 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 17 T 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 22 M 0.012 0.971 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 23 L 0.029 0.924 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.012 24 G 0.085 0.726 0.047 0.006 0.004 0.004 0.002 0.064 0.001 0.001 0.060 25 C 0.133 0.583 0.056 0.022 0.015 0.013 0.007 0.052 0.001 0.001 0.119 26 Q 0.104 0.338 0.057 0.028 0.042 0.037 0.038 0.046 0.001 0.001 0.309 27 S 0.103 0.129 0.059 0.036 0.034 0.053 0.070 0.024 0.001 0.002 0.488 28 K 0.076 0.036 0.017 0.032 0.018 0.038 0.070 0.007 0.001 0.006 0.700 29 E 0.028 0.012 0.011 0.008 0.005 0.010 0.312 0.002 0.001 0.003 0.610 30 D 0.179 0.021 0.005 0.016 0.013 0.027 0.240 0.003 0.001 0.019 0.477 31 K 0.241 0.051 0.011 0.023 0.017 0.029 0.167 0.005 0.001 0.014 0.441 32 K 0.126 0.039 0.013 0.019 0.025 0.030 0.323 0.003 0.001 0.007 0.416 33 G 0.167 0.056 0.005 0.023 0.051 0.082 0.105 0.005 0.001 0.013 0.493 34 G 0.137 0.040 0.010 0.025 0.046 0.111 0.077 0.009 0.001 0.010 0.535 35 T 0.091 0.009 0.017 0.014 0.024 0.056 0.095 0.005 0.001 0.002 0.686 36 K 0.087 0.006 0.003 0.022 0.082 0.133 0.095 0.001 0.001 0.001 0.569 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.984 38 S 0.017 0.004 0.001 0.014 0.043 0.138 0.158 0.001 0.001 0.001 0.624 39 N 0.162 0.018 0.001 0.015 0.015 0.029 0.095 0.001 0.001 0.021 0.644 40 E 0.103 0.044 0.004 0.009 0.019 0.030 0.285 0.001 0.001 0.008 0.496 41 A 0.085 0.087 0.002 0.012 0.032 0.043 0.267 0.001 0.001 0.011 0.459 42 A 0.068 0.227 0.003 0.010 0.033 0.067 0.073 0.002 0.001 0.004 0.513 43 L 0.101 0.391 0.006 0.012 0.047 0.083 0.080 0.004 0.001 0.003 0.272 44 T 0.121 0.514 0.004 0.009 0.044 0.046 0.043 0.010 0.001 0.003 0.204 45 K 0.130 0.434 0.008 0.011 0.026 0.045 0.020 0.020 0.001 0.002 0.303 46 T 0.157 0.343 0.019 0.023 0.051 0.066 0.039 0.016 0.001 0.003 0.284 47 E 0.090 0.169 0.011 0.016 0.024 0.032 0.107 0.015 0.001 0.005 0.530 48 N 0.161 0.127 0.014 0.018 0.018 0.045 0.133 0.016 0.001 0.008 0.459 49 L 0.239 0.081 0.013 0.021 0.014 0.026 0.081 0.007 0.001 0.014 0.505 50 D 0.068 0.031 0.021 0.013 0.009 0.011 0.311 0.004 0.001 0.007 0.526 51 F 0.216 0.069 0.013 0.031 0.047 0.071 0.196 0.004 0.001 0.009 0.344 52 R 0.231 0.115 0.007 0.058 0.058 0.119 0.073 0.007 0.001 0.005 0.325 53 L 0.052 0.084 0.016 0.046 0.121 0.117 0.107 0.005 0.001 0.002 0.450 54 S 0.022 0.049 0.003 0.036 0.136 0.192 0.101 0.004 0.001 0.002 0.455 55 F 0.035 0.038 0.002 0.038 0.080 0.214 0.029 0.002 0.001 0.003 0.559 56 N 0.018 0.051 0.003 0.032 0.074 0.106 0.369 0.002 0.001 0.008 0.338 57 K 0.243 0.029 0.002 0.024 0.015 0.028 0.313 0.003 0.001 0.027 0.316 58 I 0.255 0.268 0.012 0.048 0.037 0.051 0.102 0.005 0.001 0.008 0.213 59 K 0.111 0.157 0.021 0.086 0.081 0.086 0.164 0.005 0.001 0.011 0.278 60 V 0.034 0.092 0.018 0.047 0.058 0.055 0.054 0.007 0.001 0.002 0.634 61 T 0.054 0.072 0.003 0.045 0.092 0.288 0.044 0.005 0.001 0.003 0.394 62 T 0.131 0.071 0.005 0.049 0.061 0.094 0.101 0.007 0.001 0.005 0.476 63 D 0.050 0.087 0.004 0.043 0.052 0.067 0.198 0.007 0.001 0.007 0.485 64 Q 0.203 0.091 0.006 0.056 0.028 0.051 0.194 0.006 0.001 0.011 0.353 65 N 0.197 0.116 0.006 0.045 0.029 0.038 0.289 0.010 0.001 0.021 0.249 66 H 0.292 0.035 0.020 0.055 0.014 0.024 0.117 0.018 0.001 0.024 0.401 67 F 0.140 0.048 0.111 0.168 0.053 0.057 0.124 0.006 0.001 0.008 0.286 68 S 0.024 0.018 0.009 0.168 0.079 0.096 0.124 0.004 0.001 0.010 0.469 69 G 0.010 0.009 0.003 0.060 0.026 0.047 0.058 0.003 0.001 0.002 0.780 70 G 0.127 0.012 0.005 0.195 0.034 0.111 0.071 0.004 0.001 0.006 0.436 71 T 0.130 0.006 0.010 0.056 0.022 0.024 0.110 0.001 0.001 0.003 0.638 72 S 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.286 0.001 0.001 0.001 0.696 73 I 0.023 0.015 0.001 0.059 0.003 0.022 0.128 0.001 0.001 0.006 0.742 74 E 0.002 0.059 0.001 0.001 0.002 0.002 0.563 0.001 0.001 0.004 0.366 75 Q 0.034 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.724 0.001 0.001 0.004 0.109 76 L 0.022 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 77 K 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 78 Q 0.001 0.992 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 79 W 0.040 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.005 80 F 0.270 0.541 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.001 0.001 0.012 81 G 0.388 0.144 0.123 0.005 0.001 0.002 0.005 0.231 0.001 0.003 0.098 82 D 0.049 0.012 0.517 0.009 0.001 0.001 0.041 0.027 0.001 0.001 0.343 83 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.985 84 N 0.019 0.011 0.008 0.047 0.037 0.068 0.295 0.001 0.001 0.005 0.509 85 K 0.181 0.016 0.004 0.034 0.014 0.022 0.137 0.001 0.001 0.009 0.583 86 S 0.170 0.034 0.003 0.033 0.047 0.079 0.137 0.001 0.001 0.008 0.489 87 E 0.059 0.043 0.002 0.033 0.058 0.078 0.153 0.001 0.001 0.007 0.567 88 Q 0.068 0.054 0.003 0.025 0.068 0.143 0.120 0.003 0.001 0.003 0.514 89 R 0.131 0.080 0.003 0.028 0.152 0.198 0.102 0.004 0.001 0.004 0.298 90 N 0.050 0.095 0.004 0.020 0.114 0.111 0.118 0.006 0.001 0.004 0.478 91 A 0.060 0.041 0.003 0.015 0.082 0.159 0.071 0.005 0.001 0.007 0.558 92 G 0.162 0.023 0.006 0.019 0.055 0.095 0.129 0.008 0.001 0.024 0.478 93 N 0.318 0.007 0.027 0.015 0.022 0.027 0.184 0.004 0.001 0.010 0.386 94 I 0.105 0.007 0.011 0.044 0.137 0.151 0.090 0.001 0.001 0.004 0.451 95 T 0.015 0.004 0.003 0.074 0.215 0.355 0.096 0.001 0.001 0.002 0.236 96 L 0.014 0.003 0.001 0.057 0.271 0.483 0.028 0.001 0.001 0.001 0.141 97 D 0.008 0.006 0.001 0.052 0.335 0.481 0.030 0.001 0.001 0.002 0.087 98 S 0.010 0.007 0.001 0.036 0.355 0.451 0.032 0.001 0.001 0.002 0.106 99 Y 0.007 0.006 0.001 0.031 0.268 0.494 0.030 0.001 0.001 0.002 0.161 100 T 0.016 0.006 0.001 0.034 0.243 0.444 0.074 0.001 0.001 0.004 0.176 101 W 0.034 0.011 0.002 0.033 0.235 0.310 0.065 0.001 0.001 0.003 0.307 102 V 0.022 0.013 0.001 0.025 0.219 0.334 0.062 0.001 0.001 0.002 0.320 103 K 0.017 0.010 0.001 0.017 0.122 0.217 0.094 0.001 0.001 0.004 0.518 104 D 0.064 0.007 0.001 0.018 0.062 0.123 0.118 0.002 0.001 0.016 0.588 105 G 0.414 0.004 0.012 0.021 0.040 0.050 0.114 0.002 0.001 0.016 0.327 106 A 0.139 0.003 0.007 0.046 0.167 0.155 0.134 0.001 0.001 0.005 0.344 107 V 0.015 0.001 0.003 0.047 0.235 0.376 0.049 0.001 0.001 0.002 0.272 108 I 0.005 0.001 0.001 0.041 0.347 0.578 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 109 N 0.005 0.001 0.001 0.067 0.310 0.514 0.019 0.001 0.001 0.001 0.082 110 A 0.002 0.001 0.001 0.075 0.406 0.496 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 111 Q 0.001 0.001 0.001 0.075 0.316 0.532 0.017 0.001 0.001 0.001 0.057 112 L 0.002 0.001 0.001 0.096 0.303 0.513 0.020 0.001 0.001 0.002 0.063 113 Y 0.004 0.003 0.001 0.055 0.260 0.504 0.047 0.001 0.001 0.002 0.123 114 K 0.012 0.006 0.001 0.043 0.092 0.195 0.188 0.001 0.001 0.008 0.455 115 N 0.048 0.012 0.001 0.019 0.039 0.087 0.441 0.001 0.001 0.021 0.331 116 S 0.445 0.013 0.004 0.020 0.021 0.030 0.103 0.002 0.001 0.100 0.262 117 T 0.130 0.017 0.046 0.016 0.017 0.020 0.315 0.002 0.001 0.010 0.426 118 V 0.068 0.026 0.012 0.058 0.141 0.212 0.158 0.001 0.001 0.010 0.313 119 A 0.034 0.043 0.002 0.041 0.093 0.279 0.074 0.002 0.001 0.003 0.429 120 R 0.037 0.078 0.002 0.063 0.166 0.277 0.063 0.002 0.001 0.003 0.307 121 S 0.034 0.076 0.002 0.064 0.177 0.190 0.103 0.004 0.001 0.003 0.348 122 I 0.066 0.095 0.004 0.074 0.144 0.221 0.049 0.003 0.001 0.004 0.339 123 S 0.058 0.121 0.005 0.095 0.193 0.238 0.073 0.003 0.001 0.006 0.208 124 N 0.101 0.074 0.005 0.070 0.095 0.146 0.101 0.007 0.001 0.010 0.391 125 F 0.100 0.103 0.016 0.109 0.072 0.138 0.063 0.006 0.001 0.005 0.387 126 S 0.047 0.056 0.008 0.108 0.098 0.132 0.163 0.003 0.001 0.008 0.378 127 F 0.036 0.044 0.008 0.044 0.039 0.053 0.110 0.004 0.001 0.004 0.658 128 S 0.058 0.097 0.005 0.072 0.077 0.181 0.111 0.003 0.001 0.005 0.391 129 R 0.067 0.073 0.003 0.036 0.039 0.071 0.109 0.005 0.001 0.014 0.585 130 E 0.130 0.102 0.009 0.022 0.023 0.039 0.194 0.006 0.001 0.010 0.465 131 A 0.268 0.119 0.008 0.022 0.028 0.032 0.178 0.008 0.001 0.010 0.328 132 K 0.212 0.116 0.013 0.026 0.025 0.034 0.077 0.014 0.001 0.011 0.473 133 I 0.135 0.102 0.072 0.046 0.043 0.074 0.103 0.006 0.001 0.006 0.414 134 G 0.057 0.065 0.011 0.063 0.050 0.082 0.167 0.005 0.001 0.005 0.495 135 K 0.041 0.042 0.002 0.035 0.017 0.042 0.042 0.002 0.001 0.004 0.773 136 E 0.020 0.046 0.002 0.020 0.016 0.021 0.245 0.002 0.001 0.004 0.624 137 D 0.165 0.048 0.002 0.014 0.007 0.018 0.447 0.004 0.001 0.008 0.287 138 Y 0.326 0.265 0.013 0.035 0.009 0.021 0.032 0.005 0.001 0.006 0.288 139 D 0.026 0.294 0.012 0.038 0.070 0.057 0.157 0.003 0.001 0.008 0.334 140 E 0.147 0.152 0.007 0.034 0.024 0.039 0.146 0.010 0.001 0.008 0.433 141 L 0.257 0.379 0.007 0.048 0.039 0.067 0.033 0.010 0.001 0.003 0.156 142 K 0.087 0.277 0.015 0.076 0.171 0.087 0.103 0.009 0.001 0.005 0.169 143 I 0.007 0.035 0.005 0.019 0.017 0.018 0.033 0.008 0.001 0.001 0.859 144 G 0.144 0.041 0.006 0.108 0.066 0.286 0.030 0.012 0.001 0.006 0.302 145 E 0.276 0.014 0.035 0.026 0.014 0.014 0.080 0.003 0.001 0.002 0.535 146 S 0.005 0.003 0.002 0.007 0.006 0.012 0.291 0.001 0.001 0.001 0.672 147 Y 0.026 0.020 0.002 0.038 0.004 0.028 0.111 0.001 0.001 0.006 0.765 148 K 0.004 0.046 0.001 0.002 0.001 0.002 0.481 0.001 0.001 0.004 0.461 149 K 0.032 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.733 0.001 0.001 0.005 0.126 150 V 0.013 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 151 V 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 152 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 153 K 0.024 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.005 154 L 0.230 0.625 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.001 0.001 0.014 155 G 0.471 0.157 0.049 0.004 0.002 0.003 0.003 0.213 0.001 0.005 0.093 156 E 0.037 0.009 0.794 0.005 0.001 0.001 0.027 0.011 0.001 0.001 0.115 157 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.985 158 D 0.013 0.008 0.004 0.057 0.044 0.075 0.189 0.001 0.001 0.002 0.609 159 V 0.063 0.019 0.002 0.074 0.030 0.035 0.122 0.001 0.001 0.005 0.651 160 L 0.107 0.050 0.002 0.118 0.095 0.161 0.066 0.001 0.001 0.008 0.391 161 S 0.078 0.105 0.002 0.092 0.108 0.144 0.114 0.002 0.001 0.008 0.348 162 Q 0.066 0.089 0.002 0.041 0.061 0.097 0.077 0.007 0.001 0.003 0.556 163 S 0.137 0.097 0.006 0.041 0.106 0.156 0.084 0.008 0.001 0.005 0.360 164 M 0.065 0.031 0.005 0.022 0.031 0.045 0.096 0.006 0.001 0.005 0.694 165 S 0.082 0.047 0.012 0.022 0.040 0.062 0.296 0.005 0.001 0.007 0.427 166 S 0.169 0.039 0.004 0.017 0.022 0.035 0.166 0.005 0.001 0.030 0.513 167 D 0.102 0.029 0.011 0.015 0.012 0.021 0.193 0.004 0.001 0.023 0.589 168 K 0.141 0.020 0.018 0.022 0.019 0.031 0.270 0.002 0.001 0.020 0.457 169 E 0.062 0.025 0.005 0.017 0.035 0.036 0.356 0.002 0.001 0.009 0.454 170 E 0.113 0.065 0.005 0.029 0.093 0.156 0.147 0.003 0.001 0.008 0.382 171 M 0.123 0.142 0.006 0.049 0.155 0.256 0.050 0.003 0.001 0.004 0.211 172 Q 0.054 0.067 0.005 0.041 0.267 0.330 0.059 0.002 0.001 0.004 0.171 173 T 0.019 0.050 0.003 0.026 0.309 0.395 0.024 0.002 0.001 0.001 0.172 174 V 0.011 0.031 0.001 0.029 0.307 0.528 0.018 0.001 0.001 0.001 0.072 175 W 0.011 0.047 0.001 0.029 0.372 0.337 0.031 0.002 0.001 0.001 0.169 176 S 0.010 0.047 0.001 0.021 0.375 0.451 0.024 0.001 0.001 0.001 0.069 177 S 0.041 0.044 0.002 0.024 0.113 0.212 0.069 0.006 0.001 0.006 0.483 178 G 0.148 0.017 0.010 0.027 0.042 0.079 0.098 0.012 0.001 0.026 0.542 179 I 0.332 0.011 0.047 0.025 0.025 0.040 0.144 0.003 0.001 0.007 0.367 180 K 0.022 0.007 0.004 0.023 0.027 0.035 0.145 0.002 0.001 0.008 0.728 181 T 0.066 0.008 0.007 0.034 0.045 0.091 0.139 0.002 0.001 0.006 0.601 182 K 0.096 0.007 0.002 0.030 0.025 0.045 0.090 0.002 0.001 0.003 0.701 183 S 0.055 0.007 0.002 0.029 0.063 0.100 0.159 0.002 0.001 0.005 0.578 184 S 0.058 0.004 0.002 0.028 0.041 0.066 0.081 0.001 0.001 0.005 0.714 185 S 0.045 0.003 0.002 0.033 0.063 0.084 0.157 0.001 0.001 0.005 0.607 186 A 0.098 0.004 0.002 0.045 0.213 0.256 0.094 0.001 0.001 0.007 0.280 187 T 0.036 0.003 0.002 0.064 0.242 0.357 0.083 0.001 0.001 0.007 0.206 188 I 0.013 0.001 0.001 0.037 0.381 0.522 0.010 0.001 0.001 0.001 0.033 189 E 0.004 0.001 0.001 0.058 0.289 0.553 0.024 0.001 0.001 0.001 0.070 190 L 0.001 0.001 0.001 0.020 0.474 0.480 0.005 0.001 0.001 0.001 0.021 191 Y 0.001 0.001 0.001 0.021 0.304 0.632 0.005 0.001 0.001 0.001 0.036 192 F 0.001 0.001 0.001 0.007 0.395 0.580 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 193 E 0.001 0.001 0.001 0.012 0.148 0.300 0.088 0.001 0.001 0.001 0.449 194 N 0.009 0.001 0.001 0.019 0.117 0.205 0.168 0.001 0.001 0.010 0.470 195 G 0.112 0.002 0.001 0.030 0.111 0.147 0.215 0.001 0.001 0.076 0.305 196 L 0.212 0.002 0.005 0.027 0.064 0.064 0.260 0.001 0.001 0.014 0.351 197 L 0.026 0.003 0.002 0.043 0.207 0.332 0.093 0.001 0.001 0.005 0.289 198 K 0.015 0.002 0.001 0.029 0.240 0.611 0.022 0.001 0.001 0.001 0.080 199 N 0.010 0.006 0.001 0.027 0.226 0.330 0.070 0.001 0.001 0.001 0.329 200 K 0.027 0.007 0.001 0.036 0.195 0.418 0.039 0.001 0.001 0.002 0.275 201 T 0.015 0.008 0.001 0.029 0.180 0.233 0.157 0.001 0.001 0.004 0.373 202 Q 0.073 0.010 0.001 0.033 0.099 0.207 0.118 0.001 0.001 0.009 0.449 203 K 0.038 0.025 0.003 0.023 0.044 0.062 0.313 0.002 0.001 0.009 0.481 204 D 0.100 0.016 0.003 0.021 0.036 0.057 0.154 0.004 0.001 0.039 0.570 205 L 0.222 0.024 0.023 0.032 0.035 0.081 0.082 0.001 0.001 0.007 0.492 206 E 0.013 0.008 0.001 0.016 0.021 0.029 0.319 0.001 0.001 0.008 0.583