# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.361 0.109 0.077 0.101 0.084 0.060 0.092 0.055 0.033 0.019 0.010 2 S 0.149 0.114 0.131 0.181 0.132 0.086 0.098 0.050 0.033 0.017 0.009 3 M 0.087 0.110 0.172 0.172 0.137 0.102 0.113 0.054 0.029 0.016 0.007 4 K 0.075 0.090 0.212 0.213 0.160 0.090 0.081 0.043 0.021 0.011 0.005 5 K 0.089 0.092 0.201 0.172 0.130 0.102 0.108 0.057 0.027 0.016 0.006 6 T 0.045 0.106 0.232 0.225 0.137 0.090 0.078 0.042 0.024 0.016 0.005 7 K 0.051 0.054 0.149 0.134 0.128 0.142 0.165 0.085 0.049 0.032 0.011 8 N 0.088 0.137 0.368 0.207 0.095 0.050 0.030 0.013 0.006 0.004 0.001 9 W 0.031 0.036 0.108 0.100 0.113 0.152 0.211 0.115 0.071 0.045 0.020 10 L 0.026 0.030 0.075 0.086 0.093 0.116 0.185 0.134 0.117 0.091 0.045 11 L 0.013 0.025 0.103 0.095 0.101 0.142 0.212 0.114 0.099 0.067 0.028 12 V 0.010 0.034 0.158 0.166 0.156 0.152 0.161 0.070 0.048 0.028 0.016 13 F 0.002 0.004 0.023 0.022 0.035 0.067 0.172 0.153 0.201 0.180 0.139 14 L 0.002 0.005 0.021 0.029 0.046 0.090 0.217 0.159 0.197 0.149 0.085 15 T 0.001 0.004 0.023 0.025 0.035 0.051 0.145 0.143 0.216 0.199 0.160 16 V 0.001 0.001 0.006 0.005 0.009 0.021 0.069 0.096 0.230 0.284 0.280 17 T 0.001 0.002 0.010 0.013 0.026 0.039 0.138 0.186 0.225 0.207 0.154 18 F 0.001 0.001 0.007 0.006 0.011 0.016 0.059 0.144 0.213 0.274 0.270 19 C 0.001 0.001 0.006 0.006 0.013 0.020 0.074 0.156 0.227 0.264 0.234 20 F 0.001 0.001 0.009 0.009 0.017 0.023 0.086 0.171 0.239 0.253 0.191 21 L 0.001 0.001 0.011 0.011 0.022 0.028 0.097 0.191 0.225 0.242 0.172 22 M 0.001 0.001 0.011 0.011 0.018 0.029 0.083 0.155 0.223 0.275 0.192 23 L 0.001 0.002 0.010 0.011 0.021 0.033 0.106 0.196 0.224 0.227 0.168 24 G 0.002 0.005 0.024 0.033 0.050 0.045 0.115 0.192 0.179 0.191 0.164 25 C 0.002 0.002 0.013 0.012 0.021 0.038 0.101 0.157 0.217 0.245 0.194 26 Q 0.019 0.031 0.062 0.124 0.148 0.138 0.202 0.117 0.085 0.046 0.027 27 S 0.012 0.035 0.051 0.058 0.068 0.099 0.204 0.135 0.143 0.111 0.084 28 K 0.100 0.103 0.076 0.168 0.168 0.130 0.140 0.051 0.034 0.018 0.013 29 E 0.653 0.184 0.053 0.064 0.023 0.009 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 30 D 0.089 0.086 0.037 0.102 0.094 0.139 0.160 0.086 0.090 0.075 0.042 31 K 0.178 0.228 0.058 0.145 0.111 0.090 0.090 0.046 0.026 0.018 0.009 32 K 0.199 0.239 0.139 0.212 0.099 0.055 0.030 0.015 0.007 0.004 0.002 33 G 0.183 0.099 0.065 0.098 0.089 0.125 0.145 0.083 0.055 0.039 0.018 34 G 0.188 0.146 0.053 0.163 0.111 0.091 0.102 0.067 0.042 0.027 0.011 35 T 0.115 0.147 0.085 0.135 0.107 0.133 0.129 0.066 0.043 0.029 0.011 36 K 0.210 0.225 0.116 0.179 0.105 0.065 0.052 0.025 0.012 0.007 0.003 37 P 0.408 0.191 0.065 0.114 0.069 0.049 0.051 0.029 0.014 0.008 0.003 38 S 0.286 0.202 0.076 0.154 0.103 0.063 0.056 0.032 0.015 0.009 0.004 39 N 0.222 0.189 0.095 0.164 0.109 0.079 0.072 0.039 0.018 0.010 0.004 40 E 0.149 0.110 0.114 0.179 0.144 0.114 0.104 0.049 0.022 0.011 0.005 41 A 0.185 0.136 0.182 0.192 0.122 0.069 0.060 0.032 0.013 0.007 0.003 42 A 0.039 0.053 0.097 0.146 0.135 0.142 0.180 0.103 0.057 0.036 0.012 43 L 0.029 0.042 0.106 0.130 0.133 0.152 0.181 0.104 0.064 0.044 0.015 44 T 0.065 0.089 0.306 0.205 0.132 0.086 0.065 0.030 0.013 0.007 0.003 45 K 0.063 0.134 0.229 0.210 0.135 0.089 0.078 0.035 0.015 0.008 0.003 46 T 0.062 0.044 0.050 0.055 0.072 0.092 0.189 0.148 0.127 0.101 0.062 47 E 0.327 0.229 0.145 0.160 0.076 0.028 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 48 N 0.193 0.183 0.195 0.167 0.095 0.067 0.056 0.023 0.012 0.007 0.003 49 L 0.139 0.113 0.098 0.145 0.134 0.125 0.140 0.059 0.029 0.014 0.006 50 D 0.318 0.199 0.132 0.179 0.084 0.037 0.027 0.015 0.005 0.003 0.001 51 F 0.017 0.019 0.057 0.053 0.066 0.158 0.243 0.135 0.121 0.096 0.033 52 R 0.028 0.073 0.183 0.260 0.185 0.116 0.085 0.039 0.018 0.010 0.003 53 L 0.023 0.022 0.117 0.081 0.086 0.180 0.219 0.123 0.076 0.057 0.016 54 S 0.023 0.157 0.246 0.251 0.144 0.084 0.056 0.023 0.010 0.005 0.002 55 F 0.009 0.004 0.012 0.020 0.042 0.062 0.153 0.210 0.178 0.175 0.135 56 N 0.122 0.140 0.258 0.202 0.118 0.065 0.052 0.024 0.011 0.006 0.002 57 K 0.019 0.047 0.130 0.245 0.210 0.144 0.115 0.047 0.024 0.012 0.007 58 I 0.003 0.002 0.006 0.003 0.007 0.014 0.044 0.084 0.187 0.274 0.377 59 K 0.013 0.056 0.054 0.218 0.236 0.165 0.138 0.060 0.036 0.015 0.009 60 V 0.002 0.001 0.008 0.005 0.009 0.013 0.044 0.100 0.185 0.238 0.396 61 T 0.027 0.056 0.081 0.220 0.225 0.142 0.119 0.058 0.037 0.021 0.015 62 T 0.045 0.028 0.035 0.052 0.066 0.085 0.176 0.153 0.161 0.116 0.084 63 D 0.142 0.174 0.065 0.192 0.143 0.095 0.085 0.047 0.028 0.017 0.012 64 Q 0.094 0.072 0.032 0.088 0.091 0.100 0.161 0.111 0.111 0.083 0.055 65 N 0.467 0.177 0.060 0.129 0.071 0.035 0.029 0.017 0.009 0.005 0.003 66 H 0.177 0.195 0.077 0.235 0.128 0.074 0.055 0.027 0.017 0.009 0.006 67 F 0.015 0.011 0.009 0.016 0.024 0.037 0.079 0.110 0.183 0.212 0.305 68 S 0.059 0.236 0.079 0.215 0.184 0.098 0.060 0.033 0.019 0.011 0.006 69 G 0.251 0.119 0.063 0.135 0.108 0.088 0.094 0.063 0.041 0.025 0.014 70 G 0.479 0.103 0.030 0.083 0.056 0.055 0.075 0.043 0.035 0.025 0.014 71 T 0.099 0.084 0.024 0.103 0.098 0.105 0.143 0.113 0.110 0.075 0.045 72 S 0.056 0.299 0.062 0.137 0.115 0.085 0.082 0.065 0.046 0.034 0.020 73 I 0.042 0.037 0.026 0.113 0.186 0.192 0.205 0.105 0.055 0.023 0.015 74 E 0.776 0.058 0.071 0.053 0.020 0.008 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.015 0.041 0.053 0.249 0.191 0.184 0.171 0.053 0.028 0.011 0.005 76 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.016 0.041 0.175 0.289 0.470 77 K 0.007 0.024 0.106 0.204 0.263 0.170 0.137 0.051 0.021 0.012 0.004 78 Q 0.005 0.035 0.742 0.138 0.046 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 79 W 0.015 0.016 0.027 0.053 0.085 0.219 0.287 0.163 0.074 0.044 0.019 80 F 0.072 0.074 0.033 0.064 0.054 0.069 0.152 0.161 0.153 0.112 0.055 81 G 0.220 0.074 0.095 0.107 0.104 0.092 0.143 0.077 0.046 0.027 0.014 82 D 0.255 0.290 0.233 0.155 0.044 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 83 P 0.095 0.047 0.026 0.058 0.084 0.102 0.207 0.158 0.106 0.066 0.050 84 N 0.324 0.284 0.071 0.131 0.076 0.042 0.031 0.020 0.011 0.006 0.003 85 K 0.122 0.120 0.088 0.187 0.147 0.119 0.110 0.056 0.028 0.015 0.008 86 S 0.289 0.151 0.094 0.147 0.098 0.065 0.066 0.042 0.023 0.016 0.008 87 E 0.156 0.100 0.059 0.150 0.120 0.112 0.141 0.076 0.048 0.027 0.011 88 Q 0.137 0.200 0.128 0.211 0.117 0.071 0.060 0.036 0.020 0.014 0.005 89 R 0.058 0.058 0.058 0.117 0.125 0.155 0.173 0.106 0.075 0.053 0.023 90 N 0.279 0.241 0.114 0.153 0.080 0.051 0.040 0.021 0.011 0.006 0.003 91 A 0.138 0.164 0.067 0.150 0.119 0.102 0.102 0.067 0.043 0.030 0.016 92 G 0.333 0.133 0.039 0.088 0.080 0.070 0.095 0.065 0.047 0.032 0.017 93 N 0.415 0.202 0.061 0.158 0.072 0.036 0.025 0.015 0.009 0.005 0.002 94 I 0.045 0.033 0.030 0.066 0.080 0.143 0.186 0.137 0.129 0.099 0.051 95 T 0.053 0.162 0.068 0.233 0.170 0.114 0.091 0.052 0.030 0.016 0.009 96 L 0.005 0.005 0.009 0.018 0.032 0.072 0.133 0.160 0.209 0.191 0.166 97 D 0.124 0.111 0.097 0.187 0.151 0.101 0.101 0.058 0.037 0.022 0.012 98 S 0.040 0.042 0.043 0.113 0.106 0.118 0.168 0.121 0.114 0.089 0.047 99 Y 0.052 0.034 0.023 0.060 0.073 0.106 0.161 0.132 0.148 0.128 0.082 100 T 0.158 0.147 0.063 0.177 0.125 0.089 0.098 0.059 0.043 0.026 0.014 101 W 0.039 0.034 0.033 0.069 0.085 0.099 0.150 0.151 0.136 0.112 0.091 102 V 0.122 0.219 0.073 0.159 0.120 0.089 0.087 0.052 0.037 0.027 0.015 103 K 0.236 0.164 0.052 0.148 0.112 0.086 0.087 0.051 0.033 0.020 0.012 104 D 0.542 0.186 0.039 0.093 0.050 0.029 0.026 0.016 0.009 0.006 0.004 105 G 0.177 0.107 0.035 0.136 0.115 0.095 0.116 0.082 0.067 0.046 0.027 106 A 0.054 0.070 0.037 0.103 0.113 0.124 0.163 0.121 0.100 0.072 0.044 107 V 0.017 0.034 0.044 0.114 0.141 0.162 0.153 0.115 0.098 0.073 0.047 108 I 0.007 0.011 0.020 0.031 0.047 0.090 0.177 0.176 0.200 0.156 0.087 109 N 0.010 0.021 0.030 0.111 0.128 0.107 0.161 0.138 0.130 0.094 0.069 110 A 0.002 0.001 0.004 0.005 0.008 0.018 0.052 0.096 0.225 0.285 0.305 111 Q 0.035 0.081 0.081 0.264 0.229 0.118 0.095 0.044 0.029 0.014 0.010 112 L 0.004 0.003 0.008 0.010 0.020 0.025 0.082 0.153 0.201 0.211 0.285 113 Y 0.048 0.095 0.076 0.189 0.170 0.130 0.114 0.065 0.050 0.038 0.023 114 K 0.097 0.181 0.088 0.182 0.128 0.100 0.104 0.052 0.036 0.021 0.010 115 N 0.226 0.133 0.053 0.144 0.123 0.102 0.088 0.055 0.036 0.024 0.015 116 S 0.241 0.108 0.060 0.134 0.103 0.089 0.114 0.067 0.043 0.027 0.014 117 T 0.091 0.101 0.067 0.162 0.138 0.143 0.132 0.071 0.048 0.028 0.018 118 V 0.005 0.007 0.010 0.015 0.024 0.037 0.084 0.109 0.215 0.201 0.295 119 A 0.014 0.015 0.024 0.061 0.102 0.094 0.164 0.158 0.146 0.119 0.103 120 R 0.053 0.074 0.178 0.224 0.171 0.108 0.084 0.046 0.033 0.020 0.010 121 S 0.031 0.051 0.061 0.157 0.156 0.159 0.175 0.096 0.059 0.035 0.022 122 I 0.010 0.010 0.011 0.026 0.037 0.059 0.117 0.137 0.197 0.199 0.197 123 S 0.101 0.085 0.080 0.138 0.140 0.115 0.134 0.087 0.062 0.037 0.020 124 N 0.080 0.110 0.136 0.212 0.142 0.101 0.098 0.049 0.036 0.022 0.013 125 F 0.014 0.009 0.012 0.022 0.035 0.058 0.132 0.142 0.200 0.193 0.184 126 S 0.158 0.190 0.102 0.205 0.139 0.076 0.060 0.033 0.020 0.011 0.006 127 F 0.044 0.041 0.061 0.115 0.134 0.118 0.173 0.135 0.085 0.052 0.042 128 S 0.055 0.041 0.047 0.079 0.101 0.099 0.151 0.131 0.109 0.100 0.087 129 R 0.082 0.157 0.101 0.179 0.149 0.104 0.112 0.056 0.033 0.017 0.008 130 E 0.183 0.143 0.095 0.201 0.144 0.081 0.071 0.041 0.023 0.013 0.006 131 A 0.148 0.058 0.049 0.088 0.085 0.099 0.183 0.117 0.087 0.056 0.030 132 K 0.189 0.229 0.147 0.268 0.105 0.033 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 133 I 0.009 0.004 0.010 0.008 0.020 0.025 0.070 0.130 0.181 0.197 0.346 134 G 0.015 0.183 0.141 0.186 0.161 0.094 0.086 0.053 0.037 0.027 0.015 135 K 0.107 0.092 0.131 0.209 0.184 0.121 0.095 0.033 0.017 0.007 0.003 136 E 0.782 0.067 0.073 0.051 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 137 D 0.034 0.134 0.081 0.227 0.155 0.132 0.148 0.053 0.023 0.010 0.004 138 Y 0.003 0.003 0.007 0.011 0.029 0.056 0.139 0.177 0.206 0.203 0.165 139 D 0.083 0.105 0.481 0.194 0.080 0.032 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 140 E 0.015 0.064 0.393 0.319 0.128 0.045 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 141 L 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.010 0.041 0.082 0.184 0.255 0.416 142 K 0.033 0.182 0.196 0.261 0.175 0.080 0.039 0.019 0.009 0.005 0.002 143 I 0.047 0.067 0.247 0.181 0.147 0.118 0.098 0.051 0.024 0.014 0.007 144 G 0.427 0.110 0.068 0.085 0.066 0.058 0.091 0.047 0.025 0.015 0.008 145 E 0.206 0.077 0.039 0.091 0.087 0.101 0.175 0.100 0.070 0.038 0.016 146 S 0.075 0.476 0.125 0.150 0.074 0.042 0.029 0.015 0.008 0.005 0.002 147 Y 0.030 0.033 0.030 0.096 0.164 0.196 0.256 0.111 0.053 0.021 0.011 148 K 0.895 0.040 0.040 0.016 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.027 0.084 0.147 0.401 0.198 0.079 0.046 0.012 0.004 0.001 0.001 150 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.026 0.067 0.203 0.327 0.359 151 V 0.003 0.015 0.070 0.152 0.214 0.229 0.198 0.068 0.029 0.018 0.004 152 E 0.001 0.016 0.876 0.079 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.013 0.015 0.040 0.068 0.108 0.266 0.304 0.127 0.035 0.017 0.006 154 L 0.025 0.022 0.019 0.026 0.026 0.040 0.120 0.176 0.227 0.189 0.130 155 G 0.235 0.066 0.102 0.099 0.112 0.085 0.136 0.081 0.044 0.026 0.014 156 E 0.158 0.235 0.307 0.202 0.064 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 157 P 0.043 0.025 0.020 0.032 0.059 0.087 0.213 0.176 0.148 0.106 0.092 158 D 0.369 0.245 0.077 0.147 0.079 0.035 0.023 0.013 0.007 0.003 0.002 159 V 0.103 0.109 0.100 0.204 0.151 0.115 0.107 0.058 0.029 0.016 0.008 160 L 0.035 0.027 0.030 0.055 0.069 0.103 0.166 0.142 0.152 0.133 0.087 161 S 0.128 0.160 0.095 0.198 0.135 0.091 0.098 0.048 0.027 0.014 0.006 162 Q 0.097 0.095 0.152 0.222 0.150 0.101 0.084 0.048 0.026 0.017 0.008 163 S 0.111 0.065 0.064 0.101 0.102 0.122 0.169 0.106 0.078 0.055 0.027 164 M 0.126 0.156 0.082 0.190 0.132 0.099 0.103 0.056 0.032 0.017 0.008 165 S 0.144 0.142 0.089 0.103 0.089 0.089 0.117 0.078 0.065 0.052 0.032 166 S 0.343 0.219 0.073 0.150 0.095 0.043 0.036 0.020 0.010 0.006 0.003 167 D 0.420 0.314 0.057 0.099 0.042 0.024 0.020 0.011 0.006 0.004 0.002 168 K 0.183 0.107 0.040 0.145 0.145 0.126 0.112 0.067 0.039 0.023 0.013 169 E 0.347 0.185 0.082 0.153 0.089 0.053 0.045 0.027 0.011 0.006 0.003 170 E 0.019 0.034 0.044 0.130 0.140 0.180 0.193 0.113 0.077 0.049 0.021 171 M 0.003 0.005 0.009 0.014 0.023 0.057 0.127 0.137 0.235 0.236 0.153 172 Q 0.013 0.035 0.070 0.188 0.189 0.149 0.142 0.090 0.064 0.041 0.020 173 T 0.008 0.008 0.038 0.039 0.052 0.099 0.168 0.152 0.179 0.165 0.092 174 V 0.008 0.013 0.019 0.060 0.083 0.116 0.176 0.158 0.157 0.123 0.088 175 W 0.003 0.004 0.008 0.013 0.021 0.035 0.088 0.137 0.229 0.233 0.229 176 S 0.018 0.026 0.032 0.084 0.125 0.147 0.186 0.128 0.112 0.083 0.059 177 S 0.114 0.090 0.080 0.151 0.131 0.105 0.132 0.085 0.059 0.033 0.020 178 G 0.245 0.112 0.039 0.139 0.114 0.096 0.112 0.062 0.040 0.025 0.017 179 I 0.030 0.019 0.009 0.021 0.025 0.038 0.080 0.098 0.195 0.213 0.272 180 K 0.140 0.154 0.043 0.162 0.161 0.105 0.100 0.061 0.036 0.024 0.014 181 T 0.167 0.140 0.061 0.119 0.096 0.096 0.102 0.069 0.064 0.050 0.036 182 K 0.342 0.190 0.035 0.133 0.097 0.059 0.058 0.037 0.022 0.015 0.012 183 S 0.330 0.173 0.024 0.105 0.078 0.058 0.067 0.058 0.045 0.038 0.025 184 S 0.139 0.140 0.029 0.132 0.138 0.114 0.118 0.081 0.050 0.036 0.023 185 S 0.154 0.103 0.044 0.156 0.155 0.131 0.104 0.065 0.040 0.031 0.018 186 A 0.041 0.041 0.030 0.077 0.092 0.148 0.218 0.135 0.114 0.070 0.033 187 T 0.017 0.036 0.025 0.136 0.154 0.137 0.159 0.110 0.107 0.067 0.053 188 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.053 0.205 0.305 0.400 189 E 0.011 0.062 0.057 0.309 0.323 0.132 0.059 0.023 0.014 0.006 0.005 190 L 0.003 0.001 0.005 0.004 0.009 0.009 0.030 0.100 0.161 0.224 0.454 191 Y 0.008 0.020 0.015 0.108 0.161 0.180 0.199 0.122 0.092 0.054 0.041 192 F 0.002 0.002 0.003 0.004 0.008 0.011 0.051 0.092 0.206 0.239 0.383 193 E 0.095 0.355 0.110 0.243 0.124 0.041 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 194 N 0.438 0.151 0.042 0.126 0.084 0.057 0.054 0.023 0.014 0.007 0.004 195 G 0.779 0.082 0.016 0.043 0.024 0.016 0.017 0.011 0.006 0.003 0.002 196 L 0.077 0.162 0.041 0.234 0.164 0.124 0.111 0.045 0.025 0.010 0.007 197 L 0.005 0.006 0.008 0.007 0.011 0.017 0.040 0.073 0.179 0.238 0.417 198 K 0.036 0.084 0.104 0.259 0.245 0.125 0.086 0.035 0.016 0.007 0.004 199 N 0.166 0.145 0.259 0.203 0.090 0.054 0.041 0.020 0.012 0.007 0.003 200 K 0.067 0.053 0.043 0.133 0.151 0.167 0.168 0.102 0.059 0.036 0.020 201 T 0.159 0.249 0.070 0.144 0.081 0.065 0.088 0.065 0.041 0.028 0.010 202 Q 0.070 0.075 0.080 0.163 0.154 0.152 0.147 0.077 0.043 0.028 0.012 203 K 0.440 0.190 0.184 0.111 0.041 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 204 D 0.173 0.233 0.092 0.201 0.115 0.074 0.066 0.028 0.011 0.005 0.003 205 L 0.033 0.029 0.020 0.028 0.042 0.055 0.124 0.145 0.185 0.164 0.176 206 E 0.484 0.220 0.092 0.121 0.052 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001