# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.109 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.064 0.087 0.571 2 S 0.101 0.069 0.009 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.179 0.073 0.461 3 M 0.063 0.072 0.011 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.115 0.104 0.569 4 K 0.111 0.042 0.021 0.001 0.012 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.088 0.078 0.567 5 K 0.089 0.061 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.084 0.076 0.632 6 T 0.375 0.076 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.072 0.057 0.379 7 K 0.032 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.049 0.091 0.659 8 N 0.021 0.138 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.308 0.070 0.057 0.382 9 W 0.016 0.217 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 0.011 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.254 0.114 0.049 0.294 10 L 0.015 0.214 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.006 0.004 0.003 0.003 0.498 0.096 0.025 0.119 11 L 0.011 0.104 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.012 0.008 0.005 0.360 0.281 0.022 0.174 12 V 0.016 0.186 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.481 0.191 0.019 0.089 13 F 0.019 0.102 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.313 0.358 0.031 0.164 14 L 0.007 0.238 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.441 0.140 0.030 0.133 15 T 0.021 0.550 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.061 0.036 0.132 16 V 0.012 0.683 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.048 0.023 0.099 17 T 0.013 0.828 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.028 0.011 0.038 18 F 0.025 0.775 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.048 0.012 0.056 19 C 0.064 0.594 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.062 0.018 0.062 20 F 0.044 0.212 0.046 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.272 0.171 0.044 0.190 21 L 0.151 0.081 0.018 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.296 0.070 0.058 0.316 22 M 0.060 0.055 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.261 0.061 0.091 0.454 23 L 0.034 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.084 0.104 0.563 24 G 0.014 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.056 0.135 0.581 25 C 0.070 0.071 0.006 0.001 0.004 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.040 0.122 0.559 26 Q 0.068 0.124 0.013 0.002 0.010 0.008 0.007 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.085 0.104 0.491 27 S 0.139 0.217 0.008 0.003 0.006 0.005 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.065 0.082 0.423 28 K 0.424 0.089 0.007 0.003 0.015 0.026 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.071 0.048 0.275 29 E 0.108 0.034 0.016 0.002 0.031 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.127 0.072 0.567 30 D 0.311 0.011 0.007 0.001 0.010 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.070 0.055 0.503 31 K 0.247 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.064 0.061 0.598 32 K 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.049 0.084 0.804 33 G 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.037 0.121 0.777 34 G 0.011 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.019 0.031 0.014 0.002 0.005 0.002 0.002 0.002 0.059 0.061 0.137 0.640 35 T 0.011 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.001 0.007 0.004 0.004 0.003 0.037 0.045 0.155 0.702 36 K 0.116 0.045 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.019 0.009 0.003 0.039 0.074 0.154 0.507 37 P 0.162 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.018 0.044 0.133 0.551 38 S 0.064 0.197 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.038 0.110 0.553 39 N 0.216 0.372 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.065 0.058 0.246 40 E 0.140 0.117 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.354 0.055 0.266 41 A 0.081 0.112 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.106 0.210 0.089 0.381 42 A 0.064 0.048 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.126 0.157 0.098 0.480 43 L 0.024 0.044 0.014 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.114 0.122 0.146 0.517 44 T 0.084 0.056 0.015 0.001 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.091 0.118 0.509 45 K 0.044 0.069 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.058 0.120 0.646 46 T 0.239 0.065 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.061 0.076 0.490 47 E 0.091 0.073 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.042 0.093 0.629 48 N 0.100 0.113 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.064 0.070 0.558 49 L 0.061 0.114 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.064 0.091 0.485 50 D 0.052 0.080 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.006 0.007 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.217 0.167 0.059 0.382 51 F 0.030 0.068 0.007 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.004 0.004 0.003 0.271 0.109 0.083 0.392 52 R 0.027 0.041 0.016 0.001 0.011 0.008 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.006 0.004 0.321 0.099 0.069 0.371 53 L 0.043 0.032 0.023 0.001 0.014 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.326 0.081 0.075 0.388 54 S 0.211 0.041 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.064 0.063 0.395 55 F 0.155 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.052 0.080 0.555 56 N 0.031 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.038 0.087 0.559 57 K 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.066 0.071 0.457 58 I 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.316 0.069 0.116 0.450 59 K 0.013 0.007 0.003 0.001 0.004 0.004 0.006 0.004 0.002 0.002 0.005 0.001 0.011 0.005 0.004 0.003 0.536 0.065 0.060 0.267 60 V 0.012 0.010 0.002 0.001 0.005 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.004 0.274 0.037 0.126 0.501 61 T 0.064 0.023 0.009 0.001 0.025 0.018 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.337 0.098 0.077 0.312 62 T 0.064 0.037 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.079 0.141 0.531 63 D 0.236 0.064 0.003 0.001 0.003 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.075 0.079 0.455 64 Q 0.120 0.024 0.002 0.001 0.006 0.009 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.121 0.090 0.558 65 N 0.039 0.019 0.006 0.001 0.009 0.004 0.001 0.003 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.144 0.096 0.590 66 H 0.162 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.072 0.062 0.090 0.567 67 F 0.063 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.043 0.043 0.102 0.718 68 S 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.059 0.027 0.113 0.755 69 G 0.031 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.035 0.124 0.729