# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.030 0.021 0.003 0.008 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.158 0.012 0.090 0.613 2 S 0.024 0.030 0.005 0.001 0.015 0.023 0.008 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.009 0.005 0.116 0.009 0.101 0.640 3 M 0.028 0.022 0.005 0.001 0.004 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.006 0.002 0.002 0.116 0.008 0.053 0.730 4 K 0.040 0.034 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.010 0.002 0.028 0.008 0.002 0.001 0.087 0.012 0.212 0.547 5 K 0.162 0.037 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.054 0.023 0.132 0.559 6 T 0.135 0.195 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.011 0.111 0.425 7 K 0.072 0.137 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.017 0.097 0.576 8 N 0.065 0.131 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.027 0.117 0.610 9 W 0.200 0.086 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.045 0.151 0.358 10 L 0.073 0.152 0.009 0.003 0.006 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.358 0.010 0.101 0.274 11 L 0.033 0.127 0.011 0.002 0.033 0.020 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.512 0.007 0.039 0.174 12 V 0.018 0.135 0.002 0.001 0.003 0.010 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.658 0.005 0.022 0.119 13 F 0.015 0.175 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.619 0.007 0.024 0.148 14 L 0.019 0.186 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.619 0.010 0.026 0.129 15 T 0.028 0.171 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.432 0.015 0.052 0.293 16 V 0.046 0.227 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.376 0.015 0.059 0.263 17 T 0.031 0.273 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.314 0.013 0.094 0.266 18 F 0.055 0.372 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.017 0.066 0.273 19 C 0.035 0.473 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.011 0.061 0.197 20 F 0.033 0.539 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.181 0.011 0.064 0.156 21 L 0.032 0.597 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.234 0.010 0.023 0.091 22 M 0.043 0.591 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.019 0.019 0.120 23 L 0.080 0.541 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.155 0.050 0.013 0.142 24 G 0.176 0.226 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.132 0.090 0.036 0.318 25 C 0.133 0.090 0.135 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.094 0.053 0.063 0.418 26 Q 0.060 0.057 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.170 0.020 0.150 0.504 27 S 0.082 0.046 0.008 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.004 0.006 0.003 0.056 0.017 0.137 0.622 28 K 0.058 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.008 0.006 0.002 0.051 0.011 0.063 0.749 29 E 0.039 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.035 0.012 0.279 0.568 30 D 0.231 0.043 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.026 0.008 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.027 0.035 0.202 0.393 31 K 0.167 0.192 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.016 0.103 0.424 32 K 0.081 0.138 0.008 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.036 0.145 0.526 33 G 0.271 0.042 0.028 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.101 0.072 0.448 34 G 0.221 0.018 0.058 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.029 0.179 0.444 35 T 0.018 0.006 0.029 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.005 0.079 0.816 36 K 0.044 0.012 0.007 0.005 0.026 0.032 0.012 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.152 0.006 0.157 0.531 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 38 S 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.002 0.107 0.742 39 N 0.108 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.009 0.095 0.738 40 E 0.195 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.008 0.145 0.565 41 A 0.124 0.073 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.008 0.215 0.477 42 A 0.183 0.202 0.004 0.001 0.003 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.147 0.013 0.103 0.325 43 L 0.218 0.333 0.009 0.002 0.003 0.005 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.002 0.123 0.019 0.039 0.222 44 T 0.137 0.361 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.013 0.011 0.009 0.003 0.177 0.023 0.038 0.202 45 K 0.106 0.199 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.102 0.032 0.036 0.501 46 T 0.111 0.168 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.012 0.010 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.080 0.028 0.112 0.427 47 E 0.087 0.081 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.024 0.156 0.554 48 N 0.082 0.078 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.027 0.177 0.569 49 L 0.258 0.042 0.075 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.054 0.085 0.380 50 D 0.074 0.039 0.009 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.013 0.205 0.531 51 F 0.098 0.022 0.037 0.003 0.013 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.154 0.017 0.098 0.534 52 R 0.069 0.046 0.004 0.004 0.005 0.013 0.009 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.019 0.012 0.003 0.002 0.306 0.010 0.111 0.372 53 L 0.055 0.034 0.014 0.002 0.004 0.003 0.008 0.004 0.004 0.005 0.003 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.425 0.009 0.082 0.336 54 S 0.043 0.062 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.039 0.014 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.337 0.008 0.101 0.373 55 F 0.045 0.043 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.362 0.010 0.052 0.456 56 N 0.058 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.286 0.017 0.190 0.403 57 K 0.152 0.016 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.037 0.159 0.405 58 I 0.111 0.036 0.012 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.447 0.013 0.085 0.274 59 K 0.021 0.015 0.004 0.001 0.013 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.020 0.008 0.531 0.005 0.078 0.274 60 V 0.019 0.019 0.005 0.001 0.007 0.014 0.009 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.018 0.005 0.007 0.350 0.005 0.053 0.464 61 T 0.014 0.017 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.010 0.022 0.006 0.038 0.020 0.020 0.011 0.469 0.006 0.088 0.262 62 T 0.013 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.197 0.004 0.118 0.624 63 D 0.025 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.015 0.013 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.154 0.009 0.193 0.515 64 Q 0.073 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.083 0.020 0.198 0.596 65 N 0.075 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.023 0.388 0.445 66 H 0.295 0.027 0.022 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.072 0.157 0.365 67 F 0.122 0.099 0.011 0.005 0.014 0.023 0.005 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.096 0.016 0.167 0.422 68 S 0.067 0.047 0.020 0.003 0.033 0.020 0.029 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.074 0.023 0.191 0.472 69 G 0.078 0.037 0.008 0.001 0.003 0.013 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.017 0.078 0.679