# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.024 0.007 0.050 0.051 0.079 0.036 0.001 0.001 0.003 0.713 2 S 0.024 0.018 0.002 0.026 0.050 0.099 0.064 0.002 0.001 0.003 0.711 3 M 0.063 0.031 0.005 0.044 0.063 0.131 0.042 0.001 0.001 0.003 0.618 4 K 0.040 0.059 0.001 0.030 0.067 0.106 0.152 0.002 0.001 0.004 0.539 5 K 0.126 0.073 0.005 0.027 0.033 0.063 0.199 0.003 0.001 0.008 0.464 6 T 0.174 0.241 0.002 0.023 0.038 0.074 0.082 0.007 0.001 0.007 0.352 7 K 0.186 0.148 0.016 0.021 0.027 0.045 0.070 0.006 0.001 0.009 0.471 8 N 0.054 0.099 0.009 0.020 0.027 0.037 0.159 0.005 0.001 0.009 0.582 9 W 0.178 0.078 0.035 0.031 0.046 0.088 0.142 0.004 0.001 0.018 0.379 10 L 0.047 0.202 0.016 0.063 0.144 0.172 0.117 0.002 0.001 0.007 0.230 11 L 0.017 0.166 0.012 0.058 0.169 0.237 0.060 0.002 0.001 0.003 0.276 12 V 0.030 0.221 0.002 0.084 0.157 0.244 0.030 0.001 0.001 0.001 0.231 13 F 0.025 0.363 0.001 0.042 0.110 0.167 0.026 0.001 0.001 0.001 0.263 14 L 0.026 0.392 0.002 0.043 0.142 0.179 0.027 0.002 0.001 0.002 0.185 15 T 0.018 0.442 0.004 0.024 0.070 0.140 0.039 0.003 0.001 0.002 0.258 16 V 0.028 0.481 0.008 0.021 0.098 0.138 0.033 0.002 0.001 0.002 0.189 17 T 0.020 0.553 0.004 0.015 0.052 0.079 0.042 0.002 0.001 0.003 0.230 18 F 0.032 0.652 0.009 0.012 0.047 0.051 0.033 0.002 0.001 0.002 0.160 19 C 0.025 0.807 0.005 0.013 0.028 0.032 0.012 0.002 0.001 0.001 0.074 20 F 0.015 0.857 0.007 0.010 0.030 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 0.044 21 L 0.028 0.837 0.005 0.015 0.025 0.029 0.005 0.003 0.001 0.001 0.053 22 M 0.037 0.822 0.005 0.012 0.021 0.030 0.008 0.008 0.001 0.001 0.056 23 L 0.074 0.725 0.010 0.018 0.029 0.032 0.008 0.014 0.001 0.001 0.088 24 G 0.144 0.364 0.016 0.029 0.033 0.064 0.034 0.069 0.001 0.004 0.243 25 C 0.205 0.212 0.106 0.035 0.034 0.062 0.038 0.020 0.001 0.005 0.284 26 Q 0.064 0.127 0.025 0.034 0.047 0.071 0.114 0.013 0.001 0.006 0.499 27 S 0.071 0.051 0.015 0.020 0.031 0.044 0.124 0.010 0.001 0.010 0.624 28 K 0.089 0.085 0.008 0.021 0.018 0.024 0.095 0.003 0.001 0.005 0.651 29 E 0.051 0.055 0.004 0.012 0.015 0.022 0.330 0.004 0.001 0.005 0.503 30 D 0.194 0.073 0.004 0.016 0.023 0.031 0.137 0.005 0.001 0.013 0.505 31 K 0.173 0.164 0.009 0.012 0.020 0.026 0.098 0.005 0.001 0.009 0.485 32 K 0.090 0.113 0.010 0.013 0.017 0.023 0.209 0.008 0.001 0.009 0.508 33 G 0.252 0.067 0.014 0.019 0.025 0.032 0.106 0.011 0.001 0.021 0.454 34 G 0.325 0.045 0.037 0.017 0.028 0.028 0.095 0.006 0.001 0.012 0.407 35 T 0.065 0.026 0.034 0.021 0.031 0.042 0.114 0.004 0.001 0.008 0.655 36 K 0.037 0.015 0.007 0.027 0.056 0.082 0.129 0.001 0.001 0.004 0.641 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 38 S 0.023 0.012 0.001 0.016 0.037 0.125 0.159 0.001 0.001 0.006 0.619 39 N 0.190 0.021 0.004 0.012 0.017 0.028 0.082 0.001 0.001 0.010 0.636 40 E 0.157 0.053 0.007 0.014 0.021 0.028 0.145 0.001 0.001 0.006 0.570 41 A 0.077 0.123 0.006 0.026 0.037 0.054 0.277 0.002 0.001 0.008 0.391 42 A 0.175 0.227 0.002 0.027 0.063 0.108 0.123 0.004 0.001 0.007 0.264 43 L 0.170 0.429 0.006 0.032 0.058 0.093 0.036 0.006 0.001 0.003 0.166 44 T 0.097 0.384 0.006 0.027 0.086 0.106 0.046 0.013 0.001 0.004 0.231 45 K 0.111 0.235 0.019 0.032 0.041 0.077 0.053 0.019 0.001 0.006 0.409 46 T 0.080 0.195 0.010 0.026 0.049 0.078 0.106 0.016 0.001 0.008 0.434 47 E 0.151 0.078 0.024 0.025 0.027 0.046 0.159 0.010 0.001 0.014 0.464 48 N 0.124 0.075 0.011 0.021 0.019 0.041 0.187 0.010 0.001 0.014 0.498 49 L 0.226 0.056 0.063 0.043 0.038 0.066 0.094 0.004 0.001 0.013 0.398 50 D 0.034 0.050 0.006 0.040 0.043 0.063 0.159 0.003 0.001 0.009 0.592 51 F 0.069 0.047 0.038 0.078 0.107 0.149 0.086 0.002 0.001 0.007 0.418 52 R 0.050 0.088 0.003 0.078 0.112 0.207 0.143 0.002 0.001 0.005 0.312 53 L 0.091 0.086 0.008 0.093 0.206 0.221 0.062 0.002 0.001 0.005 0.225 54 S 0.057 0.139 0.001 0.061 0.143 0.254 0.058 0.004 0.001 0.004 0.279 55 F 0.065 0.115 0.014 0.085 0.131 0.207 0.037 0.004 0.001 0.005 0.337 56 N 0.028 0.093 0.002 0.061 0.170 0.196 0.125 0.007 0.001 0.008 0.311 57 K 0.204 0.031 0.023 0.062 0.058 0.167 0.152 0.008 0.001 0.019 0.274 58 I 0.133 0.086 0.008 0.115 0.197 0.211 0.050 0.002 0.001 0.004 0.192 59 K 0.024 0.025 0.007 0.110 0.250 0.328 0.034 0.003 0.001 0.007 0.213 60 V 0.029 0.029 0.008 0.130 0.132 0.188 0.035 0.002 0.001 0.002 0.445 61 T 0.016 0.013 0.001 0.129 0.207 0.384 0.049 0.001 0.001 0.002 0.198 62 T 0.022 0.012 0.004 0.064 0.087 0.129 0.084 0.002 0.001 0.010 0.586 63 D 0.024 0.013 0.003 0.053 0.076 0.097 0.161 0.001 0.001 0.007 0.565 64 Q 0.061 0.010 0.005 0.035 0.020 0.041 0.279 0.001 0.001 0.016 0.533 65 N 0.087 0.024 0.002 0.033 0.034 0.043 0.319 0.002 0.001 0.022 0.435 66 H 0.262 0.033 0.009 0.030 0.027 0.046 0.187 0.003 0.001 0.018 0.384 67 F 0.123 0.107 0.013 0.055 0.045 0.071 0.181 0.004 0.001 0.011 0.389 68 S 0.064 0.059 0.009 0.036 0.062 0.099 0.135 0.005 0.001 0.011 0.519 69 G 0.078 0.036 0.009 0.028 0.036 0.061 0.073 0.005 0.001 0.012 0.663