# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.238 0.336 0.198 0.078 0.075 0.027 0.017 0.004 0.023 0.003 0.001 2 S 0.212 0.241 0.287 0.089 0.068 0.054 0.019 0.002 0.025 0.003 0.001 3 M 0.375 0.214 0.220 0.081 0.044 0.030 0.010 0.002 0.023 0.002 0.001 4 K 0.410 0.211 0.220 0.066 0.033 0.024 0.011 0.001 0.021 0.002 0.001 5 K 0.375 0.112 0.274 0.111 0.040 0.044 0.020 0.002 0.017 0.003 0.001 6 T 0.285 0.227 0.203 0.135 0.038 0.037 0.019 0.004 0.047 0.004 0.001 7 K 0.530 0.072 0.219 0.096 0.020 0.017 0.028 0.003 0.008 0.004 0.002 8 N 0.338 0.063 0.094 0.257 0.058 0.034 0.101 0.032 0.012 0.012 0.001 9 W 0.289 0.273 0.216 0.097 0.065 0.020 0.019 0.003 0.016 0.001 0.001 10 L 0.218 0.525 0.168 0.025 0.028 0.021 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 11 L 0.156 0.537 0.198 0.015 0.034 0.050 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 12 V 0.165 0.670 0.079 0.014 0.037 0.018 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 13 F 0.253 0.394 0.171 0.020 0.083 0.051 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 14 L 0.402 0.352 0.120 0.030 0.043 0.029 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 15 T 0.566 0.195 0.111 0.028 0.049 0.031 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 16 V 0.724 0.150 0.049 0.028 0.025 0.013 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 17 T 0.827 0.090 0.027 0.021 0.022 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 18 F 0.808 0.081 0.026 0.028 0.040 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 19 C 0.805 0.128 0.018 0.021 0.018 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 20 F 0.806 0.094 0.033 0.024 0.025 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 21 L 0.704 0.161 0.045 0.044 0.020 0.011 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 22 M 0.567 0.142 0.124 0.068 0.030 0.030 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 23 L 0.299 0.169 0.189 0.240 0.030 0.015 0.030 0.001 0.025 0.001 0.001 24 G 0.077 0.020 0.074 0.042 0.100 0.015 0.135 0.339 0.006 0.191 0.001 25 C 0.219 0.189 0.327 0.136 0.054 0.038 0.013 0.003 0.017 0.003 0.001 26 Q 0.231 0.226 0.288 0.120 0.044 0.041 0.014 0.003 0.026 0.005 0.001 27 S 0.189 0.171 0.369 0.081 0.050 0.071 0.022 0.002 0.038 0.004 0.002 28 K 0.558 0.076 0.195 0.085 0.035 0.018 0.008 0.001 0.017 0.004 0.005 29 E 0.606 0.067 0.132 0.121 0.022 0.021 0.012 0.002 0.013 0.003 0.002 30 D 0.353 0.062 0.152 0.305 0.027 0.033 0.033 0.005 0.021 0.007 0.001 31 K 0.408 0.132 0.216 0.130 0.023 0.019 0.032 0.005 0.024 0.008 0.002 32 K 0.221 0.110 0.294 0.225 0.022 0.021 0.069 0.004 0.023 0.007 0.004 33 G 0.014 0.011 0.080 0.039 0.032 0.004 0.110 0.470 0.002 0.237 0.001 34 G 0.026 0.023 0.130 0.019 0.083 0.011 0.045 0.370 0.003 0.290 0.001 35 T 0.094 0.327 0.420 0.075 0.038 0.022 0.004 0.002 0.013 0.003 0.002 36 K 0.025 0.354 0.391 0.005 0.051 0.012 0.002 0.001 0.154 0.005 0.001 37 P 0.093 0.011 0.759 0.011 0.005 0.044 0.001 0.001 0.004 0.001 0.072 38 S 0.324 0.196 0.259 0.117 0.048 0.023 0.008 0.006 0.016 0.002 0.002 39 N 0.287 0.131 0.230 0.111 0.108 0.047 0.032 0.013 0.025 0.017 0.001 40 E 0.614 0.064 0.146 0.099 0.030 0.016 0.015 0.002 0.011 0.002 0.001 41 A 0.710 0.082 0.076 0.079 0.019 0.012 0.011 0.002 0.007 0.001 0.001 42 A 0.525 0.162 0.128 0.105 0.034 0.019 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 43 L 0.473 0.224 0.149 0.083 0.025 0.019 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 44 T 0.352 0.243 0.191 0.097 0.044 0.024 0.013 0.001 0.034 0.001 0.001 45 K 0.378 0.134 0.257 0.112 0.038 0.035 0.018 0.002 0.022 0.002 0.001 46 T 0.285 0.221 0.227 0.129 0.040 0.032 0.018 0.003 0.042 0.003 0.001 47 E 0.578 0.058 0.172 0.119 0.017 0.018 0.022 0.002 0.009 0.003 0.001 48 N 0.194 0.079 0.114 0.346 0.059 0.053 0.094 0.027 0.023 0.011 0.001 49 L 0.290 0.221 0.275 0.115 0.030 0.021 0.023 0.004 0.017 0.003 0.001 50 D 0.226 0.180 0.287 0.135 0.038 0.067 0.041 0.003 0.018 0.002 0.002 51 F 0.170 0.455 0.156 0.094 0.064 0.021 0.011 0.002 0.024 0.001 0.001 52 R 0.093 0.504 0.242 0.030 0.059 0.034 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 53 L 0.076 0.498 0.295 0.025 0.035 0.050 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 54 S 0.085 0.547 0.199 0.037 0.051 0.043 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 55 F 0.174 0.347 0.214 0.086 0.087 0.034 0.020 0.003 0.030 0.004 0.001 56 N 0.179 0.141 0.142 0.217 0.100 0.032 0.140 0.014 0.021 0.013 0.001 57 K 0.113 0.257 0.177 0.162 0.136 0.031 0.078 0.015 0.024 0.007 0.001 58 I 0.049 0.610 0.246 0.025 0.029 0.020 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 59 K 0.027 0.459 0.392 0.012 0.024 0.066 0.003 0.001 0.016 0.001 0.002 60 V 0.048 0.623 0.223 0.017 0.030 0.036 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 61 T 0.071 0.502 0.215 0.040 0.083 0.040 0.007 0.001 0.039 0.001 0.001 62 T 0.157 0.337 0.191 0.085 0.118 0.039 0.020 0.004 0.042 0.006 0.001 63 D 0.160 0.152 0.237 0.145 0.096 0.079 0.063 0.007 0.045 0.012 0.001 64 Q 0.404 0.142 0.134 0.215 0.037 0.021 0.019 0.004 0.017 0.005 0.002 65 N 0.286 0.103 0.128 0.275 0.048 0.035 0.077 0.015 0.021 0.011 0.001 66 H 0.229 0.178 0.155 0.229 0.079 0.029 0.045 0.016 0.026 0.012 0.001 67 F 0.194 0.277 0.243 0.139 0.040 0.039 0.024 0.005 0.034 0.005 0.002 68 S 0.121 0.222 0.340 0.154 0.051 0.030 0.045 0.006 0.023 0.006 0.002 69 G 0.059 0.058 0.118 0.049 0.156 0.023 0.069 0.243 0.013 0.212 0.001