# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.021 0.090 0.096 0.100 0.007 0.068 0.134 0.004 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.055 0.019 0.117 0.049 0.082 0.121 0.002 2 S 0.012 0.017 0.048 0.064 0.150 0.008 0.070 0.181 0.005 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.026 0.022 0.088 0.064 0.105 0.124 0.002 3 M 0.013 0.012 0.056 0.058 0.147 0.006 0.047 0.166 0.006 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.040 0.018 0.234 0.047 0.073 0.064 0.002 4 K 0.011 0.014 0.052 0.067 0.078 0.017 0.148 0.290 0.006 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.037 0.011 0.111 0.035 0.049 0.061 0.001 5 K 0.015 0.015 0.038 0.070 0.172 0.010 0.105 0.160 0.007 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.027 0.016 0.187 0.045 0.056 0.064 0.001 6 T 0.017 0.017 0.063 0.086 0.160 0.005 0.092 0.130 0.011 0.005 0.002 0.002 0.005 0.002 0.033 0.017 0.097 0.057 0.093 0.106 0.002 7 K 0.019 0.015 0.073 0.059 0.141 0.004 0.053 0.104 0.008 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.030 0.011 0.340 0.038 0.034 0.061 0.001 8 N 0.039 0.056 0.054 0.088 0.198 0.011 0.146 0.172 0.007 0.003 0.002 0.003 0.009 0.005 0.018 0.014 0.074 0.033 0.029 0.037 0.002 9 W 0.093 0.151 0.077 0.099 0.157 0.007 0.051 0.172 0.004 0.001 0.003 0.004 0.013 0.007 0.031 0.015 0.053 0.023 0.016 0.019 0.003 10 L 0.240 0.232 0.058 0.121 0.076 0.002 0.013 0.118 0.002 0.001 0.006 0.012 0.037 0.014 0.015 0.006 0.019 0.006 0.010 0.005 0.008 11 L 0.321 0.253 0.042 0.051 0.070 0.002 0.008 0.107 0.003 0.001 0.010 0.020 0.035 0.020 0.015 0.007 0.011 0.004 0.006 0.003 0.011 12 V 0.261 0.317 0.046 0.102 0.028 0.003 0.008 0.098 0.004 0.001 0.005 0.013 0.040 0.019 0.024 0.003 0.012 0.002 0.003 0.003 0.009 13 F 0.226 0.307 0.020 0.063 0.070 0.003 0.011 0.129 0.007 0.002 0.013 0.020 0.031 0.017 0.017 0.009 0.020 0.006 0.007 0.005 0.018 14 L 0.177 0.251 0.059 0.087 0.039 0.005 0.015 0.192 0.006 0.002 0.006 0.010 0.020 0.010 0.042 0.006 0.038 0.007 0.008 0.012 0.008 15 T 0.140 0.186 0.025 0.075 0.105 0.006 0.030 0.221 0.010 0.004 0.005 0.008 0.013 0.009 0.023 0.016 0.074 0.015 0.013 0.016 0.007 16 V 0.081 0.094 0.045 0.061 0.052 0.007 0.038 0.346 0.010 0.003 0.004 0.006 0.009 0.009 0.046 0.009 0.126 0.011 0.019 0.020 0.004 17 T 0.034 0.044 0.020 0.036 0.039 0.008 0.036 0.564 0.007 0.003 0.002 0.003 0.005 0.007 0.022 0.008 0.128 0.010 0.012 0.012 0.002 18 F 0.021 0.041 0.013 0.021 0.030 0.010 0.039 0.655 0.005 0.003 0.001 0.002 0.003 0.007 0.031 0.011 0.082 0.009 0.007 0.008 0.001 19 C 0.023 0.035 0.013 0.026 0.016 0.006 0.027 0.704 0.006 0.002 0.002 0.003 0.005 0.010 0.020 0.005 0.079 0.006 0.006 0.005 0.001 20 F 0.023 0.037 0.010 0.017 0.025 0.010 0.040 0.701 0.008 0.003 0.001 0.003 0.004 0.009 0.023 0.011 0.053 0.009 0.005 0.006 0.001 21 L 0.036 0.048 0.028 0.049 0.020 0.015 0.058 0.513 0.019 0.005 0.003 0.004 0.009 0.022 0.047 0.008 0.090 0.009 0.007 0.009 0.002 22 M 0.048 0.056 0.019 0.064 0.047 0.012 0.104 0.233 0.069 0.023 0.006 0.012 0.015 0.034 0.037 0.019 0.112 0.035 0.030 0.019 0.005 23 L 0.016 0.025 0.028 0.050 0.038 0.016 0.161 0.167 0.022 0.010 0.002 0.004 0.006 0.011 0.064 0.020 0.192 0.040 0.037 0.089 0.002 24 G 0.006 0.010 0.019 0.029 0.064 0.016 0.160 0.117 0.013 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 0.035 0.029 0.123 0.178 0.055 0.132 0.002 25 C 0.005 0.005 0.029 0.027 0.061 0.005 0.061 0.069 0.007 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.033 0.029 0.175 0.103 0.218 0.160 0.002 26 Q 0.003 0.003 0.043 0.042 0.035 0.007 0.072 0.088 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.058 0.014 0.181 0.077 0.117 0.248 0.001 27 S 0.001 0.002 0.013 0.022 0.081 0.005 0.047 0.089 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 0.071 0.047 0.245 0.331 0.001 28 K 0.001 0.001 0.029 0.019 0.051 0.003 0.033 0.110 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.007 0.473 0.071 0.083 0.085 0.001 29 E 0.001 0.002 0.012 0.012 0.058 0.014 0.254 0.316 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.199 0.032 0.037 0.037 0.001 30 D 0.002 0.003 0.031 0.034 0.052 0.012 0.200 0.310 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.011 0.091 0.058 0.098 0.065 0.001 31 K 0.003 0.002 0.026 0.030 0.085 0.007 0.071 0.102 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.014 0.377 0.070 0.067 0.085 0.001 32 K 0.001 0.002 0.013 0.027 0.068 0.007 0.313 0.033 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.016 0.277 0.028 0.052 0.128 0.001 33 G 0.001 0.001 0.018 0.016 0.059 0.009 0.411 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.072 0.201 0.053 0.113 0.001 34 G 0.002 0.002 0.094 0.052 0.058 0.005 0.055 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.026 0.091 0.133 0.184 0.256 0.001 35 T 0.002 0.003 0.035 0.026 0.179 0.001 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 0.036 0.069 0.060 0.267 0.257 0.001 36 K 0.001 0.001 0.079 0.047 0.025 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.012 0.041 0.028 0.141 0.534 0.001 37 P 0.001 0.001 0.011 0.016 0.110 0.002 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.041 0.111 0.042 0.154 0.474 0.001 38 S 0.001 0.001 0.059 0.029 0.024 0.004 0.065 0.033 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.058 0.014 0.399 0.075 0.073 0.158 0.001 39 N 0.002 0.005 0.028 0.026 0.058 0.015 0.185 0.161 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.022 0.130 0.049 0.121 0.173 0.001 40 E 0.004 0.005 0.032 0.021 0.050 0.005 0.111 0.216 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.015 0.353 0.062 0.058 0.040 0.001 41 A 0.006 0.014 0.024 0.031 0.048 0.020 0.177 0.450 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.013 0.102 0.028 0.025 0.035 0.001 42 A 0.013 0.022 0.030 0.047 0.062 0.010 0.156 0.403 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.025 0.016 0.089 0.043 0.037 0.028 0.001 43 L 0.032 0.033 0.059 0.092 0.090 0.007 0.073 0.267 0.008 0.001 0.004 0.005 0.013 0.007 0.035 0.019 0.104 0.037 0.056 0.055 0.002 44 T 0.023 0.027 0.060 0.071 0.095 0.009 0.112 0.215 0.009 0.002 0.003 0.004 0.007 0.006 0.040 0.021 0.089 0.044 0.070 0.089 0.003 45 K 0.018 0.017 0.054 0.065 0.162 0.006 0.074 0.104 0.010 0.001 0.003 0.002 0.006 0.003 0.040 0.020 0.217 0.054 0.064 0.077 0.002 46 T 0.013 0.016 0.061 0.070 0.109 0.007 0.111 0.089 0.014 0.005 0.002 0.003 0.005 0.003 0.043 0.019 0.092 0.065 0.147 0.124 0.002 47 E 0.010 0.009 0.057 0.060 0.112 0.010 0.067 0.061 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 0.015 0.339 0.044 0.054 0.115 0.001 48 N 0.009 0.012 0.034 0.045 0.157 0.012 0.233 0.071 0.008 0.005 0.002 0.002 0.004 0.003 0.028 0.023 0.103 0.093 0.068 0.087 0.002 49 L 0.012 0.019 0.079 0.098 0.111 0.005 0.084 0.054 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.054 0.028 0.122 0.059 0.096 0.157 0.002 50 D 0.029 0.038 0.091 0.096 0.200 0.007 0.073 0.092 0.005 0.001 0.005 0.005 0.013 0.007 0.031 0.022 0.081 0.062 0.073 0.063 0.004 51 F 0.055 0.074 0.083 0.115 0.233 0.007 0.046 0.082 0.003 0.001 0.006 0.008 0.015 0.009 0.038 0.041 0.049 0.026 0.057 0.046 0.005 52 R 0.091 0.088 0.116 0.142 0.178 0.004 0.036 0.093 0.004 0.001 0.007 0.008 0.024 0.009 0.053 0.012 0.051 0.019 0.034 0.022 0.008 53 L 0.109 0.117 0.085 0.117 0.236 0.005 0.025 0.064 0.003 0.001 0.009 0.010 0.024 0.010 0.043 0.021 0.038 0.017 0.029 0.028 0.009 54 S 0.081 0.101 0.118 0.179 0.162 0.004 0.030 0.050 0.006 0.002 0.007 0.008 0.021 0.011 0.056 0.015 0.036 0.021 0.036 0.046 0.010 55 F 0.086 0.066 0.050 0.082 0.371 0.002 0.029 0.017 0.008 0.002 0.006 0.005 0.012 0.005 0.039 0.020 0.111 0.018 0.028 0.037 0.005 56 N 0.065 0.071 0.139 0.125 0.138 0.008 0.135 0.026 0.004 0.002 0.006 0.007 0.017 0.013 0.071 0.012 0.049 0.021 0.028 0.058 0.007 57 K 0.066 0.076 0.054 0.100 0.268 0.004 0.082 0.013 0.004 0.002 0.008 0.009 0.020 0.017 0.044 0.034 0.054 0.052 0.045 0.037 0.011 58 I 0.070 0.078 0.109 0.089 0.240 0.002 0.029 0.009 0.001 0.001 0.016 0.016 0.038 0.023 0.073 0.032 0.018 0.019 0.068 0.055 0.015 59 K 0.069 0.067 0.162 0.165 0.148 0.002 0.010 0.009 0.001 0.001 0.015 0.015 0.030 0.022 0.101 0.022 0.024 0.024 0.047 0.049 0.018 60 V 0.048 0.050 0.035 0.066 0.430 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.015 0.011 0.030 0.022 0.078 0.076 0.022 0.013 0.038 0.036 0.013 61 T 0.044 0.045 0.124 0.179 0.087 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.016 0.017 0.037 0.035 0.188 0.027 0.018 0.015 0.064 0.070 0.011 62 T 0.024 0.021 0.042 0.071 0.363 0.002 0.011 0.011 0.001 0.001 0.008 0.005 0.011 0.013 0.059 0.082 0.105 0.031 0.054 0.081 0.004 63 D 0.016 0.017 0.078 0.074 0.139 0.006 0.095 0.040 0.003 0.001 0.005 0.006 0.011 0.015 0.120 0.042 0.089 0.048 0.093 0.099 0.003 64 Q 0.012 0.011 0.058 0.058 0.133 0.008 0.081 0.047 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.063 0.028 0.282 0.058 0.063 0.079 0.001 65 N 0.010 0.011 0.044 0.050 0.116 0.020 0.240 0.082 0.005 0.002 0.002 0.002 0.005 0.007 0.037 0.026 0.140 0.059 0.066 0.076 0.001 66 H 0.011 0.014 0.063 0.059 0.095 0.014 0.166 0.073 0.005 0.003 0.002 0.002 0.005 0.005 0.039 0.024 0.175 0.092 0.072 0.079 0.001 67 F 0.011 0.013 0.061 0.080 0.099 0.008 0.096 0.041 0.013 0.008 0.003 0.004 0.006 0.006 0.040 0.029 0.170 0.078 0.089 0.142 0.002 68 S 0.005 0.008 0.038 0.045 0.112 0.006 0.134 0.025 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.032 0.031 0.197 0.041 0.074 0.235 0.001 69 G 0.006 0.011 0.049 0.047 0.120 0.008 0.169 0.027 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.032 0.026 0.085 0.194 0.072 0.137 0.002