# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.060 0.166 0.307 0.005 0.040 0.009 0.013 0.007 0.004 0.052 0.060 0.177 0.004 0.009 0.024 2 S 0.024 0.046 0.152 0.211 0.008 0.190 0.012 0.007 0.007 0.006 0.027 0.066 0.213 0.006 0.006 0.020 3 M 0.017 0.047 0.091 0.166 0.016 0.121 0.022 0.010 0.003 0.003 0.164 0.040 0.274 0.008 0.006 0.013 4 K 0.012 0.140 0.076 0.200 0.010 0.067 0.010 0.018 0.006 0.002 0.063 0.137 0.226 0.004 0.012 0.017 5 K 0.027 0.048 0.104 0.154 0.031 0.059 0.037 0.013 0.013 0.009 0.050 0.058 0.298 0.025 0.010 0.063 6 T 0.023 0.052 0.133 0.065 0.024 0.165 0.048 0.025 0.004 0.004 0.065 0.047 0.288 0.011 0.031 0.015 7 K 0.014 0.148 0.088 0.081 0.003 0.088 0.013 0.031 0.014 0.007 0.126 0.061 0.253 0.005 0.022 0.045 8 N 0.071 0.174 0.102 0.235 0.001 0.032 0.003 0.005 0.030 0.004 0.028 0.129 0.135 0.001 0.009 0.043 9 W 0.075 0.030 0.426 0.228 0.001 0.026 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.019 0.138 0.001 0.001 0.025 10 L 0.010 0.032 0.399 0.412 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.084 0.001 0.001 0.002 11 L 0.002 0.017 0.064 0.791 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.074 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.022 0.022 0.859 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.054 0.001 0.001 0.001 13 F 0.001 0.013 0.017 0.818 0.007 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.068 0.001 0.001 0.002 14 L 0.002 0.089 0.021 0.699 0.003 0.071 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.012 0.088 0.001 0.001 0.001 15 T 0.002 0.036 0.022 0.757 0.005 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.070 0.001 0.001 0.005 16 V 0.006 0.038 0.036 0.381 0.005 0.242 0.002 0.002 0.001 0.001 0.045 0.025 0.214 0.001 0.001 0.001 17 T 0.002 0.185 0.030 0.476 0.003 0.062 0.001 0.002 0.001 0.001 0.053 0.036 0.142 0.001 0.001 0.003 18 F 0.003 0.030 0.017 0.613 0.001 0.057 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.030 0.218 0.001 0.001 0.002 19 C 0.002 0.081 0.075 0.380 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.360 0.001 0.001 0.004 20 F 0.001 0.012 0.016 0.651 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 0.256 0.001 0.001 0.002 21 L 0.001 0.030 0.038 0.466 0.010 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.375 0.001 0.001 0.003 22 M 0.001 0.007 0.007 0.169 0.355 0.036 0.058 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.092 0.255 0.001 0.006 23 L 0.003 0.050 0.021 0.139 0.012 0.029 0.008 0.256 0.002 0.001 0.013 0.006 0.090 0.007 0.359 0.007 24 G 0.005 0.040 0.024 0.104 0.004 0.023 0.011 0.008 0.124 0.121 0.012 0.012 0.066 0.008 0.007 0.431 25 C 0.592 0.032 0.052 0.075 0.005 0.061 0.011 0.005 0.005 0.004 0.022 0.029 0.077 0.002 0.009 0.021 26 Q 0.022 0.160 0.432 0.122 0.005 0.047 0.009 0.010 0.003 0.004 0.066 0.028 0.055 0.007 0.005 0.024 27 S 0.011 0.026 0.033 0.085 0.004 0.630 0.003 0.010 0.003 0.005 0.021 0.098 0.062 0.001 0.006 0.003 28 K 0.003 0.051 0.022 0.030 0.005 0.070 0.005 0.004 0.004 0.002 0.632 0.028 0.134 0.004 0.001 0.007 29 E 0.007 0.070 0.019 0.049 0.002 0.018 0.008 0.006 0.004 0.001 0.039 0.631 0.125 0.006 0.011 0.004 30 D 0.005 0.012 0.089 0.027 0.007 0.053 0.023 0.005 0.005 0.003 0.020 0.054 0.624 0.007 0.022 0.045 31 K 0.014 0.010 0.053 0.014 0.128 0.017 0.138 0.008 0.003 0.002 0.081 0.015 0.211 0.258 0.008 0.041 32 K 0.008 0.017 0.029 0.010 0.050 0.010 0.179 0.081 0.002 0.002 0.013 0.024 0.052 0.317 0.197 0.009 33 G 0.005 0.023 0.053 0.026 0.001 0.005 0.017 0.094 0.063 0.026 0.009 0.009 0.072 0.005 0.399 0.195 34 G 0.277 0.018 0.049 0.050 0.002 0.012 0.022 0.002 0.118 0.053 0.011 0.016 0.050 0.003 0.005 0.311 35 T 0.455 0.068 0.302 0.124 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.010 0.010 0.001 0.003 0.011 36 K 0.015 0.022 0.402 0.321 0.013 0.181 0.006 0.002 0.002 0.005 0.004 0.009 0.012 0.001 0.001 0.006 37 P 0.011 0.050 0.068 0.189 0.089 0.415 0.010 0.011 0.001 0.003 0.121 0.008 0.019 0.002 0.001 0.001 38 S 0.003 0.235 0.013 0.158 0.006 0.149 0.001 0.077 0.008 0.004 0.181 0.137 0.018 0.001 0.006 0.002 39 N 0.010 0.068 0.030 0.088 0.004 0.137 0.003 0.014 0.047 0.017 0.118 0.330 0.109 0.002 0.007 0.017 40 E 0.052 0.033 0.104 0.058 0.004 0.062 0.013 0.008 0.007 0.003 0.193 0.152 0.278 0.008 0.006 0.018 41 A 0.013 0.047 0.152 0.096 0.002 0.038 0.010 0.012 0.003 0.001 0.058 0.185 0.345 0.004 0.019 0.013 42 A 0.010 0.042 0.124 0.179 0.003 0.036 0.012 0.004 0.007 0.002 0.025 0.031 0.432 0.008 0.008 0.075 43 L 0.026 0.036 0.227 0.249 0.011 0.037 0.047 0.004 0.002 0.001 0.019 0.020 0.273 0.014 0.008 0.025 44 T 0.011 0.065 0.246 0.242 0.008 0.107 0.014 0.021 0.002 0.002 0.016 0.016 0.197 0.004 0.019 0.028 45 K 0.018 0.073 0.084 0.211 0.014 0.159 0.010 0.013 0.011 0.012 0.117 0.021 0.191 0.008 0.005 0.052 46 T 0.047 0.074 0.069 0.069 0.051 0.235 0.054 0.009 0.005 0.003 0.107 0.090 0.143 0.027 0.007 0.009 47 E 0.011 0.220 0.100 0.085 0.003 0.038 0.009 0.080 0.005 0.002 0.139 0.085 0.128 0.005 0.074 0.017 48 N 0.023 0.102 0.097 0.132 0.005 0.053 0.016 0.005 0.080 0.014 0.024 0.088 0.144 0.009 0.011 0.196 49 L 0.155 0.024 0.247 0.124 0.003 0.072 0.019 0.007 0.003 0.002 0.076 0.028 0.215 0.003 0.009 0.015 50 D 0.011 0.314 0.283 0.223 0.001 0.024 0.006 0.003 0.005 0.001 0.005 0.048 0.054 0.001 0.003 0.017 51 F 0.018 0.013 0.084 0.770 0.002 0.022 0.001 0.003 0.002 0.001 0.021 0.003 0.047 0.001 0.002 0.011 52 R 0.009 0.032 0.442 0.401 0.019 0.038 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.029 0.002 0.001 0.005 53 L 0.007 0.032 0.049 0.781 0.017 0.055 0.003 0.010 0.001 0.001 0.009 0.004 0.026 0.001 0.002 0.003 54 S 0.004 0.065 0.029 0.295 0.138 0.360 0.013 0.010 0.007 0.007 0.020 0.012 0.024 0.007 0.001 0.007 55 F 0.019 0.100 0.032 0.222 0.042 0.191 0.018 0.114 0.008 0.004 0.162 0.021 0.039 0.009 0.015 0.005 56 N 0.008 0.380 0.077 0.191 0.002 0.033 0.004 0.044 0.059 0.017 0.024 0.106 0.017 0.001 0.019 0.019 57 K 0.106 0.051 0.172 0.490 0.002 0.011 0.003 0.004 0.030 0.004 0.016 0.009 0.025 0.002 0.004 0.071 58 I 0.047 0.011 0.672 0.237 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.004 59 K 0.005 0.020 0.189 0.741 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 60 V 0.005 0.020 0.020 0.852 0.014 0.072 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 61 T 0.003 0.082 0.033 0.550 0.059 0.217 0.004 0.009 0.003 0.003 0.019 0.008 0.007 0.001 0.001 0.002 62 T 0.005 0.116 0.022 0.361 0.034 0.239 0.004 0.052 0.007 0.007 0.102 0.030 0.016 0.001 0.003 0.002 63 D 0.007 0.134 0.036 0.117 0.035 0.264 0.010 0.036 0.023 0.017 0.151 0.111 0.043 0.004 0.005 0.008 64 Q 0.024 0.113 0.073 0.120 0.024 0.050 0.024 0.040 0.021 0.007 0.235 0.118 0.091 0.020 0.024 0.016 65 N 0.024 0.068 0.141 0.116 0.015 0.064 0.031 0.035 0.029 0.011 0.042 0.158 0.141 0.013 0.072 0.040 66 H 0.054 0.060 0.159 0.114 0.019 0.043 0.025 0.015 0.034 0.012 0.051 0.031 0.189 0.015 0.019 0.159 67 F 0.054 0.021 0.094 0.057 0.223 0.042 0.224 0.009 0.007 0.007 0.027 0.033 0.062 0.114 0.005 0.019 68 S 0.014 0.074 0.134 0.076 0.029 0.045 0.033 0.283 0.007 0.005 0.024 0.024 0.063 0.011 0.163 0.014 69 G 0.013 0.048 0.047 0.118 0.024 0.049 0.022 0.037 0.172 0.148 0.054 0.029 0.065 0.012 0.014 0.148