# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.265 0.009 0.038 0.038 0.047 0.083 0.008 0.001 0.076 0.365 2 S 0.035 0.086 0.004 0.020 0.020 0.041 0.072 0.005 0.001 0.448 0.268 3 M 0.054 0.201 0.005 0.020 0.031 0.037 0.104 0.010 0.002 0.166 0.369 4 K 0.073 0.142 0.008 0.018 0.037 0.037 0.073 0.007 0.002 0.248 0.354 5 K 0.035 0.290 0.008 0.017 0.021 0.032 0.079 0.005 0.002 0.107 0.403 6 T 0.104 0.485 0.004 0.006 0.012 0.015 0.045 0.015 0.001 0.054 0.260 7 K 0.061 0.452 0.005 0.009 0.019 0.026 0.062 0.006 0.001 0.047 0.311 8 N 0.019 0.417 0.005 0.018 0.032 0.064 0.072 0.003 0.001 0.081 0.289 9 W 0.016 0.366 0.004 0.031 0.050 0.161 0.059 0.004 0.001 0.093 0.214 10 L 0.017 0.394 0.006 0.043 0.105 0.160 0.038 0.007 0.001 0.078 0.152 11 L 0.015 0.153 0.007 0.033 0.103 0.119 0.043 0.003 0.001 0.314 0.209 12 V 0.015 0.216 0.007 0.041 0.141 0.137 0.042 0.004 0.001 0.193 0.204 13 F 0.016 0.109 0.005 0.018 0.057 0.064 0.044 0.003 0.001 0.537 0.145 14 L 0.007 0.289 0.005 0.032 0.076 0.107 0.053 0.003 0.002 0.265 0.162 15 T 0.015 0.653 0.003 0.008 0.039 0.036 0.022 0.004 0.001 0.105 0.115 16 V 0.013 0.674 0.004 0.014 0.037 0.043 0.028 0.004 0.001 0.084 0.098 17 T 0.013 0.739 0.004 0.012 0.025 0.029 0.024 0.005 0.001 0.062 0.087 18 F 0.018 0.698 0.004 0.030 0.017 0.058 0.026 0.004 0.001 0.048 0.097 19 C 0.034 0.588 0.007 0.047 0.032 0.065 0.035 0.006 0.002 0.068 0.116 20 F 0.051 0.220 0.044 0.103 0.053 0.099 0.062 0.008 0.015 0.150 0.195 21 L 0.169 0.126 0.015 0.069 0.056 0.081 0.076 0.013 0.004 0.103 0.287 22 M 0.174 0.069 0.005 0.044 0.033 0.058 0.084 0.010 0.002 0.067 0.453 23 L 0.033 0.029 0.005 0.081 0.035 0.070 0.122 0.003 0.001 0.078 0.544 24 G 0.030 0.035 0.003 0.049 0.026 0.074 0.110 0.003 0.001 0.063 0.606 25 C 0.062 0.033 0.002 0.027 0.045 0.043 0.123 0.005 0.001 0.037 0.621 26 Q 0.065 0.061 0.004 0.040 0.037 0.042 0.090 0.009 0.002 0.038 0.612 27 S 0.217 0.151 0.002 0.014 0.009 0.022 0.066 0.017 0.001 0.038 0.463 28 K 0.171 0.102 0.003 0.014 0.015 0.020 0.086 0.013 0.001 0.047 0.528 29 E 0.073 0.045 0.011 0.015 0.021 0.027 0.086 0.008 0.005 0.058 0.650 30 D 0.283 0.020 0.003 0.012 0.011 0.020 0.083 0.010 0.002 0.053 0.504 31 K 0.223 0.009 0.002 0.010 0.011 0.016 0.088 0.005 0.001 0.057 0.579 32 K 0.034 0.005 0.001 0.013 0.006 0.015 0.090 0.001 0.001 0.025 0.809 33 G 0.031 0.004 0.001 0.009 0.008 0.015 0.107 0.001 0.001 0.031 0.793 34 G 0.009 0.003 0.001 0.014 0.034 0.041 0.143 0.001 0.001 0.051 0.704 35 T 0.012 0.008 0.001 0.018 0.027 0.032 0.122 0.001 0.001 0.059 0.720 36 K 0.084 0.051 0.001 0.021 0.024 0.024 0.122 0.005 0.001 0.058 0.609 37 P 0.078 0.107 0.002 0.020 0.013 0.018 0.124 0.007 0.001 0.023 0.608 38 S 0.054 0.222 0.004 0.012 0.013 0.016 0.076 0.007 0.001 0.032 0.564 39 N 0.126 0.555 0.002 0.009 0.014 0.020 0.042 0.018 0.001 0.028 0.185 40 E 0.081 0.170 0.005 0.014 0.025 0.042 0.064 0.008 0.001 0.377 0.213 41 A 0.030 0.217 0.009 0.022 0.060 0.063 0.068 0.006 0.002 0.195 0.329 42 A 0.074 0.087 0.005 0.018 0.043 0.064 0.083 0.011 0.001 0.235 0.379 43 L 0.031 0.084 0.007 0.027 0.063 0.078 0.103 0.006 0.003 0.151 0.446 44 T 0.051 0.064 0.009 0.021 0.045 0.059 0.090 0.007 0.004 0.104 0.547 45 K 0.102 0.073 0.006 0.018 0.025 0.037 0.101 0.009 0.003 0.058 0.567 46 T 0.193 0.062 0.007 0.013 0.019 0.025 0.095 0.013 0.002 0.066 0.505 47 E 0.052 0.046 0.004 0.022 0.020 0.035 0.122 0.004 0.001 0.027 0.666 48 N 0.053 0.064 0.003 0.021 0.015 0.030 0.099 0.006 0.001 0.048 0.660 49 L 0.076 0.069 0.004 0.038 0.080 0.070 0.124 0.007 0.001 0.053 0.478 50 D 0.035 0.054 0.003 0.048 0.043 0.080 0.097 0.004 0.001 0.114 0.521 51 F 0.023 0.049 0.002 0.070 0.093 0.171 0.084 0.003 0.001 0.083 0.421 52 R 0.029 0.038 0.003 0.066 0.110 0.157 0.082 0.004 0.001 0.131 0.379 53 L 0.020 0.030 0.009 0.065 0.162 0.143 0.077 0.004 0.003 0.079 0.409 54 S 0.117 0.064 0.005 0.072 0.089 0.142 0.071 0.014 0.002 0.067 0.356 55 F 0.101 0.026 0.006 0.036 0.049 0.080 0.099 0.011 0.002 0.081 0.509 56 N 0.028 0.020 0.003 0.073 0.088 0.170 0.104 0.004 0.001 0.054 0.456 57 K 0.021 0.009 0.001 0.060 0.070 0.209 0.082 0.003 0.001 0.107 0.437 58 I 0.008 0.006 0.002 0.104 0.207 0.179 0.082 0.002 0.001 0.085 0.324 59 K 0.013 0.013 0.002 0.109 0.160 0.209 0.060 0.002 0.001 0.086 0.346 60 V 0.022 0.016 0.002 0.085 0.119 0.130 0.080 0.003 0.001 0.057 0.486 61 T 0.057 0.029 0.004 0.091 0.069 0.108 0.101 0.006 0.002 0.132 0.402 62 T 0.068 0.046 0.003 0.029 0.029 0.043 0.114 0.009 0.002 0.088 0.569 63 D 0.155 0.092 0.003 0.020 0.027 0.039 0.091 0.019 0.001 0.052 0.500 64 Q 0.112 0.040 0.003 0.021 0.029 0.041 0.107 0.007 0.002 0.083 0.555 65 N 0.042 0.022 0.011 0.036 0.034 0.063 0.127 0.005 0.004 0.094 0.563 66 H 0.140 0.011 0.002 0.025 0.030 0.047 0.104 0.005 0.001 0.054 0.582 67 F 0.074 0.008 0.002 0.030 0.034 0.041 0.125 0.003 0.001 0.048 0.633 68 S 0.019 0.011 0.001 0.038 0.018 0.039 0.132 0.002 0.001 0.030 0.711 69 G 0.047 0.020 0.002 0.025 0.024 0.045 0.136 0.004 0.001 0.060 0.637