# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.194 0.074 0.017 0.227 0.026 0.033 0.156 0.072 0.064 0.039 2 S 0.148 0.164 0.042 0.011 0.259 0.013 0.030 0.163 0.062 0.057 0.049 3 M 0.123 0.122 0.029 0.013 0.190 0.017 0.026 0.221 0.132 0.069 0.059 4 K 0.058 0.119 0.056 0.022 0.139 0.041 0.089 0.325 0.090 0.042 0.020 5 K 0.101 0.100 0.054 0.016 0.104 0.017 0.047 0.258 0.114 0.144 0.046 6 T 0.135 0.134 0.082 0.025 0.188 0.022 0.025 0.205 0.088 0.063 0.033 7 K 0.030 0.069 0.032 0.024 0.048 0.059 0.083 0.422 0.174 0.043 0.014 8 N 0.080 0.061 0.027 0.018 0.094 0.021 0.074 0.281 0.093 0.199 0.050 9 W 0.166 0.116 0.016 0.004 0.325 0.008 0.025 0.212 0.050 0.040 0.037 10 L 0.163 0.089 0.008 0.003 0.426 0.010 0.032 0.208 0.035 0.011 0.016 11 L 0.281 0.068 0.005 0.002 0.505 0.006 0.010 0.084 0.015 0.006 0.019 12 V 0.176 0.116 0.015 0.007 0.437 0.019 0.031 0.132 0.017 0.014 0.036 13 F 0.361 0.056 0.010 0.006 0.269 0.006 0.015 0.125 0.024 0.028 0.100 14 L 0.096 0.217 0.058 0.012 0.251 0.017 0.023 0.214 0.047 0.031 0.034 15 T 0.151 0.135 0.024 0.006 0.217 0.008 0.026 0.336 0.042 0.020 0.034 16 V 0.075 0.059 0.012 0.004 0.084 0.006 0.011 0.606 0.103 0.016 0.025 17 T 0.015 0.015 0.004 0.003 0.023 0.010 0.028 0.827 0.064 0.007 0.004 18 F 0.042 0.017 0.004 0.002 0.049 0.003 0.010 0.794 0.065 0.006 0.008 19 C 0.022 0.016 0.004 0.002 0.036 0.004 0.017 0.821 0.067 0.006 0.007 20 F 0.062 0.027 0.004 0.002 0.094 0.004 0.032 0.672 0.084 0.008 0.012 21 L 0.053 0.044 0.011 0.004 0.081 0.011 0.070 0.577 0.110 0.019 0.022 22 M 0.094 0.041 0.021 0.012 0.091 0.023 0.151 0.388 0.076 0.049 0.054 23 L 0.042 0.241 0.109 0.056 0.088 0.047 0.134 0.134 0.067 0.055 0.027 24 G 0.072 0.081 0.095 0.140 0.069 0.047 0.051 0.092 0.054 0.183 0.114 25 C 0.097 0.160 0.070 0.029 0.177 0.014 0.031 0.130 0.097 0.121 0.073 26 Q 0.097 0.159 0.064 0.022 0.156 0.036 0.055 0.141 0.099 0.112 0.060 27 S 0.087 0.220 0.130 0.023 0.205 0.016 0.028 0.137 0.063 0.053 0.037 28 K 0.046 0.086 0.052 0.015 0.080 0.017 0.042 0.353 0.207 0.069 0.031 29 E 0.045 0.119 0.056 0.020 0.100 0.037 0.067 0.288 0.136 0.102 0.028 30 D 0.089 0.179 0.098 0.019 0.143 0.016 0.039 0.188 0.079 0.104 0.045 31 K 0.045 0.040 0.045 0.018 0.046 0.028 0.073 0.353 0.155 0.145 0.051 32 K 0.028 0.299 0.159 0.078 0.070 0.053 0.100 0.096 0.053 0.050 0.015 33 G 0.031 0.060 0.085 0.276 0.032 0.062 0.040 0.048 0.053 0.226 0.086 34 G 0.059 0.138 0.123 0.101 0.112 0.019 0.029 0.068 0.062 0.204 0.086 35 T 0.084 0.270 0.115 0.028 0.215 0.018 0.026 0.046 0.047 0.100 0.051 36 K 0.079 0.297 0.259 0.044 0.169 0.021 0.019 0.033 0.022 0.026 0.031 37 P 0.098 0.226 0.159 0.033 0.169 0.021 0.032 0.104 0.063 0.047 0.047 38 S 0.047 0.109 0.064 0.032 0.066 0.050 0.079 0.264 0.163 0.094 0.033 39 N 0.058 0.124 0.085 0.024 0.109 0.023 0.025 0.238 0.115 0.156 0.042 40 E 0.047 0.062 0.020 0.007 0.075 0.011 0.025 0.421 0.198 0.108 0.027 41 A 0.054 0.072 0.023 0.006 0.110 0.014 0.031 0.467 0.140 0.060 0.022 42 A 0.063 0.060 0.015 0.006 0.100 0.010 0.038 0.473 0.137 0.071 0.025 43 L 0.095 0.082 0.024 0.012 0.138 0.017 0.034 0.353 0.129 0.076 0.041 44 T 0.056 0.223 0.091 0.018 0.161 0.026 0.056 0.245 0.064 0.042 0.019 45 K 0.072 0.126 0.058 0.015 0.091 0.016 0.056 0.234 0.097 0.168 0.066 46 T 0.103 0.183 0.090 0.020 0.212 0.019 0.028 0.160 0.093 0.059 0.032 47 E 0.037 0.132 0.052 0.025 0.067 0.067 0.118 0.277 0.129 0.069 0.026 48 N 0.147 0.047 0.024 0.016 0.127 0.012 0.030 0.137 0.080 0.273 0.106 49 L 0.116 0.221 0.052 0.011 0.304 0.021 0.023 0.107 0.057 0.049 0.039 50 D 0.199 0.122 0.031 0.016 0.289 0.030 0.054 0.101 0.043 0.054 0.062 51 F 0.202 0.151 0.034 0.010 0.416 0.013 0.017 0.056 0.032 0.036 0.034 52 R 0.205 0.133 0.020 0.010 0.428 0.015 0.027 0.068 0.024 0.026 0.045 53 L 0.223 0.174 0.046 0.008 0.387 0.013 0.015 0.043 0.024 0.023 0.044 54 S 0.191 0.167 0.057 0.019 0.344 0.023 0.043 0.056 0.019 0.032 0.049 55 F 0.205 0.150 0.037 0.033 0.230 0.027 0.034 0.072 0.070 0.060 0.082 56 N 0.058 0.133 0.092 0.114 0.135 0.119 0.101 0.092 0.056 0.067 0.033 57 K 0.204 0.113 0.032 0.016 0.287 0.010 0.028 0.059 0.049 0.123 0.079 58 I 0.198 0.196 0.031 0.005 0.460 0.008 0.009 0.025 0.017 0.015 0.036 59 K 0.182 0.181 0.032 0.007 0.473 0.013 0.022 0.028 0.011 0.015 0.036 60 V 0.260 0.169 0.034 0.009 0.350 0.010 0.013 0.028 0.017 0.029 0.080 61 T 0.165 0.187 0.089 0.033 0.297 0.032 0.032 0.051 0.019 0.044 0.051 62 T 0.098 0.204 0.099 0.041 0.189 0.042 0.050 0.127 0.060 0.050 0.039 63 D 0.111 0.146 0.122 0.050 0.190 0.030 0.034 0.122 0.062 0.087 0.047 64 Q 0.043 0.084 0.036 0.025 0.081 0.034 0.060 0.288 0.224 0.094 0.031 65 N 0.062 0.127 0.083 0.035 0.117 0.038 0.060 0.183 0.105 0.146 0.044 66 H 0.115 0.122 0.059 0.018 0.157 0.017 0.040 0.164 0.083 0.158 0.068 67 F 0.121 0.126 0.075 0.038 0.162 0.038 0.061 0.136 0.070 0.106 0.069 68 S 0.047 0.164 0.123 0.167 0.078 0.095 0.086 0.078 0.050 0.082 0.030 69 G 0.056 0.096 0.138 0.202 0.079 0.042 0.031 0.067 0.058 0.170 0.061