# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.068 0.243 0.354 0.005 0.026 0.009 0.008 0.005 0.002 0.024 0.041 0.120 0.003 0.010 0.022 2 S 0.018 0.047 0.166 0.225 0.008 0.230 0.012 0.005 0.007 0.005 0.017 0.033 0.190 0.004 0.005 0.028 3 M 0.022 0.054 0.063 0.316 0.017 0.086 0.013 0.010 0.004 0.002 0.168 0.027 0.193 0.009 0.004 0.013 4 K 0.011 0.154 0.067 0.226 0.008 0.112 0.009 0.019 0.007 0.002 0.042 0.167 0.139 0.004 0.019 0.014 5 K 0.014 0.057 0.156 0.223 0.025 0.054 0.035 0.007 0.011 0.004 0.071 0.042 0.208 0.009 0.007 0.076 6 T 0.031 0.031 0.079 0.046 0.047 0.248 0.073 0.019 0.005 0.003 0.053 0.082 0.219 0.037 0.013 0.017 7 K 0.009 0.089 0.054 0.053 0.005 0.048 0.018 0.094 0.008 0.003 0.253 0.051 0.225 0.012 0.059 0.019 8 N 0.030 0.226 0.057 0.156 0.001 0.019 0.006 0.010 0.079 0.010 0.035 0.151 0.102 0.003 0.022 0.094 9 W 0.170 0.016 0.410 0.120 0.001 0.039 0.005 0.001 0.006 0.001 0.021 0.027 0.145 0.001 0.005 0.034 10 L 0.026 0.050 0.527 0.295 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.057 0.001 0.001 0.007 11 L 0.004 0.014 0.087 0.704 0.003 0.084 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.086 0.001 0.001 0.002 12 V 0.001 0.034 0.042 0.803 0.003 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.075 0.001 0.001 0.001 13 F 0.001 0.014 0.020 0.815 0.005 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.056 0.001 0.001 0.002 14 L 0.004 0.048 0.051 0.657 0.002 0.057 0.002 0.005 0.001 0.001 0.019 0.016 0.132 0.001 0.003 0.002 15 T 0.002 0.040 0.023 0.655 0.004 0.107 0.002 0.002 0.003 0.001 0.014 0.016 0.122 0.001 0.001 0.008 16 V 0.011 0.019 0.036 0.340 0.008 0.164 0.007 0.005 0.001 0.001 0.057 0.025 0.317 0.004 0.002 0.002 17 T 0.002 0.207 0.035 0.434 0.002 0.036 0.003 0.010 0.002 0.001 0.021 0.039 0.197 0.002 0.006 0.004 18 F 0.005 0.017 0.025 0.493 0.002 0.060 0.008 0.002 0.005 0.001 0.041 0.018 0.307 0.004 0.003 0.011 19 C 0.014 0.039 0.194 0.393 0.001 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.008 0.027 0.289 0.002 0.005 0.006 20 F 0.004 0.009 0.043 0.465 0.003 0.081 0.011 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.342 0.003 0.002 0.008 21 L 0.003 0.026 0.058 0.380 0.018 0.044 0.008 0.012 0.001 0.001 0.017 0.008 0.410 0.003 0.004 0.007 22 M 0.001 0.009 0.008 0.093 0.377 0.031 0.065 0.004 0.001 0.003 0.010 0.005 0.038 0.350 0.001 0.004 23 L 0.007 0.038 0.043 0.077 0.005 0.022 0.007 0.260 0.002 0.001 0.020 0.012 0.061 0.004 0.432 0.009 24 G 0.005 0.030 0.056 0.102 0.007 0.039 0.008 0.004 0.165 0.116 0.016 0.015 0.036 0.003 0.004 0.394 25 C 0.692 0.030 0.041 0.043 0.004 0.057 0.006 0.004 0.003 0.002 0.026 0.019 0.056 0.002 0.005 0.010 26 Q 0.017 0.226 0.244 0.131 0.005 0.127 0.005 0.012 0.008 0.004 0.062 0.065 0.071 0.002 0.004 0.017 27 S 0.026 0.066 0.051 0.187 0.007 0.278 0.009 0.006 0.008 0.003 0.137 0.108 0.095 0.004 0.005 0.008 28 K 0.011 0.109 0.102 0.110 0.008 0.043 0.019 0.007 0.005 0.001 0.238 0.127 0.185 0.010 0.009 0.016 29 E 0.011 0.089 0.104 0.201 0.006 0.036 0.023 0.012 0.006 0.002 0.041 0.213 0.194 0.010 0.026 0.026 30 D 0.013 0.020 0.166 0.055 0.013 0.124 0.034 0.010 0.008 0.004 0.032 0.044 0.391 0.010 0.020 0.054 31 K 0.011 0.022 0.031 0.020 0.165 0.023 0.127 0.008 0.005 0.002 0.116 0.018 0.082 0.336 0.007 0.026 32 K 0.009 0.048 0.042 0.029 0.064 0.015 0.104 0.160 0.006 0.003 0.014 0.033 0.026 0.176 0.258 0.013 33 G 0.009 0.028 0.145 0.058 0.002 0.014 0.006 0.053 0.106 0.031 0.007 0.006 0.025 0.002 0.104 0.404 34 G 0.483 0.016 0.057 0.077 0.004 0.018 0.006 0.002 0.102 0.049 0.023 0.012 0.025 0.003 0.002 0.122 35 T 0.286 0.098 0.374 0.171 0.002 0.015 0.001 0.007 0.002 0.001 0.007 0.015 0.012 0.001 0.003 0.006 36 K 0.009 0.026 0.319 0.447 0.028 0.110 0.007 0.003 0.004 0.006 0.011 0.009 0.011 0.001 0.001 0.009 37 P 0.010 0.033 0.056 0.209 0.150 0.391 0.021 0.022 0.001 0.001 0.060 0.019 0.016 0.007 0.002 0.002 38 S 0.003 0.084 0.015 0.212 0.008 0.142 0.004 0.136 0.008 0.005 0.270 0.077 0.024 0.001 0.010 0.003 39 N 0.017 0.084 0.026 0.081 0.005 0.082 0.006 0.007 0.069 0.024 0.180 0.342 0.054 0.002 0.003 0.018 40 E 0.115 0.036 0.102 0.078 0.003 0.052 0.005 0.004 0.005 0.001 0.177 0.208 0.190 0.003 0.007 0.013 41 A 0.011 0.051 0.215 0.096 0.001 0.034 0.007 0.003 0.003 0.001 0.037 0.220 0.285 0.004 0.010 0.021 42 A 0.007 0.037 0.110 0.204 0.002 0.060 0.010 0.002 0.003 0.001 0.018 0.040 0.446 0.003 0.008 0.049 43 L 0.010 0.037 0.126 0.275 0.007 0.041 0.019 0.004 0.003 0.001 0.019 0.020 0.383 0.011 0.004 0.040 44 T 0.014 0.067 0.149 0.221 0.008 0.122 0.013 0.012 0.003 0.001 0.018 0.023 0.303 0.008 0.016 0.024 45 K 0.014 0.090 0.135 0.275 0.012 0.072 0.015 0.009 0.010 0.003 0.074 0.022 0.192 0.008 0.007 0.062 46 T 0.036 0.042 0.058 0.059 0.047 0.281 0.061 0.012 0.005 0.003 0.062 0.078 0.172 0.050 0.020 0.013 47 E 0.013 0.115 0.052 0.066 0.005 0.040 0.012 0.058 0.005 0.002 0.270 0.056 0.198 0.008 0.076 0.024 48 N 0.024 0.168 0.053 0.094 0.006 0.043 0.019 0.006 0.081 0.009 0.026 0.179 0.099 0.015 0.017 0.160 49 L 0.142 0.026 0.244 0.078 0.004 0.060 0.029 0.009 0.005 0.002 0.052 0.030 0.235 0.012 0.039 0.032 50 D 0.014 0.272 0.388 0.166 0.002 0.016 0.006 0.006 0.008 0.002 0.007 0.017 0.038 0.003 0.006 0.048 51 F 0.055 0.012 0.122 0.728 0.002 0.015 0.004 0.002 0.004 0.001 0.009 0.004 0.024 0.001 0.003 0.014 52 R 0.010 0.024 0.528 0.388 0.004 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.007 53 L 0.003 0.008 0.034 0.865 0.028 0.037 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 54 S 0.003 0.087 0.026 0.382 0.129 0.289 0.008 0.024 0.003 0.003 0.014 0.014 0.012 0.004 0.001 0.002 55 F 0.006 0.042 0.016 0.320 0.034 0.232 0.006 0.084 0.011 0.005 0.193 0.017 0.022 0.004 0.006 0.003 56 N 0.012 0.395 0.062 0.215 0.004 0.036 0.002 0.024 0.043 0.011 0.033 0.121 0.017 0.001 0.008 0.014 57 K 0.089 0.053 0.177 0.509 0.005 0.021 0.006 0.001 0.027 0.002 0.015 0.014 0.021 0.002 0.002 0.057 58 I 0.041 0.018 0.650 0.255 0.001 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.002 0.003 59 K 0.003 0.029 0.152 0.756 0.003 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 60 V 0.004 0.014 0.016 0.915 0.006 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 61 T 0.004 0.094 0.052 0.531 0.037 0.239 0.003 0.009 0.002 0.002 0.008 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 62 T 0.006 0.060 0.026 0.498 0.033 0.190 0.003 0.032 0.004 0.002 0.118 0.013 0.012 0.001 0.002 0.002 63 D 0.009 0.126 0.034 0.128 0.057 0.236 0.015 0.025 0.021 0.011 0.153 0.138 0.027 0.010 0.005 0.008 64 Q 0.031 0.136 0.069 0.136 0.022 0.054 0.020 0.059 0.014 0.005 0.192 0.117 0.067 0.014 0.048 0.016 65 N 0.025 0.094 0.157 0.104 0.008 0.064 0.020 0.023 0.037 0.019 0.045 0.162 0.113 0.008 0.042 0.079 66 H 0.075 0.052 0.276 0.118 0.016 0.059 0.018 0.011 0.019 0.005 0.045 0.031 0.124 0.006 0.013 0.132 67 F 0.034 0.033 0.126 0.072 0.190 0.058 0.154 0.012 0.006 0.009 0.047 0.034 0.058 0.141 0.007 0.021 68 S 0.013 0.095 0.120 0.082 0.027 0.091 0.033 0.250 0.006 0.004 0.028 0.034 0.064 0.014 0.126 0.013 69 G 0.016 0.043 0.050 0.166 0.014 0.049 0.019 0.034 0.152 0.105 0.127 0.032 0.075 0.008 0.017 0.094