# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.178 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.063 0.098 0.490 2 S 0.082 0.069 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.254 0.089 0.416 3 M 0.071 0.112 0.008 0.002 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.178 0.110 0.457 4 K 0.074 0.047 0.013 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.119 0.097 0.579 5 K 0.112 0.060 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.060 0.096 0.615 6 T 0.167 0.102 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.085 0.101 0.504 7 K 0.032 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.051 0.142 0.637 8 N 0.018 0.173 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.133 0.096 0.399 9 W 0.019 0.226 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.207 0.137 0.079 0.299 10 L 0.022 0.216 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.409 0.122 0.033 0.175 11 L 0.021 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.005 0.002 0.349 0.375 0.035 0.137 12 V 0.013 0.228 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.390 0.179 0.025 0.156 13 F 0.027 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.284 0.425 0.040 0.163 14 L 0.011 0.395 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.240 0.098 0.048 0.203 15 T 0.033 0.642 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.058 0.032 0.153 16 V 0.029 0.624 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.080 0.040 0.137 17 T 0.033 0.724 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.087 0.026 0.070 18 F 0.044 0.671 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.080 0.028 0.103 19 C 0.077 0.540 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.108 0.031 0.109 20 F 0.076 0.195 0.035 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.223 0.052 0.252 21 L 0.189 0.129 0.014 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.086 0.075 0.269 22 M 0.214 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.103 0.101 0.392 23 L 0.034 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.085 0.192 0.491 24 G 0.028 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.106 0.158 0.521 25 C 0.062 0.043 0.002 0.001 0.004 0.011 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.068 0.184 0.537 26 Q 0.015 0.028 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.040 0.141 0.636 27 S 0.291 0.128 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.097 0.084 0.357 28 K 0.155 0.096 0.006 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.100 0.125 0.467 29 E 0.040 0.021 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.069 0.110 0.714 30 D 0.345 0.008 0.018 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.104 0.070 0.414 31 K 0.277 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.064 0.078 0.550 32 K 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.039 0.106 0.799 33 G 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.022 0.127 0.800 34 G 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.015 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.093 0.049 0.146 0.647 35 T 0.011 0.012 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.046 0.046 0.111 0.742 36 K 0.113 0.114 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.004 0.002 0.060 0.110 0.069 0.502 37 P 0.069 0.219 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.024 0.047 0.092 0.537 38 S 0.068 0.386 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.044 0.064 0.406 39 N 0.167 0.572 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.056 0.032 0.150 40 E 0.149 0.161 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.307 0.069 0.248 41 A 0.046 0.275 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.095 0.201 0.068 0.295 42 A 0.067 0.078 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.101 0.365 0.066 0.297 43 L 0.057 0.094 0.017 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.094 0.202 0.099 0.411 44 T 0.095 0.058 0.010 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.062 0.162 0.101 0.500 45 K 0.066 0.061 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.087 0.123 0.590 46 T 0.129 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.087 0.136 0.555 47 E 0.031 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.039 0.136 0.672 48 N 0.068 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.062 0.118 0.606 49 L 0.032 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.052 0.111 0.555 50 D 0.033 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.279 0.145 0.077 0.420 51 F 0.022 0.050 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.318 0.107 0.082 0.393 52 R 0.036 0.027 0.004 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.377 0.107 0.067 0.358 53 L 0.029 0.014 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.364 0.065 0.097 0.405 54 S 0.141 0.028 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.268 0.084 0.087 0.383 55 F 0.122 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.083 0.130 0.496 56 N 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.266 0.050 0.123 0.525 57 K 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.085 0.083 0.464 58 I 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.407 0.065 0.095 0.405 59 K 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.650 0.058 0.053 0.200 60 V 0.018 0.010 0.001 0.001 0.004 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.256 0.051 0.084 0.545 61 T 0.038 0.017 0.002 0.001 0.006 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.392 0.105 0.099 0.318 62 T 0.064 0.026 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.101 0.136 0.549 63 D 0.252 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.102 0.091 0.424 64 Q 0.116 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.090 0.113 0.599 65 N 0.061 0.021 0.006 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.117 0.139 0.573 66 H 0.133 0.012 0.006 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.076 0.119 0.573 67 F 0.123 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.066 0.119 0.604 68 S 0.028 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.041 0.043 0.154 0.709 69 G 0.027 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.072 0.060 0.154 0.650