# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.211 0.054 0.014 0.231 0.020 0.043 0.157 0.064 0.055 0.041 2 S 0.141 0.219 0.069 0.011 0.259 0.013 0.025 0.115 0.045 0.045 0.058 3 M 0.112 0.135 0.030 0.011 0.191 0.014 0.021 0.238 0.152 0.059 0.038 4 K 0.054 0.085 0.042 0.020 0.106 0.032 0.082 0.360 0.138 0.059 0.023 5 K 0.097 0.075 0.041 0.016 0.099 0.019 0.065 0.250 0.107 0.180 0.053 6 T 0.097 0.168 0.060 0.022 0.176 0.019 0.026 0.227 0.109 0.059 0.038 7 K 0.019 0.040 0.028 0.030 0.027 0.049 0.081 0.460 0.203 0.047 0.017 8 N 0.050 0.036 0.024 0.013 0.047 0.015 0.050 0.366 0.135 0.204 0.059 9 W 0.103 0.174 0.012 0.005 0.289 0.007 0.014 0.253 0.066 0.045 0.032 10 L 0.131 0.095 0.009 0.005 0.345 0.007 0.020 0.319 0.040 0.011 0.017 11 L 0.252 0.038 0.005 0.004 0.352 0.004 0.011 0.271 0.030 0.010 0.022 12 V 0.122 0.048 0.006 0.007 0.232 0.006 0.036 0.496 0.030 0.006 0.011 13 F 0.129 0.023 0.006 0.004 0.125 0.003 0.015 0.625 0.035 0.011 0.025 14 L 0.029 0.027 0.005 0.003 0.064 0.003 0.009 0.791 0.052 0.007 0.011 15 T 0.020 0.011 0.004 0.002 0.036 0.002 0.008 0.863 0.044 0.004 0.006 16 V 0.014 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.007 0.914 0.039 0.002 0.002 17 T 0.007 0.003 0.001 0.002 0.009 0.001 0.016 0.934 0.025 0.002 0.001 18 F 0.026 0.003 0.001 0.003 0.017 0.001 0.016 0.885 0.039 0.005 0.003 19 C 0.027 0.009 0.002 0.004 0.027 0.002 0.035 0.846 0.039 0.005 0.003 20 F 0.041 0.024 0.007 0.004 0.085 0.003 0.026 0.714 0.073 0.012 0.012 21 L 0.066 0.035 0.009 0.007 0.071 0.004 0.063 0.634 0.076 0.020 0.015 22 M 0.112 0.047 0.022 0.019 0.100 0.017 0.127 0.391 0.074 0.050 0.042 23 L 0.035 0.195 0.090 0.054 0.085 0.049 0.102 0.189 0.090 0.080 0.032 24 G 0.048 0.064 0.071 0.109 0.064 0.044 0.035 0.119 0.093 0.245 0.108 25 C 0.084 0.204 0.078 0.019 0.189 0.017 0.044 0.146 0.096 0.086 0.037 26 Q 0.076 0.179 0.098 0.030 0.135 0.037 0.067 0.125 0.076 0.119 0.058 27 S 0.128 0.230 0.145 0.020 0.222 0.012 0.017 0.094 0.039 0.040 0.054 28 K 0.041 0.085 0.032 0.009 0.071 0.015 0.026 0.444 0.200 0.059 0.018 29 E 0.025 0.062 0.024 0.010 0.057 0.019 0.046 0.510 0.156 0.073 0.017 30 D 0.074 0.089 0.068 0.015 0.115 0.012 0.032 0.340 0.096 0.108 0.050 31 K 0.054 0.063 0.048 0.022 0.067 0.030 0.063 0.441 0.093 0.076 0.043 32 K 0.023 0.412 0.127 0.070 0.056 0.064 0.069 0.076 0.039 0.045 0.019 33 G 0.031 0.145 0.118 0.249 0.050 0.042 0.035 0.036 0.034 0.179 0.081 34 G 0.056 0.133 0.229 0.150 0.063 0.017 0.020 0.036 0.048 0.188 0.059 35 T 0.059 0.331 0.257 0.024 0.158 0.008 0.024 0.035 0.041 0.033 0.029 36 K 0.030 0.383 0.392 0.023 0.085 0.007 0.013 0.020 0.016 0.012 0.019 37 P 0.033 0.390 0.235 0.023 0.078 0.015 0.036 0.084 0.052 0.031 0.023 38 S 0.030 0.156 0.085 0.023 0.067 0.041 0.105 0.279 0.115 0.076 0.023 39 N 0.044 0.116 0.087 0.021 0.061 0.018 0.022 0.276 0.134 0.185 0.036 40 E 0.028 0.042 0.013 0.004 0.043 0.007 0.016 0.468 0.256 0.104 0.018 41 A 0.033 0.062 0.016 0.005 0.053 0.011 0.020 0.565 0.172 0.050 0.013 42 A 0.047 0.057 0.016 0.006 0.078 0.013 0.035 0.511 0.136 0.080 0.021 43 L 0.059 0.043 0.019 0.007 0.069 0.018 0.043 0.420 0.155 0.137 0.031 44 T 0.040 0.154 0.072 0.016 0.120 0.021 0.074 0.335 0.091 0.056 0.022 45 K 0.091 0.108 0.056 0.014 0.110 0.020 0.048 0.208 0.102 0.191 0.052 46 T 0.102 0.190 0.060 0.014 0.214 0.014 0.027 0.180 0.114 0.054 0.032 47 E 0.029 0.061 0.033 0.023 0.048 0.056 0.130 0.340 0.190 0.069 0.020 48 N 0.139 0.037 0.022 0.012 0.106 0.013 0.046 0.137 0.089 0.310 0.088 49 L 0.106 0.255 0.033 0.013 0.280 0.022 0.031 0.115 0.067 0.049 0.029 50 D 0.209 0.087 0.033 0.020 0.238 0.033 0.052 0.136 0.059 0.064 0.069 51 F 0.180 0.150 0.023 0.012 0.383 0.013 0.021 0.086 0.047 0.046 0.039 52 R 0.211 0.133 0.027 0.008 0.421 0.011 0.026 0.066 0.022 0.029 0.046 53 L 0.182 0.189 0.059 0.009 0.342 0.011 0.019 0.064 0.024 0.030 0.072 54 S 0.185 0.213 0.050 0.014 0.324 0.014 0.023 0.051 0.027 0.035 0.064 55 F 0.170 0.114 0.038 0.025 0.216 0.038 0.046 0.124 0.108 0.071 0.050 56 N 0.075 0.115 0.066 0.055 0.123 0.083 0.116 0.146 0.099 0.084 0.038 57 K 0.211 0.073 0.024 0.016 0.268 0.019 0.039 0.076 0.055 0.145 0.073 58 I 0.185 0.225 0.019 0.007 0.463 0.009 0.012 0.024 0.015 0.016 0.026 59 K 0.187 0.160 0.047 0.005 0.475 0.008 0.011 0.023 0.011 0.011 0.063 60 V 0.267 0.169 0.034 0.006 0.365 0.007 0.016 0.037 0.015 0.022 0.061 61 T 0.150 0.205 0.076 0.027 0.250 0.029 0.039 0.066 0.031 0.057 0.070 62 T 0.079 0.216 0.129 0.039 0.183 0.041 0.051 0.116 0.053 0.050 0.042 63 D 0.138 0.113 0.067 0.030 0.168 0.024 0.030 0.165 0.101 0.101 0.063 64 Q 0.028 0.060 0.031 0.018 0.055 0.031 0.050 0.294 0.310 0.101 0.022 65 N 0.065 0.117 0.050 0.027 0.103 0.031 0.056 0.216 0.135 0.156 0.046 66 H 0.106 0.101 0.056 0.026 0.141 0.019 0.033 0.160 0.088 0.189 0.080 67 F 0.116 0.102 0.070 0.038 0.134 0.045 0.061 0.170 0.091 0.112 0.060 68 S 0.047 0.171 0.108 0.107 0.081 0.075 0.088 0.125 0.071 0.095 0.033 69 G 0.056 0.084 0.141 0.168 0.068 0.042 0.025 0.083 0.061 0.204 0.069