# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.24605 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.709 0.165 0.066 0.038 0.016 0.004 0.001 2 K 0.552 0.280 0.107 0.043 0.014 0.005 0.001 3 I 0.216 0.157 0.186 0.217 0.149 0.065 0.010 4 P 0.265 0.245 0.181 0.143 0.109 0.050 0.007 5 K 0.201 0.232 0.203 0.181 0.112 0.058 0.012 6 I 0.060 0.056 0.075 0.133 0.258 0.319 0.098 7 Y 0.072 0.103 0.131 0.176 0.218 0.222 0.077 8 V 0.048 0.070 0.102 0.193 0.261 0.243 0.083 9 E 0.076 0.140 0.180 0.212 0.233 0.139 0.020 10 G 0.154 0.220 0.228 0.225 0.126 0.043 0.003 11 E 0.368 0.334 0.175 0.081 0.032 0.009 0.001 12 L 0.210 0.193 0.263 0.232 0.080 0.021 0.001 13 N 0.461 0.228 0.163 0.100 0.039 0.008 0.001 14 D 0.629 0.258 0.073 0.029 0.009 0.002 0.001 15 G 0.668 0.236 0.061 0.026 0.008 0.002 0.001 16 D 0.427 0.299 0.156 0.083 0.028 0.007 0.001 17 R 0.257 0.321 0.214 0.139 0.053 0.015 0.001 18 V 0.062 0.106 0.169 0.259 0.265 0.128 0.012 19 A 0.044 0.081 0.126 0.171 0.252 0.282 0.044 20 I 0.033 0.083 0.163 0.252 0.264 0.173 0.032 21 E 0.064 0.132 0.189 0.264 0.235 0.104 0.014 22 K 0.095 0.192 0.264 0.231 0.164 0.049 0.004 23 D 0.305 0.344 0.183 0.110 0.040 0.015 0.002 24 G 0.198 0.244 0.252 0.188 0.086 0.030 0.003 25 N 0.163 0.259 0.267 0.223 0.065 0.022 0.002 26 A 0.054 0.127 0.195 0.270 0.221 0.123 0.010 27 I 0.062 0.065 0.085 0.180 0.303 0.270 0.036 28 I 0.064 0.197 0.273 0.264 0.144 0.056 0.003 29 F 0.050 0.123 0.181 0.227 0.273 0.137 0.009 30 L 0.060 0.163 0.281 0.288 0.163 0.044 0.001 31 E 0.307 0.313 0.206 0.119 0.047 0.007 0.001 32 K 0.490 0.323 0.117 0.053 0.015 0.002 0.001 33 D 0.644 0.253 0.074 0.023 0.006 0.001 0.001 34 E 0.636 0.290 0.054 0.017 0.003 0.001 0.001 35 E 0.671 0.289 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.127 0.132 0.340 0.321 0.074 0.006 0.001 37 S 0.739 0.211 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 38 G 0.654 0.266 0.060 0.017 0.003 0.001 0.001 39 N 0.478 0.395 0.089 0.028 0.008 0.001 0.001 40 G 0.043 0.119 0.202 0.340 0.229 0.065 0.002 41 K 0.046 0.162 0.289 0.282 0.159 0.058 0.004 42 L 0.015 0.036 0.099 0.174 0.261 0.332 0.083 43 L 0.012 0.025 0.067 0.143 0.230 0.319 0.204 44 Y 0.005 0.015 0.029 0.075 0.202 0.444 0.229 45 Q 0.022 0.096 0.190 0.279 0.222 0.143 0.048 46 V 0.008 0.019 0.037 0.108 0.236 0.428 0.164 47 I 0.014 0.047 0.084 0.157 0.272 0.319 0.107 48 Y 0.019 0.052 0.110 0.204 0.305 0.250 0.060 49 D 0.091 0.240 0.262 0.226 0.123 0.051 0.007 50 D 0.080 0.132 0.184 0.230 0.232 0.122 0.019 51 L 0.057 0.074 0.091 0.180 0.264 0.262 0.072 52 A 0.165 0.247 0.266 0.188 0.096 0.035 0.004 53 K 0.128 0.259 0.294 0.231 0.060 0.025 0.003 54 Y 0.063 0.079 0.144 0.243 0.295 0.160 0.016 55 M 0.071 0.069 0.102 0.221 0.263 0.236 0.038 56 S 0.167 0.265 0.270 0.175 0.083 0.037 0.004 57 L 0.184 0.213 0.224 0.229 0.104 0.042 0.004 58 D 0.481 0.301 0.117 0.063 0.029 0.008 0.001 59 T 0.366 0.332 0.159 0.089 0.037 0.015 0.002 60 L 0.093 0.084 0.142 0.239 0.292 0.127 0.022 61 K 0.150 0.288 0.216 0.158 0.118 0.060 0.010 62 K 0.045 0.094 0.154 0.229 0.253 0.185 0.040 63 D 0.062 0.109 0.158 0.207 0.238 0.180 0.046 64 V 0.017 0.031 0.051 0.110 0.271 0.389 0.132 65 L 0.025 0.045 0.079 0.146 0.235 0.327 0.144 66 I 0.020 0.048 0.096 0.164 0.277 0.328 0.067 67 Q 0.081 0.277 0.311 0.217 0.085 0.027 0.002 68 Y 0.044 0.085 0.191 0.350 0.253 0.075 0.003 69 P 0.350 0.320 0.168 0.101 0.051 0.010 0.001 70 D 0.586 0.301 0.076 0.027 0.008 0.002 0.001 71 K 0.450 0.353 0.140 0.046 0.008 0.001 0.001 72 H 0.210 0.327 0.233 0.168 0.052 0.010 0.001 73 T 0.030 0.102 0.190 0.322 0.237 0.111 0.007 74 L 0.018 0.041 0.087 0.182 0.340 0.307 0.026 75 T 0.035 0.143 0.259 0.250 0.192 0.112 0.010 76 Y 0.014 0.049 0.121 0.217 0.326 0.228 0.045 77 L 0.013 0.031 0.060 0.128 0.265 0.419 0.083 78 K 0.048 0.134 0.266 0.327 0.172 0.050 0.003 79 A 0.414 0.394 0.123 0.049 0.016 0.005 0.001 80 G 0.337 0.248 0.178 0.157 0.062 0.017 0.001 81 T 0.506 0.216 0.129 0.093 0.044 0.011 0.001 82 K 0.743 0.203 0.038 0.011 0.003 0.001 0.001