# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.013 0.109 0.129 0.063 0.006 0.052 0.006 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.004 0.054 0.019 0.057 0.020 0.177 0.259 0.004 2 K 0.010 0.014 0.054 0.043 0.177 0.003 0.052 0.003 0.003 0.002 0.008 0.005 0.009 0.013 0.074 0.046 0.066 0.145 0.129 0.131 0.010 3 I 0.006 0.013 0.075 0.073 0.062 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.007 0.010 0.094 0.076 0.021 0.007 0.202 0.315 0.009 4 P 0.018 0.032 0.084 0.048 0.228 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.017 0.009 0.020 0.039 0.212 0.055 0.039 0.034 0.044 0.077 0.018 5 K 0.034 0.059 0.059 0.090 0.039 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.041 0.026 0.051 0.177 0.204 0.102 0.007 0.004 0.017 0.017 0.064 6 I 0.044 0.064 0.008 0.012 0.078 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.050 0.037 0.133 0.357 0.085 0.079 0.001 0.002 0.006 0.002 0.039 7 Y 0.066 0.065 0.040 0.039 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.045 0.116 0.377 0.108 0.030 0.001 0.001 0.003 0.002 0.025 8 V 0.054 0.055 0.013 0.027 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.047 0.088 0.289 0.065 0.150 0.002 0.004 0.009 0.004 0.037 9 E 0.057 0.050 0.037 0.038 0.051 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 0.028 0.094 0.226 0.285 0.065 0.008 0.004 0.012 0.009 0.008 10 G 0.064 0.077 0.074 0.166 0.136 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.032 0.091 0.093 0.076 0.015 0.024 0.032 0.056 0.011 11 E 0.039 0.034 0.066 0.055 0.288 0.002 0.031 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.016 0.056 0.095 0.073 0.068 0.088 0.059 0.006 12 L 0.028 0.032 0.150 0.124 0.112 0.004 0.042 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.006 0.140 0.018 0.089 0.047 0.075 0.111 0.001 13 N 0.011 0.008 0.106 0.076 0.106 0.005 0.038 0.004 0.010 0.018 0.002 0.002 0.002 0.002 0.033 0.028 0.122 0.055 0.098 0.274 0.001 14 D 0.002 0.002 0.015 0.032 0.074 0.002 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.021 0.373 0.017 0.058 0.276 0.001 15 G 0.003 0.008 0.014 0.010 0.138 0.002 0.567 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.011 0.016 0.160 0.020 0.038 0.001 16 D 0.038 0.066 0.438 0.182 0.056 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.002 0.037 0.019 0.019 0.024 0.030 0.055 0.005 17 R 0.075 0.118 0.024 0.028 0.580 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.016 0.011 0.031 0.005 0.015 0.022 0.006 0.005 0.023 0.006 0.029 18 V 0.188 0.256 0.154 0.082 0.084 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 0.023 0.053 0.009 0.089 0.010 0.002 0.002 0.006 0.004 0.014 19 A 0.208 0.274 0.050 0.129 0.167 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 0.015 0.054 0.009 0.014 0.008 0.002 0.002 0.005 0.003 0.030 20 I 0.239 0.233 0.045 0.072 0.223 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 0.019 0.039 0.011 0.037 0.015 0.004 0.003 0.008 0.002 0.025 21 E 0.306 0.190 0.105 0.145 0.132 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.020 0.004 0.047 0.004 0.011 0.002 0.007 0.005 0.005 22 K 0.204 0.077 0.075 0.127 0.356 0.001 0.011 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.006 0.002 0.022 0.007 0.064 0.006 0.007 0.018 0.002 23 D 0.023 0.035 0.050 0.076 0.195 0.002 0.262 0.003 0.003 0.005 0.002 0.002 0.004 0.002 0.038 0.020 0.111 0.028 0.023 0.116 0.002 24 G 0.026 0.055 0.054 0.049 0.248 0.001 0.236 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.015 0.020 0.033 0.156 0.024 0.065 0.003 25 N 0.111 0.154 0.272 0.113 0.165 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.018 0.004 0.028 0.017 0.015 0.023 0.015 0.024 0.007 26 A 0.220 0.251 0.064 0.058 0.196 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.020 0.016 0.053 0.017 0.030 0.012 0.004 0.002 0.012 0.003 0.039 27 I 0.311 0.299 0.042 0.027 0.059 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.042 0.085 0.034 0.030 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 28 I 0.280 0.314 0.045 0.076 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.035 0.097 0.050 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 29 F 0.154 0.366 0.012 0.054 0.080 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.024 0.037 0.079 0.074 0.048 0.019 0.002 0.002 0.002 0.002 0.036 30 L 0.233 0.292 0.045 0.071 0.042 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.030 0.020 0.068 0.046 0.094 0.011 0.006 0.002 0.004 0.003 0.020 31 E 0.265 0.162 0.082 0.130 0.084 0.002 0.010 0.013 0.003 0.001 0.024 0.022 0.041 0.038 0.026 0.021 0.014 0.010 0.019 0.018 0.015 32 K 0.047 0.050 0.034 0.047 0.244 0.005 0.074 0.027 0.007 0.002 0.004 0.006 0.016 0.020 0.061 0.066 0.153 0.036 0.037 0.062 0.004 33 D 0.013 0.015 0.058 0.047 0.065 0.008 0.180 0.085 0.008 0.003 0.004 0.004 0.006 0.013 0.089 0.021 0.104 0.071 0.106 0.099 0.004 34 E 0.006 0.005 0.051 0.021 0.083 0.017 0.065 0.137 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.031 0.028 0.332 0.077 0.059 0.071 0.001 35 E 0.008 0.009 0.041 0.039 0.091 0.039 0.267 0.118 0.007 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.019 0.014 0.202 0.046 0.042 0.045 0.001 36 Y 0.009 0.013 0.042 0.073 0.082 0.012 0.208 0.051 0.009 0.010 0.002 0.003 0.004 0.005 0.035 0.021 0.144 0.074 0.089 0.114 0.001 37 S 0.008 0.009 0.081 0.064 0.156 0.007 0.088 0.035 0.005 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.029 0.014 0.238 0.053 0.067 0.134 0.001 38 G 0.009 0.010 0.069 0.067 0.122 0.007 0.148 0.014 0.022 0.019 0.002 0.002 0.003 0.002 0.017 0.033 0.148 0.135 0.053 0.116 0.001 39 N 0.006 0.010 0.064 0.058 0.161 0.002 0.119 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.022 0.129 0.027 0.067 0.301 0.001 40 G 0.019 0.047 0.062 0.051 0.478 0.002 0.070 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.009 0.015 0.028 0.139 0.026 0.039 0.002 41 K 0.093 0.151 0.330 0.188 0.101 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.013 0.003 0.030 0.011 0.020 0.007 0.012 0.016 0.005 42 L 0.182 0.336 0.025 0.042 0.299 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.013 0.031 0.004 0.010 0.006 0.004 0.002 0.008 0.003 0.018 43 L 0.257 0.528 0.038 0.034 0.064 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 0.023 0.003 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 44 Y 0.338 0.458 0.022 0.060 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.008 0.041 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 45 Q 0.354 0.427 0.010 0.012 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.019 0.033 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 46 V 0.381 0.461 0.031 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.037 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 47 I 0.345 0.341 0.027 0.065 0.112 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.013 0.020 0.006 0.007 0.007 0.003 0.002 0.005 0.005 0.020 48 Y 0.118 0.215 0.046 0.076 0.131 0.002 0.013 0.033 0.002 0.001 0.005 0.008 0.023 0.013 0.166 0.024 0.067 0.012 0.017 0.020 0.008 49 D 0.096 0.092 0.074 0.125 0.069 0.005 0.066 0.091 0.003 0.001 0.007 0.007 0.020 0.018 0.104 0.014 0.120 0.016 0.024 0.045 0.004 50 D 0.030 0.020 0.036 0.031 0.179 0.007 0.078 0.199 0.005 0.001 0.003 0.003 0.005 0.010 0.026 0.039 0.137 0.045 0.060 0.085 0.002 51 L 0.005 0.005 0.020 0.013 0.018 0.005 0.062 0.335 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.008 0.411 0.035 0.017 0.015 0.001 52 A 0.002 0.003 0.007 0.006 0.006 0.020 0.117 0.698 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.093 0.009 0.006 0.009 0.001 53 K 0.001 0.004 0.004 0.009 0.009 0.029 0.095 0.725 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.005 0.057 0.016 0.007 0.013 0.001 54 Y 0.005 0.007 0.007 0.011 0.024 0.008 0.092 0.619 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.011 0.115 0.032 0.020 0.016 0.001 55 M 0.015 0.010 0.046 0.032 0.024 0.010 0.063 0.490 0.010 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.024 0.008 0.147 0.025 0.038 0.038 0.001 56 S 0.010 0.011 0.014 0.027 0.096 0.018 0.094 0.327 0.033 0.007 0.001 0.003 0.005 0.012 0.017 0.032 0.094 0.052 0.062 0.085 0.001 57 L 0.004 0.003 0.026 0.019 0.026 0.004 0.037 0.182 0.026 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.055 0.005 0.516 0.022 0.027 0.036 0.001 58 D 0.003 0.005 0.012 0.017 0.031 0.032 0.184 0.473 0.012 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.006 0.113 0.035 0.021 0.032 0.001 59 T 0.004 0.007 0.019 0.020 0.053 0.028 0.209 0.358 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.017 0.100 0.083 0.028 0.033 0.001 60 L 0.019 0.015 0.037 0.056 0.080 0.007 0.075 0.223 0.023 0.008 0.005 0.005 0.011 0.008 0.024 0.017 0.164 0.068 0.104 0.046 0.004 61 K 0.019 0.020 0.078 0.050 0.074 0.020 0.101 0.210 0.020 0.006 0.003 0.003 0.006 0.010 0.047 0.020 0.128 0.028 0.051 0.101 0.004 62 K 0.043 0.052 0.034 0.100 0.160 0.016 0.121 0.066 0.037 0.010 0.005 0.007 0.028 0.035 0.039 0.030 0.093 0.030 0.040 0.046 0.007 63 D 0.078 0.076 0.083 0.046 0.119 0.003 0.055 0.023 0.005 0.001 0.025 0.021 0.040 0.138 0.099 0.038 0.032 0.012 0.045 0.031 0.029 64 V 0.151 0.145 0.099 0.090 0.054 0.002 0.013 0.015 0.002 0.001 0.015 0.040 0.066 0.160 0.034 0.022 0.015 0.018 0.026 0.009 0.024 65 L 0.146 0.163 0.037 0.049 0.132 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.011 0.029 0.082 0.216 0.040 0.039 0.006 0.004 0.005 0.007 0.016 66 I 0.114 0.128 0.096 0.144 0.037 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.029 0.032 0.076 0.133 0.114 0.005 0.004 0.003 0.007 0.007 0.060 67 Q 0.092 0.107 0.015 0.029 0.367 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.025 0.018 0.069 0.084 0.041 0.087 0.007 0.008 0.013 0.006 0.026 68 Y 0.066 0.044 0.149 0.282 0.037 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.024 0.025 0.033 0.039 0.127 0.017 0.007 0.008 0.064 0.059 0.011 69 P 0.005 0.003 0.009 0.007 0.444 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.063 0.345 0.010 0.013 0.070 0.001 70 D 0.002 0.004 0.018 0.017 0.028 0.008 0.617 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.070 0.012 0.051 0.047 0.023 0.089 0.001 71 K 0.010 0.011 0.065 0.038 0.084 0.003 0.135 0.008 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.004 0.031 0.038 0.103 0.233 0.091 0.130 0.003 72 H 0.047 0.056 0.173 0.084 0.171 0.005 0.043 0.013 0.001 0.001 0.009 0.009 0.028 0.010 0.049 0.032 0.048 0.034 0.096 0.085 0.010 73 T 0.123 0.132 0.108 0.108 0.188 0.002 0.016 0.015 0.002 0.001 0.023 0.023 0.036 0.014 0.044 0.023 0.029 0.017 0.047 0.026 0.025 74 L 0.161 0.131 0.066 0.064 0.227 0.001 0.013 0.028 0.001 0.001 0.018 0.021 0.065 0.027 0.065 0.032 0.026 0.009 0.019 0.012 0.014 75 T 0.165 0.200 0.098 0.182 0.058 0.002 0.011 0.025 0.001 0.001 0.015 0.024 0.068 0.053 0.042 0.010 0.011 0.005 0.009 0.008 0.013 76 Y 0.146 0.207 0.030 0.083 0.184 0.002 0.015 0.033 0.002 0.001 0.011 0.025 0.057 0.063 0.030 0.047 0.017 0.012 0.016 0.006 0.015 77 L 0.153 0.130 0.143 0.127 0.073 0.003 0.017 0.052 0.004 0.001 0.012 0.016 0.034 0.036 0.105 0.011 0.038 0.007 0.019 0.013 0.008 78 K 0.062 0.050 0.052 0.105 0.187 0.010 0.049 0.042 0.024 0.016 0.003 0.008 0.012 0.020 0.085 0.045 0.124 0.026 0.022 0.057 0.002 79 A 0.011 0.012 0.027 0.051 0.128 0.009 0.231 0.026 0.006 0.003 0.002 0.002 0.005 0.005 0.076 0.028 0.200 0.022 0.035 0.121 0.001 80 G 0.007 0.009 0.050 0.035 0.072 0.006 0.221 0.022 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.037 0.019 0.059 0.299 0.050 0.095 0.002 81 T 0.010 0.011 0.095 0.062 0.119 0.003 0.028 0.021 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 0.030 0.051 0.085 0.058 0.162 0.245 0.003 82 K 0.010 0.013 0.083 0.060 0.202 0.005 0.032 0.030 0.004 0.001 0.003 0.002 0.006 0.005 0.076 0.023 0.184 0.054 0.089 0.114 0.002