# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.204 0.030 0.011 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.025 0.108 0.461 2 K 0.025 0.012 0.006 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.007 0.091 0.733 3 I 0.032 0.009 0.005 0.002 0.024 0.017 0.014 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.371 0.005 0.099 0.406 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.976 5 K 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.547 0.003 0.073 0.347 6 I 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.005 0.003 0.707 0.004 0.023 0.203 7 Y 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.002 0.003 0.928 0.001 0.011 0.027 8 V 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.007 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 0.012 0.012 0.837 0.002 0.028 0.066 9 E 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.012 0.009 0.735 0.002 0.028 0.182 10 G 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.008 0.023 0.039 0.032 0.010 0.300 0.016 0.096 0.437 11 E 0.076 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.058 0.009 0.065 0.041 0.015 0.005 0.049 0.019 0.116 0.529 12 L 0.040 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.061 0.014 0.003 0.010 0.003 0.002 0.001 0.087 0.008 0.088 0.664 13 N 0.033 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.134 0.030 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.011 0.185 0.552 14 D 0.050 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.010 0.073 0.775 15 G 0.166 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.054 0.159 0.524 16 D 0.350 0.003 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.036 0.261 0.278 17 R 0.015 0.004 0.007 0.009 0.013 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.005 0.076 0.567 18 V 0.002 0.001 0.001 0.002 0.197 0.192 0.090 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.007 0.345 0.002 0.050 0.068 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.051 0.106 0.029 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.144 0.202 0.068 0.212 0.001 0.021 0.106 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.007 0.001 0.001 0.011 0.004 0.178 0.236 0.074 0.026 0.328 0.001 0.013 0.102 21 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.224 0.117 0.009 0.212 0.046 0.013 0.006 0.218 0.001 0.020 0.111 22 K 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.300 0.070 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.001 0.053 0.421 23 D 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.003 0.079 0.576 24 G 0.139 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.065 0.061 0.675 25 N 0.208 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.050 0.250 0.413 26 A 0.037 0.002 0.012 0.009 0.031 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.353 0.010 0.167 0.375 27 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.404 0.184 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.001 0.032 0.056 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.265 0.195 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.259 0.001 0.013 0.029 29 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.034 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.045 0.025 0.613 0.001 0.029 0.186 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.937 0.001 0.012 0.037 31 E 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.008 0.022 0.004 0.016 0.012 0.009 0.006 0.610 0.003 0.126 0.141 32 K 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.503 0.003 0.057 0.415 33 D 0.027 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.239 0.011 0.193 0.492 34 E 0.190 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.064 0.036 0.096 0.587 35 E 0.040 0.036 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.014 0.013 0.008 0.003 0.045 0.014 0.225 0.584 36 Y 0.240 0.069 0.011 0.003 0.017 0.005 0.003 0.002 0.005 0.009 0.012 0.004 0.046 0.017 0.005 0.003 0.067 0.056 0.068 0.354 37 S 0.067 0.114 0.005 0.003 0.004 0.009 0.006 0.002 0.044 0.125 0.016 0.006 0.007 0.003 0.002 0.002 0.059 0.016 0.078 0.431 38 G 0.044 0.037 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.116 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.015 0.110 0.610 39 N 0.073 0.043 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.021 0.145 0.637 40 G 0.234 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.072 0.083 0.521 41 K 0.151 0.014 0.038 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.025 0.277 0.378 42 L 0.012 0.010 0.007 0.005 0.031 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.445 0.007 0.094 0.362 43 L 0.005 0.007 0.002 0.001 0.062 0.146 0.063 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.571 0.002 0.041 0.088 44 Y 0.004 0.013 0.001 0.001 0.008 0.021 0.043 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.729 0.002 0.035 0.128 45 Q 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.833 0.002 0.021 0.111 46 V 0.005 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.739 0.002 0.028 0.188 47 I 0.006 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.840 0.003 0.024 0.103 48 Y 0.018 0.048 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.608 0.005 0.060 0.244 49 D 0.033 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.397 0.011 0.078 0.409 50 D 0.024 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.007 0.087 0.777 51 L 0.084 0.093 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.010 0.393 0.388 52 A 0.049 0.216 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.549 0.160 53 K 0.138 0.625 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.032 0.157 54 Y 0.165 0.663 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.008 0.110 55 M 0.112 0.681 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.018 0.015 0.105 56 S 0.094 0.467 0.041 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.037 0.052 0.255 57 L 0.072 0.409 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.024 0.028 0.330 58 D 0.047 0.239 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.020 0.104 0.552 59 T 0.260 0.134 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.052 0.155 0.338 60 L 0.218 0.316 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.015 0.120 0.247 61 K 0.114 0.337 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.018 0.093 0.244 62 K 0.103 0.191 0.007 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.024 0.045 0.454 63 D 0.128 0.075 0.014 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.054 0.066 0.377 64 V 0.158 0.026 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.624 0.021 0.038 0.098 65 L 0.009 0.011 0.009 0.002 0.003 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.010 0.006 0.707 0.003 0.061 0.152 66 I 0.002 0.003 0.002 0.001 0.007 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.205 0.121 0.019 0.528 0.002 0.013 0.035 67 Q 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.010 0.012 0.006 0.005 0.764 0.001 0.020 0.157 68 Y 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.099 0.085 0.011 0.047 0.030 0.023 0.018 0.304 0.003 0.041 0.152 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.014 0.957 70 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.002 0.180 0.742 71 K 0.220 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.032 0.044 0.609 72 H 0.047 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.009 0.394 0.448 73 T 0.120 0.008 0.010 0.002 0.119 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.052 0.174 0.379 74 L 0.024 0.031 0.003 0.002 0.013 0.124 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.410 0.006 0.077 0.284 75 T 0.012 0.020 0.003 0.001 0.076 0.047 0.029 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.003 0.004 0.480 0.010 0.100 0.191 76 Y 0.011 0.022 0.003 0.001 0.004 0.006 0.011 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.005 0.005 0.502 0.004 0.031 0.374 77 L 0.010 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.009 0.005 0.004 0.004 0.809 0.003 0.033 0.072 78 K 0.027 0.079 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.004 0.003 0.003 0.004 0.003 0.003 0.468 0.008 0.086 0.289 79 A 0.041 0.100 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.004 0.003 0.435 0.026 0.074 0.290 80 G 0.179 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.263 0.084 0.119 0.288 81 T 0.219 0.030 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.029 0.276 0.287 82 K 0.032 0.018 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.011 0.086 0.678