# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.015 0.612 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.012 0.119 0.018 0.137 0.068 2 K 0.004 0.014 0.678 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.023 0.073 0.016 0.038 0.136 3 I 0.006 0.009 0.629 0.018 0.019 0.001 0.001 0.001 0.036 0.072 0.019 0.105 0.083 4 P 0.008 0.002 0.465 0.188 0.021 0.001 0.004 0.001 0.051 0.072 0.043 0.028 0.115 5 K 0.042 0.005 0.154 0.101 0.038 0.002 0.038 0.011 0.103 0.078 0.034 0.316 0.079 6 I 0.313 0.003 0.031 0.006 0.002 0.001 0.086 0.075 0.143 0.004 0.001 0.026 0.310 7 Y 0.507 0.003 0.013 0.003 0.001 0.001 0.068 0.105 0.103 0.001 0.001 0.154 0.042 8 V 0.398 0.003 0.028 0.009 0.001 0.001 0.111 0.087 0.147 0.003 0.002 0.089 0.122 9 E 0.104 0.007 0.167 0.104 0.004 0.003 0.073 0.018 0.094 0.035 0.043 0.113 0.237 10 G 0.048 0.010 0.233 0.077 0.007 0.003 0.007 0.002 0.051 0.211 0.093 0.142 0.116 11 E 0.019 0.021 0.293 0.006 0.010 0.005 0.002 0.001 0.016 0.150 0.043 0.163 0.271 12 L 0.015 0.086 0.309 0.007 0.017 0.006 0.002 0.001 0.010 0.095 0.066 0.051 0.336 13 N 0.008 0.015 0.351 0.016 0.014 0.004 0.001 0.001 0.002 0.159 0.210 0.171 0.050 14 D 0.002 0.003 0.031 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.137 0.786 0.008 0.016 15 G 0.003 0.005 0.060 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.247 0.648 0.014 0.012 16 D 0.021 0.010 0.456 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 0.005 0.175 0.046 0.131 0.114 17 R 0.138 0.011 0.104 0.021 0.002 0.002 0.015 0.001 0.018 0.012 0.009 0.096 0.572 18 V 0.520 0.003 0.011 0.015 0.001 0.001 0.047 0.003 0.010 0.001 0.001 0.205 0.182 19 A 0.653 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.049 0.003 0.004 0.001 0.001 0.196 0.083 20 I 0.531 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.047 0.003 0.004 0.001 0.001 0.069 0.332 21 E 0.302 0.003 0.034 0.029 0.001 0.002 0.021 0.003 0.013 0.006 0.006 0.316 0.263 22 K 0.172 0.005 0.059 0.056 0.008 0.003 0.007 0.002 0.010 0.071 0.161 0.160 0.286 23 D 0.019 0.002 0.044 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.147 0.655 0.064 0.032 24 G 0.021 0.004 0.151 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.317 0.376 0.027 0.058 25 N 0.062 0.010 0.285 0.051 0.006 0.002 0.007 0.001 0.019 0.136 0.031 0.271 0.120 26 A 0.294 0.007 0.049 0.026 0.002 0.002 0.085 0.010 0.052 0.011 0.004 0.060 0.399 27 I 0.550 0.002 0.009 0.030 0.001 0.001 0.145 0.036 0.031 0.002 0.001 0.129 0.064 28 I 0.489 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.206 0.072 0.045 0.001 0.001 0.093 0.078 29 F 0.467 0.002 0.013 0.006 0.001 0.001 0.156 0.084 0.066 0.002 0.001 0.058 0.144 30 L 0.268 0.008 0.088 0.045 0.003 0.005 0.083 0.061 0.139 0.018 0.006 0.150 0.127 31 E 0.076 0.009 0.366 0.034 0.010 0.011 0.012 0.007 0.072 0.086 0.029 0.134 0.155 32 K 0.019 0.013 0.329 0.025 0.056 0.055 0.003 0.002 0.032 0.179 0.162 0.032 0.095 33 D 0.008 0.013 0.415 0.018 0.064 0.056 0.001 0.001 0.012 0.166 0.164 0.041 0.043 34 E 0.008 0.014 0.243 0.009 0.180 0.133 0.001 0.001 0.005 0.150 0.165 0.023 0.069 35 E 0.013 0.037 0.209 0.012 0.114 0.144 0.002 0.001 0.007 0.103 0.222 0.041 0.097 36 Y 0.013 0.044 0.229 0.007 0.104 0.111 0.002 0.001 0.006 0.127 0.204 0.055 0.096 37 S 0.005 0.018 0.252 0.011 0.029 0.046 0.001 0.001 0.003 0.122 0.417 0.029 0.065 38 G 0.003 0.011 0.076 0.007 0.018 0.020 0.001 0.001 0.001 0.219 0.606 0.028 0.010 39 N 0.003 0.006 0.085 0.012 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.204 0.653 0.008 0.015 40 G 0.018 0.016 0.282 0.018 0.006 0.007 0.001 0.001 0.005 0.266 0.243 0.054 0.084 41 K 0.130 0.020 0.211 0.023 0.004 0.010 0.011 0.002 0.023 0.040 0.008 0.294 0.225 42 L 0.264 0.010 0.020 0.019 0.002 0.008 0.099 0.013 0.029 0.003 0.002 0.122 0.409 43 L 0.597 0.002 0.011 0.085 0.001 0.004 0.054 0.014 0.020 0.001 0.003 0.111 0.098 44 Y 0.500 0.001 0.014 0.048 0.001 0.008 0.107 0.009 0.017 0.005 0.003 0.172 0.116 45 Q 0.709 0.001 0.006 0.007 0.001 0.010 0.074 0.011 0.028 0.003 0.002 0.062 0.086 46 V 0.572 0.006 0.012 0.014 0.002 0.019 0.098 0.025 0.033 0.006 0.005 0.093 0.116 47 I 0.372 0.010 0.068 0.016 0.004 0.024 0.026 0.016 0.044 0.017 0.013 0.200 0.189 48 Y 0.032 0.009 0.192 0.015 0.023 0.312 0.007 0.002 0.013 0.064 0.128 0.029 0.175 49 D 0.006 0.004 0.103 0.013 0.069 0.507 0.001 0.001 0.007 0.128 0.135 0.020 0.007 50 D 0.002 0.002 0.100 0.002 0.076 0.670 0.001 0.001 0.002 0.071 0.059 0.002 0.013 51 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.065 0.862 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.001 0.003 52 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.061 0.865 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.001 0.002 53 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.057 0.838 0.001 0.001 0.001 0.006 0.084 0.001 0.004 54 Y 0.001 0.001 0.009 0.001 0.023 0.920 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.001 0.002 55 M 0.005 0.010 0.027 0.001 0.023 0.824 0.001 0.001 0.003 0.023 0.062 0.005 0.015 56 S 0.004 0.004 0.061 0.001 0.013 0.799 0.001 0.001 0.003 0.027 0.072 0.008 0.008 57 L 0.001 0.003 0.044 0.002 0.027 0.814 0.001 0.001 0.002 0.025 0.075 0.002 0.005 58 D 0.001 0.002 0.052 0.002 0.038 0.681 0.001 0.001 0.002 0.050 0.166 0.002 0.004 59 T 0.001 0.003 0.058 0.001 0.129 0.680 0.001 0.001 0.003 0.026 0.088 0.002 0.009 60 L 0.003 0.011 0.119 0.005 0.091 0.598 0.001 0.001 0.009 0.040 0.083 0.009 0.031 61 K 0.004 0.005 0.123 0.017 0.139 0.449 0.001 0.001 0.011 0.059 0.135 0.028 0.030 62 K 0.007 0.003 0.083 0.020 0.066 0.290 0.001 0.001 0.012 0.050 0.411 0.010 0.045 63 D 0.048 0.007 0.234 0.046 0.049 0.185 0.004 0.005 0.024 0.139 0.137 0.047 0.075 64 V 0.151 0.009 0.162 0.015 0.026 0.135 0.034 0.016 0.071 0.052 0.073 0.140 0.117 65 L 0.348 0.012 0.059 0.015 0.013 0.030 0.088 0.050 0.081 0.011 0.017 0.049 0.226 66 I 0.218 0.011 0.043 0.019 0.005 0.019 0.074 0.023 0.038 0.012 0.009 0.467 0.060 67 Q 0.247 0.017 0.067 0.013 0.003 0.008 0.032 0.031 0.091 0.018 0.010 0.050 0.412 68 Y 0.026 0.013 0.515 0.013 0.005 0.004 0.004 0.003 0.022 0.070 0.018 0.190 0.116 69 P 0.003 0.005 0.224 0.031 0.018 0.008 0.001 0.001 0.006 0.129 0.514 0.013 0.049 70 D 0.001 0.003 0.052 0.005 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.236 0.666 0.016 0.003 71 K 0.004 0.012 0.290 0.005 0.028 0.008 0.001 0.001 0.003 0.344 0.255 0.007 0.045 72 H 0.018 0.033 0.430 0.015 0.012 0.016 0.002 0.001 0.014 0.174 0.047 0.171 0.068 73 T 0.104 0.036 0.198 0.027 0.011 0.040 0.022 0.004 0.053 0.034 0.018 0.087 0.365 74 L 0.217 0.016 0.072 0.061 0.006 0.032 0.060 0.011 0.030 0.014 0.008 0.180 0.293 75 T 0.391 0.005 0.025 0.047 0.004 0.027 0.046 0.009 0.026 0.007 0.005 0.245 0.164 76 Y 0.516 0.005 0.014 0.010 0.005 0.036 0.053 0.012 0.017 0.005 0.005 0.112 0.210 77 L 0.445 0.018 0.037 0.038 0.010 0.044 0.040 0.020 0.034 0.008 0.011 0.093 0.203 78 K 0.161 0.010 0.105 0.046 0.033 0.092 0.015 0.004 0.017 0.036 0.063 0.320 0.097 79 A 0.030 0.009 0.083 0.032 0.068 0.109 0.005 0.002 0.012 0.066 0.451 0.024 0.110 80 G 0.009 0.014 0.140 0.018 0.028 0.045 0.001 0.001 0.006 0.245 0.423 0.052 0.019 81 T 0.006 0.016 0.579 0.004 0.013 0.018 0.001 0.001 0.007 0.219 0.041 0.041 0.055 82 K 0.002 0.019 0.662 0.004 0.014 0.029 0.001 0.001 0.007 0.137 0.045 0.020 0.060