# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.404 0.095 0.055 0.076 0.063 0.053 0.081 0.060 0.051 0.037 0.025 2 K 0.124 0.215 0.095 0.220 0.133 0.087 0.066 0.027 0.018 0.009 0.005 3 I 0.023 0.020 0.026 0.042 0.059 0.058 0.112 0.144 0.183 0.157 0.176 4 P 0.039 0.073 0.070 0.150 0.150 0.122 0.143 0.108 0.071 0.049 0.024 5 K 0.030 0.074 0.127 0.218 0.163 0.124 0.103 0.061 0.053 0.032 0.016 6 I 0.015 0.011 0.021 0.040 0.053 0.075 0.150 0.195 0.168 0.162 0.108 7 Y 0.014 0.028 0.036 0.098 0.103 0.125 0.170 0.141 0.138 0.091 0.055 8 V 0.007 0.006 0.017 0.014 0.023 0.025 0.077 0.135 0.204 0.214 0.279 9 E 0.019 0.029 0.069 0.144 0.176 0.118 0.153 0.119 0.083 0.056 0.035 10 G 0.161 0.087 0.097 0.129 0.105 0.096 0.141 0.072 0.060 0.035 0.015 11 E 0.144 0.143 0.085 0.209 0.146 0.087 0.090 0.047 0.027 0.014 0.009 12 L 0.068 0.055 0.039 0.077 0.086 0.106 0.198 0.138 0.108 0.080 0.044 13 N 0.246 0.293 0.118 0.149 0.082 0.045 0.034 0.015 0.009 0.006 0.003 14 D 0.242 0.332 0.091 0.149 0.079 0.043 0.034 0.016 0.008 0.004 0.002 15 G 0.548 0.110 0.029 0.076 0.060 0.044 0.048 0.034 0.024 0.018 0.009 16 D 0.285 0.229 0.073 0.161 0.085 0.060 0.052 0.028 0.015 0.008 0.003 17 R 0.040 0.085 0.094 0.239 0.196 0.156 0.097 0.047 0.026 0.013 0.006 18 V 0.012 0.007 0.016 0.017 0.029 0.065 0.155 0.179 0.204 0.176 0.140 19 A 0.028 0.090 0.117 0.308 0.209 0.108 0.079 0.034 0.016 0.007 0.004 20 I 0.003 0.002 0.009 0.007 0.014 0.022 0.077 0.118 0.208 0.241 0.299 21 E 0.058 0.099 0.133 0.274 0.215 0.090 0.067 0.032 0.017 0.010 0.005 22 K 0.127 0.201 0.144 0.167 0.105 0.089 0.087 0.038 0.023 0.014 0.006 23 D 0.195 0.318 0.075 0.172 0.104 0.055 0.041 0.021 0.010 0.006 0.004 24 G 0.592 0.115 0.028 0.070 0.051 0.041 0.047 0.028 0.015 0.009 0.005 25 N 0.312 0.198 0.108 0.169 0.088 0.049 0.037 0.021 0.011 0.006 0.002 26 A 0.017 0.051 0.052 0.159 0.161 0.181 0.184 0.088 0.061 0.032 0.013 27 I 0.002 0.002 0.005 0.006 0.012 0.039 0.097 0.121 0.240 0.281 0.194 28 I 0.009 0.045 0.124 0.235 0.208 0.186 0.113 0.043 0.023 0.010 0.005 29 F 0.003 0.004 0.033 0.022 0.035 0.043 0.112 0.167 0.191 0.199 0.190 30 L 0.002 0.002 0.007 0.017 0.035 0.075 0.187 0.178 0.214 0.169 0.113 31 E 0.097 0.122 0.194 0.177 0.119 0.087 0.108 0.042 0.030 0.017 0.006 32 K 0.040 0.136 0.206 0.268 0.156 0.096 0.058 0.023 0.010 0.005 0.003 33 D 0.299 0.171 0.071 0.123 0.088 0.071 0.085 0.046 0.023 0.015 0.006 34 E 0.439 0.170 0.067 0.124 0.070 0.046 0.045 0.024 0.010 0.005 0.002 35 E 0.176 0.182 0.189 0.227 0.113 0.051 0.031 0.017 0.007 0.004 0.002 36 Y 0.013 0.019 0.020 0.023 0.034 0.124 0.219 0.138 0.168 0.163 0.078 37 S 0.098 0.350 0.142 0.217 0.106 0.042 0.024 0.012 0.006 0.003 0.002 38 G 0.469 0.135 0.064 0.075 0.056 0.050 0.066 0.041 0.023 0.015 0.008 39 N 0.422 0.194 0.058 0.156 0.072 0.036 0.027 0.015 0.010 0.006 0.003 40 G 0.185 0.118 0.037 0.111 0.089 0.102 0.137 0.094 0.067 0.042 0.017 41 K 0.029 0.058 0.056 0.156 0.162 0.179 0.141 0.090 0.064 0.043 0.024 42 L 0.009 0.020 0.031 0.048 0.065 0.121 0.204 0.172 0.151 0.114 0.065 43 L 0.003 0.007 0.019 0.048 0.066 0.089 0.157 0.179 0.179 0.155 0.098 44 Y 0.003 0.004 0.013 0.018 0.027 0.057 0.164 0.159 0.231 0.215 0.108 45 Q 0.018 0.048 0.127 0.266 0.197 0.111 0.098 0.053 0.041 0.026 0.016 46 V 0.005 0.005 0.015 0.017 0.029 0.057 0.131 0.154 0.209 0.235 0.143 47 I 0.010 0.028 0.031 0.096 0.110 0.133 0.200 0.147 0.120 0.088 0.037 48 Y 0.006 0.006 0.018 0.023 0.035 0.080 0.176 0.167 0.197 0.188 0.103 49 D 0.050 0.055 0.151 0.174 0.147 0.140 0.128 0.065 0.045 0.030 0.016 50 D 0.014 0.031 0.048 0.072 0.088 0.122 0.236 0.152 0.116 0.082 0.039 51 L 0.005 0.007 0.011 0.021 0.032 0.055 0.129 0.141 0.224 0.218 0.158 52 A 0.087 0.082 0.116 0.179 0.149 0.129 0.127 0.058 0.039 0.023 0.010 53 K 0.051 0.096 0.219 0.247 0.152 0.104 0.077 0.029 0.015 0.008 0.004 54 Y 0.010 0.010 0.020 0.032 0.052 0.088 0.182 0.171 0.166 0.156 0.113 55 M 0.016 0.015 0.020 0.034 0.051 0.088 0.167 0.158 0.181 0.167 0.102 56 S 0.033 0.173 0.233 0.221 0.133 0.081 0.065 0.028 0.018 0.011 0.005 57 L 0.025 0.016 0.037 0.063 0.107 0.148 0.231 0.147 0.107 0.073 0.047 58 D 0.490 0.197 0.111 0.106 0.042 0.022 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 59 T 0.082 0.100 0.093 0.235 0.172 0.109 0.117 0.050 0.024 0.012 0.007 60 L 0.009 0.007 0.014 0.015 0.026 0.044 0.109 0.127 0.199 0.236 0.215 61 K 0.027 0.143 0.227 0.299 0.164 0.068 0.038 0.016 0.010 0.006 0.002 62 K 0.006 0.015 0.083 0.076 0.101 0.178 0.211 0.128 0.095 0.078 0.031 63 D 0.017 0.038 0.083 0.142 0.133 0.175 0.156 0.103 0.071 0.059 0.024 64 V 0.003 0.005 0.012 0.018 0.028 0.094 0.237 0.198 0.203 0.153 0.048 65 L 0.008 0.013 0.044 0.064 0.070 0.065 0.126 0.150 0.170 0.171 0.118 66 I 0.004 0.003 0.012 0.013 0.022 0.052 0.138 0.143 0.232 0.236 0.145 67 Q 0.043 0.109 0.160 0.248 0.182 0.109 0.079 0.032 0.022 0.011 0.006 68 Y 0.006 0.008 0.013 0.019 0.038 0.057 0.169 0.221 0.171 0.150 0.147 69 P 0.151 0.292 0.080 0.172 0.109 0.065 0.053 0.030 0.022 0.016 0.010 70 D 0.554 0.196 0.041 0.088 0.044 0.026 0.028 0.012 0.007 0.003 0.002 71 K 0.571 0.158 0.043 0.102 0.054 0.029 0.019 0.010 0.006 0.004 0.002 72 H 0.097 0.105 0.039 0.109 0.104 0.137 0.166 0.101 0.074 0.048 0.021 73 T 0.057 0.162 0.073 0.202 0.152 0.129 0.101 0.059 0.035 0.020 0.010 74 L 0.007 0.006 0.013 0.020 0.034 0.074 0.147 0.161 0.206 0.181 0.151 75 T 0.095 0.121 0.163 0.263 0.149 0.079 0.058 0.033 0.020 0.012 0.006 76 Y 0.009 0.010 0.022 0.050 0.068 0.096 0.177 0.173 0.174 0.127 0.094 77 L 0.010 0.010 0.016 0.030 0.043 0.045 0.094 0.143 0.191 0.199 0.219 78 K 0.030 0.051 0.070 0.129 0.147 0.136 0.169 0.104 0.081 0.055 0.029 79 A 0.103 0.111 0.142 0.212 0.157 0.095 0.080 0.048 0.027 0.015 0.009 80 G 0.163 0.107 0.047 0.096 0.083 0.088 0.147 0.103 0.078 0.056 0.033 81 T 0.210 0.188 0.052 0.124 0.089 0.072 0.091 0.061 0.054 0.036 0.024 82 K 0.492 0.205 0.060 0.106 0.058 0.029 0.023 0.012 0.008 0.004 0.003