# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.170 0.229 0.031 0.011 0.464 0.009 0.015 0.017 0.013 0.017 0.024 2 K 0.263 0.137 0.061 0.020 0.333 0.022 0.036 0.017 0.014 0.031 0.067 3 I 0.178 0.253 0.119 0.012 0.363 0.008 0.006 0.005 0.005 0.007 0.043 4 P 0.207 0.239 0.040 0.014 0.368 0.027 0.034 0.016 0.013 0.013 0.029 5 K 0.206 0.136 0.021 0.001 0.566 0.004 0.009 0.006 0.005 0.008 0.039 6 I 0.163 0.134 0.004 0.001 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 7 Y 0.332 0.112 0.032 0.002 0.451 0.003 0.004 0.004 0.002 0.002 0.057 8 V 0.282 0.092 0.054 0.035 0.250 0.078 0.024 0.020 0.015 0.023 0.127 9 E 0.037 0.150 0.079 0.224 0.068 0.202 0.091 0.034 0.036 0.056 0.023 10 G 0.032 0.044 0.080 0.300 0.034 0.049 0.018 0.024 0.038 0.296 0.085 11 E 0.128 0.212 0.086 0.019 0.276 0.016 0.028 0.047 0.041 0.088 0.059 12 L 0.210 0.221 0.068 0.026 0.254 0.023 0.025 0.038 0.030 0.040 0.065 13 N 0.041 0.065 0.120 0.393 0.057 0.130 0.040 0.050 0.042 0.037 0.024 14 D 0.009 0.108 0.109 0.191 0.025 0.100 0.356 0.062 0.022 0.014 0.005 15 G 0.028 0.008 0.016 0.048 0.009 0.022 0.011 0.012 0.013 0.655 0.178 16 D 0.058 0.493 0.060 0.017 0.274 0.020 0.017 0.011 0.009 0.023 0.018 17 R 0.418 0.037 0.004 0.001 0.484 0.005 0.004 0.005 0.004 0.012 0.027 18 V 0.224 0.108 0.006 0.001 0.639 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.011 19 A 0.213 0.104 0.029 0.001 0.602 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.045 20 I 0.241 0.181 0.025 0.002 0.480 0.003 0.003 0.005 0.003 0.005 0.053 21 E 0.327 0.108 0.072 0.025 0.257 0.027 0.026 0.026 0.018 0.028 0.085 22 K 0.062 0.061 0.072 0.171 0.067 0.202 0.083 0.117 0.066 0.068 0.032 23 D 0.011 0.133 0.114 0.375 0.024 0.107 0.139 0.034 0.024 0.027 0.010 24 G 0.029 0.016 0.028 0.176 0.013 0.056 0.020 0.014 0.023 0.462 0.164 25 N 0.046 0.407 0.095 0.054 0.132 0.076 0.070 0.016 0.016 0.057 0.032 26 A 0.332 0.046 0.002 0.001 0.570 0.003 0.003 0.002 0.002 0.011 0.027 27 I 0.176 0.063 0.001 0.001 0.757 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 28 I 0.166 0.055 0.012 0.001 0.744 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 29 F 0.428 0.069 0.008 0.001 0.379 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.107 30 L 0.137 0.269 0.047 0.018 0.368 0.027 0.025 0.010 0.010 0.022 0.068 31 E 0.123 0.236 0.257 0.038 0.204 0.016 0.016 0.012 0.012 0.028 0.057 32 K 0.078 0.219 0.095 0.051 0.149 0.057 0.093 0.081 0.067 0.071 0.038 33 D 0.083 0.093 0.062 0.056 0.124 0.049 0.035 0.107 0.193 0.147 0.053 34 E 0.033 0.049 0.018 0.012 0.067 0.016 0.027 0.247 0.424 0.088 0.019 35 E 0.077 0.072 0.035 0.014 0.136 0.019 0.085 0.227 0.128 0.171 0.035 36 Y 0.237 0.108 0.047 0.023 0.246 0.020 0.023 0.068 0.031 0.117 0.080 37 S 0.065 0.105 0.101 0.143 0.074 0.112 0.083 0.132 0.052 0.086 0.048 38 G 0.014 0.030 0.085 0.525 0.018 0.094 0.027 0.089 0.044 0.057 0.017 39 N 0.009 0.132 0.156 0.204 0.023 0.070 0.179 0.118 0.056 0.044 0.010 40 G 0.029 0.016 0.030 0.029 0.013 0.014 0.010 0.025 0.029 0.620 0.185 41 K 0.063 0.457 0.024 0.003 0.383 0.005 0.010 0.018 0.010 0.011 0.016 42 L 0.364 0.080 0.009 0.003 0.435 0.006 0.010 0.023 0.010 0.021 0.038 43 L 0.267 0.117 0.017 0.010 0.479 0.013 0.011 0.030 0.014 0.011 0.032 44 Y 0.184 0.125 0.046 0.020 0.457 0.024 0.017 0.058 0.017 0.013 0.040 45 Q 0.236 0.103 0.016 0.004 0.461 0.005 0.010 0.067 0.020 0.018 0.062 46 V 0.184 0.144 0.012 0.002 0.524 0.003 0.013 0.066 0.012 0.006 0.033 47 I 0.237 0.167 0.029 0.004 0.328 0.004 0.019 0.116 0.018 0.017 0.059 48 Y 0.154 0.093 0.023 0.018 0.185 0.013 0.029 0.302 0.081 0.048 0.057 49 D 0.021 0.037 0.026 0.026 0.038 0.035 0.078 0.573 0.120 0.035 0.011 50 D 0.037 0.062 0.017 0.005 0.045 0.005 0.026 0.616 0.104 0.069 0.013 51 L 0.005 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.624 0.322 0.026 0.004 52 A 0.003 0.004 0.003 0.003 0.003 0.005 0.007 0.804 0.159 0.006 0.002 53 K 0.004 0.007 0.003 0.002 0.008 0.005 0.044 0.783 0.107 0.034 0.002 54 Y 0.041 0.015 0.006 0.002 0.037 0.003 0.045 0.708 0.064 0.068 0.010 55 M 0.050 0.134 0.023 0.008 0.124 0.013 0.054 0.467 0.072 0.033 0.021 56 S 0.142 0.125 0.046 0.009 0.149 0.009 0.028 0.310 0.073 0.056 0.053 57 L 0.045 0.088 0.022 0.009 0.096 0.016 0.027 0.416 0.195 0.065 0.020 58 D 0.026 0.054 0.028 0.015 0.043 0.033 0.075 0.453 0.190 0.063 0.019 59 T 0.050 0.043 0.015 0.007 0.074 0.008 0.053 0.414 0.154 0.151 0.031 60 L 0.091 0.168 0.037 0.010 0.175 0.013 0.035 0.284 0.085 0.070 0.032 61 K 0.202 0.098 0.032 0.016 0.229 0.019 0.028 0.209 0.076 0.036 0.055 62 K 0.070 0.067 0.032 0.032 0.102 0.056 0.110 0.340 0.123 0.044 0.023 63 D 0.161 0.039 0.016 0.020 0.163 0.034 0.124 0.188 0.062 0.144 0.050 64 V 0.224 0.128 0.005 0.003 0.577 0.003 0.006 0.023 0.009 0.009 0.014 65 L 0.273 0.082 0.013 0.004 0.523 0.008 0.018 0.026 0.008 0.008 0.036 66 I 0.257 0.093 0.013 0.001 0.586 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.036 67 Q 0.264 0.102 0.029 0.026 0.240 0.042 0.063 0.045 0.025 0.074 0.089 68 Y 0.057 0.255 0.407 0.038 0.159 0.010 0.007 0.009 0.007 0.009 0.043 69 P 0.041 0.151 0.060 0.085 0.060 0.096 0.166 0.147 0.107 0.064 0.022 70 D 0.038 0.072 0.127 0.122 0.049 0.069 0.088 0.074 0.092 0.212 0.058 71 K 0.132 0.100 0.036 0.023 0.163 0.023 0.035 0.080 0.137 0.204 0.067 72 H 0.125 0.220 0.061 0.029 0.248 0.049 0.054 0.059 0.039 0.070 0.046 73 T 0.207 0.131 0.022 0.008 0.520 0.009 0.010 0.025 0.014 0.021 0.034 74 L 0.381 0.066 0.006 0.003 0.489 0.004 0.004 0.014 0.007 0.007 0.018 75 T 0.167 0.179 0.048 0.006 0.474 0.014 0.025 0.031 0.008 0.007 0.041 76 Y 0.252 0.120 0.018 0.002 0.487 0.002 0.004 0.018 0.006 0.013 0.076 77 L 0.199 0.218 0.040 0.014 0.295 0.015 0.033 0.075 0.033 0.030 0.049 78 K 0.106 0.157 0.204 0.037 0.195 0.039 0.045 0.085 0.038 0.024 0.067 79 A 0.047 0.380 0.093 0.049 0.094 0.046 0.087 0.078 0.050 0.054 0.023 80 G 0.030 0.048 0.086 0.207 0.032 0.051 0.026 0.032 0.043 0.324 0.120 81 T 0.067 0.308 0.186 0.046 0.144 0.018 0.023 0.063 0.052 0.056 0.036 82 K 0.088 0.160 0.062 0.022 0.141 0.031 0.050 0.176 0.133 0.084 0.051