# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.1977 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.141 0.249 0.043 0.006 0.485 0.007 0.007 0.011 0.008 0.016 0.025 2 D 0.269 0.098 0.028 0.005 0.459 0.006 0.008 0.015 0.008 0.029 0.074 3 A 0.104 0.313 0.121 0.039 0.198 0.034 0.030 0.030 0.020 0.062 0.049 4 D 0.053 0.437 0.251 0.018 0.165 0.006 0.008 0.021 0.012 0.016 0.013 5 S 0.014 0.042 0.014 0.004 0.025 0.005 0.015 0.410 0.436 0.024 0.010 6 E 0.010 0.020 0.008 0.003 0.017 0.009 0.042 0.611 0.217 0.056 0.008 7 Q 0.051 0.048 0.011 0.002 0.060 0.005 0.022 0.524 0.129 0.122 0.026 8 R 0.055 0.064 0.011 0.003 0.080 0.006 0.012 0.622 0.091 0.035 0.020 9 K 0.046 0.034 0.007 0.003 0.060 0.010 0.022 0.675 0.101 0.031 0.012 10 S 0.063 0.031 0.004 0.002 0.057 0.004 0.015 0.682 0.066 0.054 0.021 11 L 0.072 0.069 0.011 0.003 0.103 0.009 0.033 0.572 0.067 0.039 0.022 12 H 0.082 0.059 0.011 0.005 0.106 0.010 0.022 0.547 0.053 0.055 0.050 13 L 0.092 0.025 0.004 0.002 0.068 0.005 0.037 0.536 0.178 0.013 0.042 14 A 0.029 0.019 0.007 0.006 0.037 0.035 0.085 0.651 0.094 0.020 0.016 15 A 0.113 0.075 0.006 0.001 0.149 0.004 0.013 0.556 0.042 0.028 0.013 16 V 0.108 0.065 0.004 0.001 0.200 0.004 0.020 0.530 0.036 0.019 0.012 17 F 0.120 0.057 0.006 0.003 0.177 0.008 0.021 0.513 0.038 0.032 0.026 18 T 0.092 0.039 0.010 0.012 0.100 0.016 0.031 0.513 0.083 0.061 0.045 19 C 0.026 0.033 0.020 0.020 0.044 0.022 0.045 0.638 0.097 0.041 0.014 20 N 0.047 0.032 0.015 0.005 0.064 0.005 0.020 0.628 0.101 0.066 0.018 21 F 0.017 0.021 0.003 0.001 0.020 0.002 0.008 0.737 0.146 0.036 0.009 22 T 0.004 0.008 0.001 0.001 0.006 0.002 0.007 0.918 0.043 0.006 0.003 23 N 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.917 0.065 0.003 0.001 24 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.010 0.005 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.009 0.004 0.001 26 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.014 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 28 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.009 0.002 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.013 0.002 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.020 0.004 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.890 0.105 0.002 0.001 34 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.765 0.224 0.001 0.001 35 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.301 0.589 0.079 0.025 0.001 36 Y 0.002 0.838 0.112 0.002 0.014 0.003 0.010 0.008 0.003 0.007 0.002 37 N 0.024 0.005 0.004 0.012 0.007 0.004 0.002 0.006 0.008 0.467 0.461 38 L 0.016 0.544 0.255 0.017 0.091 0.009 0.012 0.025 0.010 0.014 0.007 39 P 0.132 0.248 0.080 0.018 0.266 0.011 0.039 0.072 0.049 0.049 0.037 40 F 0.068 0.145 0.048 0.010 0.112 0.014 0.032 0.227 0.276 0.039 0.029 41 D 0.025 0.064 0.025 0.011 0.058 0.033 0.061 0.482 0.169 0.048 0.025 42 V 0.042 0.061 0.013 0.002 0.061 0.003 0.020 0.552 0.124 0.097 0.026 43 M 0.044 0.049 0.007 0.002 0.064 0.006 0.026 0.578 0.114 0.085 0.025 44 L 0.024 0.060 0.020 0.007 0.051 0.008 0.010 0.689 0.110 0.014 0.009 45 P 0.004 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.892 0.080 0.005 0.001 46 L 0.005 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.902 0.044 0.029 0.002 47 I 0.005 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.889 0.054 0.024 0.003 48 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.055 0.003 0.001 49 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.915 0.063 0.009 0.001 50 T 0.002 0.017 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.906 0.023 0.043 0.001 51 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.878 0.104 0.008 0.003 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.908 0.080 0.001 0.001 53 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.866 0.055 0.048 0.001 54 V 0.009 0.018 0.003 0.001 0.010 0.001 0.009 0.618 0.298 0.029 0.005 55 H 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.007 0.077 0.627 0.261 0.013 0.003 56 E 0.031 0.018 0.009 0.002 0.036 0.003 0.117 0.546 0.123 0.108 0.008 57 L 0.037 0.240 0.125 0.014 0.107 0.018 0.078 0.126 0.050 0.169 0.036 58 E 0.067 0.323 0.280 0.023 0.157 0.009 0.010 0.046 0.017 0.035 0.032 59 P 0.066 0.071 0.025 0.006 0.089 0.008 0.026 0.398 0.229 0.054 0.028 60 K 0.028 0.055 0.022 0.010 0.056 0.021 0.075 0.428 0.231 0.059 0.015 61 T 0.080 0.054 0.025 0.011 0.108 0.019 0.046 0.281 0.183 0.141 0.052 62 A 0.089 0.156 0.029 0.005 0.183 0.009 0.030 0.304 0.077 0.084 0.034 63 Q 0.142 0.077 0.028 0.017 0.192 0.019 0.062 0.150 0.054 0.164 0.095 64 T 0.144 0.164 0.091 0.054 0.174 0.029 0.027 0.092 0.041 0.107 0.078 65 G 0.015 0.132 0.173 0.186 0.040 0.094 0.077 0.172 0.063 0.036 0.013 66 P 0.167 0.094 0.053 0.012 0.216 0.007 0.026 0.143 0.148 0.102 0.032 67 A 0.104 0.082 0.008 0.001 0.160 0.004 0.027 0.271 0.258 0.061 0.024 68 I 0.072 0.054 0.018 0.023 0.122 0.062 0.199 0.214 0.103 0.082 0.051 69 R 0.153 0.102 0.058 0.029 0.197 0.026 0.048 0.172 0.056 0.102 0.056 70 Y 0.030 0.068 0.075 0.064 0.062 0.050 0.059 0.223 0.082 0.244 0.042 71 D 0.125 0.168 0.117 0.012 0.280 0.004 0.006 0.138 0.071 0.050 0.030 72 E 0.004 0.007 0.002 0.001 0.006 0.002 0.007 0.694 0.268 0.006 0.004 73 N 0.009 0.012 0.005 0.002 0.011 0.004 0.017 0.838 0.078 0.020 0.004 74 V 0.026 0.040 0.002 0.001 0.025 0.001 0.003 0.803 0.040 0.055 0.006 75 I 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.940 0.018 0.023 0.003 76 G 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.009 0.908 0.067 0.002 0.001 77 N 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.911 0.054 0.019 0.001 78 H 0.005 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.871 0.066 0.038 0.003 79 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.749 0.216 0.009 0.002 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.766 0.196 0.006 0.001 81 M 0.004 0.007 0.004 0.001 0.006 0.001 0.083 0.677 0.160 0.055 0.002 82 L 0.026 0.075 0.030 0.004 0.046 0.008 0.047 0.456 0.176 0.112 0.021 83 A 0.030 0.055 0.029 0.012 0.040 0.018 0.093 0.476 0.123 0.099 0.024 84 D 0.039 0.073 0.050 0.017 0.059 0.015 0.052 0.232 0.086 0.343 0.033 85 D 0.050 0.253 0.117 0.009 0.161 0.005 0.009 0.245 0.085 0.047 0.019 86 P 0.004 0.014 0.006 0.001 0.008 0.003 0.011 0.736 0.201 0.011 0.004 87 A 0.006 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.010 0.803 0.110 0.050 0.005 88 M 0.004 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.887 0.076 0.014 0.003 89 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.946 0.042 0.003 0.001 90 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.022 0.008 0.001 91 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.934 0.046 0.008 0.001 92 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.912 0.073 0.005 0.001 93 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.910 0.068 0.009 0.001 94 L 0.006 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.026 0.839 0.079 0.028 0.002 95 L 0.024 0.033 0.010 0.003 0.029 0.006 0.034 0.658 0.124 0.064 0.015 96 S 0.031 0.042 0.016 0.008 0.040 0.009 0.032 0.628 0.115 0.059 0.019 97 R 0.015 0.044 0.025 0.010 0.029 0.014 0.050 0.585 0.150 0.066 0.012 98 S 0.062 0.088 0.024 0.004 0.103 0.005 0.028 0.395 0.111 0.147 0.033 99 I 0.088 0.058 0.011 0.003 0.106 0.006 0.027 0.414 0.190 0.063 0.032 100 H 0.043 0.055 0.020 0.013 0.075 0.027 0.098 0.450 0.145 0.052 0.021 101 E 0.104 0.077 0.032 0.009 0.136 0.012 0.053 0.324 0.106 0.117 0.031 102 R 0.075 0.137 0.064 0.015 0.149 0.020 0.057 0.231 0.114 0.098 0.040 103 Q 0.113 0.131 0.063 0.020 0.169 0.022 0.045 0.174 0.094 0.111 0.057