# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6639 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.008 0.004 0.001 0.168 0.143 0.137 0.089 0.001 0.001 0.040 0.409 2 D 0.013 0.008 0.001 0.145 0.099 0.129 0.153 0.002 0.001 0.050 0.401 3 A 0.024 0.034 0.001 0.059 0.053 0.050 0.113 0.004 0.001 0.053 0.608 4 D 0.350 0.189 0.001 0.022 0.017 0.019 0.043 0.014 0.001 0.055 0.288 5 S 0.263 0.288 0.001 0.010 0.007 0.008 0.028 0.006 0.001 0.049 0.340 6 E 0.034 0.089 0.001 0.008 0.006 0.009 0.073 0.004 0.001 0.201 0.574 7 Q 0.025 0.457 0.007 0.007 0.007 0.010 0.066 0.005 0.002 0.143 0.271 8 R 0.041 0.607 0.005 0.005 0.012 0.009 0.030 0.007 0.002 0.103 0.179 9 K 0.014 0.835 0.003 0.004 0.009 0.007 0.012 0.003 0.001 0.045 0.068 10 S 0.003 0.926 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.020 0.032 11 L 0.003 0.928 0.003 0.002 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.035 0.017 12 H 0.004 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.007 13 L 0.004 0.948 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.010 14 A 0.011 0.494 0.009 0.009 0.008 0.011 0.014 0.004 0.004 0.399 0.037 15 A 0.010 0.556 0.027 0.020 0.008 0.011 0.019 0.003 0.009 0.290 0.047 16 V 0.019 0.544 0.051 0.034 0.016 0.014 0.023 0.008 0.021 0.157 0.113 17 F 0.045 0.526 0.025 0.024 0.014 0.018 0.021 0.015 0.019 0.134 0.160 18 T 0.049 0.274 0.011 0.021 0.009 0.010 0.047 0.012 0.010 0.274 0.284 19 C 0.023 0.290 0.014 0.020 0.007 0.006 0.073 0.007 0.009 0.312 0.239 20 N 0.025 0.680 0.008 0.008 0.003 0.003 0.027 0.006 0.005 0.110 0.126 21 F 0.007 0.921 0.003 0.002 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.015 0.040 22 T 0.003 0.942 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.019 0.023 23 N 0.004 0.922 0.003 0.002 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.039 0.016 24 H 0.005 0.939 0.005 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.024 0.012 25 M 0.004 0.960 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.012 26 Y 0.009 0.946 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.016 0.015 27 A 0.007 0.942 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.019 0.019 28 L 0.006 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 29 A 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 30 A 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 31 E 0.003 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 32 L 0.023 0.736 0.048 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.014 0.129 0.034 33 L 0.205 0.109 0.297 0.004 0.002 0.004 0.019 0.024 0.139 0.130 0.066 34 K 0.665 0.030 0.015 0.002 0.001 0.002 0.026 0.011 0.015 0.016 0.216 35 K 0.072 0.003 0.002 0.007 0.002 0.002 0.040 0.005 0.002 0.019 0.846 36 Y 0.007 0.002 0.001 0.021 0.003 0.004 0.185 0.001 0.001 0.014 0.761 37 N 0.010 0.004 0.001 0.022 0.003 0.006 0.183 0.002 0.001 0.015 0.754 38 L 0.031 0.018 0.002 0.016 0.005 0.003 0.193 0.006 0.001 0.015 0.710 39 P 0.299 0.123 0.003 0.031 0.005 0.008 0.071 0.029 0.002 0.030 0.400 40 F 0.387 0.139 0.002 0.033 0.004 0.005 0.027 0.011 0.001 0.018 0.374 41 D 0.055 0.055 0.002 0.086 0.008 0.013 0.108 0.007 0.001 0.083 0.582 42 V 0.022 0.149 0.004 0.044 0.006 0.014 0.227 0.006 0.001 0.057 0.470 43 M 0.036 0.721 0.003 0.010 0.006 0.004 0.020 0.012 0.001 0.018 0.170 44 L 0.182 0.605 0.003 0.007 0.008 0.006 0.013 0.028 0.002 0.039 0.107 45 P 0.035 0.722 0.002 0.005 0.003 0.003 0.017 0.004 0.001 0.040 0.168 46 L 0.041 0.061 0.003 0.011 0.003 0.004 0.031 0.014 0.003 0.699 0.128 47 I 0.027 0.739 0.013 0.011 0.003 0.002 0.035 0.006 0.007 0.063 0.094 48 D 0.033 0.838 0.003 0.005 0.002 0.001 0.007 0.005 0.002 0.020 0.085 49 E 0.033 0.696 0.021 0.004 0.005 0.004 0.018 0.022 0.009 0.061 0.126 50 T 0.045 0.908 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.007 0.022 51 A 0.255 0.582 0.007 0.002 0.001 0.001 0.015 0.016 0.005 0.047 0.068 52 R 0.038 0.500 0.023 0.009 0.003 0.003 0.060 0.008 0.011 0.076 0.268 53 K 0.158 0.316 0.021 0.007 0.004 0.008 0.056 0.022 0.011 0.110 0.288 54 V 0.331 0.063 0.031 0.010 0.012 0.010 0.041 0.042 0.012 0.096 0.352 55 H 0.142 0.013 0.003 0.017 0.007 0.010 0.080 0.006 0.003 0.044 0.676 56 E 0.013 0.006 0.001 0.024 0.005 0.009 0.088 0.002 0.001 0.019 0.832 57 L 0.005 0.003 0.001 0.016 0.007 0.005 0.169 0.002 0.001 0.065 0.726 58 E 0.108 0.071 0.004 0.024 0.009 0.011 0.143 0.013 0.003 0.173 0.441 59 P 0.232 0.081 0.002 0.034 0.009 0.007 0.075 0.007 0.001 0.065 0.487 60 K 0.055 0.012 0.002 0.056 0.010 0.020 0.080 0.005 0.001 0.276 0.484 61 T 0.066 0.023 0.006 0.082 0.019 0.043 0.144 0.005 0.002 0.153 0.458 62 A 0.051 0.011 0.003 0.116 0.033 0.046 0.126 0.004 0.001 0.086 0.523 63 Q 0.028 0.009 0.003 0.141 0.074 0.086 0.129 0.004 0.001 0.042 0.484 64 T 0.015 0.015 0.001 0.043 0.042 0.070 0.126 0.003 0.001 0.020 0.664 65 G 0.045 0.037 0.002 0.057 0.080 0.062 0.129 0.004 0.001 0.053 0.528 66 P 0.060 0.039 0.003 0.077 0.050 0.069 0.179 0.005 0.001 0.102 0.415 67 A 0.056 0.030 0.005 0.061 0.052 0.071 0.093 0.008 0.001 0.075 0.547 68 I 0.084 0.034 0.003 0.074 0.073 0.066 0.076 0.007 0.001 0.052 0.531 69 R 0.044 0.047 0.003 0.073 0.036 0.067 0.102 0.004 0.001 0.067 0.557 70 Y 0.010 0.105 0.002 0.031 0.022 0.019 0.092 0.003 0.001 0.041 0.673 71 D 0.044 0.703 0.002 0.011 0.011 0.016 0.026 0.010 0.001 0.040 0.136 72 E 0.018 0.804 0.001 0.006 0.007 0.005 0.015 0.002 0.001 0.028 0.116 73 N 0.008 0.452 0.002 0.023 0.014 0.022 0.026 0.003 0.001 0.331 0.118 74 V 0.009 0.745 0.011 0.009 0.008 0.012 0.015 0.004 0.004 0.127 0.057 75 I 0.013 0.948 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.008 0.016 76 G 0.032 0.890 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.005 0.002 0.027 0.032 77 N 0.007 0.875 0.003 0.002 0.003 0.003 0.009 0.002 0.002 0.040 0.055 78 H 0.020 0.869 0.012 0.002 0.002 0.002 0.011 0.005 0.005 0.035 0.036 79 L 0.115 0.698 0.030 0.002 0.003 0.003 0.016 0.012 0.016 0.041 0.065 80 R 0.258 0.260 0.041 0.004 0.005 0.008 0.042 0.029 0.024 0.071 0.257 81 M 0.344 0.073 0.011 0.004 0.005 0.007 0.035 0.025 0.008 0.047 0.440 82 L 0.336 0.011 0.003 0.012 0.004 0.005 0.058 0.010 0.005 0.051 0.506 83 A 0.007 0.006 0.001 0.007 0.002 0.002 0.123 0.001 0.001 0.009 0.841 84 D 0.013 0.113 0.001 0.002 0.001 0.001 0.086 0.006 0.001 0.007 0.769 85 D 0.355 0.514 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.019 0.001 0.018 0.077 86 P 0.079 0.787 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.022 0.095 87 A 0.010 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.041 88 M 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.013 89 Q 0.008 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.038 0.014 90 R 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.009 91 L 0.002 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 92 Y 0.023 0.397 0.005 0.002 0.001 0.002 0.006 0.008 0.008 0.508 0.040 93 E 0.015 0.784 0.007 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.005 0.140 0.037 94 L 0.027 0.163 0.005 0.006 0.003 0.002 0.017 0.005 0.005 0.660 0.108 95 L 0.034 0.579 0.025 0.007 0.002 0.002 0.025 0.007 0.017 0.205 0.097 96 S 0.109 0.574 0.009 0.005 0.002 0.004 0.030 0.007 0.008 0.064 0.188 97 R 0.076 0.435 0.020 0.008 0.006 0.008 0.056 0.009 0.008 0.092 0.284 98 S 0.152 0.177 0.018 0.013 0.007 0.015 0.116 0.013 0.009 0.140 0.339 99 I 0.216 0.031 0.016 0.015 0.010 0.016 0.098 0.009 0.007 0.125 0.457 100 H 0.104 0.008 0.006 0.020 0.010 0.012 0.114 0.004 0.003 0.036 0.683 101 E 0.024 0.003 0.001 0.012 0.007 0.013 0.073 0.002 0.001 0.015 0.849 102 R 0.025 0.003 0.001 0.014 0.012 0.015 0.111 0.002 0.001 0.023 0.796 103 Q 0.036 0.005 0.001 0.024 0.016 0.024 0.141 0.002 0.001 0.030 0.720