# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6639 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.007 0.004 0.082 0.108 0.096 0.099 0.024 0.580 2 D 0.024 0.017 0.124 0.098 0.133 0.136 0.134 0.334 3 A 0.041 0.053 0.051 0.027 0.033 0.115 0.074 0.606 4 D 0.185 0.513 0.009 0.009 0.010 0.034 0.091 0.149 5 S 0.124 0.653 0.003 0.003 0.004 0.024 0.051 0.139 6 E 0.019 0.406 0.009 0.006 0.009 0.048 0.286 0.217 7 Q 0.014 0.693 0.008 0.008 0.008 0.027 0.159 0.083 8 R 0.070 0.687 0.005 0.008 0.005 0.010 0.175 0.039 9 K 0.017 0.852 0.002 0.006 0.005 0.010 0.031 0.076 10 S 0.013 0.843 0.006 0.003 0.010 0.011 0.063 0.052 11 L 0.006 0.888 0.006 0.009 0.010 0.007 0.050 0.025 12 H 0.019 0.869 0.007 0.007 0.012 0.005 0.067 0.013 13 L 0.018 0.835 0.009 0.015 0.024 0.008 0.067 0.025 14 A 0.013 0.286 0.045 0.030 0.072 0.028 0.452 0.074 15 A 0.005 0.437 0.103 0.081 0.078 0.030 0.218 0.048 16 V 0.018 0.442 0.125 0.062 0.061 0.033 0.187 0.071 17 F 0.033 0.468 0.087 0.069 0.044 0.053 0.119 0.128 18 T 0.058 0.259 0.055 0.020 0.031 0.089 0.253 0.237 19 C 0.022 0.281 0.058 0.016 0.020 0.077 0.335 0.192 20 N 0.015 0.633 0.024 0.006 0.006 0.037 0.143 0.134 21 F 0.005 0.910 0.005 0.003 0.003 0.007 0.033 0.034 22 T 0.004 0.945 0.003 0.001 0.002 0.004 0.024 0.018 23 N 0.004 0.910 0.007 0.003 0.003 0.004 0.054 0.014 24 H 0.006 0.887 0.008 0.002 0.003 0.003 0.080 0.011 25 M 0.009 0.929 0.003 0.001 0.001 0.001 0.052 0.005 26 Y 0.008 0.923 0.002 0.001 0.001 0.002 0.056 0.007 27 A 0.007 0.880 0.005 0.001 0.001 0.004 0.089 0.014 28 L 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.014 29 A 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 30 A 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 31 E 0.014 0.929 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.019 32 L 0.033 0.785 0.009 0.001 0.001 0.008 0.115 0.049 33 L 0.103 0.063 0.183 0.006 0.002 0.037 0.506 0.099 34 K 0.814 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.154 35 K 0.035 0.001 0.015 0.001 0.001 0.063 0.020 0.866 36 Y 0.003 0.002 0.029 0.001 0.001 0.105 0.006 0.854 37 N 0.024 0.006 0.004 0.001 0.001 0.091 0.006 0.868 38 L 0.052 0.014 0.014 0.002 0.001 0.077 0.011 0.829 39 P 0.248 0.121 0.034 0.002 0.003 0.065 0.095 0.430 40 F 0.234 0.146 0.067 0.001 0.001 0.045 0.067 0.438 41 D 0.102 0.015 0.049 0.003 0.004 0.071 0.200 0.555 42 V 0.018 0.219 0.067 0.018 0.023 0.092 0.047 0.516 43 M 0.056 0.441 0.043 0.003 0.014 0.045 0.028 0.368 44 L 0.052 0.634 0.012 0.028 0.006 0.050 0.094 0.123 45 P 0.076 0.710 0.012 0.003 0.010 0.023 0.066 0.100 46 L 0.030 0.084 0.063 0.004 0.008 0.045 0.625 0.140 47 I 0.010 0.766 0.015 0.006 0.002 0.026 0.110 0.065 48 D 0.033 0.769 0.012 0.001 0.002 0.025 0.049 0.109 49 E 0.008 0.717 0.012 0.003 0.001 0.025 0.108 0.127 50 T 0.015 0.897 0.003 0.001 0.001 0.007 0.039 0.037 51 A 0.041 0.844 0.007 0.001 0.001 0.008 0.059 0.039 52 R 0.013 0.813 0.005 0.002 0.001 0.012 0.042 0.112 53 K 0.065 0.685 0.015 0.002 0.003 0.019 0.079 0.132 54 V 0.226 0.219 0.084 0.007 0.005 0.044 0.232 0.183 55 H 0.372 0.033 0.031 0.004 0.010 0.052 0.120 0.377 56 E 0.023 0.026 0.017 0.002 0.005 0.084 0.014 0.828 57 L 0.007 0.012 0.058 0.006 0.011 0.144 0.038 0.725 58 E 0.088 0.199 0.036 0.020 0.016 0.141 0.096 0.404 59 P 0.330 0.121 0.024 0.003 0.005 0.080 0.053 0.383 60 K 0.058 0.040 0.068 0.015 0.013 0.092 0.372 0.341 61 T 0.025 0.056 0.114 0.018 0.031 0.135 0.142 0.479 62 A 0.024 0.018 0.220 0.025 0.065 0.138 0.079 0.431 63 Q 0.021 0.046 0.106 0.096 0.090 0.145 0.059 0.438 64 T 0.034 0.057 0.048 0.049 0.115 0.136 0.042 0.518 65 G 0.055 0.098 0.085 0.085 0.184 0.103 0.081 0.309 66 P 0.066 0.047 0.067 0.078 0.088 0.121 0.132 0.401 67 A 0.036 0.056 0.076 0.087 0.108 0.107 0.114 0.416 68 I 0.097 0.074 0.042 0.031 0.075 0.095 0.042 0.543 69 R 0.029 0.072 0.029 0.029 0.042 0.134 0.083 0.583 70 Y 0.011 0.157 0.017 0.011 0.016 0.107 0.037 0.644 71 D 0.032 0.912 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.025 72 E 0.019 0.879 0.001 0.001 0.001 0.010 0.034 0.054 73 N 0.003 0.677 0.006 0.003 0.002 0.010 0.257 0.041 74 V 0.004 0.911 0.003 0.001 0.002 0.004 0.060 0.015 75 I 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 76 G 0.003 0.933 0.002 0.002 0.001 0.003 0.043 0.013 77 N 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.014 78 H 0.020 0.902 0.005 0.002 0.001 0.003 0.055 0.012 79 L 0.120 0.647 0.010 0.010 0.003 0.018 0.096 0.097 80 R 0.291 0.420 0.005 0.003 0.005 0.021 0.041 0.213 81 M 0.255 0.277 0.019 0.004 0.004 0.046 0.019 0.377 82 L 0.678 0.006 0.006 0.001 0.002 0.035 0.063 0.210 83 A 0.006 0.010 0.010 0.001 0.002 0.127 0.018 0.825 84 D 0.008 0.083 0.007 0.001 0.001 0.076 0.009 0.815 85 D 0.243 0.593 0.001 0.001 0.001 0.022 0.045 0.095 86 P 0.037 0.660 0.002 0.001 0.001 0.025 0.066 0.209 87 A 0.014 0.753 0.005 0.001 0.001 0.011 0.072 0.145 88 M 0.007 0.905 0.002 0.001 0.001 0.002 0.073 0.010 89 Q 0.002 0.948 0.002 0.001 0.001 0.002 0.034 0.011 90 R 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 91 L 0.002 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 92 Y 0.010 0.401 0.034 0.004 0.003 0.008 0.531 0.010 93 E 0.020 0.683 0.009 0.005 0.004 0.013 0.228 0.039 94 L 0.029 0.317 0.059 0.006 0.009 0.041 0.413 0.126 95 L 0.015 0.669 0.044 0.011 0.005 0.039 0.120 0.097 96 S 0.052 0.638 0.018 0.004 0.006 0.047 0.077 0.158 97 R 0.052 0.364 0.031 0.018 0.010 0.078 0.092 0.355 98 S 0.094 0.249 0.035 0.017 0.029 0.066 0.141 0.369 99 I 0.129 0.079 0.075 0.032 0.032 0.092 0.128 0.433 100 H 0.196 0.018 0.034 0.022 0.036 0.074 0.097 0.522 101 E 0.050 0.005 0.018 0.011 0.020 0.085 0.019 0.792 102 R 0.032 0.005 0.023 0.010 0.023 0.096 0.017 0.794 103 Q 0.040 0.006 0.016 0.026 0.026 0.119 0.027 0.741