# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3171 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.550 0.217 0.122 0.074 0.032 0.005 0.001 2 K 0.715 0.216 0.054 0.013 0.003 0.001 0.001 3 R 0.564 0.238 0.137 0.052 0.009 0.001 0.001 4 S 0.680 0.249 0.056 0.013 0.002 0.001 0.001 5 I 0.309 0.216 0.233 0.181 0.054 0.007 0.001 6 E 0.643 0.270 0.062 0.018 0.006 0.001 0.001 7 D 0.437 0.406 0.102 0.038 0.014 0.003 0.001 8 T 0.056 0.137 0.222 0.296 0.225 0.059 0.005 9 P 0.011 0.061 0.232 0.355 0.234 0.097 0.009 10 I 0.002 0.003 0.008 0.020 0.119 0.545 0.303 11 V 0.001 0.003 0.011 0.034 0.091 0.341 0.518 12 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.023 0.170 0.797 13 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.026 0.170 0.796 14 G 0.001 0.001 0.003 0.007 0.036 0.196 0.756 15 A 0.001 0.004 0.008 0.023 0.056 0.237 0.670 16 G 0.005 0.017 0.035 0.087 0.177 0.344 0.336 17 N 0.006 0.022 0.051 0.113 0.264 0.335 0.210 18 L 0.003 0.007 0.012 0.037 0.132 0.389 0.419 19 A 0.002 0.006 0.012 0.031 0.106 0.366 0.477 20 T 0.005 0.020 0.067 0.139 0.200 0.304 0.265 21 N 0.002 0.007 0.026 0.051 0.168 0.343 0.403 22 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.210 0.767 23 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.046 0.308 0.635 24 K 0.003 0.034 0.142 0.276 0.224 0.226 0.094 25 A 0.001 0.013 0.059 0.152 0.342 0.359 0.073 26 L 0.001 0.002 0.004 0.015 0.134 0.648 0.197 27 Y 0.004 0.029 0.097 0.325 0.332 0.192 0.021 28 R 0.088 0.338 0.283 0.189 0.073 0.027 0.002 29 K 0.052 0.189 0.321 0.303 0.107 0.026 0.001 30 G 0.077 0.206 0.194 0.229 0.202 0.086 0.006 31 F 0.014 0.038 0.104 0.231 0.400 0.197 0.017 32 R 0.050 0.195 0.299 0.259 0.119 0.065 0.013 33 I 0.011 0.014 0.026 0.066 0.188 0.447 0.248 34 V 0.014 0.035 0.061 0.116 0.203 0.350 0.221 35 Q 0.018 0.033 0.053 0.094 0.197 0.329 0.276 36 V 0.013 0.027 0.036 0.069 0.149 0.369 0.336 37 Y 0.016 0.041 0.075 0.124 0.269 0.345 0.131 38 S 0.042 0.133 0.202 0.241 0.217 0.136 0.029 39 R 0.081 0.176 0.243 0.251 0.176 0.066 0.007 40 T 0.223 0.265 0.194 0.149 0.122 0.045 0.003 41 E 0.357 0.345 0.174 0.089 0.030 0.006 0.001 42 E 0.503 0.367 0.091 0.030 0.008 0.001 0.001 43 S 0.138 0.292 0.308 0.204 0.049 0.009 0.001 44 A 0.030 0.061 0.172 0.352 0.318 0.066 0.001 45 R 0.280 0.525 0.154 0.032 0.008 0.001 0.001 46 E 0.128 0.382 0.310 0.156 0.021 0.002 0.001 47 L 0.013 0.035 0.113 0.251 0.463 0.123 0.002 48 A 0.057 0.181 0.353 0.333 0.071 0.006 0.001 49 Q 0.542 0.419 0.032 0.005 0.002 0.001 0.001 50 K 0.190 0.370 0.246 0.168 0.022 0.003 0.001 51 V 0.045 0.089 0.294 0.350 0.192 0.030 0.001 52 E 0.174 0.443 0.278 0.084 0.017 0.004 0.001 53 A 0.050 0.060 0.133 0.266 0.360 0.122 0.010 54 E 0.074 0.307 0.269 0.227 0.095 0.028 0.001 55 Y 0.017 0.056 0.100 0.185 0.301 0.309 0.032 56 T 0.025 0.100 0.211 0.300 0.252 0.103 0.010 57 T 0.087 0.265 0.288 0.212 0.118 0.027 0.002 58 D 0.043 0.156 0.257 0.277 0.192 0.066 0.009 59 L 0.011 0.038 0.094 0.217 0.368 0.255 0.017 60 A 0.139 0.384 0.284 0.137 0.046 0.010 0.001 61 E 0.101 0.370 0.309 0.175 0.040 0.006 0.001 62 V 0.006 0.018 0.045 0.144 0.425 0.336 0.026 63 N 0.010 0.052 0.174 0.459 0.229 0.074 0.003 64 P 0.225 0.540 0.166 0.048 0.016 0.004 0.001 65 Y 0.021 0.141 0.334 0.379 0.102 0.021 0.002 66 A 0.001 0.005 0.015 0.066 0.389 0.469 0.055 67 K 0.004 0.057 0.193 0.355 0.242 0.135 0.013 68 L 0.001 0.004 0.016 0.048 0.183 0.496 0.252 69 Y 0.001 0.001 0.004 0.016 0.074 0.369 0.536 70 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.218 0.756 71 V 0.001 0.002 0.005 0.013 0.056 0.236 0.688 72 S 0.001 0.005 0.013 0.043 0.113 0.366 0.459 73 L 0.002 0.010 0.025 0.076 0.221 0.446 0.218 74 K 0.015 0.063 0.125 0.195 0.293 0.254 0.055 75 D 0.062 0.180 0.228 0.227 0.188 0.101 0.013 76 S 0.164 0.298 0.255 0.171 0.081 0.028 0.003 77 A 0.050 0.115 0.197 0.265 0.249 0.109 0.014 78 F 0.019 0.040 0.068 0.141 0.342 0.341 0.049 79 A 0.048 0.213 0.321 0.259 0.120 0.037 0.002 80 E 0.088 0.329 0.314 0.202 0.057 0.010 0.001 81 L 0.002 0.009 0.031 0.095 0.349 0.463 0.050 82 L 0.003 0.018 0.052 0.179 0.380 0.343 0.025 83 Q 0.099 0.452 0.289 0.114 0.037 0.009 0.001 84 G 0.031 0.191 0.371 0.332 0.068 0.007 0.001 85 I 0.003 0.008 0.021 0.065 0.388 0.495 0.020 86 V 0.023 0.129 0.315 0.391 0.125 0.016 0.001 87 E 0.305 0.546 0.118 0.025 0.005 0.001 0.001 88 G 0.050 0.168 0.346 0.332 0.094 0.009 0.001 89 K 0.084 0.147 0.262 0.298 0.190 0.019 0.001 90 R 0.325 0.436 0.166 0.052 0.020 0.002 0.001 91 E 0.440 0.424 0.094 0.033 0.008 0.001 0.001 92 E 0.181 0.388 0.234 0.139 0.049 0.008 0.001 93 A 0.007 0.053 0.229 0.475 0.185 0.049 0.002 94 L 0.002 0.007 0.023 0.057 0.267 0.575 0.070 95 M 0.002 0.003 0.012 0.037 0.093 0.434 0.419 96 V 0.001 0.001 0.004 0.010 0.036 0.233 0.714 97 H 0.001 0.004 0.013 0.035 0.095 0.238 0.615 98 T 0.002 0.006 0.013 0.025 0.090 0.331 0.533 99 A 0.009 0.027 0.048 0.097 0.195 0.378 0.246 100 G 0.026 0.100 0.148 0.199 0.218 0.232 0.077 101 S 0.029 0.053 0.096 0.181 0.289 0.288 0.064 102 I 0.056 0.117 0.170 0.221 0.241 0.165 0.032 103 P 0.123 0.210 0.198 0.187 0.158 0.106 0.020 104 M 0.094 0.147 0.198 0.251 0.203 0.095 0.011 105 N 0.295 0.395 0.170 0.087 0.041 0.012 0.001 106 V 0.064 0.173 0.248 0.289 0.168 0.052 0.005 107 W 0.029 0.053 0.093 0.208 0.377 0.223 0.017 108 E 0.093 0.274 0.301 0.237 0.077 0.018 0.001 109 G 0.293 0.420 0.182 0.079 0.021 0.004 0.001 110 H 0.045 0.146 0.305 0.365 0.113 0.025 0.001 111 V 0.040 0.052 0.137 0.279 0.361 0.126 0.005 112 P 0.324 0.427 0.162 0.063 0.019 0.004 0.001 113 H 0.374 0.392 0.139 0.065 0.023 0.006 0.001 114 Y 0.072 0.172 0.253 0.302 0.152 0.046 0.004 115 G 0.041 0.134 0.204 0.248 0.243 0.115 0.015 116 V 0.012 0.026 0.055 0.126 0.287 0.364 0.131 117 F 0.008 0.020 0.045 0.103 0.216 0.376 0.232 118 Y 0.002 0.005 0.009 0.022 0.071 0.327 0.564 119 P 0.003 0.006 0.011 0.026 0.065 0.235 0.654 120 M 0.003 0.007 0.009 0.020 0.073 0.269 0.620 121 Q 0.007 0.017 0.020 0.043 0.110 0.338 0.465 122 T 0.018 0.047 0.065 0.131 0.227 0.334 0.178 123 F 0.032 0.085 0.129 0.208 0.250 0.228 0.068 124 S 0.080 0.112 0.163 0.223 0.237 0.153 0.031 125 K 0.338 0.296 0.179 0.109 0.051 0.022 0.004 126 Q 0.501 0.261 0.126 0.070 0.030 0.011 0.002 127 R 0.333 0.241 0.186 0.145 0.066 0.026 0.004 128 E 0.246 0.246 0.202 0.174 0.087 0.040 0.004 129 V 0.208 0.193 0.210 0.208 0.122 0.052 0.005 130 D 0.332 0.276 0.196 0.117 0.055 0.022 0.003 131 F 0.199 0.185 0.212 0.212 0.127 0.056 0.008 132 K 0.240 0.233 0.200 0.163 0.107 0.048 0.008 133 E 0.167 0.259 0.206 0.177 0.114 0.064 0.014 134 I 0.029 0.060 0.105 0.205 0.280 0.251 0.069 135 P 0.016 0.035 0.058 0.127 0.263 0.381 0.120 136 F 0.012 0.031 0.058 0.102 0.217 0.386 0.193 137 F 0.010 0.017 0.031 0.074 0.165 0.372 0.331 138 I 0.009 0.019 0.032 0.072 0.171 0.405 0.293 139 E 0.026 0.077 0.154 0.243 0.254 0.191 0.055 140 A 0.070 0.167 0.230 0.244 0.177 0.097 0.014 141 S 0.115 0.172 0.226 0.246 0.161 0.072 0.007 142 S 0.267 0.265 0.212 0.139 0.082 0.032 0.003 143 T 0.434 0.298 0.163 0.077 0.024 0.005 0.001 144 E 0.369 0.397 0.146 0.061 0.022 0.004 0.001 145 D 0.086 0.161 0.210 0.295 0.184 0.060 0.005 146 A 0.023 0.100 0.248 0.338 0.210 0.078 0.002 147 A 0.176 0.410 0.224 0.133 0.046 0.010 0.001 148 F 0.007 0.043 0.192 0.334 0.314 0.101 0.010 149 L 0.002 0.006 0.010 0.032 0.215 0.584 0.152 150 K 0.005 0.065 0.259 0.437 0.172 0.058 0.004 151 A 0.027 0.166 0.289 0.337 0.130 0.046 0.005 152 I 0.002 0.007 0.027 0.089 0.310 0.504 0.061 153 A 0.005 0.015 0.039 0.140 0.336 0.392 0.074 154 S 0.047 0.258 0.351 0.220 0.085 0.034 0.004 155 T 0.041 0.143 0.248 0.309 0.193 0.060 0.006 156 L 0.025 0.047 0.084 0.189 0.333 0.284 0.039 157 S 0.093 0.232 0.257 0.211 0.138 0.062 0.008 158 N 0.121 0.235 0.274 0.230 0.092 0.040 0.007 159 R 0.044 0.118 0.195 0.259 0.262 0.110 0.013 160 V 0.032 0.049 0.061 0.137 0.280 0.372 0.069 161 Y 0.026 0.075 0.149 0.250 0.287 0.192 0.021 162 D 0.063 0.182 0.292 0.268 0.135 0.054 0.005 163 A 0.051 0.096 0.183 0.277 0.286 0.101 0.006 164 D 0.343 0.388 0.150 0.075 0.036 0.007 0.001 165 S 0.452 0.315 0.139 0.070 0.020 0.004 0.001 166 E 0.484 0.308 0.135 0.054 0.016 0.003 0.001 167 Q 0.370 0.309 0.192 0.101 0.022 0.005 0.001 168 R 0.115 0.169 0.317 0.267 0.107 0.025 0.001 169 K 0.211 0.359 0.236 0.134 0.046 0.013 0.001 170 S 0.024 0.077 0.140 0.258 0.296 0.181 0.024 171 L 0.007 0.019 0.038 0.104 0.306 0.434 0.092 172 H 0.007 0.029 0.078 0.153 0.234 0.349 0.149 173 L 0.002 0.003 0.007 0.017 0.061 0.281 0.630 174 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.179 0.788 175 A 0.001 0.003 0.006 0.016 0.053 0.187 0.735 176 V 0.002 0.005 0.007 0.017 0.057 0.241 0.671 177 F 0.003 0.007 0.011 0.032 0.073 0.268 0.606 178 T 0.003 0.006 0.010 0.029 0.077 0.282 0.594 179 C 0.009 0.021 0.034 0.075 0.170 0.327 0.364 180 N 0.012 0.030 0.047 0.085 0.199 0.300 0.327 181 F 0.006 0.013 0.019 0.048 0.097 0.293 0.524 182 T 0.005 0.015 0.034 0.070 0.159 0.323 0.394 183 N 0.008 0.026 0.071 0.142 0.225 0.292 0.235 184 H 0.003 0.011 0.026 0.051 0.184 0.379 0.346 185 M 0.001 0.001 0.003 0.015 0.046 0.289 0.645 186 Y 0.001 0.002 0.005 0.018 0.081 0.361 0.532 187 A 0.003 0.016 0.066 0.153 0.228 0.316 0.218 188 L 0.001 0.011 0.053 0.104 0.282 0.320 0.229 189 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.402 0.565 190 A 0.001 0.010 0.050 0.162 0.328 0.359 0.089 191 E 0.009 0.098 0.290 0.375 0.120 0.091 0.017 192 L 0.001 0.006 0.032 0.111 0.415 0.395 0.039 193 L 0.004 0.011 0.022 0.075 0.260 0.524 0.103 194 K 0.084 0.354 0.273 0.174 0.092 0.023 0.001 195 K 0.177 0.393 0.244 0.146 0.031 0.009 0.001 196 Y 0.048 0.092 0.229 0.349 0.226 0.055 0.002 197 N 0.345 0.398 0.159 0.063 0.027 0.007 0.001 198 L 0.073 0.101 0.223 0.333 0.217 0.050 0.003 199 P 0.391 0.376 0.145 0.055 0.026 0.007 0.001 200 F 0.127 0.211 0.265 0.254 0.106 0.034 0.003 201 D 0.425 0.373 0.127 0.049 0.021 0.004 0.001 202 V 0.062 0.198 0.263 0.274 0.157 0.041 0.005 203 M 0.014 0.040 0.064 0.155 0.349 0.317 0.061 204 L 0.007 0.049 0.154 0.323 0.287 0.169 0.011 205 P 0.028 0.146 0.316 0.310 0.140 0.054 0.006 206 L 0.006 0.017 0.056 0.158 0.349 0.347 0.067 207 I 0.005 0.014 0.024 0.073 0.224 0.478 0.181 208 D 0.025 0.119 0.290 0.327 0.158 0.069 0.011 209 E 0.076 0.261 0.314 0.238 0.080 0.028 0.003 210 T 0.045 0.102 0.137 0.244 0.300 0.158 0.015 211 A 0.028 0.064 0.128 0.257 0.321 0.186 0.017 212 R 0.112 0.244 0.324 0.210 0.079 0.028 0.003 213 K 0.149 0.304 0.280 0.177 0.067 0.021 0.002 214 V 0.055 0.078 0.107 0.245 0.311 0.179 0.024 215 H 0.058 0.132 0.202 0.261 0.233 0.106 0.008 216 E 0.120 0.290 0.272 0.202 0.079 0.034 0.004 217 L 0.046 0.066 0.115 0.230 0.341 0.182 0.019 218 E 0.107 0.214 0.245 0.237 0.143 0.049 0.004 219 P 0.175 0.226 0.249 0.201 0.107 0.039 0.003 220 K 0.330 0.276 0.202 0.129 0.048 0.015 0.002 221 T 0.332 0.233 0.190 0.148 0.068 0.026 0.003 222 A 0.413 0.262 0.168 0.100 0.040 0.015 0.002 223 Q 0.275 0.250 0.213 0.155 0.073 0.030 0.004 224 T 0.187 0.216 0.168 0.183 0.149 0.083 0.014 225 G 0.103 0.136 0.193 0.249 0.188 0.114 0.017 226 P 0.250 0.300 0.201 0.139 0.069 0.035 0.006 227 A 0.096 0.151 0.197 0.225 0.193 0.112 0.027 228 I 0.039 0.052 0.067 0.147 0.305 0.310 0.080 229 R 0.055 0.152 0.227 0.254 0.183 0.112 0.018 230 Y 0.079 0.166 0.215 0.245 0.185 0.093 0.017 231 D 0.098 0.161 0.190 0.223 0.184 0.119 0.024 232 E 0.066 0.110 0.179 0.249 0.236 0.138 0.022 233 N 0.213 0.334 0.228 0.138 0.058 0.026 0.004 234 V 0.037 0.069 0.139 0.233 0.311 0.175 0.036 235 I 0.019 0.039 0.052 0.109 0.261 0.397 0.123 236 G 0.033 0.116 0.246 0.298 0.190 0.102 0.016 237 N 0.068 0.208 0.294 0.268 0.109 0.046 0.007 238 H 0.013 0.045 0.096 0.191 0.331 0.279 0.045 239 L 0.013 0.025 0.046 0.125 0.312 0.398 0.081 240 R 0.051 0.237 0.314 0.245 0.108 0.042 0.003 241 M 0.041 0.144 0.248 0.298 0.195 0.069 0.005 242 L 0.031 0.056 0.130 0.253 0.339 0.182 0.010 243 A 0.276 0.328 0.206 0.124 0.054 0.011 0.001 244 D 0.400 0.328 0.167 0.076 0.022 0.006 0.001 245 D 0.395 0.292 0.185 0.097 0.026 0.005 0.001 246 P 0.476 0.319 0.124 0.057 0.020 0.004 0.001 247 A 0.189 0.283 0.232 0.176 0.094 0.025 0.002 248 M 0.049 0.108 0.186 0.271 0.266 0.112 0.007 249 Q 0.091 0.270 0.300 0.217 0.092 0.029 0.002 250 R 0.085 0.229 0.280 0.245 0.127 0.031 0.003 251 L 0.010 0.032 0.068 0.163 0.312 0.356 0.059 252 Y 0.008 0.028 0.071 0.189 0.337 0.327 0.039 253 E 0.064 0.289 0.318 0.206 0.086 0.034 0.003 254 L 0.017 0.075 0.220 0.352 0.252 0.075 0.009 255 L 0.005 0.013 0.022 0.060 0.254 0.559 0.086 256 S 0.026 0.111 0.266 0.371 0.176 0.048 0.002 257 R 0.329 0.476 0.133 0.047 0.012 0.003 0.001 258 S 0.080 0.184 0.277 0.309 0.123 0.026 0.001 259 I 0.070 0.068 0.163 0.292 0.306 0.098 0.003 260 H 0.503 0.370 0.093 0.024 0.008 0.001 0.001 261 E 0.767 0.204 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 262 R 0.533 0.223 0.135 0.083 0.022 0.004 0.001 263 Q 0.735 0.193 0.049 0.017 0.005 0.001 0.001