# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.698 0.005 0.004 0.006 0.025 0.053 0.165 2 W 0.018 0.784 0.009 0.008 0.006 0.018 0.062 0.095 3 E 0.010 0.921 0.003 0.002 0.002 0.008 0.012 0.041 4 I 0.028 0.931 0.005 0.001 0.001 0.004 0.016 0.015 5 Y 0.041 0.888 0.006 0.001 0.001 0.004 0.044 0.016 6 D 0.051 0.400 0.021 0.002 0.002 0.013 0.402 0.109 7 A 0.060 0.309 0.055 0.007 0.005 0.047 0.299 0.218 8 M 0.487 0.117 0.035 0.005 0.005 0.047 0.079 0.226 9 I 0.272 0.022 0.011 0.003 0.003 0.052 0.044 0.592 10 N 0.010 0.008 0.005 0.001 0.002 0.061 0.013 0.899 11 G 0.006 0.007 0.011 0.003 0.003 0.115 0.019 0.836 12 I 0.198 0.038 0.020 0.013 0.008 0.129 0.053 0.541 13 P 0.543 0.033 0.012 0.003 0.003 0.050 0.044 0.313 14 E 0.067 0.052 0.019 0.005 0.011 0.077 0.034 0.735 15 D 0.018 0.017 0.051 0.010 0.028 0.100 0.032 0.744 16 F 0.011 0.015 0.084 0.070 0.056 0.164 0.051 0.549 17 L 0.042 0.035 0.103 0.039 0.049 0.104 0.073 0.554 18 V 0.234 0.045 0.078 0.032 0.035 0.090 0.121 0.365 19 D 0.047 0.024 0.067 0.049 0.076 0.089 0.091 0.558 20 E 0.019 0.006 0.086 0.042 0.125 0.092 0.056 0.574 21 L 0.016 0.003 0.138 0.129 0.206 0.114 0.063 0.330 22 V 0.007 0.002 0.123 0.123 0.240 0.079 0.071 0.355 23 C 0.011 0.003 0.142 0.124 0.216 0.091 0.045 0.367 24 G 0.045 0.005 0.116 0.100 0.144 0.128 0.081 0.380 25 T 0.033 0.010 0.072 0.067 0.096 0.130 0.078 0.513 26 T 0.024 0.016 0.090 0.045 0.105 0.151 0.061 0.508 27 H 0.025 0.012 0.113 0.091 0.168 0.093 0.094 0.405 28 S 0.017 0.008 0.178 0.220 0.229 0.049 0.120 0.180 29 V 0.009 0.005 0.145 0.160 0.252 0.052 0.098 0.279 30 I 0.015 0.002 0.168 0.197 0.221 0.072 0.062 0.263 31 R 0.111 0.003 0.082 0.087 0.091 0.102 0.074 0.450 32 S 0.094 0.004 0.022 0.021 0.038 0.130 0.039 0.651 33 G 0.012 0.002 0.031 0.012 0.039 0.154 0.030 0.720 34 N 0.031 0.003 0.099 0.055 0.128 0.192 0.070 0.422 35 G 0.021 0.003 0.115 0.121 0.163 0.091 0.111 0.376 36 V 0.008 0.001 0.181 0.126 0.193 0.078 0.051 0.362 37 G 0.005 0.001 0.206 0.148 0.361 0.040 0.078 0.161 38 L 0.011 0.001 0.138 0.178 0.222 0.063 0.047 0.340 39 G 0.037 0.002 0.132 0.209 0.204 0.093 0.044 0.279 40 P 0.013 0.002 0.031 0.032 0.065 0.128 0.028 0.701 41 N 0.063 0.009 0.030 0.022 0.039 0.155 0.045 0.636 42 R 0.128 0.014 0.016 0.017 0.019 0.147 0.063 0.595 43 P 0.087 0.025 0.016 0.013 0.016 0.122 0.081 0.640 44 F 0.235 0.056 0.016 0.015 0.026 0.083 0.073 0.495 45 E 0.192 0.031 0.014 0.016 0.027 0.094 0.062 0.563 46 T 0.027 0.022 0.023 0.029 0.046 0.111 0.035 0.708 47 R 0.022 0.020 0.021 0.019 0.042 0.133 0.020 0.722 48 M 0.048 0.018 0.029 0.037 0.041 0.121 0.114 0.592 49 P 0.085 0.052 0.030 0.031 0.039 0.120 0.181 0.461 50 M 0.096 0.064 0.024 0.019 0.031 0.117 0.111 0.537 51 L 0.106 0.106 0.028 0.026 0.032 0.094 0.042 0.566 52 T 0.164 0.146 0.016 0.013 0.026 0.084 0.048 0.503 53 Q 0.030 0.042 0.079 0.042 0.065 0.125 0.127 0.491 54 N 0.214 0.036 0.040 0.028 0.055 0.107 0.046 0.475 55 L 0.384 0.014 0.032 0.029 0.020 0.075 0.113 0.334 56 L 0.012 0.046 0.021 0.010 0.027 0.127 0.017 0.740 57 G 0.009 0.083 0.009 0.004 0.017 0.061 0.011 0.806 58 L 0.020 0.393 0.024 0.070 0.020 0.076 0.049 0.349 59 P 0.014 0.964 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.007 60 L 0.044 0.927 0.003 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 61 R 0.028 0.763 0.043 0.012 0.008 0.008 0.102 0.035 62 V 0.045 0.797 0.016 0.004 0.005 0.012 0.040 0.079 63 A 0.170 0.615 0.031 0.004 0.007 0.023 0.060 0.089 64 A 0.177 0.343 0.032 0.010 0.009 0.040 0.098 0.290 65 G 0.040 0.064 0.012 0.005 0.007 0.054 0.151 0.666 66 C 0.067 0.116 0.022 0.009 0.010 0.101 0.177 0.498 67 V 0.190 0.069 0.025 0.014 0.015 0.121 0.131 0.435 68 K 0.114 0.060 0.010 0.003 0.004 0.088 0.045 0.675 69 S 0.061 0.272 0.005 0.002 0.003 0.064 0.026 0.568 70 W 0.025 0.498 0.011 0.002 0.002 0.062 0.021 0.379 71 N 0.039 0.847 0.003 0.001 0.001 0.016 0.024 0.069 72 Y 0.032 0.352 0.007 0.001 0.001 0.012 0.561 0.036 73 V 0.009 0.587 0.002 0.001 0.001 0.006 0.376 0.018 74 E 0.008 0.346 0.003 0.001 0.001 0.006 0.613 0.023 75 A 0.002 0.941 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.015 76 S 0.004 0.913 0.002 0.001 0.001 0.006 0.057 0.017 77 I 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.005 78 G 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.003 79 L 0.007 0.705 0.008 0.001 0.001 0.005 0.267 0.007 80 A 0.002 0.940 0.010 0.001 0.001 0.003 0.038 0.004 81 A 0.009 0.909 0.040 0.001 0.001 0.004 0.022 0.014 82 I 0.038 0.580 0.169 0.005 0.004 0.020 0.142 0.042 83 N 0.113 0.211 0.170 0.006 0.006 0.036 0.320 0.137 84 A 0.124 0.099 0.078 0.005 0.007 0.092 0.171 0.425 85 Y 0.130 0.068 0.082 0.009 0.011 0.148 0.080 0.471 86 Y 0.018 0.016 0.023 0.007 0.009 0.109 0.032 0.787 87 N 0.021 0.036 0.012 0.004 0.006 0.096 0.017 0.808 88 N 0.286 0.294 0.011 0.006 0.007 0.072 0.047 0.279 89 P 0.122 0.202 0.020 0.008 0.008 0.109 0.049 0.482 90 Q 0.109 0.155 0.032 0.013 0.017 0.081 0.076 0.517 91 V 0.154 0.083 0.044 0.014 0.016 0.102 0.141 0.444 92 A 0.156 0.053 0.048 0.016 0.023 0.106 0.113 0.485 93 R 0.128 0.028 0.017 0.012 0.025 0.081 0.052 0.657 94 E 0.023 0.012 0.015 0.016 0.029 0.093 0.030 0.782 95 H 0.016 0.014 0.061 0.049 0.119 0.136 0.041 0.563 96 G 0.025 0.010 0.056 0.073 0.106 0.113 0.059 0.558 97 V 0.018 0.011 0.097 0.119 0.091 0.116 0.056 0.493 98 I 0.071 0.028 0.058 0.036 0.048 0.099 0.050 0.609 99 F 0.255 0.049 0.032 0.030 0.030 0.091 0.077 0.436 100 S 0.059 0.037 0.020 0.013 0.017 0.095 0.046 0.714 101 D 0.094 0.119 0.012 0.009 0.017 0.087 0.057 0.604 102 A 0.096 0.218 0.014 0.014 0.018 0.100 0.043 0.497 103 K 0.035 0.195 0.024 0.022 0.027 0.101 0.044 0.553 104 R 0.061 0.362 0.025 0.017 0.024 0.068 0.087 0.357 105 V 0.215 0.388 0.021 0.014 0.015 0.046 0.116 0.186 106 E 0.128 0.158 0.044 0.024 0.026 0.061 0.207 0.352 107 D 0.080 0.071 0.025 0.016 0.023 0.082 0.140 0.562 108 R 0.180 0.073 0.023 0.011 0.014 0.109 0.079 0.511 109 M 0.040 0.054 0.012 0.007 0.012 0.120 0.021 0.734 110 N 0.030 0.074 0.011 0.004 0.007 0.085 0.022 0.766 111 D 0.111 0.446 0.009 0.008 0.009 0.065 0.058 0.294 112 P 0.054 0.272 0.032 0.010 0.016 0.089 0.277 0.251 113 F 0.031 0.372 0.034 0.018 0.030 0.052 0.267 0.195 114 I 0.054 0.300 0.059 0.040 0.065 0.067 0.192 0.223 115 M 0.045 0.293 0.080 0.041 0.062 0.088 0.120 0.272 116 S 0.060 0.240 0.074 0.071 0.108 0.054 0.143 0.250 117 Q 0.096 0.100 0.036 0.074 0.085 0.073 0.136 0.401 118 N 0.043 0.017 0.058 0.069 0.074 0.089 0.209 0.441 119 E 0.316 0.005 0.022 0.021 0.033 0.084 0.089 0.429 120 V 0.431 0.001 0.009 0.004 0.005 0.045 0.042 0.464 121 K 0.012 0.001 0.011 0.003 0.010 0.115 0.006 0.842 122 G 0.001 0.001 0.039 0.005 0.035 0.146 0.021 0.753 123 K 0.001 0.001 0.247 0.134 0.148 0.129 0.057 0.284 124 K 0.001 0.001 0.700 0.112 0.074 0.011 0.056 0.046 125 V 0.001 0.001 0.688 0.101 0.073 0.009 0.055 0.073 126 G 0.001 0.001 0.919 0.027 0.032 0.002 0.011 0.008 127 V 0.003 0.001 0.738 0.075 0.100 0.011 0.032 0.040 128 V 0.011 0.003 0.713 0.065 0.068 0.035 0.035 0.070 129 G 0.016 0.017 0.244 0.060 0.116 0.143 0.078 0.326 130 H 0.057 0.091 0.075 0.013 0.036 0.156 0.061 0.511 131 F 0.231 0.209 0.050 0.016 0.020 0.110 0.109 0.256 132 P 0.028 0.124 0.061 0.018 0.016 0.114 0.202 0.438 133 H 0.075 0.504 0.026 0.006 0.008 0.050 0.146 0.185 134 L 0.308 0.475 0.015 0.004 0.004 0.023 0.090 0.081 135 E 0.219 0.367 0.014 0.008 0.011 0.039 0.050 0.292 136 S 0.065 0.107 0.011 0.006 0.010 0.055 0.098 0.648 137 L 0.034 0.056 0.033 0.022 0.022 0.115 0.252 0.465 138 L 0.141 0.040 0.024 0.018 0.028 0.104 0.135 0.511 139 E 0.154 0.014 0.020 0.012 0.013 0.084 0.077 0.627 140 P 0.057 0.014 0.027 0.012 0.030 0.104 0.034 0.721 141 I 0.031 0.005 0.052 0.010 0.035 0.142 0.059 0.667 142 C 0.012 0.003 0.127 0.071 0.086 0.149 0.048 0.503 143 D 0.010 0.005 0.192 0.057 0.111 0.091 0.060 0.474 144 L 0.005 0.003 0.196 0.093 0.138 0.066 0.066 0.434 145 S 0.004 0.001 0.481 0.203 0.202 0.020 0.032 0.057 146 I 0.007 0.002 0.225 0.164 0.243 0.033 0.047 0.281 147 L 0.014 0.003 0.322 0.193 0.169 0.049 0.033 0.216 148 E 0.014 0.003 0.148 0.144 0.201 0.097 0.047 0.345 149 W 0.020 0.003 0.043 0.025 0.034 0.118 0.031 0.726 150 S 0.266 0.017 0.040 0.044 0.037 0.113 0.136 0.347 151 P 0.164 0.007 0.017 0.008 0.012 0.128 0.049 0.614 152 E 0.166 0.008 0.014 0.012 0.025 0.108 0.048 0.619 153 E 0.023 0.003 0.013 0.010 0.023 0.112 0.026 0.790 154 G 0.024 0.006 0.026 0.025 0.062 0.164 0.032 0.660 155 D 0.041 0.009 0.025 0.030 0.040 0.132 0.035 0.688 156 Y 0.034 0.018 0.026 0.023 0.022 0.155 0.025 0.698 157 P 0.078 0.048 0.016 0.006 0.009 0.098 0.098 0.647 158 L 0.233 0.194 0.017 0.007 0.006 0.082 0.181 0.280 159 P 0.156 0.282 0.013 0.005 0.006 0.077 0.062 0.399 160 A 0.197 0.262 0.010 0.005 0.008 0.057 0.083 0.379 161 S 0.252 0.253 0.007 0.007 0.014 0.059 0.130 0.277 162 E 0.140 0.104 0.009 0.007 0.013 0.092 0.083 0.551 163 F 0.014 0.040 0.023 0.023 0.030 0.140 0.090 0.640 164 I 0.028 0.029 0.026 0.014 0.023 0.135 0.106 0.640 165 L 0.323 0.030 0.048 0.012 0.013 0.099 0.234 0.241 166 P 0.191 0.028 0.034 0.006 0.007 0.115 0.071 0.548 167 E 0.071 0.015 0.033 0.002 0.007 0.137 0.046 0.688 168 C 0.005 0.005 0.094 0.007 0.016 0.278 0.059 0.536 169 D 0.002 0.003 0.569 0.022 0.046 0.091 0.101 0.165 170 Y 0.002 0.004 0.614 0.023 0.034 0.034 0.139 0.150 171 V 0.001 0.002 0.875 0.030 0.026 0.010 0.031 0.025 172 Y 0.002 0.003 0.869 0.025 0.038 0.011 0.023 0.028 173 I 0.004 0.005 0.757 0.046 0.049 0.032 0.063 0.044 174 T 0.019 0.025 0.478 0.024 0.048 0.114 0.126 0.165 175 C 0.084 0.081 0.148 0.021 0.045 0.188 0.142 0.292 176 A 0.038 0.062 0.139 0.020 0.050 0.134 0.227 0.330 177 S 0.055 0.085 0.193 0.041 0.083 0.097 0.199 0.246 178 V 0.075 0.056 0.125 0.066 0.092 0.100 0.152 0.335 179 V 0.080 0.064 0.079 0.036 0.053 0.102 0.247 0.339 180 D 0.069 0.087 0.029 0.015 0.027 0.131 0.107 0.534 181 K 0.011 0.050 0.029 0.017 0.018 0.127 0.076 0.673 182 T 0.042 0.833 0.005 0.002 0.002 0.018 0.012 0.087 183 L 0.119 0.846 0.003 0.001 0.001 0.005 0.011 0.016 184 P 0.032 0.850 0.010 0.003 0.002 0.009 0.026 0.069 185 R 0.094 0.807 0.006 0.001 0.001 0.009 0.024 0.057 186 L 0.176 0.174 0.022 0.002 0.002 0.024 0.535 0.064 187 L 0.110 0.203 0.021 0.005 0.005 0.039 0.426 0.191 188 E 0.026 0.062 0.011 0.003 0.004 0.045 0.101 0.747 189 L 0.033 0.051 0.028 0.013 0.010 0.088 0.115 0.663 190 S 0.361 0.030 0.027 0.010 0.013 0.078 0.136 0.345 191 R 0.334 0.004 0.010 0.002 0.002 0.080 0.035 0.534 192 N 0.058 0.003 0.022 0.002 0.004 0.098 0.037 0.776 193 A 0.003 0.001 0.061 0.002 0.006 0.280 0.027 0.621 194 R 0.001 0.001 0.515 0.011 0.028 0.134 0.065 0.246 195 R 0.001 0.001 0.825 0.020 0.018 0.018 0.062 0.056 196 I 0.001 0.001 0.936 0.010 0.009 0.005 0.021 0.018 197 T 0.001 0.001 0.946 0.012 0.012 0.003 0.019 0.009 198 L 0.002 0.001 0.852 0.030 0.035 0.012 0.036 0.032 199 V 0.010 0.001 0.768 0.019 0.036 0.046 0.048 0.072 200 G 0.082 0.006 0.212 0.031 0.053 0.204 0.138 0.273 201 P 0.015 0.006 0.102 0.010 0.026 0.230 0.067 0.544 202 G 0.053 0.022 0.039 0.007 0.019 0.179 0.059 0.623 203 T 0.250 0.075 0.036 0.016 0.017 0.154 0.157 0.295 204 P 0.041 0.104 0.026 0.013 0.017 0.156 0.051 0.593 205 L 0.086 0.326 0.021 0.006 0.014 0.076 0.037 0.433 206 A 0.219 0.433 0.017 0.011 0.010 0.056 0.088 0.165 207 P 0.126 0.362 0.042 0.019 0.019 0.047 0.101 0.286 208 V 0.142 0.265 0.053 0.017 0.030 0.074 0.090 0.328 209 L 0.127 0.051 0.131 0.020 0.022 0.091 0.173 0.384 210 F 0.374 0.072 0.021 0.014 0.016 0.066 0.061 0.377 211 E 0.048 0.026 0.008 0.003 0.005 0.056 0.027 0.827 212 H 0.009 0.053 0.042 0.013 0.026 0.174 0.025 0.657 213 G 0.072 0.174 0.041 0.024 0.048 0.094 0.076 0.472 214 L 0.084 0.092 0.065 0.047 0.034 0.101 0.194 0.385 215 Q 0.038 0.128 0.162 0.059 0.091 0.073 0.191 0.258 216 E 0.092 0.098 0.130 0.040 0.081 0.085 0.121 0.353 217 L 0.049 0.038 0.200 0.069 0.098 0.092 0.082 0.372 218 S 0.055 0.021 0.098 0.076 0.180 0.080 0.078 0.413 219 G 0.032 0.010 0.061 0.086 0.199 0.093 0.053 0.467 220 F 0.009 0.006 0.085 0.166 0.276 0.088 0.028 0.342 221 M 0.010 0.011 0.058 0.141 0.217 0.095 0.039 0.428 222 V 0.011 0.034 0.059 0.106 0.114 0.107 0.032 0.535 223 K 0.049 0.140 0.043 0.049 0.033 0.087 0.086 0.513 224 D 0.127 0.785 0.003 0.003 0.002 0.008 0.034 0.039 225 N 0.055 0.850 0.002 0.001 0.001 0.008 0.037 0.046 226 A 0.025 0.790 0.005 0.004 0.005 0.017 0.065 0.089 227 R 0.019 0.811 0.003 0.006 0.009 0.018 0.072 0.062 228 A 0.015 0.839 0.004 0.005 0.012 0.019 0.054 0.054 229 F 0.021 0.671 0.014 0.018 0.041 0.026 0.133 0.075 230 R 0.025 0.384 0.044 0.073 0.073 0.043 0.217 0.142 231 I 0.103 0.240 0.147 0.056 0.088 0.064 0.149 0.154 232 V 0.212 0.090 0.142 0.065 0.075 0.086 0.112 0.219 233 A 0.050 0.029 0.098 0.027 0.038 0.098 0.055 0.606 234 G 0.039 0.053 0.026 0.012 0.025 0.087 0.028 0.731 235 A 0.064 0.079 0.028 0.024 0.029 0.127 0.036 0.613 236 E 0.045 0.142 0.035 0.046 0.064 0.126 0.035 0.506 237 K 0.064 0.174 0.023 0.024 0.053 0.070 0.081 0.511 238 V 0.043 0.077 0.055 0.117 0.088 0.063 0.274 0.284 239 K 0.039 0.088 0.047 0.145 0.146 0.070 0.183 0.283 240 I 0.066 0.058 0.054 0.061 0.098 0.076 0.116 0.471 241 Y 0.137 0.058 0.045 0.077 0.107 0.091 0.063 0.424 242 S 0.142 0.049 0.015 0.031 0.052 0.057 0.041 0.613 243 A 0.045 0.049 0.013 0.022 0.063 0.104 0.029 0.675 244 G 0.019 0.024 0.047 0.057 0.142 0.109 0.162 0.441 245 Q 0.017 0.040 0.039 0.183 0.215 0.068 0.120 0.318 246 K 0.015 0.023 0.074 0.156 0.244 0.047 0.067 0.374 247 V 0.013 0.010 0.076 0.276 0.309 0.043 0.036 0.237 248 T 0.014 0.005 0.076 0.229 0.370 0.034 0.054 0.217 249 I 0.022 0.004 0.049 0.179 0.213 0.067 0.052 0.416 250 K 0.033 0.006 0.037 0.147 0.192 0.084 0.058 0.444 251 K 0.037 0.005 0.012 0.046 0.072 0.079 0.030 0.719