# TARGET T0345 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6718 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.515 0.166 0.148 0.068 0.036 0.023 0.017 0.006 0.017 0.004 0.001 2 I 0.528 0.156 0.154 0.078 0.018 0.028 0.010 0.003 0.020 0.003 0.001 3 A 0.410 0.133 0.232 0.085 0.040 0.043 0.021 0.009 0.018 0.007 0.002 4 K 0.466 0.168 0.168 0.094 0.047 0.017 0.014 0.004 0.013 0.005 0.001 5 S 0.307 0.202 0.211 0.116 0.090 0.029 0.014 0.008 0.014 0.006 0.001 6 F 0.306 0.270 0.141 0.151 0.040 0.033 0.018 0.004 0.035 0.002 0.001 7 Y 0.242 0.331 0.203 0.090 0.050 0.033 0.018 0.002 0.028 0.004 0.001 8 D 0.147 0.159 0.195 0.161 0.030 0.131 0.092 0.007 0.074 0.002 0.002 9 L 0.091 0.442 0.278 0.046 0.074 0.024 0.010 0.002 0.029 0.002 0.001 10 S 0.075 0.350 0.431 0.022 0.043 0.048 0.008 0.002 0.018 0.002 0.001 11 A 0.057 0.553 0.222 0.024 0.089 0.027 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 12 I 0.117 0.530 0.236 0.038 0.027 0.031 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 13 N 0.044 0.240 0.467 0.034 0.038 0.108 0.012 0.001 0.053 0.001 0.001 14 L 0.713 0.130 0.043 0.066 0.008 0.015 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 15 D 0.052 0.007 0.029 0.445 0.002 0.021 0.394 0.002 0.046 0.002 0.001 16 G 0.006 0.001 0.005 0.004 0.004 0.001 0.036 0.909 0.001 0.035 0.001 17 E 0.089 0.323 0.481 0.028 0.035 0.020 0.005 0.001 0.014 0.002 0.001 18 K 0.018 0.109 0.793 0.013 0.002 0.044 0.004 0.001 0.010 0.001 0.004 19 V 0.005 0.645 0.253 0.011 0.045 0.030 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 20 D 0.001 0.069 0.674 0.001 0.007 0.205 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 21 F 0.895 0.006 0.009 0.052 0.002 0.010 0.014 0.004 0.007 0.001 0.001 22 N 0.934 0.001 0.004 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 T 0.567 0.024 0.021 0.364 0.007 0.003 0.004 0.003 0.006 0.001 0.001 24 F 0.222 0.092 0.214 0.286 0.009 0.039 0.084 0.013 0.039 0.002 0.001 25 R 0.138 0.154 0.377 0.136 0.020 0.026 0.112 0.002 0.028 0.007 0.001 26 G 0.023 0.004 0.018 0.017 0.053 0.001 0.097 0.663 0.001 0.124 0.001 27 R 0.035 0.439 0.406 0.025 0.031 0.036 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 28 A 0.008 0.220 0.719 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 29 V 0.132 0.668 0.121 0.020 0.010 0.027 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 30 L 0.020 0.623 0.296 0.001 0.015 0.031 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 31 I 0.040 0.675 0.083 0.009 0.025 0.055 0.001 0.001 0.112 0.001 0.001 32 E 0.056 0.612 0.195 0.007 0.049 0.050 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 33 N 0.153 0.133 0.281 0.032 0.047 0.244 0.045 0.006 0.053 0.003 0.003 34 V 0.325 0.248 0.145 0.171 0.028 0.051 0.009 0.002 0.019 0.001 0.001 35 A 0.232 0.269 0.279 0.041 0.091 0.028 0.032 0.005 0.015 0.006 0.001 36 S 0.370 0.217 0.136 0.104 0.118 0.022 0.010 0.007 0.009 0.006 0.001 37 L 0.431 0.121 0.063 0.268 0.027 0.029 0.031 0.008 0.018 0.002 0.001 38 C 0.285 0.107 0.170 0.287 0.034 0.021 0.039 0.008 0.040 0.009 0.001 39 G 0.204 0.008 0.078 0.035 0.035 0.011 0.089 0.376 0.003 0.159 0.001 40 T 0.306 0.105 0.207 0.284 0.026 0.042 0.010 0.003 0.014 0.003 0.001 41 T 0.193 0.165 0.378 0.062 0.103 0.038 0.011 0.005 0.029 0.015 0.001 42 T 0.824 0.015 0.059 0.074 0.003 0.011 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 43 R 0.831 0.014 0.044 0.074 0.007 0.006 0.010 0.007 0.003 0.004 0.001 44 D 0.480 0.020 0.068 0.236 0.010 0.104 0.027 0.006 0.045 0.003 0.001 45 F 0.927 0.004 0.011 0.044 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 46 T 0.960 0.002 0.008 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.928 0.001 0.004 0.043 0.002 0.006 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 48 L 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Q 0.985 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 C 0.946 0.005 0.006 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.756 0.015 0.017 0.197 0.002 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 55 F 0.138 0.143 0.232 0.017 0.029 0.022 0.028 0.002 0.384 0.004 0.001 56 P 0.581 0.003 0.260 0.073 0.001 0.047 0.005 0.001 0.002 0.001 0.027 57 R 0.231 0.139 0.194 0.273 0.060 0.027 0.036 0.027 0.008 0.006 0.001 58 R 0.089 0.131 0.111 0.321 0.058 0.060 0.158 0.016 0.053 0.003 0.001 59 L 0.004 0.449 0.451 0.006 0.050 0.021 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 60 V 0.004 0.781 0.143 0.003 0.010 0.030 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 61 V 0.004 0.473 0.419 0.001 0.003 0.075 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 62 L 0.174 0.412 0.181 0.086 0.005 0.095 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 63 G 0.009 0.466 0.182 0.014 0.212 0.042 0.041 0.005 0.025 0.003 0.001 64 F 0.004 0.611 0.083 0.001 0.062 0.017 0.006 0.001 0.217 0.001 0.001 65 P 0.069 0.011 0.722 0.009 0.001 0.109 0.001 0.001 0.002 0.001 0.077 66 C 0.299 0.133 0.235 0.088 0.066 0.075 0.033 0.021 0.032 0.016 0.002 67 N 0.417 0.046 0.087 0.180 0.032 0.088 0.086 0.023 0.029 0.010 0.002 68 Q 0.421 0.083 0.078 0.290 0.018 0.029 0.055 0.005 0.019 0.001 0.001 69 F 0.323 0.066 0.121 0.307 0.032 0.025 0.076 0.025 0.018 0.007 0.001 70 G 0.229 0.037 0.112 0.120 0.077 0.009 0.128 0.168 0.006 0.115 0.001 71 H 0.227 0.092 0.190 0.155 0.073 0.065 0.122 0.036 0.023 0.015 0.001 72 Q 0.311 0.168 0.227 0.185 0.016 0.039 0.025 0.005 0.022 0.002 0.001 73 E 0.335 0.236 0.225 0.067 0.040 0.033 0.011 0.005 0.039 0.007 0.001 74 N 0.239 0.073 0.207 0.283 0.019 0.054 0.079 0.010 0.022 0.010 0.003 75 C 0.067 0.100 0.187 0.137 0.109 0.034 0.231 0.099 0.018 0.018 0.001 76 Q 0.022 0.236 0.552 0.018 0.121 0.023 0.002 0.001 0.012 0.013 0.001 77 N 0.844 0.008 0.047 0.038 0.005 0.022 0.019 0.007 0.008 0.003 0.001 78 E 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 I 0.967 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.970 0.004 0.010 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.913 0.008 0.011 0.058 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.872 0.015 0.014 0.080 0.006 0.003 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 84 L 0.685 0.082 0.067 0.133 0.011 0.010 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 85 K 0.668 0.102 0.096 0.081 0.016 0.018 0.008 0.001 0.008 0.002 0.001 86 Y 0.448 0.154 0.144 0.171 0.032 0.022 0.008 0.003 0.017 0.001 0.001 87 V 0.193 0.291 0.288 0.124 0.012 0.051 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 88 R 0.027 0.276 0.426 0.001 0.023 0.026 0.012 0.001 0.206 0.003 0.001 89 P 0.185 0.003 0.690 0.028 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 90 G 0.110 0.054 0.174 0.119 0.058 0.015 0.133 0.253 0.015 0.068 0.001 91 G 0.073 0.031 0.165 0.105 0.070 0.007 0.152 0.229 0.006 0.163 0.001 92 G 0.054 0.050 0.143 0.047 0.119 0.009 0.099 0.251 0.008 0.220 0.001 93 Y 0.059 0.363 0.283 0.116 0.106 0.032 0.014 0.006 0.015 0.006 0.001 94 Q 0.022 0.307 0.307 0.026 0.093 0.043 0.084 0.002 0.110 0.004 0.001 95 P 0.073 0.094 0.766 0.014 0.020 0.018 0.001 0.002 0.003 0.002 0.007 96 T 0.047 0.592 0.216 0.035 0.036 0.037 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 97 F 0.010 0.537 0.275 0.007 0.104 0.020 0.004 0.001 0.038 0.002 0.001 98 T 0.027 0.475 0.383 0.007 0.021 0.054 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 99 L 0.023 0.344 0.444 0.009 0.016 0.138 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 100 V 0.141 0.495 0.105 0.143 0.055 0.023 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 101 Q 0.018 0.509 0.172 0.010 0.237 0.021 0.012 0.002 0.016 0.003 0.001 102 K 0.026 0.566 0.254 0.023 0.033 0.045 0.010 0.001 0.040 0.001 0.001 103 C 0.024 0.641 0.138 0.019 0.116 0.018 0.006 0.001 0.035 0.002 0.001 104 E 0.023 0.256 0.570 0.008 0.010 0.105 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 105 V 0.044 0.629 0.154 0.032 0.052 0.045 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 106 N 0.062 0.319 0.186 0.154 0.071 0.069 0.061 0.002 0.071 0.003 0.001 107 G 0.027 0.020 0.161 0.010 0.277 0.004 0.016 0.095 0.005 0.383 0.001 108 Q 0.686 0.016 0.081 0.180 0.009 0.007 0.004 0.005 0.002 0.007 0.002 109 N 0.266 0.043 0.076 0.388 0.027 0.020 0.111 0.040 0.013 0.016 0.001 110 E 0.316 0.139 0.155 0.234 0.049 0.030 0.039 0.017 0.014 0.006 0.001 111 H 0.093 0.238 0.413 0.005 0.028 0.039 0.012 0.001 0.167 0.004 0.001 112 P 0.821 0.001 0.103 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 113 V 0.944 0.007 0.019 0.018 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 F 0.960 0.009 0.009 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 115 A 0.962 0.010 0.006 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 Y 0.966 0.006 0.006 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.898 0.011 0.014 0.070 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 K 0.866 0.024 0.032 0.055 0.004 0.006 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 119 D 0.704 0.022 0.031 0.192 0.008 0.007 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 120 K 0.432 0.059 0.100 0.346 0.007 0.026 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 121 L 0.033 0.215 0.355 0.002 0.023 0.022 0.042 0.001 0.306 0.001 0.001 122 P 0.246 0.003 0.484 0.054 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 123 Y 0.067 0.252 0.470 0.009 0.096 0.024 0.012 0.004 0.062 0.006 0.001 124 P 0.259 0.032 0.538 0.067 0.001 0.080 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 125 Y 0.194 0.270 0.215 0.191 0.060 0.035 0.009 0.004 0.017 0.004 0.001 126 D 0.200 0.064 0.093 0.349 0.037 0.089 0.084 0.027 0.050 0.008 0.001 127 D 0.041 0.280 0.399 0.010 0.046 0.052 0.023 0.001 0.148 0.001 0.001 128 P 0.380 0.011 0.403 0.076 0.001 0.084 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 129 F 0.238 0.220 0.266 0.131 0.056 0.040 0.016 0.008 0.021 0.004 0.001 130 S 0.236 0.191 0.257 0.099 0.049 0.067 0.040 0.008 0.045 0.006 0.001 131 L 0.291 0.221 0.192 0.192 0.029 0.042 0.008 0.003 0.019 0.002 0.001 132 M 0.262 0.241 0.213 0.142 0.050 0.042 0.016 0.006 0.023 0.004 0.001 133 T 0.250 0.186 0.164 0.219 0.066 0.056 0.016 0.010 0.025 0.008 0.001 134 D 0.021 0.157 0.350 0.008 0.031 0.084 0.034 0.001 0.311 0.002 0.001 135 P 0.729 0.005 0.166 0.044 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 136 K 0.654 0.041 0.093 0.153 0.010 0.019 0.015 0.006 0.007 0.002 0.001 137 L 0.453 0.094 0.154 0.179 0.024 0.029 0.031 0.008 0.025 0.003 0.001 138 I 0.405 0.196 0.193 0.114 0.019 0.037 0.012 0.003 0.019 0.001 0.001 139 I 0.296 0.280 0.195 0.107 0.045 0.035 0.012 0.004 0.021 0.003 0.001 140 W 0.277 0.169 0.245 0.177 0.035 0.047 0.015 0.005 0.023 0.005 0.002 141 S 0.070 0.302 0.340 0.004 0.080 0.023 0.022 0.001 0.154 0.004 0.001 142 P 0.460 0.006 0.361 0.037 0.001 0.054 0.001 0.001 0.002 0.001 0.078 143 V 0.428 0.197 0.192 0.099 0.020 0.032 0.006 0.003 0.021 0.001 0.001 144 R 0.307 0.155 0.287 0.097 0.024 0.060 0.023 0.005 0.032 0.010 0.001 145 R 0.410 0.130 0.164 0.135 0.032 0.039 0.042 0.008 0.028 0.009 0.001 146 S 0.432 0.070 0.108 0.203 0.063 0.016 0.068 0.022 0.009 0.009 0.001 147 D 0.345 0.090 0.118 0.273 0.024 0.061 0.045 0.004 0.036 0.002 0.003 148 V 0.082 0.390 0.391 0.028 0.022 0.051 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 149 A 0.319 0.314 0.193 0.059 0.031 0.043 0.007 0.002 0.027 0.003 0.001 150 W 0.134 0.370 0.256 0.046 0.107 0.035 0.012 0.006 0.025 0.008 0.001 151 N 0.152 0.229 0.197 0.096 0.090 0.117 0.037 0.008 0.068 0.005 0.002 152 F 0.178 0.310 0.195 0.098 0.093 0.043 0.039 0.010 0.031 0.003 0.001 153 E 0.223 0.306 0.292 0.036 0.056 0.040 0.017 0.004 0.022 0.003 0.001 154 K 0.164 0.516 0.160 0.050 0.060 0.021 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 155 F 0.148 0.476 0.191 0.032 0.058 0.038 0.015 0.001 0.040 0.001 0.001 156 L 0.041 0.429 0.400 0.028 0.022 0.058 0.003 0.001 0.016 0.001 0.002 157 I 0.011 0.622 0.205 0.042 0.050 0.043 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 158 G 0.001 0.060 0.820 0.001 0.072 0.018 0.001 0.001 0.014 0.013 0.001 159 P 0.973 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 E 0.123 0.001 0.010 0.849 0.001 0.002 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 161 G 0.003 0.001 0.026 0.006 0.011 0.001 0.073 0.864 0.001 0.015 0.001 162 E 0.014 0.178 0.727 0.002 0.003 0.023 0.017 0.001 0.034 0.001 0.001 163 P 0.003 0.005 0.952 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 F 0.705 0.012 0.004 0.275 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 R 0.011 0.529 0.029 0.003 0.419 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 166 R 0.020 0.775 0.103 0.007 0.044 0.013 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 167 Y 0.073 0.511 0.160 0.048 0.093 0.046 0.006 0.001 0.059 0.001 0.001 168 S 0.082 0.281 0.326 0.027 0.172 0.043 0.012 0.007 0.026 0.025 0.001 169 R 0.488 0.098 0.158 0.174 0.037 0.019 0.010 0.005 0.005 0.005 0.002 170 T 0.259 0.191 0.156 0.255 0.046 0.019 0.043 0.006 0.018 0.007 0.001 171 F 0.020 0.304 0.287 0.001 0.024 0.016 0.013 0.001 0.334 0.001 0.001 172 P 0.088 0.002 0.735 0.008 0.001 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 173 T 0.454 0.074 0.294 0.085 0.018 0.051 0.004 0.005 0.010 0.003 0.002 174 I 0.663 0.049 0.059 0.178 0.015 0.014 0.009 0.004 0.005 0.004 0.001 175 N 0.159 0.079 0.182 0.224 0.064 0.139 0.039 0.006 0.104 0.004 0.001 176 I 0.687 0.030 0.059 0.152 0.004 0.033 0.014 0.006 0.012 0.001 0.001 177 E 0.881 0.015 0.075 0.008 0.003 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 178 P 0.982 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 D 0.923 0.001 0.005 0.049 0.001 0.011 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 180 I 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 R 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 L 0.922 0.001 0.001 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 L 0.688 0.010 0.043 0.230 0.001 0.011 0.005 0.005 0.007 0.001 0.001 185 K 0.663 0.023 0.151 0.074 0.006 0.016 0.043 0.008 0.003 0.012 0.001