# TARGET T0342 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 461 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.006 0.004 0.005 0.040 0.141 0.805 2 A 0.007 0.006 0.035 0.087 0.276 0.589 3 N 0.010 0.006 0.059 0.055 0.426 0.443 4 S 0.014 0.007 0.172 0.075 0.502 0.230 5 G 0.027 0.018 0.119 0.090 0.379 0.367 6 C 0.059 0.030 0.111 0.102 0.342 0.357 7 K 0.065 0.022 0.113 0.114 0.332 0.354 8 D 0.087 0.028 0.079 0.070 0.360 0.376 9 V 0.076 0.039 0.052 0.055 0.356 0.421 10 T 0.055 0.037 0.030 0.034 0.309 0.536 11 G 0.029 0.020 0.011 0.009 0.416 0.516 12 P 0.018 0.013 0.028 0.013 0.488 0.441 13 D 0.020 0.015 0.043 0.013 0.579 0.330 14 E 0.022 0.009 0.115 0.024 0.611 0.219 15 E 0.050 0.007 0.059 0.017 0.481 0.386 16 S 0.171 0.011 0.024 0.009 0.352 0.433 17 F 0.585 0.007 0.005 0.003 0.125 0.276 18 L 0.942 0.003 0.001 0.001 0.012 0.041 19 Y 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 20 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 21 A 0.954 0.002 0.001 0.003 0.010 0.030 22 Y 0.747 0.008 0.005 0.009 0.069 0.163 23 G 0.310 0.009 0.053 0.020 0.353 0.256 24 S 0.113 0.009 0.190 0.052 0.430 0.206 25 N 0.079 0.016 0.213 0.112 0.400 0.180 26 L 0.090 0.041 0.090 0.206 0.351 0.223 27 L 0.066 0.022 0.028 0.319 0.267 0.298 28 T 0.026 0.009 0.046 0.577 0.193 0.149 29 E 0.013 0.005 0.134 0.669 0.121 0.057 30 R 0.012 0.006 0.194 0.614 0.120 0.054 31 I 0.010 0.007 0.207 0.598 0.113 0.065 32 H 0.016 0.009 0.090 0.576 0.159 0.151 33 L 0.018 0.009 0.030 0.233 0.256 0.455 34 R 0.023 0.016 0.014 0.159 0.229 0.560 35 N 0.020 0.012 0.007 0.029 0.411 0.521 36 P 0.016 0.008 0.045 0.049 0.506 0.376 37 S 0.026 0.007 0.074 0.042 0.500 0.350 38 A 0.087 0.015 0.199 0.069 0.432 0.199 39 A 0.252 0.009 0.099 0.067 0.244 0.329 40 F 0.606 0.011 0.061 0.042 0.122 0.158 41 F 0.771 0.008 0.011 0.017 0.060 0.133 42 C 0.841 0.004 0.004 0.010 0.045 0.095 43 V 0.869 0.004 0.003 0.008 0.029 0.089 44 A 0.912 0.002 0.004 0.004 0.017 0.060 45 R 0.910 0.007 0.004 0.004 0.016 0.060 46 L 0.792 0.014 0.017 0.008 0.138 0.031 47 Q 0.384 0.004 0.017 0.011 0.521 0.063 48 D 0.203 0.002 0.017 0.019 0.686 0.074 49 F 0.787 0.020 0.003 0.006 0.156 0.028 50 K 0.855 0.012 0.002 0.009 0.035 0.088 51 L 0.848 0.010 0.005 0.011 0.048 0.077 52 D 0.658 0.010 0.011 0.020 0.147 0.155 53 F 0.454 0.024 0.019 0.032 0.246 0.226 54 G 0.199 0.012 0.023 0.024 0.479 0.263 55 N 0.113 0.012 0.065 0.031 0.562 0.216 56 S 0.123 0.034 0.079 0.040 0.495 0.229 57 Q 0.105 0.026 0.062 0.041 0.531 0.235 58 G 0.078 0.015 0.042 0.032 0.550 0.283 59 K 0.117 0.034 0.037 0.050 0.404 0.359 60 T 0.109 0.068 0.031 0.049 0.364 0.379 61 S 0.096 0.050 0.039 0.043 0.427 0.345 62 Q 0.082 0.022 0.106 0.063 0.424 0.303 63 T 0.095 0.028 0.135 0.065 0.426 0.251 64 W 0.115 0.031 0.086 0.044 0.474 0.250 65 H 0.138 0.023 0.048 0.029 0.434 0.327 66 G 0.178 0.015 0.029 0.020 0.398 0.360 67 G 0.345 0.021 0.022 0.013 0.295 0.303 68 I 0.689 0.020 0.013 0.009 0.101 0.167 69 A 0.796 0.008 0.015 0.011 0.069 0.100 70 T 0.851 0.005 0.016 0.011 0.048 0.069 71 I 0.903 0.008 0.007 0.006 0.028 0.049 72 F 0.914 0.006 0.003 0.002 0.024 0.050 73 Q 0.744 0.033 0.003 0.003 0.055 0.162 74 S 0.142 0.021 0.004 0.001 0.809 0.023 75 P 0.011 0.003 0.010 0.001 0.960 0.015 76 G 0.002 0.001 0.015 0.002 0.969 0.012 77 D 0.124 0.024 0.014 0.001 0.820 0.017 78 E 0.526 0.023 0.003 0.002 0.080 0.366 79 V 0.910 0.008 0.001 0.001 0.022 0.059 80 W 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 81 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 82 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 83 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 84 W 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 85 K 0.946 0.002 0.001 0.002 0.010 0.039 86 M 0.579 0.014 0.002 0.005 0.046 0.354 87 N 0.073 0.004 0.001 0.004 0.074 0.844 88 K 0.001 0.001 0.115 0.851 0.026 0.006 89 S 0.001 0.001 0.113 0.855 0.028 0.002 90 N 0.001 0.001 0.100 0.877 0.019 0.002 91 L 0.002 0.001 0.025 0.953 0.014 0.005 92 N 0.002 0.001 0.026 0.937 0.023 0.012 93 S 0.002 0.001 0.032 0.897 0.044 0.023 94 L 0.012 0.003 0.043 0.678 0.158 0.107 95 D 0.023 0.011 0.079 0.637 0.171 0.080 96 E 0.022 0.002 0.125 0.604 0.175 0.072 97 Q 0.022 0.007 0.060 0.678 0.135 0.099 98 E 0.028 0.010 0.038 0.642 0.119 0.163 99 G 0.046 0.009 0.016 0.087 0.252 0.589 100 V 0.073 0.020 0.028 0.038 0.264 0.576 101 K 0.113 0.026 0.052 0.021 0.549 0.239 102 S 0.078 0.009 0.086 0.021 0.583 0.223 103 G 0.105 0.003 0.041 0.005 0.561 0.284 104 M 0.616 0.015 0.014 0.002 0.211 0.142 105 Y 0.859 0.010 0.001 0.001 0.022 0.107 106 V 0.937 0.002 0.001 0.001 0.017 0.043 107 V 0.947 0.001 0.001 0.001 0.010 0.042 108 I 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 109 E 0.973 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 110 V 0.956 0.001 0.001 0.001 0.008 0.035 111 K 0.950 0.001 0.001 0.001 0.014 0.035 112 V 0.962 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 113 A 0.947 0.003 0.001 0.001 0.008 0.041 114 T 0.780 0.008 0.001 0.001 0.201 0.009 115 Q 0.069 0.002 0.007 0.001 0.916 0.006 116 E 0.008 0.001 0.007 0.001 0.979 0.005 117 G 0.044 0.003 0.005 0.001 0.938 0.008 118 K 0.528 0.015 0.001 0.001 0.116 0.339 119 E 0.902 0.008 0.001 0.001 0.009 0.080 120 I 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 121 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 122 C 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 123 R 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 124 S 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 125 Y 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 126 L 0.932 0.002 0.001 0.001 0.016 0.049 127 M 0.647 0.008 0.002 0.003 0.089 0.252 128 T 0.214 0.014 0.007 0.005 0.257 0.503 129 N 0.057 0.015 0.016 0.007 0.451 0.454 130 Y 0.021 0.017 0.060 0.018 0.625 0.259 131 E 0.018 0.014 0.097 0.032 0.612 0.227 132 S 0.010 0.007 0.105 0.026 0.651 0.200 133 A 0.011 0.014 0.044 0.033 0.476 0.423 134 P 0.015 0.031 0.015 0.023 0.235 0.681 135 P 0.010 0.030 0.006 0.033 0.186 0.736 136 S 0.004 0.006 0.005 0.119 0.127 0.739 137 P 0.001 0.001 0.017 0.964 0.012 0.006 138 Q 0.001 0.001 0.024 0.961 0.013 0.003 139 Y 0.001 0.001 0.017 0.974 0.007 0.002 140 K 0.001 0.001 0.006 0.982 0.007 0.003 141 K 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.004 142 I 0.003 0.001 0.003 0.985 0.006 0.002 143 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 144 C 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 145 M 0.002 0.001 0.003 0.988 0.004 0.002 146 G 0.003 0.001 0.009 0.944 0.013 0.029 147 A 0.006 0.008 0.025 0.854 0.049 0.058 148 K 0.012 0.004 0.090 0.712 0.131 0.050 149 E 0.013 0.004 0.101 0.550 0.253 0.079 150 N 0.006 0.004 0.075 0.538 0.188 0.189 151 G 0.004 0.005 0.002 0.005 0.153 0.831 152 L 0.006 0.009 0.001 0.006 0.073 0.905 153 P 0.007 0.015 0.001 0.059 0.088 0.829 154 L 0.001 0.001 0.010 0.973 0.010 0.007 155 E 0.001 0.001 0.010 0.981 0.006 0.002 156 Y 0.001 0.001 0.013 0.981 0.005 0.001 157 Q 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.003 158 E 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.003 159 K 0.001 0.001 0.006 0.980 0.008 0.005 160 L 0.001 0.001 0.009 0.970 0.013 0.007 161 K 0.003 0.001 0.034 0.883 0.055 0.023 162 A 0.004 0.002 0.055 0.688 0.128 0.122 163 I 0.018 0.018 0.065 0.240 0.325 0.334 164 E 0.027 0.013 0.071 0.112 0.369 0.407 165 P 0.019 0.014 0.105 0.093 0.441 0.329 166 N 0.017 0.016 0.099 0.065 0.412 0.390 167 D 0.012 0.007 0.015 0.014 0.449 0.503 168 Y 0.019 0.017 0.050 0.070 0.483 0.361 169 T 0.029 0.015 0.033 0.095 0.458 0.370 170 G 0.014 0.009 0.029 0.138 0.417 0.392 171 K 0.015 0.011 0.042 0.455 0.245 0.232 172 V 0.010 0.008 0.029 0.748 0.090 0.114 173 S 0.004 0.001 0.010 0.893 0.043 0.049 174 E 0.001 0.001 0.011 0.955 0.018 0.015 175 E 0.002 0.001 0.010 0.964 0.015 0.008 176 I 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.003 177 E 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.002 178 D 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.002 179 I 0.001 0.001 0.005 0.981 0.007 0.007 180 I 0.001 0.001 0.004 0.982 0.008 0.005 181 K 0.001 0.001 0.005 0.969 0.016 0.009 182 K 0.001 0.001 0.007 0.908 0.037 0.047 183 G 0.003 0.002 0.021 0.600 0.133 0.241 184 E 0.008 0.004 0.057 0.325 0.271 0.335 185 T 0.022 0.006 0.102 0.232 0.289 0.349 186 Q 0.021 0.005 0.085 0.304 0.187 0.397 187 T 0.021 0.009 0.031 0.222 0.107 0.610 188 L 0.005 0.001 0.001 0.021 0.038 0.935