# TARGET T0295 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3085 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.074 0.200 0.122 0.044 0.211 0.025 0.026 0.092 0.115 0.060 0.032 2 L 0.083 0.112 0.038 0.007 0.184 0.008 0.022 0.137 0.203 0.150 0.056 3 L 0.115 0.084 0.022 0.004 0.164 0.006 0.043 0.180 0.161 0.161 0.060 4 K 0.019 0.314 0.128 0.015 0.099 0.017 0.039 0.088 0.069 0.192 0.021 5 N 0.092 0.356 0.136 0.006 0.328 0.001 0.001 0.034 0.016 0.011 0.020 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.653 0.332 0.006 0.001 7 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.916 0.064 0.005 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.052 0.009 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.044 0.003 0.001 10 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.040 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.961 0.029 0.002 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.908 0.085 0.004 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.856 0.121 0.005 0.001 14 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.068 0.807 0.111 0.008 0.001 15 A 0.003 0.006 0.002 0.002 0.005 0.011 0.120 0.443 0.253 0.151 0.005 16 A 0.067 0.478 0.045 0.002 0.260 0.004 0.006 0.021 0.043 0.053 0.022 17 K 0.188 0.043 0.015 0.008 0.102 0.004 0.011 0.033 0.088 0.335 0.170 18 I 0.127 0.303 0.079 0.012 0.269 0.006 0.008 0.038 0.051 0.062 0.044 19 K 0.028 0.205 0.456 0.161 0.082 0.017 0.003 0.011 0.007 0.015 0.015 20 S 0.003 0.013 0.009 0.034 0.007 0.177 0.476 0.176 0.098 0.006 0.001 21 S 0.017 0.007 0.012 0.026 0.009 0.004 0.005 0.016 0.047 0.680 0.178 22 D 0.057 0.456 0.053 0.006 0.338 0.006 0.011 0.009 0.009 0.039 0.016 23 I 0.229 0.085 0.008 0.002 0.635 0.001 0.003 0.005 0.002 0.006 0.024 24 V 0.276 0.107 0.007 0.005 0.556 0.003 0.007 0.010 0.002 0.002 0.026 25 L 0.184 0.101 0.012 0.006 0.574 0.021 0.021 0.009 0.005 0.013 0.055 26 E 0.450 0.063 0.020 0.002 0.360 0.002 0.003 0.006 0.004 0.004 0.087 27 I 0.081 0.049 0.014 0.033 0.092 0.037 0.064 0.056 0.114 0.353 0.107 28 G 0.037 0.127 0.155 0.347 0.088 0.084 0.044 0.019 0.021 0.056 0.022 29 C 0.058 0.151 0.125 0.110 0.101 0.054 0.061 0.077 0.079 0.139 0.044 30 G 0.021 0.091 0.173 0.167 0.041 0.078 0.071 0.097 0.063 0.154 0.045 31 T 0.047 0.121 0.070 0.049 0.070 0.033 0.056 0.260 0.170 0.095 0.029 32 G 0.010 0.048 0.109 0.143 0.022 0.078 0.042 0.332 0.114 0.078 0.023 33 N 0.021 0.030 0.012 0.004 0.036 0.007 0.018 0.698 0.138 0.023 0.012 34 L 0.007 0.008 0.004 0.001 0.007 0.001 0.005 0.795 0.142 0.027 0.005 35 T 0.001 0.008 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.840 0.123 0.017 0.001 36 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.888 0.094 0.003 0.001 37 K 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 0.912 0.053 0.003 0.002 38 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.740 0.176 0.065 0.002 39 L 0.004 0.022 0.002 0.001 0.012 0.001 0.006 0.674 0.268 0.010 0.002 40 P 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.008 0.069 0.675 0.209 0.025 0.001 41 L 0.008 0.011 0.010 0.004 0.012 0.024 0.167 0.275 0.170 0.298 0.019 42 A 0.244 0.098 0.016 0.007 0.138 0.004 0.004 0.023 0.043 0.141 0.282 43 K 0.010 0.058 0.020 0.056 0.035 0.152 0.214 0.185 0.176 0.082 0.012 44 K 0.156 0.112 0.027 0.006 0.395 0.003 0.005 0.035 0.049 0.164 0.047 45 V 0.419 0.036 0.002 0.001 0.469 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.057 46 I 0.121 0.061 0.015 0.034 0.459 0.052 0.103 0.040 0.015 0.058 0.041 47 T 0.152 0.151 0.019 0.004 0.594 0.001 0.002 0.011 0.011 0.022 0.033 48 I 0.218 0.058 0.009 0.005 0.514 0.008 0.013 0.012 0.013 0.071 0.081 49 D 0.200 0.147 0.022 0.001 0.557 0.001 0.003 0.005 0.003 0.011 0.050 50 I 0.046 0.280 0.075 0.011 0.191 0.019 0.038 0.049 0.059 0.164 0.068 51 D 0.117 0.313 0.126 0.005 0.399 0.001 0.001 0.006 0.004 0.005 0.022 52 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.433 0.548 0.012 0.001 53 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.869 0.100 0.010 0.001 54 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.850 0.102 0.043 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.058 0.003 0.001 56 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.950 0.039 0.002 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.035 0.006 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.912 0.068 0.014 0.001 59 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.910 0.071 0.006 0.001 60 K 0.001 0.009 0.003 0.001 0.003 0.002 0.025 0.900 0.047 0.010 0.001 61 R 0.004 0.005 0.004 0.002 0.009 0.005 0.028 0.764 0.104 0.069 0.006 62 C 0.015 0.008 0.002 0.001 0.012 0.002 0.023 0.701 0.162 0.051 0.023 63 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.042 0.726 0.206 0.009 0.001 64 Y 0.003 0.031 0.011 0.013 0.010 0.024 0.223 0.506 0.128 0.049 0.002 65 E 0.018 0.498 0.279 0.013 0.089 0.007 0.008 0.018 0.019 0.040 0.012 66 G 0.183 0.020 0.012 0.010 0.043 0.007 0.012 0.026 0.051 0.348 0.288 67 Y 0.186 0.217 0.033 0.006 0.378 0.006 0.006 0.025 0.038 0.053 0.053 68 N 0.019 0.035 0.025 0.121 0.051 0.210 0.234 0.132 0.081 0.076 0.016 69 N 0.296 0.074 0.029 0.020 0.241 0.007 0.011 0.033 0.043 0.160 0.083 70 L 0.278 0.112 0.007 0.003 0.539 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.043 71 E 0.116 0.151 0.019 0.002 0.683 0.003 0.005 0.005 0.001 0.003 0.011 72 V 0.521 0.031 0.003 0.001 0.403 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.036 73 Y 0.164 0.141 0.028 0.054 0.381 0.098 0.055 0.025 0.006 0.010 0.037 74 E 0.260 0.114 0.038 0.014 0.295 0.008 0.008 0.032 0.019 0.060 0.151 75 G 0.063 0.216 0.125 0.093 0.145 0.072 0.044 0.087 0.051 0.059 0.046 76 D 0.226 0.158 0.074 0.026 0.231 0.012 0.016 0.065 0.043 0.056 0.094 77 A 0.045 0.034 0.020 0.019 0.049 0.013 0.018 0.247 0.376 0.143 0.036 78 I 0.030 0.138 0.052 0.025 0.077 0.027 0.078 0.310 0.193 0.057 0.012 79 K 0.070 0.101 0.038 0.019 0.115 0.020 0.070 0.161 0.114 0.252 0.042 80 T 0.084 0.151 0.125 0.051 0.115 0.037 0.074 0.146 0.074 0.083 0.062 81 V 0.065 0.155 0.135 0.074 0.122 0.050 0.057 0.137 0.087 0.070 0.047 82 F 0.045 0.148 0.052 0.037 0.121 0.053 0.101 0.170 0.160 0.094 0.019 83 P 0.037 0.073 0.089 0.063 0.076 0.034 0.050 0.104 0.127 0.291 0.055 84 K 0.089 0.160 0.105 0.026 0.143 0.019 0.057 0.093 0.102 0.161 0.046 85 F 0.287 0.136 0.017 0.005 0.314 0.003 0.004 0.017 0.023 0.064 0.130 86 D 0.050 0.090 0.024 0.051 0.136 0.105 0.285 0.118 0.047 0.075 0.019 87 V 0.214 0.117 0.012 0.001 0.620 0.001 0.001 0.006 0.003 0.008 0.015 88 C 0.310 0.068 0.005 0.002 0.588 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.016 89 T 0.277 0.062 0.015 0.007 0.445 0.017 0.016 0.019 0.006 0.026 0.110 90 A 0.155 0.172 0.058 0.053 0.255 0.020 0.023 0.038 0.025 0.080 0.121 91 N 0.088 0.146 0.121 0.073 0.145 0.022 0.027 0.051 0.059 0.201 0.067 92 I 0.049 0.281 0.233 0.037 0.153 0.012 0.018 0.082 0.065 0.040 0.030 93 P 0.077 0.154 0.049 0.017 0.164 0.018 0.041 0.254 0.151 0.047 0.029 94 Y 0.054 0.070 0.028 0.018 0.105 0.023 0.087 0.228 0.216 0.133 0.037 95 K 0.066 0.096 0.042 0.016 0.116 0.025 0.082 0.250 0.186 0.084 0.037 96 I 0.055 0.077 0.030 0.016 0.094 0.022 0.078 0.209 0.142 0.230 0.049 97 S 0.095 0.161 0.082 0.027 0.186 0.017 0.036 0.141 0.084 0.129 0.042 98 S 0.009 0.134 0.159 0.087 0.030 0.084 0.079 0.265 0.097 0.045 0.011 99 P 0.088 0.151 0.069 0.008 0.134 0.004 0.012 0.298 0.086 0.083 0.068 100 L 0.009 0.026 0.009 0.002 0.014 0.003 0.004 0.646 0.236 0.043 0.007 101 I 0.003 0.006 0.003 0.001 0.005 0.002 0.007 0.849 0.114 0.009 0.002 102 F 0.002 0.007 0.002 0.002 0.004 0.002 0.008 0.869 0.089 0.014 0.002 103 K 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.002 0.010 0.882 0.070 0.017 0.002 104 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.829 0.124 0.022 0.004 105 I 0.001 0.006 0.002 0.002 0.004 0.004 0.022 0.822 0.126 0.008 0.001 106 S 0.005 0.006 0.002 0.002 0.008 0.005 0.059 0.780 0.091 0.038 0.004 107 H 0.010 0.017 0.013 0.006 0.021 0.011 0.043 0.596 0.172 0.100 0.011 108 R 0.025 0.046 0.015 0.009 0.042 0.006 0.025 0.489 0.238 0.084 0.021 109 P 0.014 0.050 0.026 0.007 0.038 0.010 0.037 0.487 0.271 0.054 0.008 110 L 0.030 0.063 0.018 0.004 0.070 0.008 0.091 0.462 0.150 0.092 0.012 111 F 0.116 0.166 0.052 0.011 0.176 0.016 0.049 0.135 0.088 0.139 0.053 112 K 0.042 0.258 0.399 0.074 0.092 0.022 0.013 0.052 0.018 0.018 0.012 113 C 0.007 0.044 0.034 0.027 0.019 0.095 0.298 0.342 0.106 0.022 0.004 114 A 0.035 0.032 0.040 0.029 0.032 0.008 0.010 0.060 0.077 0.560 0.118 115 V 0.057 0.356 0.125 0.045 0.207 0.016 0.014 0.067 0.027 0.062 0.024 116 L 0.183 0.135 0.018 0.004 0.484 0.006 0.013 0.091 0.020 0.019 0.027 117 M 0.333 0.073 0.008 0.005 0.424 0.006 0.008 0.065 0.013 0.008 0.056 118 F 0.186 0.168 0.033 0.011 0.398 0.021 0.014 0.116 0.014 0.013 0.027 119 Q 0.349 0.065 0.009 0.002 0.347 0.002 0.004 0.096 0.025 0.016 0.085 120 K 0.069 0.160 0.045 0.058 0.156 0.063 0.069 0.246 0.089 0.023 0.022 121 E 0.133 0.123 0.053 0.017 0.210 0.015 0.073 0.247 0.049 0.035 0.044 122 F 0.095 0.043 0.029 0.036 0.063 0.059 0.111 0.216 0.115 0.166 0.067 123 A 0.042 0.282 0.149 0.101 0.112 0.035 0.041 0.112 0.067 0.042 0.019 124 E 0.035 0.079 0.060 0.047 0.057 0.034 0.059 0.253 0.197 0.141 0.037 125 R 0.072 0.144 0.064 0.019 0.164 0.028 0.074 0.199 0.130 0.079 0.027 126 M 0.133 0.134 0.036 0.021 0.254 0.026 0.047 0.140 0.090 0.069 0.050 127 L 0.175 0.114 0.040 0.013 0.225 0.008 0.025 0.075 0.065 0.180 0.079 128 A 0.044 0.377 0.257 0.037 0.186 0.010 0.011 0.026 0.016 0.022 0.014 129 N 0.066 0.354 0.296 0.022 0.189 0.005 0.007 0.025 0.010 0.010 0.016 130 V 0.027 0.072 0.037 0.029 0.052 0.093 0.278 0.249 0.103 0.045 0.014 131 G 0.050 0.069 0.093 0.107 0.068 0.063 0.053 0.084 0.060 0.275 0.077 132 D 0.064 0.219 0.118 0.074 0.127 0.046 0.042 0.085 0.071 0.115 0.039 133 S 0.047 0.151 0.179 0.074 0.091 0.044 0.043 0.136 0.082 0.106 0.047 134 N 0.056 0.053 0.021 0.011 0.077 0.022 0.053 0.313 0.221 0.139 0.034 135 Y 0.068 0.102 0.050 0.029 0.095 0.025 0.042 0.275 0.131 0.134 0.049 136 S 0.048 0.127 0.088 0.039 0.087 0.020 0.024 0.302 0.095 0.130 0.041 137 R 0.073 0.111 0.029 0.004 0.118 0.004 0.018 0.480 0.102 0.042 0.020 138 L 0.058 0.051 0.013 0.007 0.073 0.007 0.011 0.631 0.103 0.028 0.019 139 T 0.029 0.051 0.013 0.005 0.073 0.006 0.020 0.712 0.071 0.012 0.008 140 I 0.035 0.018 0.004 0.003 0.045 0.005 0.016 0.775 0.077 0.013 0.009 141 N 0.036 0.016 0.005 0.005 0.049 0.008 0.020 0.740 0.089 0.020 0.011 142 V 0.032 0.029 0.007 0.005 0.061 0.009 0.023 0.676 0.122 0.025 0.012 143 K 0.039 0.044 0.017 0.007 0.065 0.010 0.041 0.621 0.108 0.033 0.015 144 L 0.039 0.045 0.019 0.010 0.059 0.018 0.064 0.533 0.129 0.066 0.017 145 F 0.053 0.056 0.024 0.017 0.086 0.023 0.076 0.445 0.132 0.066 0.023 146 C 0.045 0.118 0.061 0.037 0.097 0.056 0.083 0.293 0.110 0.082 0.018 147 K 0.103 0.088 0.040 0.025 0.158 0.023 0.069 0.211 0.081 0.148 0.054 148 V 0.247 0.103 0.019 0.009 0.268 0.008 0.014 0.102 0.062 0.078 0.090 149 T 0.057 0.325 0.059 0.016 0.300 0.037 0.046 0.104 0.030 0.017 0.009 150 K 0.405 0.045 0.007 0.002 0.400 0.003 0.008 0.044 0.016 0.019 0.051 151 V 0.201 0.078 0.022 0.064 0.212 0.113 0.074 0.079 0.049 0.045 0.061 152 C 0.074 0.338 0.089 0.020 0.334 0.011 0.014 0.035 0.026 0.030 0.027 153 N 0.314 0.073 0.026 0.005 0.257 0.003 0.011 0.018 0.027 0.141 0.126 154 V 0.027 0.396 0.364 0.059 0.113 0.008 0.009 0.005 0.004 0.007 0.007 155 N 0.027 0.448 0.342 0.026 0.122 0.004 0.004 0.009 0.005 0.004 0.008 156 R 0.041 0.074 0.032 0.012 0.105 0.025 0.078 0.244 0.341 0.036 0.012 157 S 0.026 0.022 0.018 0.013 0.034 0.027 0.077 0.227 0.300 0.225 0.031 158 S 0.075 0.114 0.028 0.010 0.148 0.021 0.078 0.125 0.112 0.251 0.038 159 F 0.152 0.148 0.076 0.023 0.216 0.006 0.008 0.032 0.047 0.188 0.105 160 N 0.038 0.272 0.323 0.062 0.137 0.015 0.029 0.043 0.030 0.032 0.017 161 P 0.023 0.406 0.401 0.022 0.091 0.004 0.011 0.017 0.009 0.009 0.007 162 P 0.050 0.465 0.225 0.011 0.158 0.007 0.019 0.024 0.020 0.009 0.012 163 P 0.087 0.345 0.117 0.010 0.308 0.012 0.026 0.034 0.029 0.012 0.021 164 K 0.201 0.163 0.045 0.007 0.328 0.011 0.025 0.022 0.035 0.076 0.087 165 V 0.338 0.126 0.018 0.004 0.370 0.003 0.004 0.007 0.009 0.035 0.087 166 D 0.090 0.048 0.022 0.091 0.116 0.167 0.209 0.045 0.033 0.126 0.052 167 S 0.242 0.155 0.037 0.041 0.411 0.008 0.007 0.008 0.007 0.032 0.050 168 V 0.099 0.219 0.020 0.007 0.642 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 169 I 0.319 0.022 0.001 0.001 0.638 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 170 V 0.228 0.073 0.004 0.002 0.645 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 171 K 0.227 0.095 0.016 0.002 0.614 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.036 172 L 0.330 0.093 0.020 0.002 0.433 0.001 0.001 0.006 0.004 0.034 0.076 173 I 0.042 0.438 0.237 0.015 0.253 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.006 174 P 0.071 0.372 0.233 0.012 0.221 0.005 0.009 0.038 0.010 0.014 0.015 175 K 0.029 0.336 0.385 0.023 0.114 0.008 0.015 0.056 0.015 0.009 0.008 176 E 0.037 0.302 0.336 0.024 0.119 0.013 0.030 0.084 0.025 0.020 0.011 177 S 0.022 0.343 0.408 0.026 0.081 0.012 0.028 0.048 0.015 0.010 0.007 178 S 0.034 0.421 0.294 0.016 0.129 0.008 0.015 0.047 0.016 0.011 0.010 179 F 0.070 0.300 0.235 0.024 0.152 0.021 0.048 0.068 0.029 0.025 0.028 180 L 0.052 0.362 0.245 0.031 0.133 0.021 0.028 0.052 0.026 0.024 0.025 181 T 0.117 0.235 0.094 0.024 0.194 0.023 0.041 0.089 0.061 0.062 0.060