# TARGET T0281 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0281.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.169 0.076 0.027 0.178 0.012 0.029 0.112 0.107 0.143 0.058 2 W 0.100 0.253 0.134 0.026 0.199 0.011 0.015 0.063 0.066 0.096 0.037 3 M 0.019 0.241 0.264 0.054 0.081 0.049 0.066 0.128 0.067 0.022 0.008 4 P 0.124 0.250 0.095 0.004 0.180 0.005 0.013 0.048 0.057 0.144 0.080 5 P 0.104 0.374 0.121 0.006 0.258 0.004 0.005 0.020 0.015 0.054 0.040 6 R 0.011 0.652 0.240 0.005 0.067 0.001 0.002 0.010 0.003 0.005 0.004 7 P 0.012 0.014 0.007 0.005 0.022 0.004 0.003 0.727 0.189 0.013 0.005 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.920 0.066 0.003 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.027 0.004 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.037 0.003 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.030 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.001 0.001 13 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.019 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.052 0.003 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.831 0.148 0.005 0.001 16 R 0.001 0.018 0.006 0.002 0.002 0.004 0.081 0.828 0.053 0.006 0.001 17 L 0.002 0.544 0.408 0.005 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.002 18 G 0.083 0.052 0.032 0.033 0.035 0.010 0.011 0.014 0.009 0.329 0.393 19 F 0.201 0.212 0.023 0.004 0.427 0.004 0.004 0.021 0.014 0.031 0.059 20 V 0.065 0.384 0.054 0.015 0.403 0.013 0.013 0.025 0.009 0.007 0.011 21 E 0.469 0.053 0.007 0.001 0.403 0.002 0.003 0.011 0.004 0.005 0.043 22 R 0.134 0.175 0.034 0.035 0.366 0.064 0.064 0.062 0.021 0.014 0.030 23 M 0.233 0.156 0.075 0.011 0.365 0.007 0.012 0.019 0.013 0.040 0.070 24 A 0.201 0.130 0.069 0.025 0.291 0.041 0.054 0.062 0.036 0.044 0.046 25 K 0.110 0.183 0.109 0.090 0.155 0.041 0.054 0.046 0.038 0.109 0.066 26 G 0.037 0.171 0.224 0.268 0.089 0.056 0.025 0.034 0.022 0.047 0.027 27 G 0.223 0.151 0.032 0.009 0.357 0.010 0.025 0.059 0.036 0.039 0.058 28 H 0.306 0.085 0.019 0.011 0.373 0.014 0.010 0.027 0.028 0.040 0.088 29 R 0.229 0.119 0.016 0.007 0.522 0.013 0.013 0.029 0.014 0.012 0.026 30 L 0.445 0.040 0.005 0.003 0.404 0.005 0.005 0.013 0.006 0.011 0.063 31 Y 0.234 0.118 0.015 0.006 0.459 0.009 0.014 0.028 0.012 0.037 0.068 32 T 0.164 0.196 0.026 0.007 0.458 0.009 0.014 0.022 0.010 0.046 0.049 33 H 0.224 0.202 0.202 0.047 0.192 0.012 0.010 0.023 0.011 0.016 0.060 34 P 0.014 0.024 0.045 0.115 0.019 0.091 0.121 0.351 0.171 0.035 0.012 35 D 0.008 0.207 0.169 0.245 0.035 0.073 0.099 0.080 0.045 0.034 0.005 36 G 0.021 0.066 0.046 0.057 0.040 0.049 0.056 0.080 0.119 0.395 0.072 37 R 0.115 0.310 0.082 0.007 0.354 0.006 0.007 0.017 0.024 0.039 0.041 38 I 0.212 0.150 0.024 0.001 0.575 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.026 39 V 0.192 0.201 0.051 0.002 0.522 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.021 40 V 0.117 0.349 0.107 0.006 0.387 0.003 0.004 0.005 0.003 0.004 0.017 41 V 0.083 0.364 0.227 0.013 0.255 0.006 0.009 0.010 0.005 0.006 0.022 42 P 0.106 0.294 0.120 0.032 0.187 0.044 0.069 0.043 0.024 0.046 0.036 43 F 0.053 0.283 0.335 0.070 0.112 0.021 0.021 0.028 0.017 0.028 0.032 44 H 0.027 0.162 0.136 0.097 0.065 0.063 0.082 0.144 0.118 0.080 0.025 45 S 0.032 0.125 0.058 0.044 0.077 0.032 0.061 0.167 0.233 0.144 0.029 46 G 0.015 0.075 0.045 0.024 0.041 0.027 0.042 0.220 0.257 0.217 0.036 47 E 0.040 0.034 0.021 0.009 0.035 0.010 0.045 0.086 0.128 0.513 0.079 48 L 0.040 0.401 0.287 0.015 0.114 0.004 0.007 0.038 0.025 0.049 0.017 49 P 0.014 0.554 0.291 0.014 0.072 0.007 0.005 0.024 0.006 0.006 0.007 50 K 0.018 0.025 0.008 0.005 0.052 0.011 0.024 0.594 0.235 0.020 0.008 51 G 0.004 0.004 0.004 0.002 0.006 0.002 0.010 0.787 0.128 0.044 0.008 52 T 0.001 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.912 0.052 0.016 0.001 53 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.050 0.004 0.001 54 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.958 0.030 0.001 0.001 55 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.033 0.007 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.064 0.002 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.916 0.063 0.003 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.068 0.830 0.089 0.007 0.001 59 D 0.002 0.004 0.001 0.003 0.002 0.013 0.176 0.627 0.129 0.042 0.002 60 A 0.002 0.810 0.103 0.001 0.064 0.004 0.003 0.005 0.005 0.003 0.001 61 G 0.078 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.517 0.392 62 L 0.016 0.505 0.336 0.006 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 63 T 0.003 0.746 0.225 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.005 0.003 0.002 0.001 0.009 0.004 0.005 0.581 0.384 0.006 0.002 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.863 0.120 0.003 0.001 66 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.012 0.830 0.097 0.047 0.001 67 F 0.006 0.005 0.002 0.002 0.008 0.002 0.008 0.754 0.163 0.048 0.003 68 H 0.004 0.027 0.005 0.007 0.015 0.008 0.043 0.659 0.204 0.024 0.004 69 N 0.019 0.024 0.008 0.004 0.036 0.008 0.068 0.455 0.141 0.209 0.028 70 L 0.069 0.107 0.066 0.020 0.097 0.015 0.067 0.278 0.102 0.132 0.048