# TARGET T0281 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0281.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.5106 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.260 0.131 0.016 0.253 0.008 0.017 0.075 0.042 0.074 0.037 2 W 0.104 0.255 0.135 0.011 0.237 0.014 0.037 0.083 0.039 0.050 0.034 3 M 0.028 0.460 0.265 0.016 0.156 0.005 0.016 0.021 0.009 0.014 0.011 4 P 0.049 0.413 0.321 0.007 0.163 0.004 0.004 0.008 0.004 0.011 0.017 5 P 0.023 0.510 0.234 0.005 0.179 0.004 0.011 0.011 0.007 0.009 0.007 6 R 0.005 0.696 0.258 0.001 0.036 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 7 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.838 0.153 0.002 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.038 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.026 0.004 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.017 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.004 0.001 0.001 13 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.886 0.109 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.066 0.895 0.033 0.004 0.001 17 L 0.001 0.581 0.379 0.005 0.023 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 18 G 0.076 0.009 0.011 0.038 0.009 0.008 0.007 0.041 0.014 0.377 0.409 19 F 0.222 0.179 0.029 0.010 0.277 0.018 0.024 0.114 0.035 0.038 0.054 20 V 0.050 0.370 0.035 0.007 0.429 0.005 0.005 0.071 0.016 0.006 0.007 21 E 0.466 0.047 0.008 0.003 0.359 0.005 0.018 0.044 0.010 0.005 0.033 22 R 0.108 0.108 0.034 0.030 0.311 0.066 0.130 0.143 0.030 0.019 0.020 23 M 0.229 0.164 0.023 0.007 0.349 0.009 0.016 0.064 0.021 0.048 0.070 24 A 0.188 0.187 0.084 0.026 0.287 0.017 0.016 0.061 0.020 0.061 0.053 25 K 0.057 0.119 0.063 0.092 0.084 0.098 0.128 0.133 0.059 0.124 0.044 26 G 0.051 0.150 0.213 0.236 0.085 0.041 0.023 0.052 0.035 0.070 0.044 27 G 0.096 0.115 0.035 0.028 0.132 0.032 0.042 0.170 0.110 0.176 0.066 28 H 0.156 0.123 0.041 0.013 0.244 0.013 0.018 0.104 0.110 0.130 0.050 29 R 0.237 0.073 0.023 0.006 0.307 0.008 0.023 0.132 0.108 0.042 0.042 30 L 0.253 0.128 0.030 0.005 0.339 0.012 0.034 0.077 0.028 0.051 0.044 31 Y 0.152 0.250 0.035 0.003 0.436 0.003 0.008 0.030 0.008 0.036 0.039 32 T 0.080 0.286 0.075 0.006 0.430 0.011 0.009 0.027 0.013 0.039 0.023 33 H 0.061 0.166 0.590 0.019 0.078 0.003 0.008 0.048 0.014 0.003 0.010 34 P 0.009 0.029 0.041 0.031 0.013 0.043 0.123 0.518 0.157 0.030 0.006 35 D 0.001 0.678 0.230 0.041 0.020 0.005 0.014 0.004 0.002 0.004 0.001 36 G 0.017 0.009 0.018 0.010 0.006 0.006 0.002 0.003 0.011 0.516 0.400 37 R 0.045 0.478 0.103 0.002 0.332 0.001 0.005 0.009 0.008 0.011 0.007 38 I 0.224 0.135 0.015 0.001 0.607 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 39 V 0.090 0.301 0.050 0.001 0.547 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 40 V 0.364 0.115 0.031 0.002 0.400 0.001 0.002 0.003 0.002 0.007 0.072 41 V 0.014 0.569 0.254 0.004 0.149 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 42 P 0.123 0.368 0.092 0.003 0.297 0.005 0.016 0.015 0.011 0.024 0.045 43 F 0.063 0.321 0.270 0.021 0.194 0.017 0.029 0.027 0.020 0.015 0.022 44 H 0.043 0.259 0.268 0.048 0.158 0.020 0.018 0.059 0.053 0.050 0.023 45 S 0.021 0.157 0.084 0.078 0.057 0.068 0.190 0.159 0.137 0.038 0.012 46 G 0.004 0.024 0.031 0.094 0.012 0.027 0.032 0.104 0.167 0.466 0.039 47 E 0.089 0.103 0.033 0.003 0.122 0.012 0.096 0.111 0.128 0.245 0.059 48 L 0.018 0.580 0.287 0.003 0.095 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.005 49 P 0.005 0.427 0.468 0.024 0.035 0.010 0.005 0.014 0.006 0.005 0.002 50 K 0.003 0.018 0.016 0.011 0.005 0.051 0.128 0.492 0.247 0.024 0.005 51 G 0.006 0.043 0.042 0.032 0.017 0.015 0.012 0.371 0.137 0.279 0.047 52 T 0.003 0.045 0.011 0.001 0.007 0.001 0.004 0.757 0.102 0.068 0.001 53 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.060 0.003 0.001 54 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.021 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.017 0.010 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.030 0.003 0.001 58 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.894 0.066 0.003 0.001 59 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.058 0.837 0.081 0.013 0.001 60 A 0.001 0.764 0.187 0.001 0.039 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 61 G 0.101 0.004 0.003 0.002 0.008 0.002 0.002 0.007 0.005 0.362 0.503 62 L 0.054 0.529 0.089 0.003 0.293 0.001 0.001 0.005 0.002 0.008 0.015 63 T 0.007 0.597 0.308 0.005 0.049 0.002 0.001 0.020 0.004 0.006 0.002 64 E 0.005 0.006 0.004 0.001 0.006 0.001 0.002 0.644 0.315 0.014 0.003 65 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.833 0.141 0.007 0.001 66 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.844 0.096 0.047 0.001 67 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.850 0.107 0.028 0.001 68 H 0.003 0.016 0.004 0.002 0.007 0.007 0.029 0.696 0.170 0.063 0.003 69 N 0.017 0.023 0.010 0.002 0.027 0.003 0.032 0.464 0.146 0.259 0.016 70 L 0.036 0.119 0.038 0.005 0.082 0.008 0.036 0.396 0.175 0.088 0.016